蛋白质化学 课件.ppt
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1、第一章 蛋白质化学,主要内容:介绍蛋白质的构件单位氨基酸的结构、分类、性质及肽的概念,重点讨论蛋白质的结构、性质以及结构和功能的相互关系。,思考,返回,目录,第一节 蛋白质通论第二节 蛋白质的基本构件单位氨基酸第三节 蛋白质的一级结构和肽第四节 蛋白质的三维结构第五节 蛋白质的结构与功能的关系第六节 蛋白质的重要性质,思考,第一节 蛋白质通论,一、蛋白质的元素组成与分类二、蛋白质的大小和分子量三、蛋白质的构象及结构的组织层次四、蛋白质功能的多样性,蛋白质主要元素组成:C、H、O、N、S 及 P、Fe、Cu、Zn、Mo、I、Se 等微量元素。,蛋白质平均含N量为16,这是凯氏定氮法测蛋白质含量的
2、理论依据: 蛋白质含量蛋白质含N量6.25,蛋白质的分类,结合蛋白质,根据组成分类,简单蛋白质,简单蛋白质分类,结合蛋白质分类,蛋白质结构的主要层次,一级结构,四级结构,二级结构,三级结构,primary structure,secondary structure,Tertiary structure,quariernary structure,蛋白质分子的构象示意图,蛋白质的主要生理功能,蛋白质(protein)是生活细胞内含量最丰富、功能最复杂的生物大分子,并参与了几乎所有的生命活动和生命过程。因此,研究蛋白质的结构与功能始终是生命科学最基本的命题。 生物体最主要的特征是生命活动,而蛋白质
3、是生命活动的体现者,具有以下主要功能:,催化功能;结构功能;调节功能;防御功能;运动功能;运输功能;信息功能;储藏功能 ,第二节 蛋白质的基本构件单位氨基酸,一、常见的蛋白质氨基酸的结构通式二、二十种常见的蛋白质氨基酸分类及结构三、不常见的蛋白质氨基酸和非蛋白质氨基酸四、氨基酸的性质五、蛋白质的水解,-氨基酸的通式,生物体内的氨基酸类别,蛋白质氨基酸: 蛋白质中常见的20种氨基酸 稀有的蛋白质氨基酸:蛋白质组成中,除上述20种常见氨基酸外,从少数蛋白质中还分离出一些稀有氨基酸,它们都是相应常见氨基酸的衍生物。如4-羟脯氨酸、5-羟赖氨酸等。 非蛋白质氨基酸:生物体内呈游离或结合态的氨基酸。,二
4、十种常见蛋白质氨基酸的分类、结构及三字符号,据R基团化学结构分类,脂肪族A (中性、含羟基或巯基、酸性、碱性),芳香族A(Phe、Tyr、Trp),杂环(His、Pro),据R基团极性分类,极性R基团AA,非极性R基团AA(种),不带电荷(种),据氨基、羧基数分类,一氨基一羧基,一氨基二羧基(Glu、Asp),二氨基一羧基(Lys、His、Arg),人的必需氨基酸LysTrpPheValMetLeuIleThrArg、His,带电荷:正电荷(种)负电荷(种),非极性R基团氨基酸,不带电荷极性R基团氨基酸,带电荷R基团氨基酸,甘氨酸 (Gly,G),丙氨酸 (Ala,A),缬氨酸 (Val,V)
5、,亮氨酸 (Lue,L),异亮氨酸 (Ile,I),中性脂肪族氨基酸,含羟基或硫脂肪族氨基酸,丝氨酸 (Ser,S),苏氨酸 (Thr,T),半胱氨酸 (Cys,C),甲硫氨酸 (Met,M),酸性氨基酸及酰胺,天冬氨酸 (Asp,D),谷氨酸 (Glu,E),天冬酰胺 (Asn,N),谷氨酰胺 (Gln,Q),碱性氨基酸,赖氨酸 (Lys,K),精氨酸 (Arg,R),组氨酸 (His,H),杂 环氨基酸,杂环氨基酸,组氨酸 (His,H),脯氨酸 (Pro,P),芳香族氨基酸,苯丙氨酸 (Phe,F),酪氨酸 (Tyr,Y),色氨酸 (Trg,W),氨基酸的性质,(1)酸碱性质和等电点 (
