第七章 微生物的遗传和育种课件.ppt
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1、第七章 微生物的遗传变异和育种( Microbial genetics and breeding ),遗传变异的物质基础基因突变和微生物育种基因重组和杂交育种基因工程菌种的衰退、复壮和保藏,内 容,第一节 微生物遗传变异的物质基础,一、证明核酸是遗传变异物质基础的经典实验 (一)肺炎双球菌的转化实验(二)噬菌体的感染实验(三)烟草花叶病毒的拆开与重组实验,遗传物质类型,核基因组,核外染色体,真核生物,细胞质基因,线粒体,叶绿体等,共生生物,2m质粒等,原核生物,F因子(F质粒)R因子(R质粒)Col质粒Ti质粒巨大质粒降解性质粒等,二、遗传物质在细胞中的存在方式,核基因组:又称染色体基因组或基
2、因组,是一个物种的单倍体细胞核内的全部 DNA分子。基因:编码蛋白质或RNA等具有特定功能产物的遗传信息的基本单位,是染色体或基因组的一段DNA序列 。,(一) 核基因组和基因,1、 原核生物的基因组,(1)小,为双链的DNA分子,一般具有单一的复制起点;(2)基因组上遗传信息具有连续性;(3)功能相关的基因构成操纵子或形成重叠基因,且常转录为多顺反子mRNA(一个顺反子决定一条多肽链 )。(4)基因组的重复序列少而短;(5)结构基因的单拷贝及rRNA基因的多拷贝。,细菌染色体DNA的大小和结构,乳糖操纵子,一半乳糖苷透性酶,-半乳糖苷乙酰转移酶,-半乳糖苷酶,(1)典型的染色体结构,大,具有
3、许多复制起点;(2)一个基因组包含若干染色体,一般不呈环状;(3)功能上密切相关的基因集中程度不如原核生物,很少有关于操纵子的报道,一般为单顺反子;(4)基因不连续,分外显子和内含子;(5)有大量重复序列,有很多是不编码序列。,2、真核微生物的基因组,真核生物细胞中的DNA中只有不到5的DNA用于所需蛋白质的基因表达,其余的DNA起“结构”作用或“调节”作用。DNA被紧密地包装在多条染色体中,每条染色体中含有一个线状DNA分子,它以左手螺旋方向围着一个个组蛋白八聚体绕圈1.8周,形成串珠状的染色质,被串在一起的小颗粒称为核小体,染色质进一步卷曲形成每圈6个核小体、直径30 nm的染色质丝,它折
4、叠成许多超螺旋环附着在中央骨架上。,真核生物的染色体结构,真核生物基因结构,3、基因的命名三字命名法(1)基因名称一般用三个小写字母表示,且排成斜体; 例:赖氨酸基因: lysinelysLys (基因) (基因产物)(2)产生同一突变型表型的不同基因,用三个字母后面所加的斜体大写字母表示; 例:组氨酸基因his; 各组氨酸基因hisA;hisB(3)抗性基因,一般把“抗”用大写R注在基因符号右上角。如抗链霉素的基因为strR。,(二)原核生物的质粒,定义:是一类小型共价闭合环状的超螺旋dsDNA分子(circular covalently closed DNA, cccDNA) 。大小:大小
5、为1.5-300kb,相对分子量106108Da,携带有数个到数十个甚至上百个基因。,性质: 质粒是一种复制子,根据自我复制能力的不同,分为严紧型复制控制和松弛型复制控制两种。 在细胞质中独立存在,也可以整合入染色体上,以附加体的形式存在; 对于细菌的生存并不是必要的。 受理化因素影响,可消除。,功能:进行细胞间接合,并带有一些基因,如产生毒素、抗药性、固氮、产生酶类、降解功能等。存在范围:很多细菌等。制备和鉴定:本质是DNA应用:基因工程中的载体。,(一) 基因工程中应用的质粒,作为克隆载体的质粒应具备以下特点: 1、体积小,便于DNA的分离和培养; 2、分子量相对较小,呈环状,化学分离过程
6、中保持性能稳定; 3、有不受核基因组独立的复制起始点; 4、能稳定存在于细菌体内,有较高的拷贝数; 5、具有1个以上的遗传标志,便于筛选;,(1) pBR322质粒,(2)pUC质粒,2674bp,(1) F质粒,100Kb,转移区:负责合成和装配性菌毛(约28个基因)重组区:含有多个插入顺序,通过这些插入顺序进行同源重组 复制区:两个复制起始点:一个是OriS,供给F因子在宿主中自主复制时使用;另一个是OriT,供接合时进行滚环复制的起始点。,(二) 几种典型的质粒,R100,抗性转移因子,抗性决定R因子,抗性转移因子:控制质粒copy数及复制抗性决定R因子含有各种抗性基因。,(2)R质粒,
