基因诊断治疗课件.ppt
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1、1,基因诊断和基因治疗(Gene diagnosis and Gene Therapy),2,基因诊断,3,概述,几乎所有的疾病均在一定程度上与基因有某种联系,基因的改变,或是疾病发生的原因,或是疾病发生的结果,或是疾病发生时的伴随现象,而这些现象的出现是有规律的。因此,可以通过检测基因的改变来反映疾病的发生和发展,疗效和预后。,4,基因诊断主要内容一、基因诊断概念二、基因诊断常用技术三、基因诊断策略四、基因诊断在临床的应用 1.在遗传性疾病诊断中的应用 2.在传染性疾病诊断中的应用 3.在肿瘤诊断中的应用 4.在法医学上的应用五、基因诊断存在的问题和发展前景,5,基因诊断的出现:1976年加
2、州大学华裔科学家 Kan YW用核酸分子杂交首次对一例珠蛋白生成障碍性贫血进行诊断。,6,狭义:在基因(DNA或RNA)水平,用PCR、核酸杂交、基因重组、基因芯片等各种分子生物学技术检测特定基因存在与否、结构变异和表达状态的过程,对疾病作出诊断。,基因诊断的概念,7,核酸分子杂交技术PCR及其衍生技术限制性酶谱分析限制性片段长度多态性分析寡核苷酸探针杂交DNA芯片技术DNA测序技术,二、基因诊断中常用的几种技术,8,(一)核酸分子杂交技术,(1)方法:以已知顺序核酸片段作为探针,经放射性或非放射性物质标记后,再与未知的目的核酸片段进行杂交反应,分离已杂交和未杂交的标记核酸链,通过标记信号的检
3、测就可以对未知的目的核酸链进行定性、定量分析.,9,(2)几种不同形式的核酸分子杂交 a.Southern印迹(southern blot)杂交:用于DNA的检测,可用于基因的限制性内切酶谱分析,基因突变分析等 b.Northern印迹(Northern blot)杂交:用于RNA的检测,能对组织细胞中的总RNA 或mRNA进行定性和定量分析 c.斑点杂交(dot blot):既可以检测DNA也可以检测RNA,用于特定基因及其表达的定性和定量分析方法简单、灵敏;但特异性低 d.原位杂交(in situ hybridization):是细胞学技术与核酸杂交技术结合的一种核酸分析检测技术可分为DN
4、A原位杂交和RNA原位杂交,用于检测染色体中特定的基因位置,用于染色体疾病的诊断 分类:玻片原位杂交:如中期的染色体和组织切片.膜上原位杂交:将菌落或噬菌斑影印在尼龙膜(如硝酸纤维膜),10,原位杂交的镜像图,11,(二)PCR技术在基因诊断中的应用,()等位基因特异性寡聚核苷酸(allele specific oligonnucleotide,ASO)探针斑点杂交:PCR-ASO该方法是诊断已知点的突变:需分别合成野生型和突变型探针在基因诊断时,只需用PCR扩增受检者目的DNA片段,再分别与上述探针杂交杂交的结果有如下几种情况:PCR扩增产物与正常探针杂交,不与突变探针杂交不存在这种突变;只
5、与突变探针杂交-突变基因为纯合子;与正常探针和突变探针都可杂交-突变基因为杂合子;与正常探针和突变探针都不能杂交-突变基因不属于已发现的类型,12,ASO探针杂交检测已知点突变,受检者基因组DNA或含突变位点的PCR扩增产物与标记的ASO 探针杂交,ASO1,ASO2,Normal,Hetero,Homo,13,()PCR-单链构象多态性(PCR single strand conformation ploymorphism,PCR-SSCP)分析,是一种基于单链DNA构象差别来检测点突变的方法DNA变性形成单链,在中性条件下长度相同的单链DNA,如果碱基组成和(或)排列顺序不同,形成的构象就
6、不同,这样就形成了单链构象多态性.这些分子在非变性PAGE电泳中表现出不同的迁移率.SSCP特别适于分析小于400bp 的 PCR产物。据认为SSCP可以区分1bp的差异PCR-SSCP分析不能确定基因变异的内容,因此电泳后结果有差异后还需进行测序分析,确定变异性质,14,PCR-SSCP分析原理示意,15,(3)PCR-限制性片段长度多态性(PCR restriction fragment length polymorphisms,PCR-RFLP)分析,基因突变导致的基因碱基组成或(和)顺序发生改变,会在基因结构中产生新的限制性内切酶位点或使原有的位点消失.用限制酶对不同个体基因组进行消化
