王镜岩生化第三答案.docx

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1、王镜岩生化第三答案 生物化学课后习题详细解答 第三章 氨基酸 提要 -氨基酸是蛋白质的构件分子，当用酸、碱或蛋白酶水解蛋白质时可获得它们。蛋白质中的氨基酸都是L型的。但碱水解得到的氨基酸是D型和L型的消旋混合物。 参与蛋白质组成的基本氨基酸只有20种。此外还有若干种氨基酸在某些蛋白质中存在，但它们都是在蛋白质生物合成后由相应是基本氨基酸经化学修饰而成。除参与蛋白质组成的氨基酸外，还有很多种其他氨基酸存在与各种组织和细胞中，有的是-、-或-氨基酸，有些是D型氨基酸。 氨基酸是两性电解质。当pH接近1时，氨基酸的可解离基团全部质子化，当pH在13左右时，则全部去质子化。在这中间的某一pH，氨基酸以

2、等电的兼性离子状态存在。某一氨基酸处于净电荷为零的兼性离子状态时的介质pH称为该氨基酸的等电点，用pI表示。 所有的-氨基酸都能与茚三酮发生颜色反应。-NH2与2,4-二硝基氟苯作用产生相应的DNP-氨基酸；-NH2与苯乙硫氰酸酯作用形成相应氨基酸的苯胺基硫甲酰衍生物。胱氨酸中的二硫键可用氧化剂或还原剂断裂。半胱氨酸的SH基在空气中氧化则成二硫键。这几个反应在氨基酸荷蛋白质化学中占有重要地位。 除甘氨酸外-氨基酸的-碳是一个手性碳原子，因此-氨基酸具有光学活性。比旋是-氨基酸的物理常数之一，它是鉴别各种氨基酸的一种根据。 参与蛋白质组成的氨基酸中色氨酸、酪氨酸和苯丙氨酸在紫外区有光吸收，这是紫

3、外吸收法定量蛋白质的依据。核磁共振波谱技术在氨基酸和蛋白质的化学表征方面起重要作用。 氨基酸分析分离方法主要是基于氨基酸的酸碱性质和极性大小。常用方法有离子交换柱层析、高效液相层析等。 习题 1.写出下列氨基酸的单字母和三字母的缩写符号：精氨酸、天冬氨酸、谷氨酰氨、谷氨酸、苯丙氨酸、色氨酸和酪氨酸。见表3-1 表3-1 氨基酸的简写符号 三字三字母符单字母单字母名称 名称 母符号 符号 符号 号 丙氨酸(alanine) Ala A 亮氨酸(leucine) Leu L 精氨酸(arginine) 天冬酰氨(asparagines) 天冬氨酸(aspartic acid) Asn和/或Asp

4、半胱氨酸(cysteine) 谷氨酰氨(glutamine) 谷氨酸(glutamic acid) Gln和/或Glu 甘氨酸(glycine) 组氨酸(histidine) Arg Asn Asp Asx Cys Gln Glu Gls Gly His Ile R N D B C Q E Z G H I 赖氨酸(lysine) 甲硫氨酸(蛋氨酸)(methionine) 苯丙氨酸(phenylalanine) 脯氨酸(praline) 丝氨酸(serine) 苏氨酸(threonine) 色氨酸(tryptophan) 酪氨酸(tyrosine) Lys Met Phe Pro Ser Th

5、r Trp Tyr Val K M F P S T W Y V 异亮氨酸(isoleucine) 缬氨酸(valine) 2、计算赖氨酸的-NH3+20%被解离时的溶液PH。9.9 解：pH = pKa + lg20% pKa = 10.53 (见表3-3，P133) pH = 10.53 + lg20% = 9.83 3、计算谷氨酸的-COOH三分之二被解离时的溶液pH。4.6 解：pH = pKa + lg2/3% pKa = 4.25 pH = 4.25 + 0.176 = 4.426 4、计算下列物质0.3mol/L溶液的pH：(a)亮氨酸盐酸盐；(b)亮氨酸钠盐；(c)等电亮氨酸。(

6、a)约1.46,(b)约11.5, (c)约6.05 5、根据表3-3中氨基酸的pKa值，计算下列氨基酸的pI值：丙氨酸、半胱氨酸、谷氨酸和精氨酸。pI:6.02;5.02;3.22;10.76 解：pI = 1/2 pI(Ala) = 1/2= 6.02 pI(Cys) = 1/2= 5.02 pI(Glu) = 1/2= 3.22 pI(Ala) = 1/2= 10.76 6、向1L1mol/L的处于等电点的甘氨酸溶液加入0.3molHCl，问所得溶液的pH是多少？如果加入0.3mol NaOH以代替HCl时，pH将是多少？pH：2.71；9.23 7、将丙氨酸溶液调节到pH8.0，然后向

