医学信息学概述ppt课件.ppt
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1、中国医学科学院医学信息研究所,医学信息学,课程说明,2,课程说明,3,课程教学内容,4,课程教学内容,5,本章学习目标,6,本章课程内容,7,医学信息学基础理论,1 医学信息学发展历程,8,医学信息学的诞生医学信息学的发展阶段医学信息学的学科基础医学信息学的学科特点,医学信息学的诞生,9,医学信息学的起源20世纪初 美国医院标准化浪潮20世纪40年代 数字计算机发明20世纪60年代 医学信息学最早的雏形:利用光谱和其他物理方法来分析探测可能的分子结构20世纪70年代 医学信息学术语借用法语单词:informatique medicale,Morris F. Collen. Origins of
2、 medial informatics.The western journal of medicine,1986(10):778-785,医学信息学发展阶段,10,美国医学信息学发展:Morris指出计算机、信息技术的飞速发展带动了其在医学研究、医学教育与医学研究实践中的应用,te,Father of Medical Informatics,“Dr. Collen is not only an icon in our field, he is also the grandfather of this rapidly changing and thriving discipline.”said
3、Dr. Lindberg (the Director of the National Library of Medicine),医学信息学发展阶段,11,Morris Frank Collen.A History of MEDICAL INFORMATICS in the United States - 1950 to 1990EB/OL. http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC226307/,医学信息学发展阶段,12,美国医学信息学应用的发展,美国医学信息学的发展:是计算机技术在临床应用的拓展 研究应用:集中在计算机存储和检索病历、临床数据、医
4、药信息,医学信息学发展阶段,13,欧州国家医学信息学的发展,成立医学信息学的学会组织,搭建各种医学信息平台,致力于信息技术在医学领域的应用研究,医学信息学发展阶段,14,我国医学信息学的发展:以医学图书情报为主力军 研究应用:集中在医院信息系统、医学情报研究、医学信息资源建设、检索及服务研究,高岚.医学信息学,北京:科学出版社,2007(6):3-4,医学信息学发展阶段,15,1960s:美国国立医学图书馆NLM实现医学索引的数字化;麻省理工总医院开发大规模临床病人信息系统COSTAR系统。,1950s:医学信息学萌芽于50年代,Ledley和Lusted在science杂志上发表“通过符号逻
5、辑、概率和价值理论的推理辅助临床医生进行诊断”为标志1。,1970s:第三届国际医学信息学大会(MEDINFO)Morris规范了医学信息学学科名称2;NLM推出联机检索工具MEDLINE(MEDLARS Online);1976年Stanford大学的Feigenbanm等完成MYCIN临床决策支持系统;国际医学信息学学会成立。,美国国立医学图书馆推出PubMed在线检索系统1986年:美国国立医学图书馆推出UMLS1990s:“金卫工程”是跨世纪的国家医疗信息网络工程,NLM重视生物医学信息的采集、分析与挖掘2000-至今:国内颁布电子病历和电子健康档案的相关标准规范2002年,英国国民健
6、康服务连接医疗机构(NHS CFH)投入62英镑拟在10年内建成全国电子病历系统,发展历程标志性事件,MEDINFO2017:15th 将在北京举行,医学信息学学科基础,16,医学信息学MI(Medical Informatics)是医疗卫生科学和计算机科学相结合的交叉学科,是医学发展的必经阶段,是一门新兴交叉学科。,计算机科学 信息处理技术 文本挖掘技术 数据库技术 数据交互 远程通信,医学信息学,医疗卫生科学 医学影像学 护理学 生物学 公共卫生 临床医学,信息科学 信息处理 信息组织 信息检索,17,新兴伴随着计算机技术和网络技术的发展而兴起发展历史可追溯至20世纪50年代交叉计算机科学
7、与各医疗卫生科学的交叉学科快速发展电子病历 (EMR)移动健康(mHealth),医学信息学学科特点,3 医学信息学基础理论,18,医学数据、医学信息、医学知识概念界定医学信息学的内涵医学信息学的研究范畴,数据、信息与知识的关系,19,Data:is symbols or observations reflecting diffrences in the worldInformation:is meaninful data or facts from which conclusions can be drawn by humans or computers.Knowledge: is info
