第七章-原核基因表达调控-课件.ppt
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1、第七章 原核基因表达调控,原核基因表达调控总论操纵子调控转录水平上的其他调控转录后的调控,第一节 原核基因表达调控总论,遗传信息有序地传递到蛋白质或功能RNA分子的过程称为基因表达。对该过程的调节就称为基因表达调控。基因表达调控主要表现在转录水平上和转录后水平上的调控。原核生物中,营养状况和环境因素对基因的表达有重要影响。如某些代谢物(降解物)的出现、应急条件下细菌鸟苷四磷酸和鸟苷五磷酸的产生等均会导致基因表达受到调节。,一、原核基因表达调控分类,在正转录调控系统中,调节基因的产物是激活蛋白(activator)。根据其作用特征又可分为正控诱导系统和正控阻遏系统。在负转录调控系统中,调节基因的
2、产物是阻遏蛋白(repressor)。也可分为负控诱导系统和负控阻遏系统二大类。,二、原核基因表达调控主要特点,这种表达的调节主要是通过体内DNA区段与相应蛋白及其他因子相互作用来实现的,原核生物通过特殊代谢物调节的基因活性主要分为可诱导和可阻遏两大类:1.可诱导调节。是指一些基因在特殊的代谢物或化合物的作用下,由原来关闭的状态转变为工作状态,即在某些物质的诱导下使基因活化。这类基因中最突出的例子是大肠杆菌的乳糖操纵子(分解代谢相关基因)。2.可阻遏调节。这类基因平时都是开启的,处在产生蛋白质或酶的工作过程中,由于一些特殊代谢物或化合物的积累而将其关闭,阻遏了基因的表达。比如大肠杆菌中的色氨酸
3、操纵子(合成代谢相关基因)。,三、与基因表达调控相关的名词,1.看家基因(Housekeeping genes):呈组成型表达,使细胞复制和生长所必需的基本过程能够正常进行。2.诱导性基因(Inducible genes):在诱导因子或细胞因子的诱导下才活化表达的基因。,3.顺式作用元件和反式作用因子 Cis-acting element:是指具有调节功能的特定DNA序列或影响自身基因表达活性的DNA序列,在基因的同一条DNA分子上;如启动子。Trans-acting factor(转录因子TF):由调节基因编码,调节基因是一种特殊的结构基因,其编码产物(RNA或蛋白质)可以扩散,控制其他基因
4、的表达。,基因表达的调节控制基本上是反式作用因子与顺式作用元件的相互作用。反式作用因子只识别DNA上非常短的一段序列(顺式元件)。,反式作用因子(转录因子)含有两种不同的结构域:a、DNA结合结构域(domaim)(1)、螺旋-反转-螺旋(Helix-turn-helix)(2)、锌指(Znic finger)(3)、Basic domains(Helix-loop-helix,and leucine zipper).基域通常以二聚体形式结合于 DNA上.,b、转录激活结构域(功能域)(1)、酸性激活域(2)、谷酰胺丰富域(3)、脯氨酸丰富域阻遏域(repressor domain):专一性的
5、直接阻遏的结构域,三种DNA结合结构域模式:,Zinc-finger蛋白结构特征,Zinc-finger蛋白结构特征,HLH结构特征,HLH的结构特征,Leucine-zipper的结构特征,Lwucine-zipper结构特征,转录激活结构域主要有如下三个特征:(1)、酸性激活域(2)、谷酰胺丰富域(3)、脯氨酸丰富域阻遏域(repressor domain)是专一性的直接阻遏的结构域,也是一种功能结构域。,4.操纵子(Operon):是原核生物基因表达和调控的基本单元,一个典型的操纵子包括:1.结构基因:是指参与特异性生物合成途径酶的基因,这些基因共同被调控。2.控制元件:如操纵基因 3.