7、该溶液中加入过量的甲醛，当所得溶液用碱反滴定至Ph8.0时，消耗0.2mol/L NaOH溶液250ml。问起始溶液中丙氨酸的含量为多少克？4.45g 2+-48、计算0.25mol/L的组氨酸溶液在pH6.4时各种离子形式的浓度。His为1.7810，His+为0.071，His0为2.810-4 9、说明用含一个结晶水的固体组氨酸盐酸盐和1mol/L KOH配制1LpH6.5的0.2mol/L组氨酸盐缓冲液的方法取组氨酸盐酸盐41.92g(0.2mol)，加入352ml 1mol/L KOH，用水稀释至1L 10、为什么氨基酸的茚三酮反映液能用测压法定量氨基酸？ 解：茚三酮在弱酸性溶液中与

8、-氨基酸共热，引起氨基酸氧化脱氨脱羧反映，其中，定量释放的CO2可用测压法测量，从而计算出参加反应的氨基酸量。 11、L-亮氨酸溶液在20cm旋光管中测得的旋光度为+1.81。计算L-亮氨酸在6mol/L HCl中的比旋。a=+15.1 12、标出异亮氨酸的4个光学异构体的构型名称。参考图3-15 13、甘氨酸在溶剂A中的溶解度为在溶剂B中的4倍，苯丙氨酸在溶剂A中的溶解度为溶剂B中的两倍。利用在溶剂A和B之间的逆流分溶方法将甘氨酸和苯丙氨酸分开。在起始溶液中甘氨酸含量为100mg ，苯丙氨酸为81mg ，试回答下列问题：(1)利用由4个分溶管组成的逆流分溶系统时，甘氨酸和苯丙氨酸各在哪一号分

9、溶管中含量最高？在这样的管中每种氨基酸各为多少毫克？第4管和第3管；51.2mg Gly+24mg Phe和38.4mgGly+36mg Phe 解：根据逆流分溶原理，可得： 对于Gly：Kd = CA/CB = 4 = q(动相)/p p+q = 1 = (1/5 + 4/5) 4个分溶管分溶3次：3=1/125+2/125+48/125+64/125 对于Phe：Kd = CA/CB = 2 = q(动相)/p p+q = 1 = (1/3 + 2/3) 4个分溶管分溶3次：3=1/27+6/27+12/27+8/27 故利用4个分溶管组成的分溶系统中，甘氨酸和苯丙氨酸各在4管和第3管中含

10、量最高，其中： 第4管：Gly：64/125100=51.2 mg Phe：8/2781=24 mg 第3管：Gly：48/125100=38.4 mg Phe：12/2781=36 mg 14、指出在正丁醇：醋酸：水的系统中进行纸层析时，下列混合物中氨基酸的相对迁移率：(1)Ile, Lys; (2)Phe, Ser (3)Ala, Val, Leu; (4)Pro, Val (5)Glu, Asp; (6)Tyr, Ala, Ser, His. Ile lys；Phe, Ser；Leu Val Ala,；Val Pro；GluAsp；Tyr AlaSerHis 解：根据P151 图3-25

11、可得结果。 15将含有天冬氨酸(pI=2.98)、甘氨酸(pI=5.97)、亮氨酸(pI=6.53)和赖氨酸(pI=5.98)的柠檬酸缓冲液，加到预先同样缓冲液平衡过的强阳离交换树脂中，随后用爱缓冲液析脱此柱，并分别收集洗出液，这5种氨基酸将按什么次序洗脱下来？Asp, Thr, Gly, Leu, Lys 解：在pH3左右，氨基酸与阳离子交换树脂之间的静电吸引的大小次序是减刑氨基酸(A2+)中性氨基酸(A+)酸性氨基酸(A0)。因此氨基酸的洗出顺序大体上是酸性氨基酸、中性氨基酸，最后是碱性氨基酸，由于氨基酸和树脂之间还存在疏水相互作用，所以其洗脱顺序为：Asp, Thr, Gly, Leu,

12、 Lys。 第四章 蛋白质的共价结构 提要 蛋白质分子是由一条或多条肽链构成的生物大分子。多肽链是由氨基酸通过肽键共价连接而成的，各种多肽链都有自己特定的氨基酸序列。蛋白质的相对分子质量介于6000到1000000或更高。 蛋白质分为两大类：单纯蛋白质和缀合蛋白质。根据分子形状可分为纤维状蛋白质、球状蛋白质和膜蛋白质。此外还可按蛋白质的生物学功能分类。 为了表示蛋白质结构的不同组织层次，经常使用一级结构、二级结构、三级结构和四级结构这样一些专门术语。一级结构就是共价主链的氨基酸序列，有时也称化学结构。二、三和四级结构又称空间结构或高级结构。 蛋白质的生物功能决定于它的高级结构，高级结构是由一级