8、rmation that is justifiably considered to be true.Wisdom: is the critical use of knowledge to make intelligent decisions and to work through situation of signal versus noise,医学数据,20,医学数据定义医学数据是任何关于一位患者的单一观察或其他观察结果例如:体温读数、血压读数等医学数据包含的要素讨论的患者数据:年龄、性别、联系方式观察的参数:如尿糖值、血压值、胸透X光片中左臂关节所讨论参数的值:如体重70kg、体温36.6
9、C观察的时间:如20130108 08:30AM 医学数据类型叙述数据:患者描述的病情数据文本数据:医务人员在病历本上记录的数据计算机存储的电子数据:各项参数的电子记录,医学数据,21,医学数据的用途创建病史记录的基础:创建患者病史的详细记录,便于临床研究的数据集储备支持医疗人员之间的交流与个案分析预测未来健康问题记录标准预防措施识别与预期趋势的偏差提供法律记录支持临床研究,医学信息,22,医学信息临床决策者在面对医学数据处理的过程中,通过观察、诊断和治疗的诊断-治疗循环,进行的各种分析、推理和判断。医学信息以各种形式作为载体:纸质病历、X光片医学信息是有实际含义的数据,可以明确表达出来-例如
10、:ICD 10CM 的编码 K70 =“Alcoholic liver disease K70”,观察,计划,病人,决策,信息,诊断,治疗,数据,“诊断-治疗循环”图,医学信息,23,医学信息的特征语法特征:描述信息载体的行为规则,包括一系列代码或符号。语法特征与信息的载体关系极为密切。如:医疗中的观测值:白细胞值120109/L。语义特征:指具体的信息的含义。如:白细胞值120109/L,则说明患者存在一定程度的感染。语用特征:指为了实现一定的目标,减少诊断过程中的不确定性的信息效用。最终目标是采取措施,解决医疗问题。如:白细胞值120109/L,则需要对患者进行给药或其他辅助检查的治疗。,
11、医学知识,24,医学知识是对大量医学数据、医学信息的推理、归纳、提炼与总结。医学知识必须是经过科学验证与推理之后是科学的、正确的判断。举例 “关于肺血栓栓塞症的治疗的临床路径”“吸烟者容易患肺癌” “基因组包含的遗传信息经转录产生mRNA”,医学数据、信息与知识的关系,25,Clinician,Patientorprocess,Interpretation,Induction,Interpretation,data,data,data,interaction,information,Body ofknowledge,Interpretation,knowledge,Interpreted da
12、ta,insight,Bemmel J.H., Musen M.A. 包含飞 译, 医学信息学. 上海科学技术出版社. 2002:2,医学信息学内涵,26,医学信息学的定义医学信息学的目标与作用,医学信息学定义,27,侧重于具体的应用过程和方法,国际各学者与机构给出的定义,6.Morris F. Collen.Preliminary announcement for the Third World Conference on Medical InformaticsC, MEDINFO 80, 1977.,5.Blois, M.S., and E.H. Shortliffe. The compu
13、ter meets medicine: Emergence of a disciplineM. in Medical Informatics: Computer Applications in Health Care, 1990, p20.,4.Levy, A.H. Is informatics a basic medical science?C. Proceedings of MEDINFO, 1977, p979.,3.Web site of the German Association for Medical Informatics, Biometry and Epidemiology.
14、 http:/www.gmds.de,2. Web site of the British Medical Informatics Society. http:/www.bmis.org.,1.What Is Medical Informatics? https:/www.amia.org/inside/faq/whatis.asp,医学信息学定义,28,归纳整理,医学信息学定义,29,计算机技术,医学信息学,目标,手段,各类医学数据、信息、知识,对医学数据等的采集、存储、组织、分析、交互和呈现,改进患者健康水平,辅助决策,解决医疗及卫生信息化过程中的实际问题问题,医学信息学定义,30,医学信
15、息学定义总结:医学信息学既有明显的应用性,又有其基础理论性医学信息学的科学研究具有多学科性质是因为:它所面临的医学科学和医疗卫生具有整体性它涉及不同科学领域和背景医学信息学研究不仅面对各种自然科学的知识综合,而且包括专门知识或临床经验医学信息学研究还包括知识的规范化,医学信息学目标与作用,31,IMIA主席Dr. Reinhold Haux指出:医学信息学研究主要致力于三个目标:更好的个体医疗和保健更好的医疗和保健知识更好的医疗和保健管理前AMIA主席Dr.Chariessafran指出,美国的6,000家医院中每个医院至少应该有一名医生和一名护士接受医学信息学培训更好的个体医疗和保健有助于医