6、2)光学活性和光谱性质 (3)重要化学反应 与2,4一二硝基氟苯(DNFB)的反应(sanger反应):用于蛋白质N-端测定. 与苯异硫氰酯(PITC)的反应(Edman反应):用于蛋白N-端测定,蛋白质顺序测定仪设计原理的依据。 与茚三酮反应:用于氨基酸定量定性测定 成肽反应:氨基酸合成肽的反应基础,氨基酸的两性解离性质及等电点(pI),H = pI 净电荷=0,H pI净电荷为正,H pI净电荷为负,(pK1),(pK2),当氨基酸溶液在某一定pH值时,使某特定氨基酸分子上所带正负电荷相等,成为两性离子,在电场中既不向阳极也不向阴极移动,此时溶液的pH值即为该氨基酸的等电点(isoelct
7、ric point)。,甘氨酸滴定曲线,甘氨酸盐酸盐(A+),等电点甘氨酸(A),甘氨酸钠(A-),谷氨酸(A)和赖氨酸(B)滴定曲线和等电点计算,B,氨基酸光学活性和光谱性质,1、旋光性:除甘氨酸外,所有天然-氨基酸都有不对称碳原子,因此所有天然氨基酸都具有旋光性。2、紫外吸收光谱:参与蛋白质组成的20种氨基酸中色氨酸(Trp)、酪氨酸(Tyr)和苯丙氨酸(Phe)的R基团中含有苯环共轭双键系统,在紫外光区显示特征的吸收谱带,最大光吸收(max)分别为280、275、和257nm。由于大多数蛋白质都含有这些氨基酸残基,因此用紫外分光光度法可测定蛋白质含量。3、核磁共振(nuclear mag
8、netic resonance,NMR)波谱:原子核带有正电荷,只要自旋量子数不等于零,其行为就象饶轴自旋的小磁体,因而能与外加磁场相互作用,产生核磁共振。例如3H、13C、2H、14H、32P的核都属于这一类。,TryTyrPhe的 紫外吸收光谱,摩尔吸收系数,波长,TryTyrPhe的 紫外吸收光谱,摩尔吸收系数,波长,氨基酸与2,4一二硝基氟苯(DNFB)的反应(sanger反应),DNFB(dinitrofiuorobenzene),DNP-AA(黄色),+,+ HF,氨基酸,氨基酸与苯异硫氰酯(PITC)的反应(Edman反应),PITC(phenylisothiocyanate),
9、+,苯乙内酰硫脲衍生物(PTH-AA) (phenylisothiohydantion-AA),氨基酸与茚三酮反应,+,茚三酮(无色),紫色化合物,氨基酸的成肽反应,甘氨酸,甘氨酸,二酮吡嗪,蛋白质的水解,根据水解程度 完全水解 氨基酸混合物 不完全水解 大小不等的肽和氨基酸,根据水解方法 酸水解:多数氨基酸稳定,不引起消旋作用;Trp完全被破坏,羟基氨基酸部分分解,Gln和Asn的酰胺基被水解下来。 碱水解: Trp稳定;多数氨基酸被不同程度破坏,且产生消旋现象,Arg脱氨。 酶水解:不产生消旋作用,也不破坏氨基酸,但需多种酶协同作用。,第三节 蛋白质的共价结构,一、蛋白质中氨基酸的连接 方
10、式和一级结构二、肽键的结构和性质三、肽的物理和化学性质四、天然存在的活性肽五、蛋白质一级结构测定,肽(peptide)是氨基酸的线性聚合物,因此也常称肽链( peptide chain)。蛋白质是由一条或多条多肽链构成的大分子,蛋白质分子中氨基酸的排列顺序,包括二硫键的位置称为蛋白质的一级结构。,蛋白质中氨基酸的连接方式,肽单位,肽键,多肽链结构示意图,蛋白质的一级结构,多肽链中氨基酸的排列顺序,包括二硫键的位置称为蛋白质的一级结构(primary structure)。这是蛋白质最基本的结构,它内寓着决定蛋白质高级结构和生物功能的信息。,例:牛胰岛素的一级结构,肽单位,肽基的C、O和N原子间