13、结构即氨基酸序列决定的，二氨基酸序列是由遗传物质DNA的核苷酸序列规定的。 肽键是连接多肽链主链中氨基酸残缺的共价键，二硫键是使多肽链之间交联或使多肽链成环的共价键。 多肽链或蛋白质当发生部分水解时，可形成长短不一的肽段。除部分水解可以产生小肽之外，生物界还存在许多游离的小肽，如谷胱甘肽等。小肽晶体的熔点都很高，这说明短肽的晶体是离子晶格、在水溶液中也是以偶极离子存在的。 测定蛋白质一级结构的策略是：测定蛋白质分子中多肽链数目；拆分蛋白质分子的多肽链；断开多肽链内的二硫桥；分析每一多肽链的氨基酸组成；鉴定多肽链的N-末端和C-末端残基；断裂多肽链成较小的肽段，并将它们分离开来；测定各肽段的氨基

14、酸序列；利用重叠肽重建完整多肽链的一级结构；确定半胱氨酸残基形成的S-S交联桥的位置。 序列分析中的重要方法和技术有：测定N-末端基的苯异硫氰酸酯法，分析C-末端基的羧肽酶法，用于多肽链局部断裂的酶裂解和CNBr化学裂解，断裂二硫桥的巯基乙醇处理，测定肽段氨基酸序列的Edman化学降解和电喷射串联质谱技术，重建多肽链一级序列的重叠肽拼凑法以及用于二硫桥定位的对角线电泳等。 在不同生物体中行使相同或相似功能的蛋白质称同源蛋白质。同源蛋白质具有明显的序列相似性(称序列同源),两个物种的同源蛋白质，其序列间的氨基酸差异数目与这些物种间的系统发生差异是成比例的。并根据同源蛋白质的氨基酸序列资料建立起进

15、化树。同源蛋白质具有共同的进化起源。 在生物体内有些蛋白质常以前体形试合成，只有按一定方式裂解除去部分肽链之后才出现生物活性，这一现象称蛋白质的激活。血液凝固是涉及氨基酸序列断裂的一系列酶原被激活的结果，酶促激活的级联放大，使血凝块迅速形成成为可能。凝血酶原和血清蛋白原是两个最重要的血凝因子。血纤蛋白蛋白原在凝血酶的作用下转变为血清蛋白凝块。 我国在20世纪XX年代首次在世界上人工合成了蛋白质结晶牛胰岛素。近二、三十年发展起来的固相肽合成是控制合成技术上的一个巨大进步，它对分子生物学和基因工程也就具有重要影响和意义。至今利用Merrifield固相肽合成仪已成功地合成了许多肽和蛋白质。 习题

16、1.如果一个相对分子质量为12000的蛋白质，含10种氨基酸，并假设每种氨基酸在该蛋白质分子中的数目100相等，问这种蛋白质有多少种可能的排列顺序？10 解：1012000/120=10100 2、有一个A肽，经酸解分析得知为Lys、His、Asp、Glu2、Ala以及Val、Tyr忽然两个NH3分子组成。当A肽与FDNB试剂反应后得DNP-Asp；当用羧肽酶处理后得游离缬氨酸。如果我们在实验中将A肽用胰蛋白酶降解时，得到两种肽，其中一种在pH6.4时，净电荷为零，另一种可给除DNP-His，在pH6.4时，带正电荷。此外，A肽用糜蛋白酶降解时，也得到两种肽，其中一种在pH6.4时全中性，另一

17、种在pH6.4时带正电荷。问A肽的氨基酸序列如何？Asn-Ala-Tyr-Glu-Lys-His-Gln-Val 解：1、N-末端分析：FDNB法得：Asp-； 2、C-末端分析：羧肽酶法得：-Val； 3、胰蛋白酶只断裂赖氨酸或精氨酸残基的羧基形成的肽键，得到的是以Arg和Lys为C-末端残基的肽断。酸水解使AsnAsp+ NH4+，由已知条件可得：Asn-( )-( )-( )-Lys-( )-( )-Val； 4、FDNB法分析N-末端得DNP-His，酸水解使GlnGlu+NH4+由已知条件可得：Asn-( )-( )-( )-Lys-His-Gln-Val； 5、糜蛋白酶断裂Phe、

18、Trp和Tyr等疏水氨基酸残基的羧基端肽键。由题，得到的一条肽结合、可得该肽的氨基酸序列为：Asn-Ala-Tyr-Glu-Lys-His-Gln-Val 3、某多肽的氨基酸序列如下：Glu-Val-Lys-Asn-Cys-Phe-Arg-Trp-Asp-Leu-Gly-Ser-Leu-Glu- Ala-Thr-Cys-Arg-His-Met-Asp-Gln-Cys-Tyr-Pro-Gly-Glu_Glu-Lys。如用胰蛋白酶处理，此多肽将产生几个肽？并解释原因；在pH7.5时，此多肽的净电荷是多少单位？说明理由；如何判断此多肽是否含有二硫键？假如有二硫键存在，请设计实验确定5，17和23位上

