植物基因工程课件.ppt
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1、植物基因工程,转基因植物(Transgene plant)是拥有来自其他物种基因的植物。该基因变化过程可以来自不同物种之间的杂交,但现在该名词更多的特指那些在实验室里通过重组DNA技术人工插入其他物种基因以创造出拥有新特性的植物。,第一节 植物基因的克隆与分离第二节 植物基因工程研究常用的基因第三节 植物基因转移的病毒载体第四节 植物基因转移的质粒载体第五节 植物基因转化方法第六节 转基因植物的检测鉴定,第一节 植物基因的克隆与分离,一、根据基因的功能分离目的基因,但在任何类型的细胞中,都仅有少数的基因表达成相应的蛋白质,而且其表达活性和种类还会随着发育阶段及环境因素的变化而变化。因而单从蛋白
2、质水平出发分离目的基因,显然是存在着相当的难度和一定的局限性。,一种比较有效的分离高等植物基因的策略,它涉及目的基因编码产物蛋白质的分离、纯化及突变体表型的互补克隆。,在纯化相应的编码蛋白后,构建cDNA文库或基因组文库,DNA文库中基因的筛选根据情况主要可用二种办法进行:,将纯化的蛋白质进行氨基酸测序,合成寡核苷酸探针从cDNA库或基因组文库中筛选编码基因;(2)将相应的编码蛋白制成相应抗体探针,从cDNA入载体表达库中筛选相应克隆。,从蛋白到DNA,二、根据mRNA特异分离目的基因,mRNA差别显示技术、cDNA代表性差示分析(RDA),2.mRNA差别显示的技术 1993年,由美国波斯顿
3、Dena-Farber癌症研究所工作的两位科学家P.Liang和A.D.Pardee建立。,1.mRNA差减杂交(subtractive hybridization)技术,又叫差减cDNA克隆 根据不同材料mRNA种类的差别分离目的基因。只适用于缺失突变体,在很大程度上受生物体核DNA复杂性的影响,而且又存在着实验周期长、重复性差、效率低等缺点。1992年,美国哈佛大学的F.M.Ausubel实验室,应用该法从拟南芥菜中克隆到了一个与植物茎杆高度相关的基因,这可能是已见报道的为数不多的典型例子之一。,3.cDNA代表性差示分析(representational difference analy
4、sis)技术,cDNA RDA,1994年 M.Huband和D.G.Scatz在N.Lisitsyn 等人的基础上,发展了一种用于克隆差别表达的基因的方法。此法保留了差减杂交和差别显示的精髓,并充分发挥了PCR反应以指数形式扩增双键模板而仅以线性形式扩增单链模板这一特性,并通过降低cDNA群体复杂性和多次更换cDNA两端接头等方法,特异地扩增目的基因片段。现已被广泛地应用于分离编码产与未知的发育基因。,Neurospheres(NS)are cultured by the usual methods.Sister cultures are differentiated for 24 hour
5、s and each are subjected to representational difference analysis(RDA)with two rounds of subtraction.The subtracted products are then cloned into plasmids,propagated in bacteria,and arrayed at high density onto a glass slide.The custom microarray is then screened with amplified complementary DNA deri
6、ved from a different set of neurosphere and differentiating cell(DC)cultures.The genes that are verified to be enriched in neurosphere cultures are then subjected to sequence analysis and further screening by in situ hybridization.Cy3 and Cy5 are green and red fluorescent dyes,respectively.bFGF,basi
7、c fibroblast growth factor;E17,embryonic day 17;P0,day of birth;P1 ctx,postnatal day 1 cortex.,三、根据DNA的插入作用分离目的基因,当一段特定的DNA序列,插入到植物基因组中目的基因的内部或其邻近位点时,便会诱发该基因发生突变,并最终导致表型变化,形成突变体植株。如果此段DNA插人序列是已知的,那么它便可用来作为DNA杂交的分子探针,从突变体植株的基因组DNA文库中筛选到突变的基因。而后再利用此突变基因作探针,就能从野生型植株的基因组DNA文库中克隆出野生型的目的基因。由于插入的DNA序列相当于人为
8、地给目的基因加上一段已知的序列标签,因此DNA插入突变分离基因的技术,又叫做DNA标签法(DNA-tagging)。,DNA标签法克隆植物组织中的基因是较为常用的一种方法,T-DNA(T-DNA tagging)和转座子(transposon tagging)均可作为基因标签。,转座的结果是使被转入的基因失活,从而有效地诱导产生表型突变株。然后构建一个对应于突变株的基因库,用作标签的转座子作为探针从基因库中筛选相对应的克隆,分离得到相对应于变异的基因,这就是转座子标签克隆基因。,异源转位子标签法(hetrologous transposon tagging)利用已经在分子水平上研究得比较清楚的