16、学生补充信息知识和提高利用信息分析问题的能力,医学信息学研究范畴,32,基础研究,医学信息学理论、方法和技术,Medical Informatics1,Math Modeling, database theory, Statistics, Data Mining, Natural Language Processing, Cognitive Science, Management Science,医学信息学研究范畴,33,基础医学,医学信息学理论、方法和技术,医学成像信息学,临床信息学,生物信息学,公共卫生信息学,医学信息学研究范畴,34,4 医学信息学研究内容,35,医学信息学奠基人Morr
17、is F. Collen通过对SCI上1993-1995年的医学信息学领域核心期刊论文数据的分析,总结出医学信息学领域的研究主题1,4 医学信息学研究内容,36,MeSH中“医学信息学”下的主题词层级结构,4 医学信息学研究内容,37,IMIA绘制的医学信息学研究内容图谱,4 医学信息学研究内容,38,医学知识表达,通过收集医学相关知识,对其进行系统和正式的定义,保证人和计算机对医学知识理解的一致性。,39,医学信息资源,40,医学信息资源定义医学信息资源的重要性分析医学信息资源的主要类型医学信息检索,医学信息资源定义,41,医学信息资源重要性分析,42,医学信息资源主要类型,43,医学信息检
18、索,医学信息检索组织、标引和检索医学文献、患者病历和生物医学等信息 。根据用户需求快速查找到目标信息,甚至能够根据已有信息发现潜在知识,44,医学信息检索,45,医学知识组织,46,医学知识组织定义医学知识组织的主要类型医学知识组织系统的作用,医学知识组织定义,知识组织 各种对人类知识结构进行表达和有组织地阐述的语义工具的统称通俗地理解就是情报检索语言系统,其主要功能是支持知识组织、智能信息检索和知识检索例如:中国图书分类表就是一种知识组织工具,47,医学知识组织定义,医学知识组织系统医学知识组织系统涵盖了医学领域中的各种词汇列表、概念及概念关系、分类体系及相应代码标识等对医学知识内容、概念及
19、其相互关系进行描述和组织的机制,功能主要包括描述功能、定义功能、翻译功能、导航功能和整合功能。例如:医学主题词表(MeSH),48,医学知识组织主要类型,49,分类法,主题法,本体,术语表,医学知识组织系统的作用,医学知识组织系统的作用医学知识组织系统能对各种医学概念、术语进行定义和导航,确立每个数据的唯一标识符,便于不同医疗信息系统间健康数据的共享与互通,也为医疗机构和决策部门对健康数据的统计、获取、分析、检索提供便利的途径及可供参考的标准。提升面向创新的医学知识服务能力的基础,在实现医学信息资源及时动态的自动组织、语义检索、信息分析和知识自动挖掘中发挥着越来越重要的作用。,50,医学知识组
20、织系统的作用,医学知识组织系统的作用自动标引智能检索,51,医学信息处理,52,医学数据存储与使用医学数据交互标准,医学数据的存储,医学数据的存储数据库:存储电子病历的基本结构编码系统:通过对与患者各种病情记录相关数据的统一编码,支持后期医务人员对之的系统化采集以及分析,53,医学数据交互标准,医学数据编码与标准从语法和语义层面规范医学信息中的数字、文本、图像等各种内容的表达和使用。 解决数据共享困难和系统之间难以交互的瓶颈问题。,54,医学数据交互标准,55,医学数据描述的标准,医学数据交换标准,医学数据处理与流程,医学数据软/硬件标准,医学知识发现,通过文本挖掘技术,自然语言处理技术,挖掘
21、生物医学文献中的各种潜在、未知的知识。应用计算工具和方法来扩展对生物学、医学、行为科学和卫生数据的使用,包括获取、存储、组织、分析和可视化这些数据目的:帮助研究者更有效地识别所需要的信息、发现掩盖的关系,56,医学知识发现类型,非相关文献的医学知识发现基于文本内容的医学知识发现,57,非相关文献知识发现,Don R. Swanson的研究,58,潜在的联系,雷诺氏病文献,食用鱼油文献,血液粘稠度红细胞脆性,Swanson Don R.Fish Oil, Raynauds Syndrome , and Undiscovered public knowldgeJ,perspectives in b
22、iology and medicineJ,1986,30(1):7-18.,闭合式的知识发现,59,开放式的知识发现,从某个疾病或药物初始,寻找疾病的潜在病因和治疗方法或者药物的潜在治疗应用,60,基于文本的医学知识发现,医学知识发现流程,61,基于文本的医学知识发现,62,文本抽取事实,有注释文本集&大规模评价,关系抽取,识别生物实体的模块或文章中的概念,检测出生物实体之间的关系,超信息抽取,摘要技术,处理非文本材料,问答系统,知识发现,简明确定和表明文献最重要方面,节省阅读时间,含有丰富信息的非文本信息如表格和图片,为形成的问题提供精确的答案,真正的TM不仅给出文章中存在的直接事实,还有助
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