19、的Cys哪两个参与形成？4个肽；-2.5单位；如果多肽中无二硫键存在，经胰蛋白酶水解后应得4个肽段；如果存在一个二硫键应得3个肽段并且个肽段所带电荷不同，因此可用离子交换层析、电泳等方法将肽段分开，鉴定出含二硫键的肽段，测定其氨基酸顺序，便可确定二硫键的位置 4、今有一个七肽，经分析它的氨基酸组成是：Lys、Pro、Arg、Phe、Ala、Tyr和Ser。此肽未经糜蛋白酶处理时，与FDNB反应不产生-DNP-氨基酸。经糜蛋白酶作用后，此肽断裂城两个肽段，其氨基酸组成分别为Ala、Tyr、Ser和Pro、Phe、Lys、Arg。这两个肽段分别与FDNB反应，可分别产生DNP-Ser和DNP-Ly

20、s。此肽与胰蛋白酶反应能生成两个肽段，它们的氨基酸组成分别是Arg、Pro和Phe、Tyr、Lys、Ser、Ala。试问此七肽的一级结构怎样？它是一个环肽，序列为：-Phe-Ser-Ala-Tyr-Lys-Pro-Arg- 解：此肽未经糜蛋白酶处理时，与FDNB反应不产生-DNP-氨基酸，说明此肽不含游离末端NH2，即此肽为一环肽； 糜蛋白酶断裂Phe、Trp和Tyr等疏水氨基酸残基的羧基端肽键，由已知两肽段氨基酸组成可得：-( )-( )-Tyr-和-( )-( )-( )-Phe-； 由得的两肽段分别与FDNB反应，分别产生DNP-Ser和DNP-Lys可知该两肽段的N-末端分别为-Ser

21、-和-Lys-，结合可得：-Ser-Ala-Tyr-和-Lys-( )-( )-Phe-； 胰蛋白酶专一断裂Arg或Lys残基的羧基参与形成的肽键，由题生成的两肽段氨基酸组成可得：-Pro-Arg-和-( )-( )-( )-( )-Lys； 综合、可得此肽一级结构为：-Lys-Pro-Arg-Phe-Ser-Ala-Tyr- 5、三肽Lys- Lys- Lys的pI值必定大于它的任何一个个别基团的pKa值，这种说法是否正确？为什么？正-确，因为此三肽处于等电点时，七解离集团所处的状态是C-末端COO，N末端NH2，3个侧链3(pKa=10.53),因此pI最大的pKa值 6、一个多肽可还原为

22、两个肽段，它们的序列如下：链1为Ala-Cys-Phe-Pro-Lys-Arg-Trp-Cys-Arg- Arg- Val-Cys；链2为Cys-Tyr-Cys-Phe-Cys。当用嗜热菌蛋白酶消化原多肽时可用下列各肽：；(Arg2、Cys2、Trp、Tyr)；(Cys2、Phe)。试指出在该天然多肽中二硫键的位置。 S-S Ala-Cys-Phe-Pro-Lys-Arg-Trp-Cys-Arg-Arg-Val_Cys S S Cys-Tyr-Cys-Phe-Cys 解：嗜热菌蛋白酶作用专一性较差，根据题中已知条件： 消化原多肽得到，说明链1在2位Cys 后及11位Val前发生断裂，2位Cys

23、与12位Cys之间有二硫键； 由链1序列可得该肽段序列为：-Phe-Pro-Lys-Arg-； 由可知该肽段(Arg2、Cys2、Trp、Tyr)中必有一Cys来自链2，另一Cys为链1中8位Cys，即链1中8位Cys与链2中的一个Cys有二硫键； 嗜热菌蛋白酶能水解Tyr、Phe等疏水氨基酸残基，故此肽来自链2，结合中含Tyr，可知中形成的二硫键为链1 8位Cys与链2中3位Cys与链2中3位Cys之间；中说明链2中1位Cys与5位Cys中有二硫键。 综合、可得结果。 7、一个十肽的氨基酸分析表明其水解液中存在下列产物： NH4+ Asp Glu Tyr Arg Met Pro Lys Se

24、r Phe 并观察下列事实：用羧肽酶A和B处理该十肽无效；胰蛋白酶处理产生两各四肽和游离的Lys；梭菌蛋白酶处理产生一个四肽和一个六肽；溴化氢处理产生一个八肽和一个二肽，用单字母符号表示其序列位NP；胰凝乳蛋白酶处理产生两个三肽和一个四肽，N-末端的胰凝乳蛋白酶水解肽段在中性pH时携带-1净电荷，在pH12时携带-3净电荷；一轮Edman降解给出下面的PTH衍生物：写出该十肽的氨基酸序列。Ser-Glu-Tyr-Arg-Lys-Lys-Phe-Met-Asn-Pro 解：用羧肽酶A和B处理十肽无效说明该十肽C-末端残基为-Pro； 胰蛋白酶专一断裂Lys或Arg残基的羧基参与形成的肽键，该十肽