7、又称大肠杆菌素质粒或产大肠杆菌素因子。大肠杆菌素是由E.coli的某些菌株所分泌的细菌素,能通过抑制复制、转录、转译或能量代谢等而专一地杀死其它肠道细菌。大肠杆菌素都是由Col质粒编码的。,(3)Col质粒,200Kb,(4) Ti质粒,T-DNA的染色体整合机制,乙酰丁香酸羟基乙酰丁香酸,只在假单胞菌属中发现。降解性质粒是一系列能降解复杂物质的酶编码,从而能利用一般细菌所难以分解的物质做碳源。这些质粒以其所分解的底物命名,例如有分解CAM(樟脑)质粒,XYL(二甲苯)质粒,SAL(水杨酸)质粒,MDL(扁桃酸)质粒,NAP(奈)质粒和TOL(甲苯)质粒等。,(5)降解性质粒,近年来在根瘤菌属
8、中发现的一种质粒,分子量为200300106Da,比一般质粒大几十倍到几百倍,其上有一系列固氮基因。,(6) 巨大质粒,第二节 基因突变和诱变育种,一、基因突变突变:指细胞内(病毒内)遗传物质的分子结构或数量突然发生的可遗传的变化。野生型:从自然界分离到的任何微生物在其发生突变前的原始菌株。突变体:发生了突变的微生物细胞或菌株。,按是否容易、迅速地分离到发生突变的细胞来分:选择性突变株:具有选择标记(如营养缺陷性、抗性突变型、条件致死突变型),只要选择适当的环境条件,如培养基、温度、pH值等,就比较容易检出和分离到。非选择性突变株:无选择标记(如产量突变型、抗原突变型、形态突变型),检查大量菌
9、落并找出差异。,(一)基因突变的类型,依表型的改变分为:营养缺陷型抗性突变型条件致死突变型形态突变型抗原突变型产量突变型,定义:某一细胞在每一世代中发生某一性状突变的几率。,(二)突变率,若干细菌某一性状的自发突变率,菌 名 突变性状突变率E. coli抗T1噬菌体3 108E. coli抗T3噬菌体1 107 E. coli不发酵乳糖1 1010E. coli 抗紫外线1 105S. aureus 抗青霉素1 107S. aureus 抗链霉素1 109 Salmonella typhi抗25g/L链霉素1 106 Bacillus megaterium 抗异烟肼5 105,(三)突变的特点
10、,不对应性:突变的性状与突变原因之间无直接的对应关系。自发性:突变可以在没有人为诱变因素处理下自发地产生。稀有性:突变率低且稳定。独立性:各种突变独立发生,不会互相影响。,可诱发性:诱变剂可提高突变率。稳定性:变异性状稳定可遗传。可逆性:从原始的野生型基因到变异株的突变称为正向突变,从突变株回到野生型的过程则称为回复突变或回变。,(四)基因突变的自发性和不对应性的证明,在各种基因突变中,抗性突变最为常见。一种观点认为,突变是通过适应而发生的,即各种抗性是由其环境诱发出来的,突变的原因和突变的性状间是相对应的,并认为这就是“定向变异”,也有人称它为“驯化”或“驯养”。另一种看法则认为,基因突变是
11、自发的,且与环境是不相对的。由于其中有自发突变、诱发突变、诱变剂与选择条件等多种因素错综在一起,所以难以探究问题的实质。,1. 变量试验-统计学原理,抗T1噬菌体的大肠杆菌的波动试验,2.涂布试验-突变率,突变率的计算,初始接种量:5 104 个/皿;培养5小时,繁殖了12.3代,每个菌落约含5100个细菌,这时每个平皿上的细胞数为:5100 5 104 2.6 108个/皿在6个平板上,比接种时增加的细胞数为:6 (2.6 108 5 104)= 15.6 108在未涂布的平板上共发现28个突变,故突变率 = 28/15.6 108 = 1.8 108,3. 平板影印培养试验,1952年,J
