蛋白质的空间结构课件.ppt
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1、蛋白质分子的高级结构,蛋白质分子的高级结构,蛋白质分子中的结构层次一级结构二级结构超二级结构结构域三级结构亚基 四级结构,蛋白质分子中的结构层次,定义蛋白质的一级结构指多肽链中氨基酸的排列顺序。,一、蛋白质的一级(共价)结构,主要的化学键肽键,有些蛋白质还包括二硫键。,定义一、蛋白质的一级(共价)结构主要的化学键,N末端,C末端,牛核糖核酸酶,N末端C末端牛核糖核酸酶,一级结构是蛋白质空间构象和特异生物学功能的基础。,一级结构是蛋白质空间构象和特异生物学功能的基础。,胰岛素的一级结构,蛋白质的根本差异在于一级结构的不同,胰岛素的一级结构 蛋白质的根本差异在于一级结构的不同,多肽链中氨基酸序列分
2、析一级结构测定,准备工作:样品纯度97%以上;测定蛋白质的相对分子质量(允许误差10%左右)测定肽的数目;测定氨基酸组成,多肽链中氨基酸序列分析准备工作:,多肽链中氨基酸序列分析,分析已纯化蛋白质的氨基酸残基组成(纯度97%以上),测定多肽链的氨基末端与羧基末端为何种氨基酸残基,把肽链水解成片段,分别进行分析,测定各肽段的氨基酸排列顺序,一般采用Edman降解法,一般需用数种水解法,并分析出各肽段中的氨基酸顺序,然后经过组合排列对比,最终得出完整肽链中氨基酸顺序结果。,多肽链中氨基酸序列分析 分析已纯化蛋白质的氨基酸残基组成,胰蛋白酶:水解赖氨酸和精氨酸的羧基形成的肽键;糜蛋白酶(胰凝乳蛋白酶
3、):水解芳香族氨基酸【苯丙氨酸(Phe)、酪氨酸(Tyr)、色氨酸(Trp)】等氨基酸残基的羧基形成的肽键。胃蛋白酶:专一性较差,主要水解Glu、Asp或其他氨基酸的侧链。,胰蛋白酶:水解赖氨酸和精氨酸的羧基形成的肽键;,则其氨基酸排列顺序为:Thr-Asn-Val-Lys-Ala-Trp-Gly-lys,如测一个九肽,测得N端氨基酸残基为Thr,又分别测得片段:Ala-Ala-Trp-Gly-Lys Val-Lys-Ala-Ala-TrpThr-Asn-Val-Lys,则其氨基酸排列顺序为:如测一个九肽测得N端氨基酸残基为Thr,例1:某五肽先经酸水解再经碱水解,得到摩尔数相等的五种氨基酸(
4、Ala、Cys、Lys、Phe和Ser)混合物,用Edman分析法进行N端分析,获得PHT-Ser;经胰蛋白酶水解可得到一种N端为Cys的三肽和另一种N端为Ser的二肽;用胰糜蛋白酶水解上述三肽,得到Ala和另一个二肽。问该五肽的氨基酸顺序怎样?,解答:1、是一个N端为Ser的五肽;2、胰蛋白酶的水解部位是Lys或Arg的羧基端肽键,因为得到一种N端为Ser的二肽,因此第二位为Lys;3、经胰蛋白酶水解可得到一种N端为Cys的三肽,所以第三位为Cys;4、因为胰糜蛋白酶只水解芳香族氨基酸的羧基端肽键,水解上述三肽,得到Ala和另一个二肽,所以三肽为:Cys-Phe-Ala5、整个五肽的顺序为S
5、er-Lys-Cys-Phe-Ala。,例1:某五肽先经酸水解再经碱水解,得到摩尔数相等的五种氨基酸,例2:当一种4肽与FDNB反应后,用5.7mol/L HCl水解得到DNP-Val及3种其他氨基酸;当这4肽用胰蛋白酶水解时发现有两种碎片段,其中一片用LiBH4还原后再进行酸水解,水解液内有氨基乙醇和一种在有浓硫酸条件下能与已醛酸反应产生紫(红)色产物的氨基酸.试问这4肽的一级结构是由哪几种氨基酸。(LiBH4还原羧酸成为醇类,可使C-末端AA还原为相应的氨基醇。),1、分析:FDNB即2,4-二硝基氟苯,在弱碱性溶液中可与肽链N-末端的氨基酸生成黄色的二硝基苯氨基酸(DNP-AA)。盐酸水