25、在胰蛋白酶处理后产生了两个四肽和有利的Lys，说明十肽中含Lys-或-Arg-Lys-Lys-或-Arg-Lys-Lys-Arg-Lys-四种可能的肽段，且水解位置在4与5、5与6或4与5、8与9、9与10之间； 梭菌蛋白酶专一裂解Arg残基的羧基端肽键，处理该十肽后，产生一个四肽和一个六肽，则可知该十肽第四位为-Arg-； 溴化氰只断裂由Met残基的羧基参加形成的肽键，处理该十肽后产生一个八肽和一个二肽，说明该十肽第八位或第二位为-Met-；用单字母表示二肽为NP，即-Asn-Pro-，故该十肽第八位为-Met-； 胰凝乳蛋白酶断裂Phe、Trp和Tyr等疏水氨基酸残基的羧基端肽键，处理该十

26、肽后，产生两个三肽和一个四肽，说明该十肽第三位、第六位或第七位为Trp或Phe； 一轮Edman降解分析N-末端，根据其反应规律，可得N-末端氨基酸残疾结构式为：-NH-CH(-CH2OH)-C(=O)-，还原为-NH-CH(-CH2OH)-COOH-，可知此为Ser； 结合、可知该十肽的氨基酸序列为： Ser-Glu-Tyr-Arg-Lys-Lys-Phe-Met-Asn-Pro 8、一个四肽，经胰蛋白酶水解得两个片段，一个片段在280nm附近有强的光吸收，并且Pauly反应和坂口反应呈阳性。另一片段用溴化氰处理释放出一个与茚三酮反应呈黄色的氨基酸。写出此四肽的氨基酸序列。YRMP 解：胰蛋

27、白酶酶专一水解Lys和Arg残基的羧基参与形成的肽键，故该四肽中含Lys或Arg；一肽段在280nm附近有强光吸收且Pauly反应和坂口反应呈阳性，说明该肽段含Tyr和Arg；溴化氰专一断裂Met残基的羧基参加形成的肽键，又因生成了与茚三酮反应呈黄色的氨基酸，故该肽段为-Met-Pro-；所以该四肽的氨基酸组成为Tyr-Arg-Met-Pro，即YRMP。 9蜂毒明肽是存在蜜蜂毒液中的一个十八肽，其序列为CNVRAPETALCARRCOOH，已知蜂毒明肽形成二硫键，不与碘乙酸发生反应，问此肽中存在多少个二硫键？请设计确定这些二硫键位置的策略。 两个；二硫键的位置可能是1-3和11-15或1-1

28、1和3-15或1-15和3-11，第一种情况，用胰蛋白酶断裂将产生两个肽加Arg；第二种情况和第三种，将产生一个肽加Arg，通过二硫键部分氧化可以把后两种情况区别开来。 10、叙述用Mernfield固相化学方法合成二肽Lys-Ala。如果你打算向Lys-Ala加入一个亮氨酸残基使成三肽，可能会掉进什么样的“陷坑”？ 第五章 蛋白质的三维结构 提要 每一种蛋白质至少都有一种构像在生理条件下是稳定的，并具有生物活性，这种构像称为蛋白质的天然构像。研究蛋白质构像的主要方法是X射线晶体结构分析。此外紫外差光谱、荧光和荧光偏振、圆二色性、核磁共振和重氢交换等被用于研究溶液中的蛋白质构像。 稳定蛋白质构

29、像的作用有氢键、范德华力、疏水相互作用和离子键。此外二硫键在稳定某些蛋白质的构像种也起重要作用。 多肽链折叠成特定的构像受到空间上的许多限制。就其主链而言，由于肽链是由多个相邻的肽平面构成的，主链上只有-碳的二平面角和能自由旋转，但也受到很大限制。某些和值是立体化学所允许的，其他值则不被允许。并因此提出了拉氏构像，它表明蛋白质主链构象在图上所占的位置是很有限的。 蛋白质主链的折叠形成由氢键维系的重复性结构称为二级结构。最常见的二级结构元件有螺旋、转角等。螺旋是蛋白质中最典型、含量最丰富的二级结构。螺旋结构中每个肽平面上的羰氧和酰氨氢都参与氢键的形成，因此这种构象是相当稳定的。氢键大体上与螺旋轴

30、平行，每圈螺旋占3.6个氨基酸残基，每个残基绕轴旋转100，螺距为0.54nm。-角蛋白是毛、发、甲、蹄中的纤维状蛋白质，它几乎完全由螺旋构成的多肽链构成。折叠片中肽链主链处于较伸展的曲折形式，肽链之间或一条肽链的肽段之间借助氢键彼此连接成片状结构，故称为折叠片，每条肽链或肽段称为折叠股或股。肽链的走向可以有平行和反平行两种形式。平行折叠片构象的伸展程度略小于反平行折叠片，它们的重复周期分别为0.65nm和0.70nm。大多数折叠股和折叠片都有右手扭曲的倾向，以缓解侧链之间的空间应力。蚕丝心蛋白几乎完全由扭曲的反平行折叠片构成。胶原蛋白是动物结缔组织中最丰富的结构蛋白，有若干原胶原分子组成。原