11、的共振相互作用,共振产生的重要结果:限制绕肽键的自由旋转 形成酰胺平面 产生键的平均化 肽键呈反式构型,sp2,sp2,sp2,sp3,共振杂化体,天然存在的活性肽,类别:激素、抗菌素、辅助因子 实例:谷胱甘肽(glutathione) 短杆菌肽促甲状腺素释放因子(TRH) -天冬氨酰-苯丙氨酸甲酯(甜味剂),谷胱甘肽,谷胱甘肽在体内参与氧化还原过程,作为某些氧化还原酶的辅因子,或保护巯基酶,或防止过氧化物积累。,促甲状腺素释放因子 (TRH),短杆菌肽S,-天冬氨酰-苯丙氨酸甲酯,NH2 CH C NH CH C ,蛋白质顺序测定基本方法路线,基本策略: 片段重叠法氨基酸顺序直测法 基本步骤
12、: (1) 测定蛋白质分子中多肽链数目; (2)拆分蛋白质的多肽链,断开多肽链内二硫键; (3)分析每一条多肽链的氨基酸组成; (4)鉴定多肽链N末端、C末端氨基酸残基; (5)裂解多肽链成较小的片段; (6)测定各肽段的氨基酸顺序; (7)片段重叠法重建完整多肽链一级结构; (8)确定半胱氨酸残基间形成二硫键交联桥的位置。,蛋白质一级结构测定,二硫键的断裂,多肽N、C-末端氨基酸的测定,N端 Sanger法(二硝基氟苯反应) DNS法(丹磺酰氯反应) Edman法(苯异硫氰酸脂反应) 氨肽酶法 C端 肼解法 还原法 羧肽酶法,Edman化学降解法,1、偶联反应,2、环化反应,ATZ(噻唑啉酮
13、苯胺),少一个氨基酸残基的肽,3、转化反应,PTH-氨基酸(苯乙内酰硫尿氨基酸),ATZ(噻唑啉酮苯胺),丹磺酰氯(dansyl chlorid) 末端分析(DNS法),多肽,多肽,DNS-氨基酸,氨基酸混合物,+,-HCl,水解,多肽链的部分裂解,酶解法:如胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶化学法:如溴化氰法 羟胺法,溴化氰断裂法,消化道内几种蛋白酶的专一性,(Phe.Tyr.Trp),(Arg.Lys),(脂肪族),胰凝乳蛋白酶,胃蛋白酶,弹性蛋白酶,羧肽酶,胰蛋白酶,氨肽酶,羧肽酶,(Phe. Trp),氨基酸序列测定,基本方法: Sanger法 Edman降解法 DNS-Edman测序法蛋白质顺序
14、仪测序,片段重叠法确定肽段在多肽链中顺序示意,所得资料: 氨基末端残基 H 羧基末端残基 S 第一套肽段 第二套肽段 OUS SEO PS WTOU EOVE VERL RLA APS HOWT HO,借助重叠肽确定肽段次序:,末端残基 H S末端肽段 HOWT APS第一套肽段 HOWT OUS EOVE RLA PS第二套肽段 HO WTOU SEO VERL APS 推断全顺序 HOWTOUSEO VERLAPS,对角线电泳示意图,第四节 蛋白质的三维结构,一、 研究蛋白质构象的方法二、多肽主链折叠的空间限制三、R基团间的相互作用及稳定 蛋白质三维构象的作用力四、 二级结构与超二级结构五
15、、 纤维蛋白质的结构六、球状蛋白质的三级结构和结构域七、 亚基缔合和四级结构,X-射线衍射晶体结构分析示意图,R基团间的相互作用及稳定蛋白质三维构象的作用力a.盐键 b.氢键 c.疏水键 d.范得华力 e.二硫键,多肽链,酰胺平面与-碳原子的二面角( 和 ),二面角 两相邻酰胺平面之间,能以共同的C为定点而旋转,绕C-N键旋转的角度称角,绕C-C键旋转的角度称角。和称作二面角,亦称构象角。,完全伸展的多肽主链构象,-碳原子,酰胺平面,=1800,=1800,=00,=00的多肽主链构象,酰胺平面,=00,=00,侧链,非键合原子接触半径,可允许的和值:Ramachandran构象图,四、蛋白质