6、解可以打开所有的肽链,使蛋白质或者多肽变为游离的氨基酸。LiBH4还原羧酸成为醇类,可使C-末端AA还原为相应的氨基醇。胰蛋白酶可专一性水解由碱性氨基酸(lys,Arg)羧基端形成的肽键。,例2:当一种4肽与FDNB反应后,用5.7mol/L HC,解题:(1)四肽与FDNB反应后,用5.7mol/LHCl水解得到DNP-Val,证明N端为Val;(2)LiBH4还原后再水解,水解液中有氨基乙醇,Gly是氨基乙酸,证明肽的C端为Gly;(3)水解液中有在浓H2SO4条件下能与乙醛酸反应产生紫红色产物的氨基酸,说明此氨基酸为Trp;(4)根据胰蛋白酶的专一性,得知此肽键-COOH末端是Lys或者
7、Arg;根据以上结果可知道四肽的顺序:ValLysTrpGly或者ValArgTrpGly。,解题:,二、蛋白质的二级结构,主要的化学键:氢键、盐键、疏水键、范德华力,二、蛋白质的二级结构蛋白质分子中某一段肽链的局部空间结构,即,(一)酰胺平面,参与形成肽键的4个原子(C、O、N、H)和与之相连的2个-碳原子(C1、C2)共处于同一平面上,形成酰胺平面,或称肽键平面,肽平面,肽单元。C1和C2在平面上所处的位置为反式(trans)构型。,(一)酰胺平面参与形成肽键的4个原子(C、O、N、H)和与之,它是蛋白质构象的基本结构单位,它是蛋白质构象的基本结构单位,(二)蛋白质二级结构的主要形式,-螺
8、旋(-helix)-折叠(-pleated sheet)-转角(-turn)无规卷曲(random coil),(二)蛋白质二级结构的主要形式-螺旋(-hel,1、-螺旋,结构要点:从N端为起点,多肽链主链围绕中心轴形成右手螺旋,侧链伸向螺旋外侧。,1、-螺旋结构要点:,多个肽键平面通过-碳原子旋转,相互之间紧密盘曲成稳固的右手螺旋。每个肽键的亚氨氢和第四个肽键的羰基氧形成的氢键保持螺旋稳定(氢键是稳定螺旋的主要键),氢键与螺旋长轴基本平行。主链呈螺旋上升,每个氨基酸残基沿轴上升0.15nm,沿轴旋转1000,每3.6个氨基酸残基上升一圈,相当于上升高度(螺距)0.54nm,螺旋的直径约为0.
9、5nm。,螺旋的结构特点,多个肽键平面通过-碳原子旋转,相互之间紧密盘曲成稳固的右手,例题:一个螺旋片段含有180个氨基酸残基,该片段中有多少圈螺旋?计算该-螺旋片段的轴长。解答:180/3.6=50圈,500.54=27nm,该片段中含有50圈螺旋,其轴长为27nm。,例题:一个含有78个氨基酸残基的螺旋的轴长是多少?此多肽的螺旋完全伸展时多长?解答:780.15=11.7nm 螺旋每圈螺旋占3.6个氨基酸残基,故该螺旋圈数为:783.6圈;螺旋的直径约为0.5nm,故每圈轴长为0.5nm。完全伸展的螺旋长度约为:0.5(783.6)34.01nm,例题:一个螺旋片段含有180个氨基酸残基,
10、该片段中有多少圈,蛋白质的空间结构,多肽链充分伸展,相邻肽单元之间折叠成锯齿状结构,侧链位于锯齿结构的上下方。,2、-折叠,多肽链充分伸展,相邻肽单元之间折叠成锯齿状结构,侧链位于锯齿,-折叠,-折叠结构的肽链几乎是完全伸展的,两段以上的-折叠结构平行排列,两链间可顺向平行,也可反向平行,反平行结构更为稳定。两链间的肽键之间形成氢键,以稳固-折叠结构。氢键与螺旋长轴垂直。,-折叠-折叠结构的肽链几乎是完全伸展的,两段以上的-,反平行,反平行,平行,平行,3、-转角,蛋白质多肽链经常出现180的回折,这种肽链回折处的称为-转角(-tern)或-bend,或称发夹结构(hairpin struct
11、ure)。,3、-转角蛋白质多肽链经常出现180的回折,这种肽链回折,一般由四个连续的氨基酸残基组成,第一个氨基酸残基与第四个形成氢键。,一般由四个连续的氨基酸残基组成,第一,4、环,环多存在于球状蛋白质分子中,形状像“”,称为环(loop)。由6-16个氨基酸残基组成,4、环环多存在于球状蛋白质分子中,形状像“”,称为环,5、无规卷曲(自由回转),是用来阐述没有确定规律性的那部分肽链结构。,酶的功能部位常位于这种构象区域,5、无规卷曲(自由回转)是用来阐述没有确定规律性的那部分肽链,氨基酸残基的侧链对二级结构形成的影响,蛋白质二级结构是以一级结构为基础的。一段肽链的氨基酸残基的侧链适合形成-