31、胶原是一种右手超螺旋结构，称三股螺旋。弹性蛋白是结缔组织中另一主要的结构蛋白质。 蛋白质按其外形和溶解度可分为纤维状蛋白质、球状蛋白质和膜蛋白。-角蛋白、丝心蛋白、教员蛋白和弹性蛋白是不溶性纤维状蛋白质；肌球蛋白和原肌球蛋白是可溶性纤维状蛋白质，是肌纤维中最丰富的蛋白质。球状蛋白质是一类可溶性的功能蛋白，如酶、抗体、转运蛋白、蛋白质激素等，膜蛋白是一类与膜结构和功能紧密相关的蛋白质，它们又可分为膜内在蛋白质、脂锚定蛋白质以及膜周边蛋白质。 蛋白质结构一般被分为4个组织层次，一级、二级、三级和四级结构。细分时可在二、三级和四级结构。细分时可在二、三级之间增加超二级结构和结构域两个层次。超二级结构

32、是指在一级序列上相邻的二级结构在三维折叠中彼此靠近并相互作用形成的组合体。超二级结构有3中基本形式：、。结构域是在二级结构和超二级结构的基础上形成并相对独立的三级结构局部折叠区。结构域常常也就是功能域。结构域的基本类型有：全平行螺旋结构域、平行或混合型折叠片结构域、反平行折叠片结构域和富含金属或二硫键结构域等4类。 球状蛋白质可根据它们的结构分为全-结构蛋白质、-结构蛋白质、全-结构蛋白质和富含金属或二硫键蛋白质等。球状蛋白质有些是单亚基的，称单体蛋白质，有些是多亚基的，称寡聚或多聚蛋白质。亚基一般是一条多胎链。亚基的总三维结构称三级结构。球状蛋白质种类很多，结构也很复杂，各有自己独特的三维结

33、构。但球状蛋白质分子仍有某些共同的结构特征：一种分子可含多种二级结构元件，具有明显的折叠层次，紧密折叠成球状或椭球状结构，疏水测链埋藏在分子内部，亲水基团暴露在分子表面，分子表面往往有一个空穴。 蛋白质受到某些物理或化学因素作用时，引起生物活性丢失，溶解度降低以及其他的物理化学常数的改变，这种现象称为蛋白质变性。变性实质是非共价键破裂，天然构象解体，但共价键未遭破裂。有些变性是可逆的。蛋白质变性和复性实验表明，一级结构规定它的三维结构。蛋白质的生物学功能是蛋白质天然构象所具有的性质。天然构象是在生理条件下热力学上最稳定的即自由能最低的三维结构。 蛋白质折叠不是通过随机搜索找到自由能最低构象的。

34、折叠动力学研究表明，多肽链折叠过程中存在熔球态的中间体，并有异构酶和伴侣蛋白质等参加。 寡聚蛋白是由两个或多个亚基通过非共价相互作用缔合而成的聚集体。缔合形成聚集体的方式构成蛋白质的四级结构，它涉及亚级在聚集体中的空间排列以及亚基之间的接触位点和作用力。 习题 1.计算一个含有78个氨基酸的螺旋的轴长。此多肽的螺旋完全伸展时多长？11.7nm；28.08nm 解：螺旋中每个残基绕轴旋转100，沿轴上升0.15nm，故该螺旋的轴长为： 780.15nm=11.7nm (2) 螺旋每圈螺旋占3.6个氨基酸残基，故该螺旋圈数为：783.6圈；螺旋的直径约为0.5nm，故每圈轴长为0.5nm。完全伸展

35、的螺旋长度约为：0.534.01nm。 2.某一蛋白质的多肽链除一些区段为螺旋构想外，其他区段均为折叠片构象。该蛋白质相对分子质量为240000，多肽链外姓的长度为5.0610-5cm。试计算：螺旋占该多肽链的百分数。59% 解：一般来讲氨基酸的平均分子量为120Da，此蛋白质的分子量为240000Da，所以氨基酸残基数为240000120=2000个。设有X个氨基酸残基呈螺旋结构，则： X0.15+0.35=5.0610-5107=506nm 解之得X=970，螺旋的长度为9700.15=145.5，故-螺旋占该蛋白质分子的百分比为： 145.5/536100%=29% 3.虽然在真空中氢键

36、键能约为20kj/mol，但在折叠的蛋白质中它对蛋白质的桅顶焓贡献却要小得多。试解释这种差别的原因。在伸展的蛋白质中大多数氢键的共体和接纳体都与水形成氢键。折旧时氢键能量对稳定焓贡献小的原因。 4.多聚甘氨酸是一个简单的多肽，能形成一个具有=-80=+120的螺旋，根据拉氏构象图，描述该螺旋的手性；每圈的碱基数。左手；3.0 解：据P206图5-13拉氏构象图， =-80=+120时可知该螺旋为左手性，每圈残基数为3.0。 5.螺旋的稳定性不仅取决于肽链间的氢键形成，而且还取决于肽链的氨基酸侧链的性质。试预测在室温下的溶液中下列多聚氨基酸那些种将形成螺旋，那些种形成其他的有规则的结构，那些种不

