药学相关数据库课件.ppt

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1、第八章 药学相关数据库,第一节 网络版美国化学文摘数据库SciFinder Scholar,一、概述SciFinder Scholar是美国化学文摘（Chemical Abstracts），简称CA 的网络版产品，是世界最大的化学文摘库。也是目前世界上应用最广泛，最为重要的化学、化工及相关学科的检索工具。,（一）收录范围与更新,收录9000余种期刊文献，以及来自47个国家和3个国际性专利组织的专利说明书、评论、技术报告、专题论文、会议录、讨论会文集等，涉及世界200多个国家和地区60多种文字的文献。收录文献量占全世界化工化学总文献量的98。网络版SciFinder更使用户可以查询到当天的最新记

2、录,SciFinder可检索数据库： CAPLUSSM CA化学文摘索引，创建于1907年，收录摘自世界各地9000多种有影响的期刊杂志文献；每天更新3000多条数据。CAS REGISTRYSM 美国化学会登记号索引，创建于1957年，美国化学会（Chemical Abstracts Socienty CAS）对每种化学物质进行唯一对应的注册登记，给予编号。索引包含3000多万个有机和无机物质，5800多万生物序列。,CASREACT 美国化学会化学反应索引，创建于1907年，收录800多万条反应记录和403000多条文献记录。CHEMCATS 商业化学物质记录，来自655家供应商的793种

3、目录）CHMLIST 收录来自13个国家和国际性组织24万种管制品化合物的详细清单。MEDLINE（National Library of Medicine美国国立医学图书馆医学文献数据库，收录4300多种期刊，每周更新4次）,（二）SciFinder Scholar的程序安装,1安装程序 复旦大学校园网用户，进入图书馆网页的电子文献中的外文数据库后，选择SciFinder Scholar。 首先下载并安装客户端程序，需要安装的程序是：SFS2007.exe ，并进行相关配置。 SciFinder Scholoar检索出的物质结果中，有很多提供3D视图，要直接查看，需要下载并安装ViewerL

4、ite软件。,2启动程序 运行SciFinder Scholar，通过客户端直接连接SciFinder Scholar的服务器，连接后，系统出现使用协议，接受后，进入主页， 检索学术文献和信息查找特定事实或化学物质、浏览特选期刊的内容目录。,SciFinder 检索主页,检索学术文献和信息,查找特定事实或化学物质,浏览特选期刊的内容目录,（三）检索途径与功能,1Explore 检索：（1）学术文献检索： 提供了Research Topic主题检索、Author Name著者检索、Company Name/Organization机构检索途径。（2）化学物质检索： 提供了普通物质名称检索、分子式

5、检索、结构式检索、亚结构式检索相似结构式检索。（3）化学反应检索： 提供了反应式检索、类反应式检索。2Locate通过输入书目信息，如：期刊名称、文献题名关键词、专利号、CA文摘号等，查找特定的文献如期刊或文章。3Browse可以浏览特选的期刊(通过系统个性化服务平台注册后，你可以将自己感兴趣的期刊进行选择、上传到服务器你的个人存储箱。以后可定期浏览，或通知系统发送最新内容至你的邮箱，进行定题跟踪。,Explore 检索,（四）检索规则,1主题检索 一般最佳在23个Concepts（关键词），最多不超过5个 支持自然短语检索，最好使用介词而不用Boolean运算符（如AND 、OR、NOT）

6、识别常用缩写、单复数、过去式等；支持同意词，近义词检索 不能用！或*（删减字符或通配符）可用括号，括号内为前词的同义词 修饰语不能自行分配，需各自写明,2化学物质检索 化学物质名称最多输入25条Read File必须是 .txt文件每个条目输入200字符可以有空格，不区分大小写如果检索结果不理想，也可在主题检索中再检支持俗名，商品名检索,3分子式检索区分大小写 输入必须规范，否则会自动要求重输 输入时不同元素之间可用空格隔开，系统也会自动分割输入盐类，可分为酸碱组分以”.” 相连；如：H3 O4 P . 3 Na；H3 O4 P . 2 Na；H3 O4 P . Na分别代表不同的物质聚合物则

