分子生物学基因工程与基因体外表达课件.ppt
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1、全国高等医药教材建设研究会卫生部规划教材全国高等学校教材 供七、八年制临床医学等专业用医学分子生物学Medical Molecular Biology主编 冯作化人民卫生出版社 2005年8月第一版课件制作:吴耀生(版权所有)广西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室 2008.10,全国高等医药教材建设研究会,第十三章,基因工程与基因体外表达,Gene Engineering and Gene Expression,第十三章基因工程与基因体外表达Gene Engineerin,目的与意义,1.获得感兴趣的目的基因,2.研究基因结构特征,3.表达基因产物,4.研究基因功能,目的与意义1.
2、获得感兴趣的目的基因2.研究基因结构特征3.表,基本要素,1. 目的基因 (target genes),2. 工具酶 (tool enzymes),3. 载体 (vectors),4. 宿主细胞 (host cells),基本要素1. 目的基因 (target genes)2. 工,Main contents,工具酶,DNA载体,基因克隆过程,真核细胞基因转染,基因改造,克隆基因表达,电子克隆,基本概念及背景,Main contents 工具酶DNA载体基因克隆过程真,For Example,如何从植物中克隆法呢基焦磷酸合酶(FPS)?,1. 查资料认识FPS,2. 设计实验方案,3. 可行性
3、分析,For Example 如何从植物中克隆法呢基焦磷酸合酶(,For Example,For Example,FPS 克隆: RT-PCR, 3-RACE, 5-RACE,改进的异硫氰酸胍一步法提取三七根部总RNA,RT-PCR扩增fps部分保守序列,3-RACE 及克隆测序,5-RACE 及克隆测序,序列拼接,FPS 克隆: RT-PCR, 3-RACE, 5-RA,mRNA: 5 AAAAAA3,TTTTTTT-接头,cDNA:,Oligo dT接头,基因特异性引物,3 Full RACE原理图,mRNA: 5,5 Full RACE原理图,(1),5-端磷酸化RT-Primer,逆转
4、录,RNA分解,1st PCR primers,2nd PCR primers,用RNA ligase进行环化或形成首尾连接物,未知区域,1stand 2nd PCR,5-端磷酸化RT primer部位,包含未知的5上游区域的扩增产物,(2),(3),(4),5 Full RACE原理图(1) P5-端磷酸化RT-,Thank You,Thank You,DNA重组 DNA recombination,Some concerned concepts:,DNA重组技术 DNA recombination technique,分子克隆 Molecular cloning,基因工程 Genetic
5、engineering,克隆 Cloning,DNA重组 DNA recombinationSom,分子生物学-基因工程与基因体外表达课件,三大理论基础,1953年,Watson 和Crick揭示了DNA分子的双螺旋结构模型和半保留复制原理,解决了基因的自我复制和传递的过程。,40年代,O.T. Avery等通过肺炎链球菌转化实验发现遗传物质的携带者是DNA而不是蛋白质,50年代末到60年代初,相继提出了“中心法则”和操纵子学说,成功破译了遗传密码,阐明了遗传信息的流向和表达问题。,三大理论基础1953年,Watson 和Crick揭示了DN,三大技术发明,DNA分子的体外切割与连接技术 19
6、70年 Smith, Wilcox 流感嗜血杆菌(Haemopbilus influenzae) Hind II 1972年 Boyer EcoR I “GAATTC” 1967年 世界上5个实验室几乎同时发现了DNA ligase 1970年 T4 DNA ligase,大肠杆菌转化体系的建立-复制工厂,基因工程载体的使用:plasmid, phage, viruses,三大技术发明 DNA分子的体外切割与连接技术大肠杆菌转化体系,1978年Nobel 医学与生理学奖,The Nobel Prize in Medicine was awarded, in 1978, to Daniel Na
7、thans, Werner Arber, and Hamilton Smith for the discovery of restriction endonucleases. Their discovery lead to the development of recombinant DNA technology that allowed, for example, the large scale production of human insulin for diabetics using E. coli bacteria. Over 3000 restriction enzymes hav
8、e been studied in detail, and more than 600 of these are available commercially and are routinely used for DNA modification and manipulation in laboratories.,1978年Nobel 医学与生理学奖The Nobel Pr,分子生物学-基因工程与基因体外表达课件,DNA ligase repairing chromosomal damage.ligase I, DNA, ATP-dependent,DNA ligase repairing c