37、能形成有规则的结构？并说明理由。多聚亮氨酸，pH=7.0；多聚异亮氨酸，pH=7.0；多聚精氨酸，pH=7.0；多聚精氨酸，pH=13；多聚谷氨酸，pH=1.5；多聚苏氨酸，pH=7.0；多聚脯氨酸，pH=7.0；和能形成螺旋；和不能形成有规则的结构；有规则，但不是螺旋 6. 多聚甘氨酸的右手或左手螺旋中哪一个比较稳定？为什么？因为甘氨酸是在-碳原子上呈对称的特殊氨基酸，因此可以预料多聚甘氨酸的左右手螺旋在能量上是相当的，因而也是同等稳定的。 7.考虑一个小的含101残基的蛋白质。该蛋白质将有200个可旋转的键。并假设对每个键和有亮个定向。问：这个蛋白质可能有多种随机构象？根据的答案计算在当使

38、1mol该蛋白质折叠成只有一种构想的结构时构想熵的变化；如果蛋白质完全折叠成由H键作为稳定焓的唯一来源的螺旋，并且每mol H键对焓的贡献为-5kj/mol，试计算H折叠；根据逆的和的答案，计算25时蛋白质的G折叠。该蛋白质的折叠形式在25时是否稳定？ W=2200=1.611060；S折叠=1.15 kj/H折叠100=-500 kj/mol；注意，这里我们没有考虑在螺旋末端处某些氢键不能形成这一事实，但考虑与否差别很小。G折叠=-157.3 kj/mol.由于在25时G折叠0，因此折叠的蛋白质是稳定的。 8.两个多肽链A和B，有着相似的三级结构。但是在正常情况下A是以单体相识存在的，而B是

39、以四聚体形式存在的，问A和B的氨基酸组成可能有什么差别。在亚基-亚基相互作用中疏水相互作用经常起主要作用，参与四聚体B4的亚基-亚基相互作用的表面可能比单体A的对应表面具有较多的疏水残基。 9.下面的序列是一个球状蛋白质的一部分。利用表5-6中的数据和Chou-Faman的经验规则，预测此区域的二级结构。RRPVVLMAACLRPVVFITYGDGGTYYHWYH 残基4-11是一个螺旋，残基14-19和24-30是折叠片。残基20-23很可能形成转角 10.从热力学考虑，完全暴露在水环境中和完全埋藏在蛋白质分子非极性内部的两种多肽片段，哪一种更容易形成螺旋？为什么？埋藏在蛋白质的非极性内部时

40、更容易形成螺旋。因为在水环境中多肽对稳定焓的贡献要小些。 11.一种酶相对分子质量为300000，在酸性环境中可解理成两个不同组分，其中一个组分的相对分子质量为100000，另一个为50000。大的组分占总蛋白质的三分之二，具有催化活性。用-巯基乙醇处理时，大的失去催化能力，并且它的沉降速度减小，但沉降图案上只呈现一个峰。关于该酶的结构作出什么结论？此酶含4个亚基，两个无活性亚基的相对分子质量为50000，两个催化亚基的相对分子质量为100000，每个催化亚基是由两条无活性的多肽链组成。彼此间由二硫键交联在一起。 12.今有一种植物的毒素蛋白，直接用SDS凝胶电泳分析时，它的区带位于肌红蛋白和

41、-乳球蛋白良种蛋白之间，当这个毒素蛋白用-巯基乙醇和碘乙酸处理后，在SDS凝胶电泳中仍得到一条区带，但其位置靠近标记蛋白细胞素，进一步实验表明，该毒素蛋白与FDNB反应并酸水解后，释放出游离的DNP-Gly和DNP-Tyr。关于此蛋白的结构，你能做出什么结论？该毒素蛋白由两条不同的多肽链通过链间二硫键交联而成，每条多肽链的相对分子质量各在13000左右。 13.一种蛋白质是由相同亚基组成的四聚体。对该分子说出来年各种可能的对称性。稳定缔合的是哪种类型的相互作用？假设四聚体，如血红蛋白，是由两个相同的单位组成的。问它的最高对称性是什么？C4和D2，C4是通过异种相互作用缔合在一起，D2是通过同种

42、相互作用缔合在一起，C2因为每个二聚体是一个不对称的原聚体 14.证明一个多阶段装配过程比一个单阶段装配过程更容易控制蛋白质的质量。考虑一个多聚体酶复合物的合成，此复合物含6个相同的二聚体，每个二聚体由一个多肽A和一个B组成，多肽A和B的长度分别为300个和700个氨基酸残基。假设从氨基酸合成多肽链，多肽链组成二聚体，再从二聚体聚集成多聚体酶，在这一建造过程中每次操作的错误频率为10-8，假设氨基酸序列没有错误的话，多肽的折叠总是正确的，并假设在每一装配阶段剔除有缺陷的亚结构效率为100%，试比较在下列情况下有缺陷复合物的频率：该复合物以一条6000个氨基酸连续的多肽链一步合成，链内含有6个多