7、输入单体组成以括号加X，如(C4H6)X对于复杂的有机物质，可以通过分子式查询，并通过亚结构限定获得,（五）文献检索结果显示,1题录 内容包括文献的著者、文献题名、来源出处（刊名、卷期页、年份，或专利号等）点击显微镜，可看详细内容2文摘 内容包括除题录外的文摘、索引词（系统提供帮助用户查找到文献的关键词）,去重,分析和优化检索功能按钮,获取相关信息功能按钮,（六）信息分析与优化检索Analyxe and Refine,在检索结果界面中，系统提供了进一步优化检索、分析检索结果、获取相关文献的功能按钮。不同的检索途径检出的结果中有不同的分析和优化功能。,1.主题检索分析与优化 从Research

8、Topic 途径检索，得出检索结果后，其分析Analyxe共有11种手段， 包括Author Name作者分析：检索结果中发表文献最多的著者排名，帮助确定相关领域核心著者群CAS Registry Number:检索结果中出现最多的物质排名CA Section Title CA学科分类：检索结果所涉及的文献最多的分类排名,Company/Organization机构排名Database数据库来源显示Document Type文献类型如综述、论文、专利的文献量排名：帮助分析研究信息的新颖性、成熟性、系统性、实用性等不同文献类型以反映科学的研究过程Index Term索引词分析：分析检索结果中检索

9、词出现频率排名帮助确定文献主要内容Journal Name文献量来源期刊排名：帮助确定相关学术期刊群Language文献语种分布分析：帮助了解信息的地域流向,PublicationYear文献发表年分析：帮助了解该领域研究的历史发展，热点时代Supplementary Term辅助索引词分析：帮助分析文献的其他内容,SciFinder Research Topic优化功能从Research Topic 检索途径得出结果后的Refine检索优化功能按钮共有7种优化检索手段。,Research Topic优化功能,Research Topic 主题限定优化：可将文献限定于某一主题Company N

10、ame 机构名称限定Author Name 著者限定Publication Year 文献发表年份限定Document Tpye文献类型限定检索Language 语种限定检索Database 数据库限定检索,2化学物质检索结果分析与优化 从Explore Substances检索得出的结果，其分析Analyxe功能有6种手段，包括：Real-atom attachments真实原子附属性：帮助分析某一特定原子上的修饰Variable group可变基团分析：帮助分析结构定义中的定义的某一类基团R-group compositionR基团分析：帮助分析结构定义中的R基团Precision精确环骨

11、架分析：帮助分析结构中存在的互变异构或者兼性离子Ring skeletons环骨架分析；Stereo构象分析：帮助分析结构中存在构象问题,其优化限定Refine功能有：Chemical Structure结构再次限定：帮助对结构再次限定Isotope-Containning Substances同位素限定：帮助获得结构中含有同位素的物质Metal-Containing Substances金属包含限定：帮助获得结构中含有金属的物质Commercial Avaliability商业化限定：帮助获得可购买的物质Property Data性质数据限定：对可提供的物性数据分析Property Aval

12、iability通过物质的理化性质对物质进行限定Reference Av提供参考分析：帮助获得至少1篇参考信息,3化学反应分析与限定功能 从Explore Reaction 途径检索得出结果共有10种分析手段，包括： 催化剂catalyst：了解反应中出现的催化剂 溶剂solvent：了解反应中可能出现的溶剂 反应步数number of steps in reaction：了解反应步数的情况 产率product yield：了解产物的产率 余分析手段同Research Topic途径,其优化限定功能有4种，包括：Reaction Structure 结构限定：可以进一步限定反应物产物，催化剂等

13、ProductYield产率限定：可以对反应的产率事先进行限定Number of Steps 反应步数限定：可以对反应的步数事先进行限定Reaction Classification反应类型限定：可以限定反应的类型是什么,（七）检索实例,1查找心血管药物Betaloc的系统化学物质名称，分子式等详细信息。在New Task 检索任务主菜单中，选择Locate检索方式选择Locate by Substance Identifier途径在检索栏中输入药物商品名称Betaloc 点击OK按钮,检索结果,CA登记号56392-17-7,成份、分子式、立体化学结构、,CA索引名称（Index Name）