12、螺旋或-折叠时,它就会出现相应的二级结构。,氨基酸残基的侧链对二级结构形成的影响蛋白质二级结构是以一级结,1、超二级结构(Supersecondary structure),在蛋白质分子中,由若干相邻的二级结构单元组合在一起,彼此相互作用,形成有规则的、在空间上能辨认的二级结构组合体。几种类型的超二级结构:,(三)二、三级过渡态 蛋白质的超二级结构和结构域,1、超二级结构(Supersecondary structu,2、结构域,多肽链在超二级结构基础上进一步绕曲折叠成较为紧密的近似球状或纤维状、具有部分生物功能的结构,称为结构域(domain)大分子蛋白质的三级结构常可分割成一个或数个球状或
13、纤维状的区域,折叠得较为紧密,各行使其功能,称为结构域(domain)。,2、结构域 多肽链在超二级结构基础上进一步绕曲折叠成较为紧密,纤连蛋白分子的结构域,丙糖磷酸异构酶,纤连蛋白分子的结构域 丙糖磷酸异构酶,三、蛋白质的三级结构,(一)定义:整条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置,即肽链中所有原子在三维空间的排布位置。由一个或多个结构域组装而成的结构。,三、蛋白质的三级结构(二)主要的化学键(一)定义:整条肽链,蛋白质的空间结构,肌红蛋白(Mb),肌红蛋白(Mb)N 端 C端,亚基之间的结合力主要是氢键和离子键。,四、蛋白质的四级结构,蛋白质分子中各亚基的空间排布、亚基间通过非共价键聚合而
14、成的特定构象,称为蛋白质的四级结构。,由多条多肽链组成的蛋白质,肽链间相互以非共价键联结成一个活性单位,这种肽链就称为该蛋白质的亚基。,亚基之间的结合力主要是氢键和离子键。四、蛋白质的四级结构蛋白,血红蛋白(Hb)的四级结构,血红蛋白(Hb)的四级结构,从一级结构到四级结构,血红蛋白,从一级结构到四级结构血红蛋白,蛋白质的一级结构是它的氨基酸序列,维系蛋白质分子的一级结构的键:肽键、二硫键,蛋白质的二级结构是由氢键导致的肽链卷曲与折叠,Primarystructure,Secondarystructure,蛋白质的一级结构是它的氨基酸序列,维系蛋白质分子的一级结构的,蛋白质的三级结构是多肽链自
15、然形成的三维结构,蛋白质的四级结构是亚基的空间排列,Polypeptide(single subunitof transthyretin),Transthyretin,with fouridentical polypeptide subunits,Tertiarystructure,Quaternarystructure,蛋白质的三级结构是多肽链自然形成的三维结构蛋白质的四级结构是,维系蛋白质分子空间结构:疏水键 氢键 范德华力 盐键(离子键),蛋白质的空间结构,蛋白质结构与功能的关系The Relation of Structure and Function of Protein,第 三 节
16、,蛋白质结构与功能的关系第 三 节,(一)一级结构是空间构象的基础,一、蛋白质一级结构与功能的关系,(一)一级结构是空间构象的基础 一、蛋白质一级结构与功,天然状态,有催化活性,尿素、-巯基乙醇,去除尿素、-巯基乙醇,非折叠状态,无活性,天然状态,有催化活性 尿素、去除尿素、非折叠,(二)一级结构与功能的关系,例:镰刀形红细胞贫血,(二)一级结构与功能的关系例:镰刀形红细胞贫血N-val,这种由蛋白质分子一级结构的氨基酸排列顺序发生变异所导致的疾病,称为“分子病”。,正常红细胞,镰刀形细胞,这种由蛋白质分子一级结构的氨基酸排列顺序发生变异所导致的,(一)肌红蛋白与血红蛋白的结构,二、蛋白质空间
17、结构与功能的关系,目 录,(一)肌红蛋白与血红蛋白的结构 二、蛋白质空间结构与功,(二)血红蛋白的构象变化与结合氧,Hb与Mb一样能可逆地与O2结合,Hb与O2结合后称为氧合Hb。氧合Hb占总Hb的百分数(称百分饱和度)随O2浓度变化而改变。,(二)血红蛋白的构象变化与结合氧 Hb与Mb一样能可逆,肌红蛋白(Mb)和血红蛋白(Hb)的氧解离曲线,肌红蛋白(Mb)和血红蛋白(Hb)的氧解离曲线,*协同效应(cooperativity),一个寡聚体蛋白质的一个亚基与其配体结合后,能影响此寡聚体中另一个亚基与配体结合能力的现象,称为协同效应。如果是促进作用则称为正协同效应(positive coop
