PubMed数据库 研究生2020 公开课ppt课件.pptx

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1、,PubMed数据库,一、PubMed数据库简介二、PubMed 数据来源三、PubMed 记录字段四、PubMed检索功能 五、检索结果的处理六、免费注册，个性化功能,一、PubMed 简介,PubMed系统是由美国国立医学图书馆附属美国国立生物技术信息中心National Center for Biotechnology Information ( NCBI)1997年开发的全球免费的基于网络的生物医学文献数据库。有收录范围广、内容全、检索途径多、检索体 系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获 得全文内容涉及：临床、基础医学、药学、牙医学、护理学、公共卫生、营养、兽医学等专业,二、数据

2、来源,1、MEDLINE ：主体收录70余个国家5600多种生物医学期刊的题录、文摘和部分全文，是世界上最权威的医学数据库每一篇文献标引了医学主题词（MeSH）文献时间：1946年-2、In process citation，临时性医学文献数据库，由正在加工处理之中的文献记录组成。 其数据经过标引后向MEDLINE移加。3、Publisher supplied citation，出版商提供的电子版文献，未被MEDLINE收录的期刊,三、记录的字段,供检索和显示字段60多个,四、PubMed 检索功能,基本检索高级检索主题词检索其他检索途径期刊数据库检索、特定文献检索、临床查询,基本检索,AID

3、S AND therapy AIDS OR Acquired Immunodeficiency Syndrome Hepatitis NOT Animal 输入几个词，默认为AND组配关系从左到右顺序检索，括号优先,1、逻辑运算符(and or not) 复合检索,2、自动词语匹配 PubMed对输入检索框中的检索词进行自动转换匹配，将其逐步地与其数据库中 的各类词表核对 、转换、匹配 系统自动将关键词和主题词组合检索,MeSH Translation Table主题词注释表,Journals Translation Table期刊注释表,Author Index作者索引表,No Mappin

4、g,检索词拆分AND,自动转换匹配主题词,11,默认AND连接,针对特定的短语和词组的检索，需要在短语或者词组上用双引号引起来。如“single cell”， “oxygen free radicals”，作为一个不可分割词组在全部字段中检索，系统不进行自动转换匹配,避免自动匹配时将短语拆分造成误检，提高查准率,3、精确检索,加双引号 短语检索,13,oxygen free radicalsAll Fields,14,4、字段检索 限定字段检索更专指,Pubmed的记录字段有60多个格式：检索词字段标识符 例：hepatitisti不再扩展主题词Smith cauAidssoReviewpt2

5、002dp,5、截词检索,在词干的末尾加“*”号，PubMed就会检索出以该词为词根的所有的词。截词检索将关闭自动词语匹配功能。 输入bacter*，可检出bacteria、 bacterium、bacterial等词的文献 截词功能只限于单词，对词组无效。,6、作者姓名检索,格式：姓全称+名缩写 smith Jau2002年以后文献可用姓名全称检索,西方人姓名书写格式： First name、Last name,7、期刊名称检索,刊名全称 (e.g., molecular biology of the cell)刊名缩写 (e.g., mol biol cell)ISSN号 (e.g., 1

6、059-1524),19,如果期刊名称正好是一个MeSH中的词， (e.g, Gene Therapy, Science, or Cell)，建议期刊检索使用期刊字段标识ta(刊名字段)。否则系统会将其作MeSH词进行检索或在所有字段中进行检索。,molecular biology of the cell,高级检索,支持基本检索的规则和技术查看检索历史构建检索式,选择检索字段,22,选择字段,检索史,构建检索式,选择检索字段,主题词检索（MeSH Database）,自然语言检索的缺点： 人为的缩小：相同概念的多种说法 人为地扩大：输入的关键字可能命中文章某处，但并非文章重点,医学主题词表（M

7、edical Subject Heading，简称MeSH）由于自然语言存在大量的一词多义、一义多词、单复数变化等现象，这就给读者查找文献带来了很大困难。主题词将自然语言转换成规范化的人工语言，一个语词只表达一个概念，一个概念只用一个词语来表达。保证 一词输入，多词命中，提高文献查全率。MeSH的主要就是起到规范化作用，保证文献的作者、标引者和检索者在用词上的一致。 目前 28000多个主题词 部分文献记录不支持主题词检索,26,MeSH表的树状结构,树状结构表：根据每个主题词的词义范畴和学科属性，将全部主题词分门别类地归入16大类，又依次细分多个级别的类目，最多到11级） A Anatomy

8、 解剖学 B Organisms 生物体 C Diseases 疾病 D Chemicals&Drugs 化学物质与药物 E Analytical 诊断治疗技术与设备 F Psychiatry 精神病与心理学 ,MeSH表的树状结构,上、下位主题词,SubHeadings 副主题词,对一个主题词的某个方面进行修饰限定的词，又称限定词。提高查准率。本身无独立检索意义例如，hepatitis b这个主题词涉及到的病因、病理、诊断、治疗、微生物学等多个方面。副主题词与主题词的组配不是随机的，而是有一定规则的。如“诊断”、”治疗“不可与药物、生物等主题词组配，只能组配疾病类主题词。,使用MeSH查询文

9、献的步骤：1、将查询需求化为具体的陈述句。2、从这个陈述句中，抓出主要概念，作为查询关键字。3、将这些关键字分别放到MeSH Database 中，比对出最接近、适当的MeSH Terms，选择适合的副主题词。4、将所找到的MeSH Terms ，依陈述句中的逻辑，以ANDORNOT组合成检索策略。5、当检索策略完成，点选Search PubMed送入PubMed 查询。,30,点击Mesh Database按扭，进入主题词检索界面。,输入检索词,主题词检索界面的输入框内输入liver cancer，点击GO按扭，系统提示liver cancer不是Mesh词，规范主题词应该是liver ne

10、oplasms。,主题词,点击liver neoplasms，显示副主题词，可供选择。,可勾选副主题词,页面下部主要主题词限定；限制下位词扩检,不进行下位词扩检,限定作为主要主题词匹配,主题词树状结构表,查看上、下位主题词,用liver neoplasms选择副主题词surgery，点击add to search builder按扭，出现检索策略,点search PudMed 完成检索。,主题词检索策略,勾选副主题词,检索结束,期刊检索,输入刊名全称、缩写或国际标准期刊号（ISSN)检索特定期刊的编目信息；,单篇引文匹配Single Citation Matcher,临床查询Clinical Queries,五、检索结果处理结果筛选检索结果的显示与标记检索结果的保存及发送,结果显示界面：筛选过滤,时间、可获得性、类型、年龄、语种,排序方式、显示格式每页显示记录数,输出,勾选,结果显示界面,Full Text (全文的获取),45,六、注册，个性化功能：免费,46,加重显示，更方便,收藏文献夹检索历史自定义结果过滤,47,The end,