CNV检测方案汇总课件.ppt

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1、检测,CNV,的方法汇总,CNV,（,Copy number variation,，拷贝,数变异）,人类遗传病的一大重要原因，,CNV,是由基因组发生,重排而导致的，一般指长度为,1kb,以上的基因组大片,段拷贝数的增加或减少，主要表现为亚显微水平的缺,失或重复。,01,全基因组测序,02,生物芯片,03,CNV-seq,04,CNV plex,法,目录,CONTENTS,05,AccuCopy,法,06,质谱法,07,Taqman,法,08,MLPA,方法,全基因组测序,简介：,?,全基因组测序是最直接的方法，当一个地方有片段缺失，或者片段增多的时候，测序的,覆盖深度会马上显示出片段的增多或

2、缺失,?,全基因组测序，可以很快地对整个基因组的,CNV,进行扫描,实验费用：,成本最贵的方法，在,Illumina,推出,HiSeq X 10,之后，市场服务费用大约在,2,万人民币一个人全,基因组测序,原理：,下图是用全基因组测序，得到的覆盖深度，哪里有增加，又哪里有缺失，明楚得很,生物芯片,原理：,实验原理：,下图是用,Affmetrix,的,SNP 6.0,芯片做的全基因组拷贝数变异的,实验结果，相比于全基因组测序，其清晰程度差了较多,aCGH,采用的双杂交策略,SNP-array,利用待测样本与芯片探针进行单杂交,简介：,?,生物芯片是在全基因组之外，通量第二的,CNV,检测手段,?

3、,Illumina,、,Affymetrix,、,Agilent,三家公司都有成熟的全基因组,SNP/CNV,芯片供应,?,Affymetrix,的,CytoScan HD,有约,190,万,CNV,位点探针，这些探针较为均匀地分布在整个基因,?,Illumina,有中华芯片,?,Agilent,有,CGH,芯片,实验费用：,约,20005000,元一个样本,主要服务商：,北京生物芯片公司（博奥），,上海生物芯片公司（伯豪）,原理：,CNV-seq,天昊生物,适用：,?,适用于一次,5002000,个目标位点的检测，,CNV-seq,价格,较低,原理：,?,类似,Golden Gate,法,?

4、,将等量的待测样本,DNA,和正常对照,DNA,建库测序后，分,别与,reference sequence,进行对比。通过比较两个样,本每个滑窗内比对,reads,数目的多少来确定每个位点,的拷贝数。用延伸、连接、多重,PCR,的方法，把目,标区域扩增出来,?,高通量测序,?,生物信息分析，看目标片段的数量,主要服务公司：,CNV plex,法,天昊生物,适用：,?,适用于一次,48480,个目标位点的检测,原理：,?,类似,Golden Gate,法,?,用延伸、连接得两侧有四种统一序列的多个位点的模板片段,?,用带四种荧光的四种统一扩增引物多重,PCR,的方法，,把目标区域扩增出来,?,毛

5、细管电泳，分析峰的面积,主要服务公司：,AccuCopy,法,天昊生物,适用：,?,适用于一次,1216,个位点,?,合成特异引物和竞争模板,原理：,?,设计带荧光染料的,PCR,引物,?,多重,PCR,?,毛细管电泳分离,?,测峰面积,主要服务公司：,AccuCopy,法,原理：,?,取一定量的竞争,DNA,片段混合物,-,每个,片段与各自对应基因片段仅有微小差别,（通常为几个碱基长度差异）,?,与合适量的样本,DNA,混合,?,多重,PCR,产物经毛细管电泳后对不同基,因位点扩增产物以及同一位点的不同模,板（样本,DNA,与竞争,DNA,）扩增产物根,据其长度差异进行分离；,?,分析每个基

6、因片段的,S/I,值，利用参照基,因,S/I,值对目标基因,S/I,值进行校正后获取,目标基因的准确拷贝数。,质谱法,?,一次反应可以测几十个位点，平均到,每个点、每样本是约,2,元人民币,通过对目标位点的,PCR,产物进行单碱基延伸，再,跑质谱，检测目标片段的量和内参基因的片段,的量得出结果。右图是,Sequenom,测,SNP,的原理,图，测,CNV,也是同样原理,毅新兴业、邃志公司,简介,/,适用：,?,Sequenom,公司的,MassArray,质谱分析仪,实验费用：,约,20005000,元一个样本,主要服务商：,原理：,Taqman,法,右图是,Taqman,的原理图,Taqma

