常见引物序列及相关数据.doc

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1、常见引物序列及相关数据所属类别名称序列53长度/bpMWTm/CRDP匹配情况非特异细菌8FAGAGTTTGATCATGGCTCAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGAGAGTTTGATCMTGGCTCAG202020612557.821114/690149112729/706103147961/83681427F27FMAGTTTGATCATGGCTCAGAGTTTGATCCTGGCTCAGAGTTTGATCMTGGCTCAG181818548555.0227693/690149139957/836814167795/83681450FAACACATGCAAGTCGAACGACACAT

2、GCAAGTCGAACGAACACATGCAAGTCGAACACACATGCAAGTCGAAC19181817125623/690149148982/70610325951/690149145627/690149338FACTCCTACGGGAGGCAGC18482403/706103341FCCTACGGGAGGCAGCAG17523954561521/836814357FCTCCTACGGGAGGCAGCAG19481725/706103517FGCCAGCAGCCGCGGTAA17520054499021/706103CAGCAGCCGCGGTAATAC18460959/706103AC

3、TCCTACGGGAGGCAGCAG20480068/706103968FAACGCGAAGAACCTTAC17227055/7061031055FATGGCTGTCGTCAGCT16198160/706103341RCTGCTGCCTCCCGTAGG17516454561521/836814513RCGCGGCTGCTGGCACGTA18245632/706103517RTTACCGCGGCTGCTGGC1754585412/836814518RATTACCGCGGCTGCTGG17545228/836814519RGTATTACCGCGGCTGCTG1853541216/836814907

4、RCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCCGTCAATTCATTTGAGTTTCCGTCAATTCMTTTGAGTTTCCGTCAATTCCTTTAAGTTTCCGTCAATTCATTTAAGTTTCCGTCAATTCMTTTRAGTTT20202019306382/ 70610356371/7061032707/690149116/690149TGAATTGACGGGGGCCCG1066RACATTTCACAACACGAGCTG2021273/706103 -Proteobacteria特异性1330RTAGCGATTCCGACTTCA1789082/7061031385RCGGTGTG

5、TACAAGACCC1746267/7061031392RACGGGCGGTGTGTAC15463256.3196284/6901491401RCGGTGTGTACAAGACCC1746267/7061031492RACGGATACCTTGTTACGACTTGTTACCTTGTTACGACTTGCTACCTTGTTACGACTTGHTACCTTGTTACGACTT1818543550.530582/70610352362/7061031495RCTACGGCTACCTTGTTACGA20604557.810129/6901491513RTACGGTTACCTTGTTACGACTTCGGTTAC

6、CTTGTTACGACTTTACGGTTACCTTGTTACGACGGTTACCTTGTTACGACGGTTACCTTGTTACGACGGTTACCTTGTTACGACTGTTACCTTGTTACGACTTTTACCTTGTTACGACTTGTTACCTTGTTACGACT22201818181818171710033/69014913181/70610310268/70610312207/70610313266/70610329502/70610330582/70610334392/70610330687/7061031521RAAGGAGGTGATCCAGCC17522557.013792

7、/706103放线菌Act243FGGATGAGCCCGCGGCCTA188519/706103-115341FCCTACGGGAGGCAGCAG1751252/66797357FCTCCTACGGGAGGCAGCAG1941992/54945- 439732Act513RCCGCGGCTGCTGGCACGTA1939303/54945-206008Act704RTCTGCGCATTTCACCGCTAC2023525/54945-5812古菌A21FTTCCGGTTGATCCTGCCGGA202899/34593-1A21F-2CCGGTTGATCCTGCCGGA184227/34593-1A

8、21F-3CGGTTGATCCTGCCGGA174316/34593-1A25FCTGGTTGATCCTGCCAG17976/34593-0A109FACCGCTCAGTAACACGTACTGCTCAGTAACACGTACTGCTCAGTAACACGCTGCTCAGTAACACGTCTGCTCAGTAACACG1717161615446/338904192/338904371/338904227/338904406/33890A112FGCTCAGTAACACGTGG169898/34593 -6A333FTCCAGGCCCTACGGGG169024/34593-1A533FTGCCAGCCG

9、CCGCGGTAA1815551/34593-2176A856FTAAAAGGAATTGGCGGGGGA2034/34593-0A934RGTGCTCCCCCGCCAATTCCTGTGCTCCCCCGCCAATTCCTGCTCCCCCGCCAATTCCTGCTCCCCCGCCAATTCCTGTGCTCCCCCGCCAATTC201919181817658/34593-1517758/34593-1519404/34593-1519591/34593-1917815/34593-15A1354RTGACGGGCGGTGTGTGCAAG202709/34593-21793真菌NS1FGTAGTCA

