第4章基因工程的主要技术及其原理课件.ppt
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1、第4章基因工程的主要技术及其原理,2023/1/11,第4章基因工程的主要技术及其原理,第4章基因工程的主要技术及其原理2022/9/24第4章基因,提取和纯化DNA,首先需破碎或溶解细胞,用高盐(1mol/L NaCl)将DNP抽提出来,再把蛋白质、多糖、RNA及无机离子除去。,(1).细胞裂解和DNA的溶解;一般采用机械破碎或酶解细胞释放DNA,严防细胞中各种酶对DNA的 破坏:1)利用液氮在超低温下研磨,使酶失活;2)快速加入缓冲液并迅速混匀,保护DNA。,DNA提取的步骤:,EDTA:螯合DNA酶的辅助因子Mg2+和Ca2+,降低DNA酶活性;SDS:变性并降解蛋白质,降低DNA酶活性
2、;抗氧化剂:PVP,-巯基乙醇,抗坏血酸、半胱氨酸,DTT降低酚类氧化 对DNA的干扰 PVP:有效去除酚类和多糖物质。,第4章基因工程的主要技术及其原理,提取和纯化DNA,首先需破碎或溶解细胞,用高盐,(2).与核酸结合的蛋白质及RNA等杂质的去除;,主要利用DNA与蛋白、多糖性质不同,加入离子变性剂、去污剂使其变性解聚;,CTAB:十六烷基三甲基溴化铵,可溶解细胞膜,在高盐溶液中(0.7mol/L NaCl)与DNA结合形成复合物并呈溶解状态,但当浓度降低到一定程度(0.3mol/L NaCl)时,DNA即从溶液中沉淀,通过离心可将DNA-CTAB复合物与多糖与 蛋白质分开。,SDS:十二
3、烷基硫酸钠,可使蛋白质变性,核蛋白解聚,使DNA游离出来,再根据DNA和蛋白质在有机溶剂中溶解度差异,用苯酚-氯仿抽提蛋白。,苯酚-氯仿:对蛋白质具有极强的变性作用,而对DNA无影响。,RNA杂质:用不含DNA酶的RNA酶去除。,第4章基因工程的主要技术及其原理,(2).与核酸结合的蛋白质及RNA等杂质的去除;主要利用D,(3).DNA的沉淀与纯化,溶解在上清液中的DNA加入2倍体积的无水乙醇使其沉淀。在多糖、蛋白含量高时用1倍的异丙醇沉淀效果较好。,(二)DNA提取的几种方法,根据细胞破碎后,分离DNA与蛋白质所采用的技术策略和试剂不同,可分以下几种方法:,1.浓盐法原理:根据RNP和DNA
4、在电解溶液中溶解度不同,将二者分离。,方法1:用1mol/L NaCl抽提,得到的DNP液中加入含辛醇的氯仿,离心,DNA位于 上层水相,回收水相,用2倍体积的95%乙醇或无水乙醇将DNA沉淀出来。,方法2:用0.15mol/L NaCl反复洗涤细胞裂解液除去RNP,再用1mol/L NaCl抽提DNP,然后用氯仿-异戊醇除去蛋白。,第4章基因工程的主要技术及其原理,(3).DNA的沉淀与纯化溶解在上清液中的DNA加入2倍体,以稀盐溶液提取DNA,可加入适量SDS使蛋白质变性解聚,使DNA解离;使用SSC溶液(5mol/L NaCl、0.015mol/L柠檬酸钠)抑制DNase降解DNA,2.