6、调节基因:其产物识别控制元件,可以是另一个操纵子所编码的基因,原核生物的基因往往成套的诱导表达,一、The Lac Operon(乳糖操纵子),二、The Trp Operon(色氨酸操纵子),三、其他操纵子调节,第二节 操纵子调控,一、乳糖操纵子(The lactose Operon,Lac),乳糖作为碳源起作用所需要的酶只有在乳糖作为唯一碳源时才能合成。,E.coli 能够利用乳糖作为碳源.,一个乳糖操纵子由三个结构基因组成,lacZ,Control elements,编码-半乳糖苷酶,用于裂解乳糖产生半乳糖和葡萄糖,-5,+21,repressor,lacY,编码半乳糖苷透过酶用于乳糖透
7、过细胞壁,lacA,编码硫代半乳糖苷转乙酰酶,用于乳糖代谢,lac 操纵子,Lac repressor 阻遏物,转录阻滞,诱导剂,活化 Plac 转录,CRP+cAMP(glucose repressed),高水平转录,(Lactose),Lac repressor,Lac 阻遏物由 LacI编码,其活化形式是由相同的亚单位构成的四聚体.其占据操纵子结合位点(Olac,28bp),在缺乏诱导物(如乳糖)的情况下,几乎阻止整个lacZYA的转录,-5,+21,RNA 聚合酶和阻遏物能够同时结合到 lac 启动子和操纵基因(operator)上,lac 阻遏物增加了RNA聚合酶对 lac 的结合能
8、力,约为2倍以上。这样RNA聚合酶紧密结合 Plac,但由于有阻遏物的结合并不引起转录的进行。,诱导物缺乏时:阻遏物阻止lac转录,但此时有 lacZYA 的低水平转录.,当乳糖存在时,基础转录水平的透过酶(permease)允许乳糖被吸收,而且-半乳糖苷酶催化乳糖分解成半乳糖.异乳糖(Allolactose)作为诱导物,结合到 lac 阻遏物上并使其灭活.,Allolactose(异乳糖)能引起阻遏物四聚体形成中发生变化,降低其对乳糖操纵基因的亲和性,从而使四聚体从lac 操纵基因上被移除,并使聚合酶迅速开始 lacZYA的转录.,Lactose/allolactose(乳糖/异乳糖)是La
9、c 发生转录释放RNA的一个天然诱导剂。IPTG(isopropyl-D-thiogalacto-pyranoside异丙基硫代半乳糖苷),是一个合成的诱导剂,能迅速刺激 lac 操纵子结构基因的转录.IPTG 被用于许多含有lac启动子的载体中诱导克隆基因的表达,如 pUC18.,Back,No IPTG,little protein XWith IPTG,a lot of protein X,诱导:cAMP receptor protein(CRP)(cAMP acceptor protein or catabolite activator protein,CAP),The Plac 不是
10、强启动子,Plac 不含有 35 序列和 10 保守序列.,cAMP receptor protein(CRP)能增强转录水平.只有在与 cAMP 结合时才有活性,而 cAMP 又受 glucose的控制。,当葡萄糖存在时,细胞中 cAMP的水平很低,而且 CAP 以二聚体的形式存在,因此不能结合 DNA 以调节转录.,当葡萄糖缺乏时,cAMP 水平升高,CAP 结合 cAMP.CAP-cAMP 复合物结合到Plac 与 RNA 聚合酶结合位点的上游.诱导 DNA 发生90的弯曲,增强了 RNA 聚合酶结合启动子的能力,使转录增强50倍.,Back,C,A,B,Summary,A:RNA po
11、lymeraseB:lac repressor C:CAP-cAMP,二、Trp 操纵子,色氨酸操纵子编码用于色氨酸合成中的5个结构基因,,这5个结构基因构成在Ptrp 和 Otrp下游的一个单一转录单元.,当细胞内色氨酸缺乏时,这些基因同时进行表达。,A,B,C,162,trp 阻遏物(repressor),由一个独立的 trpR编码,特异性作用于 Otrp,一个 18 bp的回文序列,覆盖在 Ptrp 序列的 21 到+3区域,阻遏物与Trp形成复合物时只结合在 Otrp。因此,Trp 是一个附阻遏物,通过抑制末端产物的合成而抑制其自身的合成。(大约下调70 倍),阻遏物是由两个亚单位构成
12、的二聚体。整个结构包括一个中心区和两个DNA阅读区(carboxyl-terminal of each subunit 每个亚单位的羧基末端),The attenuator 弱化子(10 x down),1.位于162 nt的转录前导序列末端,在trpE 起始密码之前.,2.缺失时,无论是基础水平还是在活化状态的转录均增强.,3.弱化子是一个 因子非依赖性终止位点(富含GC回文结构),后接8个连续的 U残基.,4.当在RNA转录中形成发夹结构时,弱化子作为一个高效的转录终止子只产生140bp的转录物。,前导 RNA 的结构,Complementary 3:4 termination of tr
13、anscription,Complementary 2:3 Elongation of transcription,前导序列包括4个有互补序列的区域(sequence 1,2,3,4),可形成不同的结构。,14个氨基酸(由前导RNA 中第27-68 bp的碱基编码),第十和第十一密码 编码trp残基(rare AA),有一个有效的核糖体结合位点,前导肽决定所获得的色氨酸的多少并调节着转录的终止,弱化作用(Attenuation):依赖于转录和翻译的高度配合,RNA 聚合酶暂停在序列 2的末端,直到一个核糖体开始翻译前导肽。,High trp(弱化作用),Lack of trp(前进通过整个转录