16、的二级结构,() 螺旋(helix)() 折叠(-pleated sheet)() 转角(-turn)() 无规则卷曲(nonregular coil),蛋白质的二级结构(secondary structure)指肽链主链不同区段通过自身的相互作用,形成氢键,沿某一主轴盘旋折叠而形成的局部空间结构,是蛋白质结构的构象单元主要有以下类型:,特征:1、 每隔3.6个AA残基螺旋上升一圈,螺距0.54nm; 2 、 螺旋体中所有氨基酸残基R侧链都伸向外侧,链中的全部C=0 和N-H几乎都平行于螺旋轴; 3、每个氨基酸残基的N-H与前面第四个氨基酸残基的C=0形成氢键,肽链上所有的肽键都参与氢键的形成
17、。,螺旋(helix),形成因素:与组成和排列顺序直接相关。多态性:多数为右手(较稳定),亦有少数左手螺旋存在(不稳定);存在尺寸不同的螺旋。,折叠(-pleated sheet),特征:两条或多条伸展的多肽链(或一条多肽链的若干肽段)侧向集聚,通过相邻肽链主链上的N-H与C=O之间有规则的氢键,形成锯齿状片层结构,即折叠片。类别:平行 反平行,转角(-turn),特征:多肽链中氨基酸残基n的羰基上的氧与残基(n+3)的氮原上的氢之间形成氢键,肽键回折1800 。,无规则卷曲示意图,无规则卷曲,细胞色素C的三级结构,超二级结构 (super-secondary structure),在蛋白质分
18、子中,特别是球状蛋白质中,由若干相邻的二级结构单元(即螺旋、折叠片和转角等)彼此相互作用组合在一起,形成有规则、在空间上能辨认的二级结构组合体,充当三级结构的构件单元,称超二级结构。,类型:卷曲的卷曲 -螺旋; 单元; X单元; -迂回;回形拓扑结构 一些已知功能的超二级结构: 螺旋-回折-螺旋(helix-turn-helix,HTH) 锌指(Zine Finger,ZF) 亮氨酸拉链(leucine zipper,LZ) 螺旋-环-螺旋(helix-loop-helix,HLH) EF手(EF-hand),超二级结构类型,1 2 3 4 5,5 2 3 4 1,-链, -迂回,回形拓扑结构
19、,回形拓扑结构, -迂回,螺旋区-回折-螺旋识别特定的DNA碱基序列,COOH,NH2,识别螺旋,锌指(Zine Finger)基元,亮氨酸拉链(leucine zipper)基元,(亮氨酸拉链蛋白结合在一个回文的靶DNA序列上的模式图),回文的靶DNA序列,亮氨酸拉链蛋白,螺旋区-环-螺旋(HLH)和DNA的相互作用,HLH同源二聚体,螺旋,螺旋,环,EF手图象(钙调蛋白的钙结合位点的螺旋区-泡区-螺旋区结构),Ca2+,Ehelix,Fhelix,E,F,结构域 (structure domail),类型: -螺旋域; -折叠域; +域; /域;无规则卷曲+-回折域;无规则卷曲+ -螺旋结
20、构域,结构域运动: 结构域本身都是紧密装配的,结构域之间通过松散的肽键形成牢固而又柔韧的连接,为域间较大幅度的相对运动提供了可能,这种结构调整与其整体功能的行使密切相关。,对于较大的蛋白质分子或亚基,多肽链往往由两个或两个以上相对独立的三维实体缔合而成三级结构,这种相对独立的三维实体称结构域。现在,结构域的概念有三种不同而又相互联系的涵义:即独立的结构单位、独立的功能单位和独立的折叠单位。,卵溶菌酶的三级结构中的两个结构域,-螺旋,-转角,-折叠,二硫键,结构域1,结构域2,蚯蚓血红蛋白中四个-螺旋组成的结构域,免疫球蛋白VL -折叠结构域,两个铁原子, /结构域,丙酮酸激酶结构域4,木瓜蛋白
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