5、SDS法原理:SDS使细胞膜裂解,使蛋白质变性,将蛋白质和多糖等杂质与DNA分开,加入乙酸钾可使SDS-蛋白复合物转变成溶解度更小的钾盐,使沉淀更加完全。,3.CTAB法原理:在细胞裂解液中,加入CTAB分离缓冲液,将DNA溶解出来。再经氯仿-异戊醇 抽提除蛋白,即可得到含DNA水相,经乙醇或异丙醇沉淀即得到DNA。,第4章基因工程的主要技术及其原理,以稀盐溶液提取DNA,可加入适量SDS使蛋白质变性解聚,使D,4.苯酚抽提法原理:苯酚作为蛋白变性剂,同时可抑制DNA酶的降解作用,用苯酚处理细胞匀浆液,蛋白分子溶于酚相,DNA溶于水相,离心分层取水相,多次重复,合并水相,用乙醇沉淀,即得到DN
6、A。,5.水抽提法原理:利用核酸溶于水的性质,用低盐除去RNA,将沉淀溶于水中,使DNA充分溶解,离心后收集上清液,加入固体NaCl调至2.6mol/L,加入2倍体积的95%乙醇,然后,分别用66%,80%,95%乙醇及丙酮清洗DNA,经干燥后即得DNA样品。,第4章基因工程的主要技术及其原理,4.苯酚抽提法5.水抽提法第4章基因工程的主要技术及其原,在强碱环境中,大分子量的核DNA变性,而共价闭环质粒DNA仍为自然状态。将pH调至中性并在高盐环境中,核DNA之间交联形成不溶性网状结构,但质粒DNA仍然呈可溶状态。,碱裂解法提质粒DNA的原理:,(三)质粒的提取,第4章基因工程的主要技术及其原
7、理,在强碱环境中,大分子量的核DNA变性,而共价闭环质粒DNA仍,二 RNA提取的基本原理与方法,(一)总RNA提取的基本原理与方法,1.总RNA提取的原理,真核生物RNA分子主要存在于细胞核与细胞质中。总RNA:rRNA,tRNA,mRNA。其中mRNA仅占总RNA的1-5%,分子大小不等,由几百乃至数万核苷酸组成。,能否成功提取RNA,关键在于能否完全抑制或除去RNA酶的破坏作用,获取完整的全长RNA分子。,RNA酶有一条多肽链组成,不需要任何辅助因子,存在十分广泛并十分稳定,非常耐热,在较宽的pH范围内有活性,及其顽固。,第4章基因工程的主要技术及其原理,二 RNA提取的基本原理与方法(
8、一)总RNA提取的基本原理与,1)所有玻璃器皿应置于180烘箱烘烤4小时以上;凡是不能烘烤的材料如塑料制品需用01%的DEPC(二乙基焦碳酸盐)溶液处理,然后121 高压消毒40分钟;2)全部过程需戴手套、口罩操作,并经常更换手套;3)RNA电泳漕需用去污剂洗涤,用水冲洗干净后,用乙醇干燥,浸泡于3%的H2O2水溶液中,室温10分钟后,再用0.1%DEPC水彻底冲洗。,提取RNA的实验必须采取以下措施:,第4章基因工程的主要技术及其原理,1)所有玻璃器皿应置于180烘箱烘烤4小时以上;凡是不能烘,1)细胞的有效破碎,尤其是植物细胞带有细胞壁,研磨要彻底;2)使核蛋白复合体充分变性、解离,使核酸
9、释放到溶液中;变性剂有异硫氰酸胍、N-十二烷基肌氨酸钠等;3)有效地抑制内源及外源RNase活性;4)将RNA与DNA、蛋白质和多糖分开。策略一是先提总核酸,再用氯化锂将RNA沉淀出来;策略二是直接在酸性条件下用酚-氯仿抽提,低pH的酚将使RNA进入水相,而蛋白质和DNA留在有机相中,水相中的RNA可用异丙醇沉淀出来。,提取RNA的方法一般包括4个关键点:,第4章基因工程的主要技术及其原理,1)细胞的有效破碎,尤其是植物细胞带有细胞壁,研磨要彻底;提,2.总RNA提取的方法,(1)酚-异硫氰酸胍提取法。Trizol试剂是最广泛的抽提总RNA的试剂,即根据酚-异硫氰酸胍提取法设计。,提取步骤:在
10、液氮中研磨样品,使细胞破碎 加入Trizol试剂,溶解细胞成分 加入氯仿抽提蛋白,离心分离水相和有机相 收集含RNA的水相 异丙醇沉淀可获得RNA样品。,(2)离心分离法。过柱纯化,将含RNA的细胞破碎液加在含硅胶膜的柱子上,通过柱子时,RNA被硅胶膜吸附,与其他杂质分开,然后在低盐溶液或水中将RNA洗脱下列。,第4章基因工程的主要技术及其原理,2.总RNA提取的方法(1)酚-异硫氰酸胍提取法。提取步,(二)mRNA的提取,真核生物mRNA的提取途径有两条:其一:抽提细胞总RNA,经蛋白酶K除蛋白,在利用寡聚脱氧胸腺嘧啶核苷酸纤 维 素柱层析,把mRNA与tRNA、rRNA分开。真核生物mRN
11、A的3末端带有一串长约200个腺苷酸的polyA序列,其他RNA 没有这样的结构,从而可用polyT将mRNA结合将其分离。,基因表达具有时空特异性,分离与目的基因时空表达相对应的mRNA是实验成 功的关键。,其二:先提多聚核糖体,再将蛋白质与mRNA分开,利用抗原抗体反应,将微量 特异的mRNA提取出来。,第4章基因工程的主要技术及其原理,(二)mRNA的提取真核生物mRNA的提取途径有两条:,二 DNA或RNA浓度、纯度和相对分子质量的测定,常用的方法有紫外分光光度计和琼脂糖凝胶电泳法。,(一)紫外分光光度计法测定DNA、RNA的浓度和纯度,DNA或RNA链上碱基的苯环结构在紫外区具有较强