7、n,的原理视频,生工生物公司、英骏公司,简介,/,适用：,?,Taqman,是经典的,CNV,检测方法。,实验费用：,合成一个,Taqman,探针的费用约,1000,元人民币，可以做几百,个到上千个反应,主要服务商：,原理：,MLPA,方法,见视频,xx,原位杂交技术,FISH,法,01,全基因组测序,02,生物芯片,03,CNV-seq,04,CNV plex,法,一代测序仪,05,AccuCopy,法,一代测序仪，,与,qRT-PCR,和,MLPA,相比，具备,低成本、高效率、高准确性的优势。,06,质谱法,价格更低的,CNV-seq,可代替,07,Taqman,法,单个位点,08,MLP

8、A,方法,一代测序仪，且不能对染色体组进行全局分析,核型分析,xx,浆细胞染色体按照该生物的固有染色体,形态特征和规定进行配对、编号、分组,的分析过程。,谢谢欣赏,01,年度工作概述,请替换文字内容，点击添加相关标题文字,10%,20%,40%,60%,此部分内容作为文字排版占位显示（建议使用主题字体）,全基因组测序,2,万,/,个人,此部分内容作为文字排版占位显示（建议使用主题字体）,生物芯片,2,千,-5,千,/sample,此部分内容作为文字排版占位显示（建议使用主题字体）,标题文本预设,此部分内容作为文字排版占位显示（建议使用主题字体）,标题文本预设,费用,02,工作完成情况,请替换文

9、字内容，点击添加相关标题文字,标题文本预设,此部分内容作为文字排版占位显示,（建议使用主题字体）如需更改请在（设置形状格式）菜单,下（文本选项）中调整,标题,标题,标题,标题,标题,标题,此部分内容作为文字排版占位显示（建议使用主题字体）如需更改请在（设置形状格式）菜单下（文本选项）中调整此部,分内容作为文字排版占位显示（建议使用主题字体）如需更改请在（设置形状格式）菜单下（文本选项）中调整,标题文本预设,点击输入标题内容,点击更改您的文字内容以下内,容并没有什么实际意义,点击输入标题内容,标题文本预设,点击更改您的文字内容以下内,容并没有什么实际意义,标题文本预设,点击更改您的文字内容以下内

10、,容并没有什么实际意义,标题文本预设,点击更改您的文字内容以下内,容并没有什么实际意义,标题文本预设,点击输入标题内容,此部分内容作为文字排,版占位,（建议使用主题字体）,标题文本预设,此部分内容作为文字排,版占位,（建议使用主题字体）,此部分内容作为文字排,版占位,（建议使用主题字体）,此部分内容作为文字排,版占位,（建议使用主题字体）,标题文本预设,标题文本预设,标题文本预设,点击输入标题内容,请输入您的标题,1,2,此处添加详细文本描述，建议与标题相关并符合整,体语言风格，语言描述尽量简洁生动。尽量将每页,幻灯片的字数控制在,200,字以内，据统计每页幻灯,片的最好控制在,5,分钟之内。

11、,此处添加详细文本描述，建议与标题相关并,符合整体语言风格，语言描述尽量简洁生动。,尽量将每页幻灯片的字数控制在,200,字以内，,据统计每页幻灯片的最好控制在,5,分钟之内。,请输入您的标题,点击输入标题内容,50%,50%,50%,50%,50%,50%,此部分内容作为文字排版占位显示（建议使用主题字体）如需更改请在（设置形状格式）菜单下（文本选项）中调整此部,分内容作为文字排版占位显示（建议使用主题字体）如需更改请在（设置形状格式）菜单下（文本选项）中调整,标题文本预设,点击输入标题内容,点击更改您的文字内容以下内,容并没有什么实际意义,标题文本预设,点击更改您的文字内容以下内,容并没有

12、什么实际意义,标题文本预设,点击更改您的文字内容以下内,容并没有什么实际意义,标题文本预设,04,明年工作计划,请替换文字内容，点击添加相关标题文字,点击输入标题内容,0,2,0,3,Please replace text,click,add relevant headline,modify the text content,also can copy your content,to this directly.,Please replace text,click add,relevant headline,modify the,text content,also can copy,your

13、content to this directly.,0,1,Please replace text,click,add relevant headline,modify the text content,also can copy your content,to this directly.,文字内容,33,%,文字内容,33,%,文字内容,33,%,点击输入标题内容,点击更改您的文字内容以下内,容并没有什么实际意义,标题文本预设,点击更改您的文字内容以下内,容并没有什么实际意义,标题文本预设,点击更改您的文字内容以下内,容并没有什么实际意义,标题文本预设,点击更改您的文字内容以下内,容并没有什么实际意义,标题文本预设,点击输入标题内容,点击更改您的文字,内容以下内容并没,有什么实际意义,标题文本预设,点击更改您的文字,内容以下内容并没,有什么实际意义,标题文本预设,