14、),High trp,Trp 被插入 trp 密码部位,翻译前导链的末端,核糖体封闭序列 2,3:4处转录发生终止,Figure,Lack of trp,氨酰 tRNA缺乏,核糖体暂停在trp密码处,封闭着序列 1,形成 2:3 发夹(anti-terminator),转录物进入 trpE 并越过此处,Figure,Low Trp,High Trp,弱化作用的调节在氨基酸合成中是普遍的(6 operons),例如 His 操纵子有一个前导序列,其编码含有7个连续的组氨酸的多肽.(His 操纵子不含有阻遏物-操纵基因调节).,三、其他操纵子,1.半乳糖操纵子(galactose operon),
15、其调节基因galR远离操纵基因(O)和编码基因(ETK);galR-和galOc突变体中,ETK永久表达;诱导物为半乳糖。gal操纵子还有两个特点:有两个启动子,mRNA可从两个不同的起始点转录;有两个O区,一个在P区上游-73-67,另一个在结构基因galE内部。,RNA聚合酶识别两个起始位点S1和S2,cAMP-CRP复合物对S1和S2起始有不同作用,抑制从S2部位转录,促进从S1转录。体内有葡萄糖时,不能形成cAMP-CRP复合物,则S2部位转录,产生本底水平表达合成半乳糖差向异构酶(galE的产物),促使尿苷二磷酸(UDP)-葡萄糖转变成UDP-半乳糖(大肠杆菌细胞壁合成前体),供细菌
16、生理所需。当体内有半乳糖(无葡萄糖)时,cAMP-CRP复合物抑制从S2部位转录,促进从S1转录。产生大量的相关酶,以利用半乳糖合成葡萄糖-1-磷酸供机体利用。Gal操纵子的双启动子功能,既保证了细胞壁合成所需的本底表达,又可在半乳糖存在时,利用其做碳源,充分体现了其经济型。,2、阿拉伯糖(arabinose)操纵子,结构基因:araB基因编码核酮糖激酶,araA编码L-阿拉伯糖异构酶,araD编码L-核酮糖-5-磷酸-4-差向异构酶。它们是一个基因簇,简写为araBAD。araE和araF负责将阿拉伯糖运入细胞内,它们位于远离这个基因簇的地方,分别编码一个膜蛋白和一个位于细胞壁与细胞膜之间的
17、阿拉伯糖结合蛋白。调节基因:araC基因编码AraC蛋白;调控元件:PC:araC基因的启动子;PBAD:结构基因的启动子;cAMP-CRP结合位点;3个AraC蛋白结合位点:araI、araO1和araO2。,ara-operon操纵子如何调节,3.阻遏蛋白LexA的降解与细菌中的SOS应答,当细菌DNA遭到破坏时,细胞内会启动一个被称为SOS的诱导型DNA修复系统。参与SOS DNA修复系统的基因都受LexA阻遏蛋白的抑制,SOS体系的诱导表达过程中LexA阻遏蛋白被移开。,一般情况下,约有1000个RecA蛋白单体分散在每个细胞中。当DNA严重受损时,单链DNA缺口数量增加,RecA与这
18、些缺口处单链DNA相结合,被激活成为蛋白酶,将LexA蛋白切割成没有阻遏和操纵区DNA结合活性的两个片段,导致SOS体系(包括recA基因)高效表达,DNA得到修复。,4.二组分调控系统和信号转导,最简单的细胞信号系统称为二组分系统(two-component systems),由二种不同的蛋白质组成:即位于细胞质膜上的传感蛋白(sensor protein)及位于细胞质中的应答调节蛋白(response regulator protein)。传感激酶常在与膜外环境的信号反应过程中被磷酸化,再将其磷酰基团转移到应答调节蛋白上,磷酸化的应答调节蛋白即成为阻遏或诱导蛋白,通过对操纵子的阻遏或激活作
19、用调控下游基因表达。,5.多启动子调控的操纵子,(1)rRNA操纵子 大肠杆菌rRNA操纵子(rrnE)上有两个启 动子P1和P2。在对数生长期,P1起始的转录产物比P2起始的产物多35倍。当细菌处于紧急状态,细胞中ppGpp浓度增加,P1的作用被抑制。因为rRNA是细胞中蛋白质合成机器核糖体的重要组成部分,不能完全停止供应,由P2起始rrnE基因转录。,6.固氮基因调控,地球上仅有几类用原核生物能够直接利用氮气,包括根瘤菌属的固氮菌(1)根瘤的产生:根瘤菌属的小种在根毛部位通过细菌细胞壁与植物血凝素相互作用来专一性结合特定的植物(2)固氮酶:固氮作用的发挥是通过固氮酶来进行的。,(3)与固氮
20、有关的基因及其调控。nifAL基因座控制固氮酶系统基因的表达和活性。nifA基因产物(蛋白)起激活或增强固氮酶活性。nifL蛋白则为除其自身(nifAL)操纵子外的负调控因子。ntrA、ntrB及ntrC共同调控nifA基因活性ntrA基因产物在ntrC基因产物的帮助下激活nif基因,ntrC活性又受NH3影响,NH3浓度高时ntrC几乎无活性细胞中NH3浓度较高时,ntrB产物+GlnBntrC产物去磷酸化nifAL不转录细胞中NH3浓度较低时,GlnB被尿苷化并与 ntrB产物脱离ntrC产物磷酸化激活nifAL转录,c.豆血红蛋白(leghemoglobin,Lb)及根瘤素基因的调控植物
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- 第七 基因 表达 调控 课件
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