14、、,2查找血小板增多的基因突变相关文献，分析哪些方面研究较突出？检索步骤：选择Explore by Research Topic 检索径在检索栏中输入自然语句 “mutation gene of blood platelet”执行检索,在系统返回结果中选择逻辑关系最近的检索词出现在一个句子中的检索条件语句检索检索条件语句选择界面在检索结果出现后，进行Analyxe的索引词（Index Term）分析,便可分析出目前研究的突出部分是动物基因变异的研究,检索条件语句匹配选择,Index Term Analyxe 索引词分析,Analyxe分析中的CA分类体系（CA Section Table An

15、alysis）,再重返检索结果界面，进行CA分类体系分析，可得知主要研究集中在Mammailian Pathological Biochemistry 类（哺乳动物病理和生物化学方面）。,Analyxe分析中的CA分类体系（CA Section Table Analysis）,第三次选择检索结果中分析功能按钮，选择主题分类和化学物质组织文献，可以选择感兴趣的类目或相关词来阅读文献。,检索小结：,第二节 网络版化学手册数据库 Crossfire Beilstein/Gmelin,一、概述CrossFire Beilstein/Gmelin数据库（通常也简称为CrossFire）由Elsevier

16、 MDL （Elsevier的子公司MDL Information System）出版，由Beilstein和Gmelin两个数据库组成，均通过CrossFire Commander客户端在校园网内进行使用。数据每3个月更新一次。CrossFire Beilstein最早可回溯到1771年，CrossFire Gmelin最早回溯到1772年。,1CrossFire Gmelin数据库为世界上收录数据最全面的金属有机和无机化学数据库。包括盖墨林无机与有机金属化学手册/Gmelin Handbook of Inorganic and Organometallic Chemistry1772-19

17、75年的数据，和来源于1975年以后的主要材料科学期刊中的数据。是化学、化工领域重要的参考工具。CrossFire Gmelin可检索数据包括： (1)240多万种化合物，包括配位化合物、合金、固溶体、玻璃与陶瓷、高分子、矿物等，包含800多种不同的化学和物理性质条目 (2) 130多万种结构式，包括有机金属化合物的可检索结构式 (3) 184多万种反应式 (4) 124多万篇引文、篇目及文摘,2CrossFire Beilstein数据库为世界上最大的有机化学数值和事实数据库。数据来源：1779-1959年的贝尔斯坦有机化学册/Beilstein Handbook of Organic Ch

18、emistry、Beilstein有机化学大全从正编到第四补编的全部内容和1960年以来各种国际性的期刊、专利文献、某些重要的学位论文和会议报告等述及的所有有机化合物的性质及其制备方法,CrossFire Beilstein可检索数据包括： (1)化合物： 969多万种化合物的结构式信息，及其所有相关科学事实和数据，包括所有相关化学属性数据、物理属性数据、生物活性数据（包括描述药效数据、环境毒物学数据）。 (2)反应式： 1012多万条反应式，详细记载了化合物的制备（包括反应物及中间产物的合成路线）、反应条件，方便用户通过反应式检索选择、研究特定的反应路径。 (3)文献：包括203多万篇引文、

19、篇目及文摘，自由与化合物、反应式结果互相超链连接。,（二）主界面 主要包括四个区域,检索字段限制选择区内容显示区检索修饰区检索输入区,CrossFire Beilstein主界面,检索字段限制选择区,检索词输入框,内容显示区,选择数据库,检索字段限制选择区包括：基本检索（Basic Search）可从化学物质名称及片断检索、化学物质索引、化学反应索引、相关文献索引途径检索书目文献检索（Bibiliographic Information）可从文献编号、著者姓名、文献题名等途径检索化学物质特征检索（Substance Characterizatio）可从化学物质各种特征如分子式排列、分子式、重量

20、、等途径检索物理常数检索（Physical Properties）可从熔点、沸点、光学特性、分光镜等途径检索化学常数检索（Chemical Properties）可从化学反应类型等途径检索点击这些字段名称，在内容显示区显示字段的代码和详细说明，并且可以选择字段进行限定检索。检索字段限制选择区选择数据库内容显示区检索词输入框,（三）检索步骤,1选择数据库 2选择检索方法 关键词输入检索 高级检索 结构检索 综合检索,关键词检索：通过字段限制选择区选择字段后，在Search All Text检索框中输入要检索的关键词，可以输入一个也可以同时输入多个关键词，词与词之间可以用“near”、“and”、