9、外源转位子,分离异源基因的技术,同源转位子标签法(homologous transposon tagging):用内源转位子分离同源寄主基因的技术,1.转座子标签法(Transposon tagging),(1)采取农杆菌介导等适当的转化方法把转座子导入目标生物体;(2)转座子在目标生物体内的初步定位;(3)转座子插入突变的鉴定及分离;(4)转座子在目标生物体内的活动性能检测;(5)对转座子插入引起的突变体,利用转座子序列作探针,分离克隆目的基因。,转座子标签法的主要步骤:,(2)其次,转位子转位插入突变的频率比较低,而且在植物基因组中还常常存在着过多拷贝的转位子序列。因此,应用转位子标签法分
10、离植物基因,不仅实验周期长,工作量大,同时还需花费大量的人力和财力。,转位子标签法的局限性:,(1)首先,转位子标签法只适用于存在着内源活性转位子的植物种类。而在自然界中这样的植物并不多。,(3)再者,如果转位子的转位插入作用引起了致死突变,或是对于由多基因控制的某种性状,转位插入造成的单基因突变就不足以使植株产生出明显的表型变异,就难以分离到我们所期望的目的基因的。,Transposon tagging,expression and sequence of the ra1 gene,a,DNA gel blot showing co-segregation of ra1-m2 and Spm
11、.Lanes 15,Spm probe;lanes 610,same blot probed with DNA flanking the Spm transposon that co-segregated with ra1-m2.Phenotypes and genotypes of lanes:1 and 6,normal homozygous progenitor ra1+;lanes 2 and 7,mutant homozygous ra1-R;lanes 3,4,8 and 9,somatic mosaic of mutant and normal heterozygous ra1-
12、R/ra1-m2;lanes 5 and 10,normal,heterozygous ra1-R/ra1-m2rev4(a stable,normal allele derived from ra1-m2).The 5.5-kb fragment(arrowheads)contains both Spm and ra1.The 7.8-kb progenitor ra1+fragment is restored by Spm excision,either in variable stoichiometries when excision occurs somatically(lanes 8
13、 and 9)or entirely when it occurs germinally(lane 10).The 14-kb fragment(lanes 710)derives from ra1-R.b,RNA gel blot.Lane 1,vegetative shoot apices;lanes 26,equally staged immature tassels.c,Single letter amino-acid code translation of the ra1 open reading frame.Solid line indicates the zinc-finger,
14、dotted line highlights the EAR domain.Changes in mutant alleles are shown above the sequence,adjacent to the allele designation:insertion locations indicated by carets;ra1-RS alternative methionine codon indicated with an arrow;amino acid changes shown.d,Multiple amino acid sequence alignment of the
15、 zinc-finger and EAR domains of RA1 from maize(RA1maize),sorghum(S_bicolor_2)and Miscanthus(M_sinensis),and of EPFs from maize,rice(AAAA.)and Arabidopsis(gi.).Absolutely conserved residues highlighted in red,highly conserved residues in yellow.,转座子标签法不但可以通过上述转座突变分离基因,而且当转座子作为外源基因通过农杆菌介导等方法导入植物时,还会由于
16、T-DNA(transferred DNA)整合到染色体中引起插入突变,并进而分离基因,因此大大提高了分离基因的效率。,Systems for insertional mutagenesis in Arabidopsis,萘乙酰胺(Naphthalene acetamide,NAM),IAAH:吲哚乙酰胺水解酶基因(对萘乙酰胺NAM 敏感);NPTII:新霉素磷酸转移酶基因(对卡那霉素敏感),2.T-DNA标签法,花椰菜花叶病毒(CaMV)35S多聚增强子,在根瘤土壤杆菌(Agrobacterium tumefactyns)中,存在着一种决定植物产生冠瘿病的Ti质粒。这种质粒的T-DNA能够发
17、生高频的转移。当根瘤土壤杆菌感染了寄主植物细胞之后,T-DNA通过其两端的25bp的同向重复序列,完全整合到植物的核基因组上。根据目前的实验结果,一般认为T-DNA在植物核基因组中的插入位置是随机的。在T-DNA标签法中,可通过在T-DNA序列中插入一个报告基因或是一个增强子,以有利于对转化的原生质体或是培养的细胞进行筛选。,T-DNA,Reverse genetics:Top,gene structure of FASCIATA 1 with exons in blue and introns in yellow.Red denotes a bacterial T-DNA that has