9、hromosom,第一节 基因克隆是利用工具酶进行操作,工具酶(Tool enzymes )-,用于对DNA分子进行定点切割、连接、扩增、标记等操作的特殊酶类,已被纯化并商品化进行应用,一、 限制酶 (RE , restriction endonuclease ),二、其他工具酶 (other tool enzymes),第一节 基因克隆是利用工具酶进行操作工具酶(Tool en,一、RE在基因克隆中用于切割DNA,RE (restriction enzyme, restriction endonuclease )-限制性核酸内切酶,限制酶,能识别DNA双链内特异位点并水解磷酸二酯键,产生特定
10、末端的酶,一、RE在基因克隆中用于切割DNARE (restricti,Restriction enzyme Functions:能识别DNA内部特异位点并且裂解磷酸二酯键(1) Sorting of restriction enzyme有三型,但最重要的是II型酶(2) Naming of RE,细菌属名,细菌种名,细菌菌株,编号,Escherichia coli RY13 I,属Genus, 种-species, 菌株-strain,EcoR I,Restriction enzyme Functions:细,Two catalytic manganese ions (one from ea
11、ch monomer) are shown as magenta spheres and are adjacent to the cleaved sites in the DNA made by the enzyme (depicted as gaps in the DNA backbone).,Structure of the homodimeric restriction enzyme EcoRI (cyan and green cartoon diagram) bound to double stranded DNA (brown tubes) based on the PDB 1QPS
12、 X-ray crystallographic coordinates.,Two catalytic manganese ions (,(3) 限制酶的识别和切割位点Characters: 通常识别46个碱基,少数识别8个所识别的序列一般为回文结构(palindrome)在特异位点内切割DNA双链,产生两种末端,粘性末端,平端,5-粘性末端,3-粘性末端,5-CCCGGG-33-GGGCCC5,5-CCC GGG-33-GGG CCC-5,+,平端切割(blunt end, such as Sma I ),Go to 109,(3) 限制酶的识别和切割位点粘性末端平端5-粘性末端3,5-GGT
13、GAATTCAGC-33-CCACTTAAGTCG5,5-TTGCTGCAGAAG-33-AACGACGTCTTC5,5-粘性末端 (EcoR I ),3-粘性末端 ( Pst I ),5-GGTG AATTCAGC-33-CCACTTAA GTCG5,+,5-TTGCTGCA GAAG-33-AACG ACGTCTTC5,+,5-GGTGAATTCAGC-35-TTGCTGCA,(4) 同工异源酶( isoschizomers ) 来源不同,但能识别和切割同一位点的RE 例:Bam H I 不需ATPRE识别序列长度与切点数:对同一DNA,识别序列短的,切点数多,片段较短;反之则反之,(4)
14、 同工异源酶( isoschizomers ),二、基因克隆需要具有不同功能的工具酶,其他工具酶-用于对DNA分子进行多种操作,也叫修饰酶,作用:剪切、补平、连接、化学修饰等,二、基因克隆需要具有不同功能的工具酶其他工具酶-用于对,常用:(1) DNA polymerase I,Klenow Fragment (2) Reverse transcriptase(3) T4 DNA ligase(4) Alkaline phosphatase(5) Terminal deoxynucleotidyl transferase, TdT(6) Taq DNA polymeraseSo on,常用:,
15、(1) DNA polymerase IActivities:53聚合活性, 53及 35外切活性Functions:在生物体内,填补引物切除后留下的空缺,修复在生物体外,缺口平移制备探针,DNA polymerase I,Klenow fragment (76KD),Another small fragment,枯草杆菌蛋白酶,(1) DNA polymerase IDNA polym,Klenow片段,E.coli DNA pol I,53外切酶,53聚合酶,35外切酶,用枯草杆菌蛋白酶裂解全酶,53聚合酶,35外切酶,Klenow fragment 用途:,1) 补齐双链DNA的3-末端
16、2) 通过补齐3端使3端标记3) 在cDNA克隆中,第二股链的合成4) DNA序列分析,Klenow片段35kD76kDNCE.coli DNA,常用的reverse transcriptase:,禽类成骨细胞性白血病病毒(AMV)逆转录酶,(2) Reverse transcriptase,用途:合成cDNA,构建cDNA文库,Moloney 小鼠白血病病毒(MMLV)逆转录酶,常用的reverse transcriptase:禽类成骨细,第二节 基因克隆需要特定的DNA载体,基因克隆为什么需要载体?,载体的类型-克隆载体,表达载体,载体的来源,细菌质粒,噬菌体DNA(DNA, M13 DN
17、A),病毒DNA,人工载体(cosmid)等,第二节 基因克隆需要特定的DNA载体基因克隆为什么需要载体,DNA载体(vector)-能与DNA片段连接,构建成新的重组DNA分子,并可携带该外源DNA片段进入一定宿主细胞,在宿主中扩增甚至表达,并有遗传标记进行筛选,载体的概念,DNA载体(vector)-能与DNA片段连接,构建成,Cloning vector能够携带感兴趣的外源DNA(target DNA)进入宿主细胞,并将外源DNA在宿主内进行克隆和扩增,而采用的一些DNA分子称为Cloning vector 。,Cloning vector classes,Plasmid DNA (质粒
