生物化学第十一章核酸的生物合成ppt课件.ppt
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1、第三篇 遗传信息的传递,第十一章 核酸的生物合成,1、生物遗传信息的中心法则(复制、转录和翻译等)。2、DNA复制有关的酶以及各自作用,DNA的复制的特点以及复制的过程,掌握3、DNA的损伤与修复。4、RNA的生物合成(RNA聚合酶的组成、种类与性质)。5、RNA的转录后加工。(尤其是各种RNA的加工)。6、RNA指导下的RNA和DNA的生物合成(尤其是逆转录)。7、比较DNA与RNA生物合成的相同点和不同点。,要求掌握:,1、基因DNA大分子上的各个功能片段,有 复制、转录等功能。2、分子生物学中心法则及其补充。,DNA,RNA,蛋白质,转 录,翻 译,复 制,反 转 录,RNA,翻 译,蛋
2、白质,复 制,3、基因表达通过转录和翻译、用基因的遗传信 息在细胞内合成有功能意义的各种蛋白质。由于中心法则的建立,人们对核酸、蛋白质的研究 更深入了,不仅研究它们的结构、功能、相互作用以 及它们之间一套复杂、精确的调控机制、调控基因的 表达与不表达;而且在体外可对DNA进行改造,使遗 传性状改变或有目的地使基因表达产生蛋白质等基因 工程的应用。现今,人们把研究蛋白质、核酸等生物 大分子的结构、功能以及它们之间相互作用的科学划 分为又一门新的学科,即分子生物学。,随着分子生物学的进一步研究,将来对中心法则可能还会作出进一步补充。如RNA在中心法则中只是参与遗传信息的表达,但在补充法则却作为遗传
3、物质;最近发现某些RNA分子具有酶活性。最近,有学者提出:RNA不单是沟通“DNA蛋白质”之间的桥梁。RNA可能是功能比DNA更广泛的信息分子、可能是生命起源过程中最早出现的生物大分子。,本篇依中心法则将介绍复制、转录、翻译。同时介绍基因调控和基因工程这两个在生命科学中处于理论和应用的最前沿课程。,一、DNA复制方式1、DNA复制模式半保留复制(1)复制以亲代DNA为模板,以四种dNTP 为原料,按碱基配对原则(A=T,GC)合成子代DNA的过程。(2)DNA复制的特点之一:半保留复制,第一节 DNA的生物合成,半保留复制DNA复制时,亲代DNA的两条链都作为模板,各自指导合成互补链,形成两个
4、与亲代DNA完全一样的子代分子,在每个子代DNA分子中均保留了一条亲代DNA链,DNA这种复制方式被称为半保留复制。,2、半不连续复制,(1)冈崎片段和半不连续复制 由于DNA双链走向相反,而复制方向 为53,模板方向一定为35,故必有一股新链其模板解链方向与复制方向一致,可以连续合成,称为前导链;而另一股链其复制方向与解链方向相反,不能连续合成,称为滞后链(或后随链)。不连续合成的后随链的一个个片段称为冈崎片段。后随链的复制是由引物酶分段生成RNA引物,然后在各段引物的基础上分段延长的。,原核生物总是从一个固定的起始点开始,在两条模板上同时向两个(相反)方向进行,称双向复制。,真核生物 双向
5、复制;多点复制(有多个复制起始点,同时形成多个复制单位)。,单向复制模式和双向复制模式,复制泡,二、复制点(DNA复制的起始点和方向),三、DNA聚合反应有关的酶及相关蛋白因子1)引发酶作用在模板的复制起始部位催化互补碱基的聚合,形成短片段RNA引物。其本质为:RNA聚合酶(是一种不同于DDRP的RNA聚合酶)。2)引发体为解链酶与其他复制因子结合辨认起始点时再结合引物酶形成引发体。引发体解链酶+其它复制因子+引发酶 故引发体的作用是:辩认起始点,结合在DNA模板上,解开DNA双链,催化RNA引物形成。3)引物为什么是RNA而不是DNA依赖于DNA模板的DNA聚合酶简称DDDP,不能催化两个游
6、离的dNTP聚合,而RNA聚合酶能催化两个游离的NTP聚合。,1、RNA引物合成酶(引发酶),2、DNA聚合酶 催化53的聚合反应:在引物上3-OH未端逐个加入dNMP(由dNTP去除PPi生成),使新链不断延长。反应需:模板,按A=T,GC合成新链。引物,引物3-OH和下一个dNMP在聚 合酶催化下生成3,5-磷酸二酯键,通过3,5-磷酸二酯键将单个核苷酸连 成长链。合成方向53,模板阅读方向35。,3、DNA连接酶 1作用:连接DNA链3-OH未端和另 一DNA链的5-P未端,使二者生成磷酸 二酯键。如连接冈崎片段,DNA修复、重组、剪接中起缺口缝合等。2注意:连接酶连接的都是碱基互补基础