18、inserted into the gene.Bottom,mutants lacking the wild-type FAS1 gene have altered development.,第二节 植物基因工程研究常用的基因,一、选择标记(selectable marker genes),如何选择和筛选转化体同样是一个重要问题。克隆的外源目的基因,对于植物受体细胞的转化频率往往是相当低的。在数量庞大的受体细胞群体中,通常只有为数不多的一小部分获得了外源的DNA,而其中目的基因已被整合到核基因组并实现表达的转化细胞,则更加稀少。为了有效地选择出这些真正的转化子,就有必要使用特异性的选择标记基因
19、(标记基因)。科学家一直试图把转化体带上一个标记,从而便于选择和筛选。至今己建立了许多标记基因,并已插入各种转化载体中,作为一种标记基因。,植物细胞转化实验中,应选择何种选择标记基因:1)其代谢产物不干扰寄主细胞的正常的新陈代谢活动;2)为转化细胞提供抵抗选择剂抑制作用的能力;3)选择培养基中所用的抗代谢物对转化细胞再生植株的生长,不应有明显的影响。,主要是一类编码可使抗菌素(诸如新霉素、潮霉素、链霉素以及庆大霉素等)或除草剂失活的蛋白酶的基因。,植物基因工程研究常用的标记基因,1.新霉素磷酸转移酶基因,2.Bar基因,例:,卡那霉素是由卡那霉素链霉菌(Streptomyces hanamyc
20、eticu)产生的一种氨基糖苷类抗菌素,新霉素是弗氏链霉菌(Streptompce fradiae)产生的另一种氨基糖苷类抗菌素。这种抗菌素抗菌作用的机理是,通过与30S核糖体亚基的结合作用,而抑制蛋白质的合成。将neo基因转移到真核细胞中表达,同样能够使卡那霉素、新霉素以及G418失活。因此,获得了neo基因的转基因寄主植物细胞便具备了抵抗这些抗菌素作用的能力。该基因已被广泛地用作植物细胞转化的选择标记基因。不过有许多单子叶植物培养细胞,天然具有抵抗高水平卡那霉素的能力,因此在选用neo作选择标记基因时,这一点是要认真汲取的。,1.新霉素磷酸转移酶基因(NeomycinPhosphotran
21、sferase,NPT-),卡那霉素抗性(Kanr)基因即新霉素磷酸转移酶基因(NPT),亦可称为氨基糖苷磷酸转移酶基因(aph 2),它来自大肠杆菌(E.coli)的aphA2 基因。是目前在植物基因转化中应用最广泛的选择标记基因。它编码的产物氨基糖苷磷酸转移酶(APH(3)酶)能对氨基糖苷类抗生素卡那霉素具有抗性。此酶最早是从细菌转座子Tn5 中分离得到的,它的作用原理是:NPT 基因产物通过酶促磷酸化使氨基糖苷类抗生素失效,从而解除毒性。因为卡那霉素能干扰一般植物细胞叶绿体及线粒体的蛋白质合成,引起植物绿色器官的黄化,最终导致植物细胞的死亡。而转基因植物由于含有卡那霉素抗性(NPT)基因
22、而抑制了卡那霉素的作用,所以通过卡那霉素,转化体就很容易从非转化体中筛选出来。,从吸水链霉菌(Streptomyces hygroscopicus)中克隆的bar基因,是一种十分有用的、尤其是对于禾谷类粮食作物特别有效的选择标记基因。它编码的膦丝菌素乙酸转移酶,通过乙酸化作用会使膦丝菌素失去毒性。表达bar基因的植物转化细胞,在经受致死剂量的膦丝菌素处理之后,仍能正常生长或是以接近正常的速率生长,而敏感的非转化植株则迅速停止生长,并在1021天内死亡。这个选择标记基因,已成功地应用于水稻、玉米、小麦、高粱以及大麦、燕麦、黑麦等多种禾谷类粮食作物的转基因研究。当然,在使用除草剂抗性基因bar作为
23、选择标记基因时。要特别小心,以避免产生抗除草剂的转基因杂草。,2.Bar基因,A:Transgenic rice(Bar Gene)B:None-transgenic RiceTransgenic herbicide-resistant(抗除草剂)rice,These DNA cassettes were inserted into plasmid pJR1 with the bar gene under the control of the 35S promoter for selection of transformants on bialophos.EiStua1 and EiRtua1
24、,sensitive and resistant-tubulin genes;Zmtub1,-tubullin gene;nos,nopaline synthase gene;term,terminus.,二、报告基因(reporter gene),1.概念:一种编码可被检测的蛋白质或酶的基因,也就是说,是一个其表达产物非常容易被鉴定的基因。把它的编码序列和基因表达调节序列相融合形成嵌合基因,或与其它目的基因相融合,在调控序列控制下进行表达,从而利用它的表达产物来标定目的基因的表达调控,筛选得到转化体。一种理想的报告基因,最基本的要求是在转化的寄主细胞中应不存在相应的内源等位基因的活性,其表达
25、产物不仅不会损害寄主细胞,而且还应具有快速、灵敏、定量和可重复的检测特性。,2.报告基因的应用:启动子的检测、反式作用因子的检测、相关蛋白质的分离、基因工程细胞系的构建。,3.常用的报告基因,报告基因实质上起到了判断目的基因是否表达的标记基因的作用,故报告基因有时也可叫做选择标记基因(selectable marker gene)。目前研究工作者已经从大量的基因中挑选出了若干种有用的报告基因。,在植物基因工程研究领域,已使用的报告基因有以下几种:胭脂碱合成酶基因(nos)、章鱼碱合成酶基因(ocs)、新霉素磷酸转移酶基因(npt)、氯霉素乙酰转移酶基因(cat)、庆大霉素转移酶基因、葡萄糖苷酶
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