10、TATGCTTGTCTC (1938)CCAGTAGTCATATGCTTGTC (1736)1920478973/279,8628048？ATCAATGTCTTCGGACTCTT (222241)？CTGCCTTCCTTGGATGTGGT (407426)NS2RGGCTGCTGGCACCAGACTTG (反向，与NS3 互补)205834765/279,862NS3FCAAGTCTGGTGCCAGCAGCC (554573)20582656NS4RCTTCCGTCAATTCCTTTAAG (反向，与NS5互补)2048NS5FCTTAAAGGAATTGACGGAAG (11311150)20

11、48NS6RGCATCACAGACCTGTTATTGCCTC (反向，与NS7互补)CAGACCTGTTATTGCCTC24185748NS7FGAGGCAATAACAGGTCTGATAACAGGTCTGTGATGCGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGC (14121436)18182448465717364NS8RTCCGCAGGTTCACCTACGGA (17691788)GCAGGTTCACCTACGGA201756494324EF4FGGAAGGGRTGTATTTATTAGGGAAGGGATGTATTTATTAGGGAAGGGGTGTATTTATTAG202020265630

12、36fung5RGTAAAAGTCCTGGTTCC173257EF3RTCCTCTAAATGACCAAGTTTG21fungATTCCCCGTTACCCGTTG18FF1AACTTAAAGGAATTGACGGAAG22FR1GCATCACAGACCTGTTATTGCCTC24ITS1FTCCGTAGGTGAACCTGCGG19ITS4RTCCTCCGCTTATTGATATGC20GC clampCGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGTCCCGCCGCCCCCGCCCGCGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGGCCCGCCGCCCCCGCCCCCGCCCGCCGCGCGCGGCGGGC

13、GGGGCGGGGGCACGGGGGG404040MuzyerMW=A碱基数312C碱基数288G碱基数328T碱基数30361。RAG，YCT，MAC，KGT，SCG，WAT，HACT，BCGT，VACG，DA / G / T，N=ACG / T。古菌域包括嗜泉古菌界（Crenarchaeota）、广域古菌界（Euryarchaeota）和初生古菌界（Korarchaeota）；细菌域包括细菌、放线菌、蓝细菌和各种除古菌以外的其它原核生物；真核生物域包括真菌、原生生物、动物和植物。Nuclear Primers - 18S rRNANamePrimer SequenceTmNS1GTAGTC

14、ATATGCTTGTCTC49CNS1GAGACAAGCATATGACTACTG55NS2GGCTGCTGGCACCAGACTTGC65GCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCNS3GCAAGTCTGGTGCCAGCAGCC65NS4CTTCCGTCAATTCCTTTAAG62NS5AACTTAAAGGAATTGACGGAAG55NS6GCATCACAGACCTGTTATTGCCTC72NS7GAGGCAATAACAGGTCTGTGATGC72NS8TCCGCAGGTTCACCTACGGA59TW9TAAGCCATGCATGTCTTW10GCGGTAATTCCAGCTCCTW11GGAGTG

15、GAGCCTGCGGCTTW12AAGTCGTAACAAGGTTT53CTW12AAACCTTGTTACGACTT53NS17CATGTCTAAGTTTAAGCAA55NS18CTCATTCCAATTACAAGACC60NS19CCGGAGAAGGAGCCTGAGAAAC74NS20CGTCCCTATTAATCATTACG61NS21GAATAATAGAATAGGACG50NS22AATTAAGCAGACAAATCACT57NS23GACTCAACACGGGAAACTC64NS24AAACCTTGTTACGACTTTTA58NS25GTGGTAATTCTAGAGCTAATACTCNS25ATG

16、TATTAGCTCTAGAATTACCACNS26CTGCCCTATCAACTTTCGACNS26TCGAAAGTTGATAGGGCAGNS1.5RTCTAGAGCTAATACATGC(T/C)G52NS2.8RGGCCCTCAAATCTAAGGATT53CNS2.8RAATTTGCGCGCCTGCTGCAA57NS3.2RCGTATATTAAAATTGTTGAC45CNS3.3RGACTACGAGCTTTTTAACGT51CNS3.5RTTTCGCAGTAGTTTGTCTTA49NS3.6RCAAACTACTGCGAAAGCATC53CNS3.6RAATGAAGTCATCCTTGGCAG53

17、 Forward PrimerForward MatchesReverse PrimerReverse MatchesBoth Matches27FAGTTTGATCATGGCTCAG18772519RGTATTACCGCGGCTGCTG1261651387650FACACATGCAAGTCGAACG112962519RGTATTACCGCGGCTGCTG1786968348550F+1AACACATGCAAGTCGAACG98064519RGTATTACCGCGGCTGCTG17056871556341FCCTACGGGAGGCAGCAG148260907RCCGTCAATTCCTTTGAGTT122091114093