12、. Lederberg夫妇的论文影印平板培养法和细菌突变株的直接选择,更好地证明了微生物的抗药性是在未接触药物前自发地产生的,这一突变与相应药物环境毫不相干。,A,A,A,平板影印培养法,(五)基因突变的机制,1. 诱发突变,诱变剂:凡能提高突变率的任何理化因子。种类:诱变剂的种类很多,作用方式多样。即使是同一种诱变剂,也常有几种作用方式。,(1)碱基置换,定义:只涉及一对碱基被另一对碱基所置换。分类: 转换:DNA链中的一个嘌呤被另一个嘌呤或是一个嘧啶被另一个嘧啶所置换; 颠换:DNA链中的一个嘌呤被一个嘧啶,或是一个嘧啶被一个嘌呤所置换。,直接引起置换的诱变剂,定义:可直接与核酸的碱基发生
13、化学反应的诱变剂。(在体或离体都起作用)种类:很多。如亚硝酸、羟胺和各种烷化剂(硫酸二乙酯,甲基磺酸乙酯,N-甲基-N硝基-N-亚硝基胍,N-甲基-N-亚硝基脲,乙烯亚胺,环氧乙酸,氮芥等)。,以亚硝酸为例:使碱基发生氧化脱氨作用。 HNO2胞嘧啶(C) 尿嘧啶(U) HNO2腺嘌呤(A) 次黄嘌呤(H) HNO2鸟嘌呤(G) 黄嘌呤(X),碱基转换的分子机制,腺嘌呤(A)变成次黄嘌呤(H)后引起的转换过程,烯醇式次黄嘌呤,酮式次黄嘌呤,这类诱变剂主要是一些碱基类似物 ,如:5-溴尿嘧啶(5-BU)和5-氨基尿嘧啶(5-AU)、叠氮胸腺嘧啶(AIT)等等; 作用:通过活细胞的代谢活动参入到DN
14、A分子中,主要是在DNA复制时碱基类似物插入DNA中,引起碱基对配对错误,造成碱基置换。,间接引起置换的诱变剂,5-BU引起的转换,1,3,2,同一种诱变剂既可造成正向突变,又可产生回复突变。代谢类似物只对正在进行新陈代谢和繁殖着的微生物才起作用,而对休止细胞、游离的噬菌体粒子或离体的DNA分子不起作用。,(2)移码突变,诱变剂使DNA分子中增加或缺失一个或少数几个核苷酸,从而使该部位后面的全部遗传密码发生转录和转译错误的一类突变。由移码突变所产生的突变株,称为移码突变株。诱变剂:丫啶类染料和ICR类的化合物。,丫啶类化合物的诱变机制,至今还不很清楚。有人认为,由于它们是一种平面型三环分子,结
15、构与一个嘌呤嘧啶对十分相似,故能嵌入两个相邻DNA碱基对之间,造成双螺旋的部分解开(两个碱基对原来相距0.34nm,当嵌入一个丫啶分子时,就变成0.68nm),从而在DNA复制过程中,会使链上增添或缺失一个碱基,结果就引起了移码突变。,丫啶类化合物诱发的移码突变及其回复突变,(3)染色体畸变,某些理化因子,除了能引起点突变外,还会引起DNA的大损伤-染色体畸变。包括:缺失、重复、易位、倒位、染色体数目的变化,在染色体组中或染色体组间能改变自身位置的一段DNA顺序称转座因子,也称作跳跃基因或可移动基因。包括插入序列,转座子和转座噬菌体。DNA序列通过非同源重组的方式,从染色体某一部位转移到同一染
16、色体上另一部位或者其他染色体上某一部位的现象称为转座。,转座因子和转座,转座因子的特点,通过转座因子的复制,可将新形成的拷贝以非同源重组的方式转移到染色体的新部位上;携带有编码转座酶的基因,该酶是转移位置,是转座所必须的;两端各有一段一定长度的末端重复序列,既可以是正向重复,也可以是反向重复。,插入序列(insertion sequence,IS ),分子量最小(仅0.71.7kb),只能引起转座效应几乎不含其它基因。已知的IS有5种,即 IS1、IS2、IS3、IS4和IS5。E.coli的F因子和核染色体组上有一些相同的IS(如IS2,IS3等),通过这些同源序列间的重组,就可使 F因子插
17、入到E.coli的核染色体组上,从而使后者成为Hfr菌株。,因IS在染色体组上插入的位置和方向的不同,其引起的突变效应也不同。IS引起的突变可以回复,其原因可能是IS被切离,如果因切离部位有误而带走IS以外的一部分DNA序列,就会在插入部位造成缺失,从而发生新的突变。,转座子(transposon,Tn),Tn的分子量是居中的(一般为225kb)。它含有几个至十几个基因,其中除了与转座作用有关的基因外,还含有抗药基因或乳糖发酵基因等其它基因。Tn虽能插到受体DNA分子的许多位点上,但这些位点似乎也不完全是随机的,其中某些区域更易插入。,Mu噬菌体( mutator phage),是E . co