12、吸收,吸收峰在260nm处。1个OD260相当于50ug/mL的双链DNA;1个OD260相当于40ug/mL的单链RNA;,蛋白质的最大吸收峰在280nm处,多糖的最大吸收峰在230nm处。,对于DNA,OD260/OD2801.8,大于1.9表明有RNA污染,小于1.6表明 有蛋白质、苯酚等的污染。对于RNA,OD260/OD280=1.82.0之间,小于1.7表明有蛋白质和苯酚污染,大于2.0表明有异硫氰酸胍残留。,第4章基因工程的主要技术及其原理,二 DNA或RNA浓度、纯度和相对分子质量的测定,(二)琼脂糖凝胶电泳鉴定,采用琼脂糖凝胶电泳可以粗略鉴定DNA和RNA的含量和纯度。,EB
13、(溴化乙锭):DNA的染色剂。该物质能嵌入核酸分子,并具有在紫外光下 发荧光的特性。,利用EB染色的DNA样品的亮度可粗略定量,而通过条带的清晰度判断是否降解如果DNA有降解,则在电泳图谱上表现出明显的拖尾。,一般用常规的琼脂糖凝胶电泳检测总RNA的质量。,第4章基因工程的主要技术及其原理,(二)琼脂糖凝胶电泳鉴定采用琼脂糖凝胶电泳可以粗略鉴定DNA,第二节 凝胶电泳,DNA的等电点偏酸,当处于电泳条件(pH=8)时,DNA链上带有负电荷,在电场力的作用下会向正极泳动,由于DNA链上负电荷的增加伴随着DNA分子质量的增加而增加。所以,实际上DNA分子的荷质比始终是一常数,电泳中分离DNA靠的是
14、分子的大小与构型的不同。,一 琼脂糖凝胶电泳,(一)琼脂糖凝胶,琼脂糖凝胶电泳是以琼脂糖为支持介质,在适当条件下对带电生物大分子进行分离。琼脂糖是从琼脂中提纯出来的,是D-半乳糖和脱水3,6-L-半乳糖连接而成的一种线性分子,具有亲水性,不带电,不引起DNA变性,不吸附分离物质的特点。,第4章基因工程的主要技术及其原理,第二节 凝胶电泳 DNA的等电点偏酸,当处于电泳,凝胶的分辨能力与凝胶的类型和浓度有关。,不同类型琼脂糖分离DNA片段大小范围,第4章基因工程的主要技术及其原理,凝胶的分辨能力与凝胶的类型和浓度有关。不同类型琼脂糖分离DN,(二)凝胶电泳的影响因素,1、DNA的分子大小。线状双
15、链DNA分子在一定浓度琼脂糖凝胶中的迁移速率与DNA分子量对数成反比,分子越大则所受阻力越大,也越难于在凝胶孔隙中蠕行,因而迁移得越慢。,2、DNA的分子构型。相同分子量的线状、开环和超螺旋DNA在琼脂糖凝胶中移动速度是不一样的,超螺旋DNA移动最快,而开环DNA分子移动最慢。,3、凝胶浓度。一个给定大小的线状DNA分子,其迁移速度在不同浓度的琼脂糖凝胶中各不相同。DNA电泳迁移率的对数与凝胶浓度成线性关系。凝胶浓度的选择取决于DNA分子的大小。,第4章基因工程的主要技术及其原理,(二)凝胶电泳的影响因素1、DNA的分子大小。2、DNA,4、电场强度。电压一般不超过5v/cm,电压高,电泳快,
16、但分辨率低。电压低,电泳慢,但分辨率高。,5、溴化乙锭。荧光染料溴化乙啶用于检测琼脂糖凝胶中的DNA,染料会嵌入到堆积的碱基对之间并拉长线状和带缺口的环状DNA,使其刚性更强,还会使线状DNA迁移率降低15。,6、电泳缓冲液。电泳缓冲液的组成及其离子强度影响DNA的电泳迁移率。在没有离子存在时(如误用蒸馏水配制凝胶),电导率最小,DNA几乎不移动,在高离子强度的缓冲液中(如误加10电泳缓冲液),则电导很高并明显产热,严重时会引起凝胶熔化或DNA变性。,第4章基因工程的主要技术及其原理,4、电场强度。5、溴化乙锭。6、电泳缓冲液。第4章基因,二 琼脂糖变性胶电泳,RNA为单链分子,链内碱基容易配
17、对形成二级结构。不同的RNA分子空间结构不同,在未变性条件下,其相对分子量与电泳一定距离没有严格的相关性。,常用的RNA变性胶有两种:其一为含有乙二醛-二甲基亚砜(DMSO)的凝胶;其二为含甲醛的凝胶。,水平电泳,第4章基因工程的主要技术及其原理,二 琼脂糖变性胶电泳 RNA为单链分子,链内碱基容易配对,三 聚丙烯酰胺凝胶电泳,垂直电泳,聚丙烯酰胺凝胶,既具有分子筛效应,又具有静电效应,分辨率高于琼脂糖凝胶,可达一个核苷酸。同时又可用于蛋白质的分离。,聚丙烯酰胺凝胶是由丙烯酰胺单体和甲叉双丙烯酰胺聚合而成,需要自由基催化完成。常用的催化方法有化学聚合和光聚合:化学聚合需加入催化剂过硫酸铵(AP
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