7、上的双链中的单链缺口,不能连接单独存在的DNA或RNA单链作用。,4、解旋、解链酶类 解开“超螺旋”,解开并理顺模板DNA双链,与SSB配合维持(模板部位)单链状态。解链酶:作用:解开DNA双链。解链酶有两种,一是 rep蛋白(解链酶I),沿模板 35 移动。二是解链酶II,沿模板53移 动。,5、单链DNA结合蛋白(single stranded DNA-binding Protein,SSB或DBP),曾称螺旋反稳定蛋白(HDP)作用:与解开的单链DNA结合,维持复制时模 板处于单链状态,防止复性。对抗核酸酶水解单链DNA,保护单链 完整性。SSB可结合跨度为32个核苷酸单位,在DNA 解
8、链中不断结合,脱离再结合。,6、DNA拓扑异构酶(拓扑酶)作用:松驰超螺旋,克服解链中出现的打结缠绕、连环现象。拓扑酶广泛存在于真核细胞及原核细胞,可分为两型:1I型拓扑酶:切断双链DNA中的一段,待DNA松 弛后可将切口接上。不需ATP。2II型拓扑酶:有双重作用 水解作用切断双链DNA某部位,松弛超螺旋。(不需ATP)接合作用DNA松弛解缠后,连接断口,并使 DNA进入负螺旋状态(右旋;“负”比“正”有更好的模板作用)。(消耗ATP),DNA的复制过程,1、起始,1)辩认起始部位:由解链酶在DnaB起始蛋白协助下结合于复制起始点上。2)解开DNA双链:在起始点进行,解链酶解开DNA双链。需
9、ATP(2ATP/bp)。3)拓扑酶(主要为II型)松解超螺旋,防止由于解链出现的下游打结及缠绕现象。,4)SSB(单链DNA结合蛋白)结合于开放的单链上,稳定和保护单链作用5)引发体中的引发酶按碱基配对规律合成RNA引物。(以DNA为模板按53方向合成。引物约含十几几十个碱基、有3-OH未端的RNA片段)。6)pol III的亚单位辩认引物。第一个脱氧核苷酸在该酶催化下加到引物3-OH未端上,形成磷酸二酯键。,复制叉形成,复制叉无论原核或真核细胞,复制开始由于DNA双链解开,在两股单链上同时进行复制,在电镜下均看到伸展成叉状的复制现象。在引物生成后,复制叉的形状已基本具备。,复制的速度:细菌
10、复制速度很快,2500bp/s,20分钟可繁殖一代。真核生物复制速度慢些,但因其有多个复制始点,故总速度与原核差不多。,2、复制的延长 由DNA聚合酶(原核pol III;真核DNA聚合酶)催化dNTP以DNA为模板,按碱基配对原则逐个加到新链中,链得以延长,新链合成方向53。,复制的速度:细菌复制速度很快,2500bp/s,20分钟可繁殖一代。真核生物复制速度慢些,但因其有多个复制始点,故总速度与原核差不多。,Eukaryotic真核生物 DNA replication,Prokaryote原核生物 DNA replication,(2)前导链和滞后链的合成 DNA双链走向相反,模板方向为3
11、5,而复制方向53。1)前导链:一股新链其模板解链方向与复制方向一致,可以连续合成,称为Leading strand 前导链;2)滞后链:另一股链其复制方向与解链方向相反,不能连续合成,称为Lagging strand 滞后链。,3、复制的终止 1)引物水解。由一种RNase将领头链及冈崎片 段的引物水解除去。2)修补空缺(引物水解后留下的空缺)。由DNA聚合酶催化(原核pol I;真核DNA聚合酶);修补方向也是53。3)连接。由DNA连接酶催化。连接冈崎片段;连接领头链的主体与引物空缺修补小片段。,1、原核细胞DNA的复制(1)复制所需的条件(或称“复制体系”):1)底物:d NTP 2)