7、时,其电泳条带的数目和大小就会产生改变,根据这些改变可以判断出突变是否存在.,16,限制性片段长度多态性 RFLPs(restriction fragment length polymorphisms),1987年,H.Donis-Keller等人以RFLP为遗传标记绘制了第一张人类遗传图谱,17,(4)PCR-变性梯度凝胶电泳分析技术,双链DNA在一定浓度变性剂(尿素,甲酰胺)作用下,会变性而解链,导致DNA分子电泳迁移率变化.当在不同梯度浓度变性胶中电泳时,DNA泳动到变性剂浓度能使DNA发生变性,DNA开始解链,从而不同的DNA片段会形成不同的迁移率条带优点:可靠,检出单碱基突变率可达缺
8、点:富含高熔点GC区时,则难以检测出突变,18,变性梯度凝胶电泳图,19,荧光定量PCR(FQ-PCR)技术 是一种目前国内外应用较为广泛的定量PCR技术,是通过始点定量和荧光检测系统实时监测累计荧光强度而实现,具有灵敏度高,特异性强等优点.FQ-PCR技术的两种定量形式:绝对定量:一般采用外标准品定量的制备来实现绝对定量.如合成目的基因;将PCR产物直接梯度稀释;或将PCR产物克隆到载体上,抽取质粒,经过测量浓度和拷贝数可准确定量.优点:稳定,准确.相对定量:指在测定目的基因的同时测定一内源性管家基因(如-actin,rRNA等),该管家基因主要是用于核苷酸的拷贝数的比较,反映反应体系内是否
9、存在PCR扩增的影响因素.,(6)定量PCR(quantiative PCR,Q-PCR),20,(7)DNA序列测序,1.1977年Sanger创建的链终止反应序列测序法 用放射性同位素标记引物,用双脱氧核苷酸随机终止DNA链的延伸,产生长度不同的DNA片段,再用聚丙烯酰胺凝胶电泳分离这些片段,放射自显影读出结果。,21,22,2.自动测序法 采用四色荧光标记代替了放射性同位素标记。DNA 测序测定是基因突变检测的最直接,最准确的方法,它不仅可确定突变的部位,还可确定突变的性质,23,(8)DNA芯片技术,DNA芯片(DNA chip)又称为基因芯片,DNA微阵列(DNA microarra
10、y)该技术的基础仍然是利用核酸分子杂交原理:首先将一系列预先设计好的核酸探针(oligos or cDNA)有序地,高密度地排列在玻璃,硅片或尼龙膜等固体支持物上,制成DNA微阵列。用荧光标记待测样品(DNA,cDNA,RNA)与位于芯片上的核酸探针杂交后,通过激光共聚焦荧光扫描系统检测杂交信号强度,再用特定的软件对荧光信号进行综合分析,就能获得待测样品的大量基因序列信息或表达信息。,24,基因芯片技术,25,基因芯片按照用途分为:表达芯片,诊断芯片,指纹图谱芯片,测序芯片,毒理芯片等。该技术可用于新基因鉴定,突变检测,表达监控和遗传制图等。,26,基因表达的分析,27,三、遗传病的基因诊断,
11、一.遗传病基因诊断的策略1.直接策略:采用基因突变的诊断方法,直 接检测致病基因。该策略的前提是基因已被克隆.2.间接策略:即通过检测与致病基因连锁 的遗传标记进行基因诊断.,28,二、人类基因组上的DNA遗传标记,限制性片段长度多态性(RFLPs)1985 短串联重复序列(short tendem repeats,STRs,mini-satellites)1990s 单核苷酸多态性(single-nucleotide polymor-phisms SNPs),29,短串联重复序列STRs(short tendem repeats,Microsatellites),STR广泛存在于人基因组,占
12、约5%,基本单位是1bp-8bp的串联重复,重复次数 n=15-60,已知8000多个主要形式为:(CA)n,(GA)n,(AA)n,(GG)n,(CAA)n,(CGG)n,其中以(CA)n,(GT)n 为多见。1992年,Welssenbanch等以STR为标记的第二代连锁图取代了RFLP连锁图。,30,主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。与RFLP与STR不同,它是直接以序列的变异作为标记,而不是以片段的长度差异作为标记.人类基因组图谱的初步分析表明,共有3万至3.5万个基因。有300多万个单核苷酸多态性,SNP在人类基因组中广泛存在,平均每5001000个碱