18、li的一种温和噬菌体。与必须整合到宿主染色体特定位置上的一般温和噬菌体不同,Mu噬菌体并没有一定的整合位置。分子量最大(37kb),它含有20多个基因。Mu噬菌体引起的转座可以引起插入突变,其中约有2%是营养缺陷型突变。,转座子荣居自然界最丰富基因榜首位 在进化和生物多样性中扮演了关键角色自然界中的基因有千万种,哪类基因最为常见和最为丰富?由美国南佛罗里达州立大学、圣迭戈州立大学和芝加哥大学科学家组成的研究小组在对大量基因组进行成功解码后找到了答案,那就是有“自私DNA(脱氧核糖核酸)”之称的转座子。转座子基因的丰度和广度表明,它们在进化和生物多样性的保持中发挥了至关重要的作用。转座子因其独特
19、的行为在科学界获得了诸多“名号”。目前仅知的功能就是到处传播自己,故有人昵称其“自私基因”;根据转座子可在生物体内或生物体之间移动,并产生不断变化的遗传物质的特性,也有人将其叫做“跳跃基因”。南佛罗里达州立大学海洋科学学院研究员米亚布赖特巴特称,转座子还有个称呼叫“剪贴基因”,它们能持续地改变和移动,有时甚至还能将其他基因一起带来。此项发表在最新一期核酸研究(Nucleic Acids Research)上的发现之所以引起广泛关注,不仅是因其给这些常见的DNA片段带来了新的认识,还在于科学家们在该项目中所进行的大规模的计算。该项目由圣迭戈州立大学牵头,使用了阿贡国家实验室的一台目前世界上最快的
20、计算机用于测序分析。研究小组对数千种细菌、古细菌、真核和病毒的基因组序列以及数千种环境群落宏基因组中的蛋白编码基因和基因标签进行了分析。,布赖特巴特说,科学家们常在研究项目中使用转座子基因来进行各种实验,以对研究的生物体内的基因实施变异、破坏或是敲除等。但转座子也能带来新的功能,并创造出生物体内的多样性。研究人员表示,转座子基因在基因组中是如此的无所不在,以至于它们常常被忽略。它们能从一个地方迁移到另一个地方,引发出通常而言是有害的变异和重组,但偶尔其也能帮助生物体存活。生物学教科书一般认为在光合作用中能固定二氧化碳的酶是地球上最为丰富的酶,也据此推测能对这种酶进行编码的基因也应当是最丰富的。
21、共同研究者之一、开罗大学的拉米阿齐兹表示,科学家们都会期待那些重要的基因会出现在自然界最丰富基因榜的前列,不过研究却发现,被某些科学家称为“垃圾DNA”的转座子反倒统治着已知基因世界。不过,转座子基因在整个自然界中并非均匀分布,有些基因组中有许多转座子基因,而另一些基因组中则缺失转座子基因。布赖特巴特表示,科学家们才刚刚开始理解转座子在环境中的存在和作用,这些极其成功的基因正到处扩散其DNA,制作大量的副本并侵入所有类型的生命体。在此前的研究中,已知转座子在人类基因组中占据40%的份额,不过从没有在不同生态系统中对其进行综合评估。阿齐兹表示,现在人们终于知道,在截至目前所采样的几乎每个生态系统
22、中都有大量的此类基因存在,这些基因加速了变异和多元化的进程,从而驱动了不同生物体的进化。,2. 自发突变,自发突变的可能机制环境因素;微生物自身有害代谢产物的诱变效应(过氧化氢);DNA复制过程中碱基配对错误引起的。,(六)紫外线对DNA的损伤及其修复,嘧啶比嘌呤对紫外线的敏感性。紫外线的主要作用是使同链DNA的相邻嘧啶间形成共价结合的嘧啶二聚体和水合物。在互补双链间形成嘧啶二聚体的机会较少。但一旦形成,就会妨碍双链的解开,因而影响DNA的复制和转录,并使细胞死亡或者突变。,1、光复活作用,定义:经紫外线照射后的微生物立即暴露于可见光下时,可明显降低其死亡率的现象。最早在灰色链霉菌中发现。最明
23、显的是在E.coli的实验中: 对照:8106个/ml E.coli U.V. 100个/ml E.coli 试验:8106个/ml E.coli U.V. 360490nm 2106个/ml E.coli 可见光,30分,300500nm,光解酶,黑暗,2、暗修复作用,1、核酸内切酶切开二聚体的5末端,形成3-OH和5-P的单链缺口2、核酸外切酶从5-P到3-OH方向切除二聚体,并扩大缺口。3、DNA聚合酶以另一条互补链为模板,从原有链上暴露的3-OH端起合成缺失片段。4、连接酶将新合成的3-OH与原有的5-P相连接。,第三节、基因重组,基因重组:两个独立基因组内的遗传基因,通过一定的途径转
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