21、“next”、“not”、“or”以及“proxinity”等6种算符进行组配。,高级检索： Advanced Search Guide Search,Advanced Search需要用户直接输入检索式：输入检索式确定字段代码如：在检索框中输入：TI=aspirin and AU=neault, *,Advanced Search,输入检索式,Guide Search如：在search Fields 栏中输入RN，在Field content 中输入化学物质登记号67-68-5,3检索结果显示 检索预览、检索结果列表、To report （保存）、View (显示内容),CrossFire

22、Beilstein 检索结果,（五）检索举例,查询抗病毒剂的合成路线及Gmelin相关文献第一步，选择数据库Gmelin，Beilstein第二步，选择检索字段 Citation Basic Index第三步，选择Guide 检索方式第四步，输入检索字段代码TI，检索词antiviral , synthesis 确定逻辑符 and第五步，点击Start Search按钮输入检索字段输入检索词选择逻辑符选择检索内容确定字段代码选择数据库,检索举例,输入检索字段,输入检索词,选择逻辑符,选择数据库,选择检索内容确定字段代码,Gmelin 相关文献记录简要内容：分栏显示，左侧为检索式和结果记录数，右

23、侧为题录内容包括记录编号、著者、来源出处（刊名、年、卷、期、页）,检索结果,详细内容包括题录、文摘。Beilstein相关记录，简要信息包括记录号、文献类型、著者、来源出处（刊名、年、卷、期、页）Beilstein详细记录显示题录、文摘、以及进一步可点击显示的字段内容，包括化学物质特性、化学反应记录,化学反应记录中显示反应编号、反应剂和产品的Beilstein登记号、反应分类、反应剂、反应条件、相似反应。点击反应号，可以进一步显示合成详细信息、合成路线,第三节 EMBase,一、数据库概述二、EMBase的记录字段三、EMBase的规范词系统（EMTREE）四、EMBase的Ovid检索,一、

24、数据库概述,EMBase（Excerpata Medica Database）是荷兰Elsevier Science出版社建立的生物医学与药学书目数据库，国内称之为“荷兰医学文摘数据库”。 该数据库收录的文献内容包括：药物研究、药理学、药剂学、毒理学、人类医学（临床和实验方面）、卫生政策和管理、公共卫生、职业卫生、环境卫生、药物依赖与滥用、精神病学、法医学、生物医学工程和仪器。另外有选择的包含了护理、牙医学、兽医学、心理学和其他相关医学。,EMBase突出药物文献的收录和药物信息的反映，具体体现在以下几个方面： 1）收录药物文献多。 2）药物副主题词多。 3）药物信息字段多。EMBase有三个

25、独立的数据库： 1） Excerpta Medica Database (EMBase) 2） EMBASE Drugs and Pharmacology (EMDP) 3） EMBASE Psychiatry (EMPS),二、EMBase的记录字段,EMBase在Ovid中的所有字段见教材表8-3-1。,三、EMBase的规范词系统（EMTREE）,EMBase中的主题词称叙词（Descriptor），又称优先词（Preferred Terms）,它包括扩展词（Explosion Terms）和非扩展词（Non-Explosion Terms）两大类，这些词都由主题词表EMTREE控制。

26、EMTREE的印刷版分三册，第一册是字顺表（Alphabetical Index），第二册是树型结构（Tree Structure），第三册是轮排词索引（Permuted Term Index）。,EMTREE中的叙词具有以下特点：1自然语序，不用倒置。2名词采用单数形式。3采用美式拼法。4很少采用缩写或简称。5希腊字母用英语字母拼出。6通常不用连字符、撇号、省字号和逗号等（化学名称例外）。EMBase中的副主题词称为连接词（Link Terms）,其中疾病连接词14个，药物连接词17个，给药方式连接词47个。,四、EMBase的Ovid检索,EMBase和MEDLINE用同一检索系统Ovid，两者的检索界面和操作方法基本相同，详见前面相关章节。,EMBase的Ovid中的Basic检索界面,