43、肽A和6个多肽B。该复合物分3个阶段形成：第一阶段，多肽A和B的合成；第二阶段，AB二聚体的形成；第三阶段，6个AB二聚体装配成复合物。 有缺陷复合物的平均频率是600010-8=610-5 由于有缺陷的二聚体可被剔除，因此有缺陷复合物的平均率只是最后阶段的操作次数乘以错误频率，即：510-8。因此它比一步合成所产生的缺陷频率约低1000倍。 第六章 蛋白质结构与功能的关系 提要 肌红蛋白和血红蛋白是脊椎动物中的载氧蛋白质。肌红蛋白便于氧在肌肉中转运，并作为氧的可逆性贮库。而血红蛋白是血液中的氧载体。这些蛋白质含有一个结合得很紧的血红素辅基。它是一个取代的卟啉，在其中央有一个铁原子。亚铁态的血

44、红素能结合氧，但高铁态的不能结合氧。红血素中的铁原子还能结合其他小分子如CO、NO等。 肌红蛋白是一个单一的多肽链，含153个残基，外形紧凑。Mb内部几乎都是非极性残基。多肽链中约75%是螺旋，共分八个螺旋段。一个亚铁血红素即位于疏水的空穴内，它可以保护铁不被氧化成高铁。血红素铁离子直接与一个His侧链的氮原子结合。此近侧His占据5个配位位置。第6个配位位置是O2的结合部位。在此附近的远侧His降低在氧结合部位上CO的结合，并抑制血红素氧化或高铁态。 氧与Mb结合是可逆的。对单体蛋白质如Mb来说，被配体O2占据的结合部位的分数是配体浓度的双曲线函数，如Mb的氧集合曲线。血红蛋白由4个亚基组成

45、，每个亚基都有一个血红素基。Hb A是成人中主要的血红蛋白，具有22的亚基结构。四聚体血红蛋白中出现了单体血红蛋白所不具有的新性质，Hb除运载氧外还能转运H+和CO2。血红蛋白以两种可以相互转化的构象态存在，称T和R态。T态是通过几个盐桥稳定的。无氧结合时达到最稳定。氧的结合促进T态转变为R态。 氧与血红蛋白的结合是别构结合行为的一个典型例证。T态和R态之间的构象变化是由亚基-亚基相互作用所介导的，它导致血红蛋白出现别构现象。Hb呈现3种别构效应。第一，血红蛋白的氧结合曲线是S形的，这以为着氧的结合是协同性的。氧与一个血红素结合有助于氧与同一分子中的其他血红素结合。第二，H+和CO2促进O2从

46、血红蛋白中释放，这是生理上的一个重要效应，它提高O2在代谢活跃的组织如肌肉的+释放。相反的，O2促进H和CO2在肺泡毛细血管中的释放。H、CO2和O2的结合之间的别构联系称为Bohr效应。第三，血红蛋白对O2的亲和力还受2、3-二磷酸甘油酸调节，BPG是一个负电荷密度很高的小分子。BPG能与去氧血红蛋白结合，但不能与氧合血红蛋白结合。因此，BPG是降低血红蛋白对氧的亲和力的。胎儿血红蛋白比成年人的血红蛋白 有较高的氧亲和力，就是因为它结合BPG较少。 导致一个蛋白质中氨基酸改变的基因突变能产生所谓分子病，这是一种遗传病。了解最清楚的分子病是镰刀状细胞贫血病。这种病人的步正常血红蛋白称为Hb S

47、，它只是在两条链第六位置上的Glu倍置换乘Val。这一改变在血红蛋白表面上产生一个疏水小区，因而导致血红蛋白聚集成不溶性的纤维束，并引起红细胞镰刀状化和输氧能力降低。纯合子的病人出现慢性贫血而死亡。地中海贫血是由于缺失一个或多个编码血红蛋白链的基因造成的。 棉衣反映是由特化的白细胞淋巴细胞和巨噬细胞及其相关的蛋白质之间的相互作用介导的。T淋巴细胞产生T细胞受体，B淋巴细胞产生免疫球蛋白，即抗体。所有的细胞都能产生MHC蛋白，它们在细胞表面展示宿主肽或抗原肽。助T细胞诱导那些产生免疫球蛋白的B细胞和产生T细胞受体的胞毒T细胞 增殖。免疫球蛋白或T细胞受体能与特异的抗原结合。一个特定的祖先细胞通过刺激繁殖，产生一个具有同样免疫能力的细胞群的过程称为克隆选择。 人类具有5个类别的免疫球蛋白，每一类别的生物学功能都是不同的。最丰富的是IgG类，它由4条多肽链组成，两条