13、基对中就有1个,3-4个相邻的标记构成的单倍型(haplotype)就可有8-16种。1996年,Lander报道了用单核苷酸多态性标记制备第三代遗传连锁图的遗传标记。,单核苷酸多态性(single nucleotid polymorphism,SNP),31,SNP用作遗传标记具有以下优点:,SNP在人群中是二等位基因性的,在任何人群中其等位基因频率都可估计出来。它在基因组中的分布较微卫星标记广泛得多。与串联重复的微卫星位点(STR)相比,SNP是高度稳定的.尤其是处于编码区的SNP(cSNP),而前者的高突变率容易引起对人群的遗传分析出现困难。部分位于基因内部的SNP可能会直接影响产物蛋白
14、质的结构或基因表达水平,因此,它们本身可能就是疾病遗传机制的候选改变位点。易于进行自动化分析,缩短了研究时间.,32,四、基因诊断技术在临床的应用,32,33,血红蛋白病的基因诊断,分为异常血红蛋白病和地中海贫血,前者是由于珠蛋白的基因突变;后者是由于珠蛋白合成速率降低,a链和b链合成不平衡。(一)异常血红蛋白病的基因诊断:如镰状红细胞贫血病:链第六位氨基酸:GAA(谷)GUA(缬)代替.对该病的基因诊断应采用:1)PCR-限制酶切,即用PCR从患者基因组扩增含突变位点的珠蛋白基因片段,再选适当的内切酶消化PCR产物,根据电泳图谱上片段数量和大小做出判断 2)Southern 印迹杂交分析,3
15、4,HbA、HbS和HbC的密码子及蛋白质区别,珠蛋白基因的第6位密码子有三种形式:正常红细胞的基因A、镰状红细胞的基因S和另一种相对常见的血红蛋白C的基因C。,35,设计一对引物进行PCR扩增,扩增序列中必须包括第5、6、7密码子,扩增后用Mst限制性内切酶对扩增产物进行水解,通过对水解片段的电泳分析或进行Southern杂交分析可以做出正确的诊断。限制性内切酶Mst识别序列为CCTNAGG,N可以是任意核苷酸。因此珠蛋白基因的第5、6密码子和第7密码子的第一个核苷酸序列是该内切酶的识别位点。但是在发生镰状突变后该酶切位点消失。,36,Mst酶切位点(GCTNAGG),5,3,正常基因,突变
16、基因,1.15kb,1.35kb,镰状红细胞贫血患者基因组的限制性酶切分析,37,0.2kb,1.15kb,1.35kb,正常人,突变携带着,患者,酶切产物电泳分析,38,酶切产物Southern印迹杂交分析,用寡核苷酸探针和PCR产物进行杂交检测点突变被检靶片段经PCR扩增、酶切,并经电泳分离后转移到膜上,与经标记寡核苷酸探针杂交 探针为珠蛋白基因5端的基因片断,39,图示珠蛋白基因纯合子A(AA)、纯合子S(SS)和杂合子AS个体的DNA杂交结果,40,PCR产物仅与完全互补的探针进行杂交含突变序列的产物仅与突变探针杂交PCR产物分别与经标记的野生型和突变型靶基因序列的寡核苷酸探针杂交,根
17、据有无杂交信号判断被检扩增片段中是否带有突变点,41,b-珠蛋白基因点突变 GAG(Glu)-GTG(Val)bA probe ACTCCTGAGGAGAAGTCTGCC bS probe ACTCCTGTGGAGAAGTCTGCC,Hetero,bA probe,bS probe,Homo,Normal,42,(二)地贫的基因诊断:1.定性分析:PCR法直接扩增1和2,基因的3端有差别,针对此可设计引物进行PCR,如有缺失,则不能扩增出产物。2.定量分析:地贫的共同特点是珠蛋白mRNA的量减少,因此可用RT-PCR定量分析mRNA的量以助诊断。,43,重型地贫:胎儿水肿综合征 早产死胎或出生
18、前后死亡 可导致严重产科并发症 无理想治疗方法,44,基因不同程度的缺失引起不同类型的地贫,基因缺失14个。正常Gene组用BamHI切割,可得到14kb的片段,而缺失一个 Gene时可得到10kb片段。,BamHI,BamHI,2,1,2,10 kb,14 kb,probe,地贫的Gene诊断,45,以Gene为探针,Southern blot 方法检测,/-/-/-/-正常 缺1 缺2 缺3 缺4,14kb,10kb,46,(三)-地贫的基因诊断 1.DNA检测与分析:PCR-ASO 探针法为主要方法:根据-珠蛋白主要突变位点,设计2对引物,扩增可能发生突变的2个片段,再分别与相应野生型探
19、针和突变探针进行斑点杂交。PCR-RFLP连锁分析法:检测与-珠蛋白基因连锁的遗传标记进行基因诊断,如-珠蛋白5端有一限制内切酶HgiAI的多态性位点,在中国人群的频率为0.5 DNA芯片技术 2.RNA检测与分析:RT-PCR定量分析mRNA的量以助诊断,47,杜氏肌营养不良症的基因诊断(Duchenne muscular dystrophy,DMD),DMD:是性连锁隐性遗传病,是由抗肌萎缩蛋白(dystrophin)基因突变(突变或缺失)。其突出特点为横纹肌进行性萎缩,引起无力和挛缩。DMD患儿在5岁前发病,20岁左右由于心力衰竭和呼吸衰竭而死亡,发病率在男性活婴中约1/3500。,48