12、聚合酶:DNA聚合酶 3)模板:模板DNA的双链(即解开为单链状态的两 条DNA母链)4)引物:DNA聚合酶不能催化两个游离的dNTP互相聚合,需一引物。引物即为小分子RNA(含3-OH的寡核苷酸)。5)其他酶和蛋白质因子。如解旋酶、解链酶、DNA 连接酶等。,三、原核生物中DNA的复制,(2)原核生物的DNA聚合酶为三种:pol I pol II pol III 含量 最多 最少 活性 见课本 见课本 见课本 功用 校读、修复 复制 复制最主要的酶 填补空缺核酸外切酶活性53+35+,核酸外切酶活性。153外切酶活性:从5端把核苷 酸从核酸链上水解下来,pol I、III具有。235外切酶活
13、性:从3端把核苷 酸从核酸链上水解下来,pol I、II、III 均具有。,核酸外切酶活性的作用是:即时校读DNA复制出现碱基配对错误 时,DNA聚合酶利用外切酶活性(主要 为35外切酶)清除错配碱基,并利 用53聚合酶活性补回正确配对碱基,这种功能称之。主要由pol I完成。切除引物、切除突变的片段均为pol I 53外切酶的作用。,复制的保真性(fidelity)1、概念DNA复制时DNA聚合酶依赖模 板,保证遗传信息传代延续中子链与母链 配对准确无误,称之。2、保真机理 1遵守严格的碱基配对规律。聚合时,磷 酸二酯键的形成应在氢键的准确搭配之 后发生。2聚合酶在复制延长中对碱基的选择功能
14、。如母链为T,酶能选择A而不是其他。3复制中出错时有即时校读功能(有错即改)。,原核生物DNA的复制过程:,辩认起始部位:由解链酶在识别蛋白协助下结合于复制起始点上。解开DNA双链:在起始点进行。解链酶解开DNA双链。需ATP解开双链并非解链酶单独作用(2ATP/bp),可能构成引发体后再进行解链。DNA旋转酶或拓扑酶(主要为II型)松解超螺旋,防止由 于解链出现的下游打结及缠绕现象。,单链结合蛋白SSB结合于开放的单链上,稳定和保护单链作用 引发体中的引发酶按碱基配对规律合成RNA引物。以DNA为模板按53方向合成。引物约含十几几十个碱基、有3-OH未端。pol III的亚单位辩认引物。第一
15、个脱氧核 苷酸在该酶催化下加到引物3-OH未端上,形成磷酸二酯键。,四、真核生物中的DNA复制,真核生物的DNA聚合酶为五种:,1)DNA 聚合酶 and 主要复制 染色体DNA,DNA 聚合酶 主要为滞后链的合成;DNA 聚合酶 主要为前导链的合成 2)DNA聚合酶 and 主要为修复 DNA,3)DNA 聚合酶 主要线粒体 DNA复制和修复.,端粒与端粒酶,端粒:是真核细胞染色体末端一种膨大的、DNA富含GC重复序列的粒体结构。,端粒酶:是一种由RNA和蛋白质组成的能催化DNA合成的酶。这种合成以本身的RNA为模板。,模板 AGGGTTAC,新链 5,CCCAAUG(RNA片断)端粒酶,端
16、粒,DNA polymerase,3)在真核细胞,DNA复制的同时,各种染色体蛋白(组蛋白及非组蛋白)同时合成。一但DNA复制结束,即可装配为核蛋白并组成染色体。,五、反转录作用(RNA指导的DNA合成),DNA RNA,转录,逆转录,RNA,转录,反转录主要从病毒中发现RNA指导的DNA聚合酶、其催化底物为d NTP,催化生成与RNA(作为模板)碱基序列互补的DNA;遗传信息从RNA流向DNA。,一DNA突变 突变的概念:由于理化因素使DNA组成改变,即DNA分子上的碱基改变,如未能完全修复而引起可遗传的变异称之。又称基因突变。突变的原因有:自发突变和诱变:自发突变即遗传过程“自发”地发生;
17、诱变即用人工手段(理化因素:如紫外线、离子辐射、羟胺、亚硝酸盐、氮芥类等。),使DNA发生突变。,第二节 DNA的损伤与修复,(二突变的结果 包括:致死性;生物体内某些功能丧失;只改变基因而对表现型无影响;产生了利于物种生存或有利于人类的结果。,三突变的类型:1、点突变:DNA分子上一个碱基的变异。又分为转换 和颠换:转换即同型碱基的转换;颠换即异型碱基(嘌呤与嘧啶)的转换。2、缺失:一个碱基或一段核苷酸链从DNA上消失。3、插入:一个碱基或一段核苷酸链插入到另一个DNA 分子上,缺失和插入均引起移码突变(转录后密码 子改变)。4、倒位:DNA链内部重组。其中一段方向反置,如从 53变为35或
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