18、erativity)如果是抑制作用则称为负协同效应(negative cooperativity),*协同效应(cooperativity)一个寡聚体蛋,蛋白质的空间结构,O2,血红素与氧结合后,铁原子半径变小,就能进入卟啉环的小孔中,继而引起肽链位置的变动。,O2血红素与氧结合后,铁原子半径变小,就能进入卟啉环的小孔中,变(别)构效应(allosteric effect),某些蛋白质表现其生物学功能时,构象发生改变,从而改变了整个分子的性质,这种现象称为别构效应。,变(别)构效应(allosteric effect)某些蛋白,(R)relaxed state,(T)tense state,血
19、液中O2的运输(Hb R/T态的互换),静脉,动脉,环境氧浓度高时Hb 快速吸收氧分子,环境氧浓度低时Hb 迅速释放氧气,任何一个亚基接受O2后,会增加其他亚基吸收O2的能力,释放氧气后Hb 变回 T state,(R)(T)血液中O2的运输(Hb R/T态的互换)L,(三)蛋白质构象改变与疾病,蛋白质构象疾病:若蛋白质的折叠发生错误,尽管其一级结构不变,但蛋白质的构象发生改变,仍可影响其功能,严重时可导致疾病发生。,(三)蛋白质构象改变与疾病 蛋白质构象疾病:若蛋白质的折,蛋白质构象改变导致疾病的机理:有些蛋白质错误折叠后相互聚集,常形成抗蛋白水解酶的淀粉样纤维沉淀,产生毒性而致病,表现为蛋
20、白质淀粉样纤维沉淀的病理改变。,这类疾病包括:人纹状体脊髓变性病、老年痴呆症、亨停顿舞蹈病、疯牛病等。,蛋白质构象改变导致疾病的机理:有些蛋白质错误折叠后相互聚集,,疯牛病中的蛋白质构象改变疯牛病是由朊病毒蛋白(prion protein,PrP)引起的一组人和动物神经退行性病变。正常的PrP富含-螺旋,称为PrPc。PrPc在某种未知蛋白质的作用下可转变成全为-折叠的PrPsc,从而致病。,疯牛病中的蛋白质构象改变PrPcPrPsc正常疯牛病,第四节,蛋白质的理化性质与分离纯化The Physical and Chemical Characters and Separation and Pu
21、rification of Protein,第四节蛋白质的理化性质与分离纯化,蛋白质的两性离解和电泳现象蛋白质的胶体性质蛋白质的沉淀作用蛋白质的变性蛋白质的紫外吸收,一、蛋白质的理化性质,蛋白质的两性离解和电泳现象一、蛋白质的理化性质,1、蛋白质的两性解离和电泳现象,蛋白质分子与多肽、氨基酸一样,除两端的氨基和羧基可解离外,氨基酸残基侧链中某些基团,在一定的溶液pH条件下都可解离成带负电荷或正电荷的基团。,蛋白质的两性解离性质使其成为人体及动物体中的重要缓冲剂,调节体液正常pH。,蛋白质,1、蛋白质的两性解离和电泳现象蛋白质分子与多肽、氨基酸一样,,蛋白质的等电点(isoelectric po
22、int,pI)当蛋白质溶液处于某一pH时,蛋白质解离成正、负离子的趋势相等,即成为兼性离子,净电荷为零,此时溶液的pH称为蛋白质的等电点。在等电点时,蛋白质较稳定,其溶解度、导电性、黏度、渗透压等皆最小(制备或沉淀蛋白质),在电场中不移动(分离蛋白质)。,蛋白质的等电点(isoelectric point,pI,在不同的pH环境下,蛋白质的电化学性质不同。在等电点偏酸性溶液中,蛋白质粒子带负电荷,在电场中向正极移动;在等电点偏碱性溶液中,蛋白质粒子带正电荷,在电场中向负极移动。,利用蛋白质两性电离的性质,可通过电泳、离子交换层析、等电聚焦等技术分离蛋白质。,在不同的pH环境下,蛋白质的电化学性
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