20、,DMD是一种严重致死性疾病(XR),临床症状表现肌肉进行性萎缩和乏力。BMD临床症状与DMD相似,但症状较轻。Gene 定位Xp21,Gene 2300kb,79 个Exon,cDNA全长13974bp 编码3685 Aa,分子量427kD。DMD/BMD 70%左右为缺失型,基因很大,缺失可能发生在不同的部位。应用多重PCR扩增检测,判断缺失状态。,49,杜氏和贝氏肌营养不良症的基因诊断,多重PCR检测患者缺失凝胶电泳图(9对引物)P1 除外显子1 外其余均缺失;P2 外显子819 有小的缺失;P3 外显子44-50 缺失;P4 外显子4552 有小的缺失;B1 空白对照;C1、C2 正常
21、对照。,50,临床表现为腰痛,蛋白尿,血尿,高血压,肾盂性肾炎,肾结石。最终导致肾功能衰竭和尿毒症。APKDGene定位16p13,但致病基因尚未克隆,基因产物的生化性质和疾病发病机理也尚未阐明,但已证实APKD Gene与珠蛋白基因3端附近的一段小卫星DNA序列(3HVR)紧密连锁,因此,可以通过RFLP连锁分析进行诊断。,成年型多囊肾病的基因诊断APKD,AD,51,以3HVR为probe与PvuII酶切后的家系有关成员的Gene组DNA杂交Southern Blot杂交 Gene组DNA probe(3HVR)PvuII酶切 DNA片段 杂交 结果,52,结 果,1 2 1 2 3 4
22、5 57kb 34kb 23kb,53,结果分析,患者(I1、II1和II2)有3.4kb片段,说明致病基因与3.4kb片段连锁,并按孟德尔方式遗传.II5不含3.4kb片段,产前诊断正常.,54,甲型血友病的基因诊断,血友病是一种遗传性凝血功能障碍的出血性疾病,由于正常凝血过程中血浆凝血的活力有缺陷所致。患者常因出血不止或继发病而夭折,治疗主要靠替代疗法,输入缺乏的血浆因子。重型血友病甲和乙的男性发病率为1/50001/50000。为甲型血友病和乙型血友病。,55,已知甲型血友病XR,获得家系成员基因组DNA。PCR 142 bp BcLI 142bp+99 bp+43bp 电泳 结果分析?
23、,p1,p2,142bp,99bp,43bp,Bcl I,Bcl I-,Bcl I+,56,问:1:2、1诊断;2:1是男或是女发病?,142bp,99bp,1 2,1,2,3,III,1,57,结果分析,1)先症者II2具有99bp片段而发病,该片段来自母亲。2)II2有142bp/99bp杂合子。142bp来自父亲,为正常片段,99bp片段是来自母亲而成为携带者。3)1为99bp片段 如果是男性为患者(99bp片段来自母亲);女性为携带者(来自父母双方)。,58,肿瘤的基因诊断,肿瘤的发生涉及多个基因、多种因素、发生过程呈多阶段性、发生的分子机制十分复杂,因此对不同的肿瘤要采用不同的基因诊
24、断策略.,59,一.通过检测肿瘤染色体易位及融合基因诊断肿瘤淋巴造血系统肿瘤:染色体易位及基因融合是较普遍的现象.如:淋巴瘤和淋巴结反应性增生.它是由于T细胞受体(TCR)基因和IgH基因重排,使原来相隔数百个碱基的IgH和TCR基因的V区和J区靠近在一起.用PCR扩增该区域片段,通过长度分析就能判断是否发生了基因重排.,60,二.通过检测癌基因和抑癌基因诊断肿瘤,癌基因的激活及抑癌基因的失活与肿瘤的发生密切相关.大多人类肿瘤组织或细胞中都能检测到癌基因和(或)抑癌基因的突变1.癌基因-ras与肿瘤:ras是肿瘤中最常被激活的癌基因.激活的分子机制主要是点突变,高发区是第12、13和61位密码
25、子.如90%的胰腺癌,50%的结直肠癌和1/3的肺腺癌都在是K-ras基因第12位密码子突变.ras癌基因点突变检测方法:a.PCR-ASO法:检测速度快,灵敏度高,检测样品量大等优点;但点突变的检出仅限于寡核苷酸探针的探测位点和突变类型。b.PCR-SSCP法:根据PCR扩增的目标DNA片段在非变性凝胶电泳中迁移率,将突变基因检测出来。该法检测点突变更方便;缺点:不能检测出突变的具体位点和具体类型。,61,2.P53基因与肿瘤:p53基因是最常被失活的抑癌基因,失活的分子机制主要是基因突变,也有因为基因表达异常而使p53失活,约50%以上的恶性肿瘤有p53基因突变。突变类型:130290密码
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