18、DNA)Phage DNA (噬菌体DNA)Virus DNA (病毒DNA),Expression vector 能使外源基因在宿主中表达的载体,Cloning vector能够携带感兴趣的外源DNA,Expression vector: 含表达调控有关的元件,When E coli is used as host cell, plasmid, phage, cosmid, M13 phage can usually be used as vectors,载体的本质是什么?,Vector characters (cloning vector):能在宿主细胞中自我复制、自我表达分子相对较小,在
19、宿主细胞中有高拷贝具有遗传标志有多个限制性酶单一酶切位点(多克隆位点)易与宿主DNA相分离,Expression vector: 含表达调控有关的元件W,一、常用克隆载体主要来自质粒和病毒,(一)质粒是常用的克隆载体,Examples:pBR322pUC,Characters:Small molecular weight, high copiesMore than one genetic markMultiple cloning sites, MCS,一、常用克隆载体主要来自质粒和病毒(一)质粒是常用的克隆载体,pBR322,Turn to 64,pBR322Turn to 64,pUC19,
20、pUC19,(二) 噬菌体经过重组也可以携带外源 DNA,Examples: bacteriophage, phage; M13 phageIt is a kind of virus which can infect bacteria, bacteriophages in common use:EMBL spectrum gt spectrumCharon spectrum,(二) 噬菌体经过重组也可以携带外源 DNAExamples, bacteriophage, phage 噬菌体是侵犯细菌的病毒。在菌体内为环状DNA分子;分离产物为双链线状DNA分子,有天然的粘性末端(称COS位点),进
21、入宿主菌后可自行环合。基因组DNA长约为48.5Kb,共有66个基因,较复杂。,Character:1、其生长必需的序列位于左右二臂上,中部约30%为生长非必需;2、成熟需要包装(大小为原来的75-105%时),Two kinds of vectors:置换型载体;插入型载体, bacteriophage, phageCharacte,置换型噬菌体载体:用限制酶切除中央片段供目的基因替代,目的基因与左、右载体两臂结合。替代片段可达923Kb。,左臂,中央片段,右臂,酶切点,酶切点,切除后用目的基因取代,COS位点,COS位点(12bp),置换型噬菌体载体:用限制酶切除中央片段供目的基因替代,目
22、的,The life period of phage(噬菌体的生活周期):,Lysogenic pathway( 溶原生长途径),Lysis pathway(溶菌生长途径),The life period of phage(噬菌体,溶原生长,溶菌生长,溶原转溶菌生长,以噬菌体为媒介的转导作用,溶原生长溶菌生长溶原转溶菌生长以噬菌体为媒介的转导作用, gt10:insertion vector; multiple cloning site: CI,The positive marks of screening:Whether the recombinant vector can be wrapp
23、ed(If no extraneous DNA replaced, the vector would be too small to be wrapped),With insertion, CI activity lost, to be transparent spots; Without insertion, CI keeps intact, to be turbid spots, gt11:insertion vector; MCS: lac Z;expressed,With insertion into lac z of gt11, white spotsOtherwise blue s
24、pots, gt10:insertion vector; multi,(四) 粘性质粒适合克隆较大的DNA片段,粘性质粒(cosmid)由DNA的cos区与质粒重新构建的载体,具有与质粒相同的结构特点,为双链环状DNA。It is constructed with the cos region of DNA and plasmid, which is double cycle DNA with bigger content for cloning (4050kb),(四) 粘性质粒适合克隆较大的DNA片段粘性质粒(cosmi,Characters:1) With antibiotics mar
25、ks and replication element itself2) With cos region of phage, can be wrapped3) With one or more cloning sites4) Small molecular weight5) non-recombination cosmid too small to be wrapped, so it is screened easily,Characters:,(三) M13噬菌体适合制备单链DNA,M13 bacteriophage:,It is a kind of E coli phage, the gen
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