PUBMED检索 非常全面解读课件.ppt

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1、PubMed检索,2012年9月,PubMed(http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed)是由美国国立医学图书馆（National Library of Medicine，NLM) 的国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI)开发的一个以网络为基础的医学文献检索系统,是NCBI庞大的检索体系Entrez的一部分。,概况,概况,收录从1948年至今80多个国家和地区37种文字的5400多种生物医学期刊上的文献2000多万条。每日更新（周二到周六），每天增加20004000条完整记录。PUB

2、MED引文90%为英文文献，79%有英文摘要。,PUBMED收录的文献包括4个数据库： 1. Medline 2. In Process Citations 3.Publisher-Supplied Citations 4. OldMedline,概况,概况,Medline是NLM最主要的文献数据库，覆盖了医学、护理、口腔、兽医、卫生等各个学科。收录1948年以来生物医学期刊上的文献。该数据库文献的标识为：PubMed-indexed for MEDLINE。这部分文献的一个明显标志就是其数据都标引有主题词、文献类型、GeneBank获取号以及其他的一些标引数据。,概况,In Process

3、Citations中的记录提供基本的题录信息和文摘，没有标引主题词。其标识为：PubMed-in process，PubMed每天（周二至周六）添加新文献到In Process Citations中。In Process Citations中的数据经标引部门标引主题词、文献类型、GenBank获取号等标引数据后加入到Medline数据库之中。标识改为： PubMed-indexed for MEDLINE。,概况,PublisherSupplied Citations 中记录由出版商以电子版形式直接传送到PubMed， 标识为：PubMed-as supplied by publisher，大

4、部分出版商提供的文献处于正在加工状态，经标引后加入到MEDLINE中。此外，还有少部分出版商提供的文献不进行标引，保持PubMed-as supplied by publisher标识或PubMed标识。出版商在印刷版期刊出版之前向PUBMED传送的电子版内容将显示Epub ahead of print标识。,概况,OldMedline:收录部分1966年以前出版且未被Medline收录的文献记录，标识为PubMed-OldMedline,概况,PubMed在不断增加新数据的同时，还会向数据库中追加更早的数据，目前（2012.9.15)通过PubMed可查到的最早文献为1809年出版的Medi

5、co-chirurgical transactions上的文献，且为免费全文。 需要注意的是：In Process Citations和Publisher-supplied Citations数据未标引主题词，因此使用主题词检索只能查到Medline中的数据。,检索字段及标识符,AD(Address): 第一作者所属单位和地址ALL(All Fields): 全部字段 AU(Author): 作者姓名DP(Publication Date): 出版时间EDAT(Entrez Date): 录入时间1AU(First Author Name): 第一作者姓名FAU(Full Author Nam

6、e): 作者姓名全称(02年以后）LASTAU(Last Author) 最后一个作者（通讯作者）IP(Issue): 期号、部分号、增刊号IS(ISSN): 国际标准刊号LA(Language): 原文语种,检索字段及标识符,MH(Mesh Terms): 主题词MAJR(Mesh Major Topic): 主要主题词PG(Pagination): 页码（起页）PT(Publication Type): 出版类型SB(Subset): 文献子集SH(Mesh Subheadings): 副主题词TA(Journal Title Abbreviation): 刊名缩写TI(Title): 文

7、章题名TIAB(Title/Abstract): 题名摘要TW(Text Words): 文本词VI(Volume): 卷号,限定字段检索,两种方式：1. 通过“Advanced Search”页面的“Builder”选择字段并构建检索式，详见“Advanced Search”。2.检索式：检索词字段标识 例：Smith Jau Chila hypertensionmh 2000:2011dp 2011/01/01:2011/01/31edat注：时间格式：YYYY/MM/DD,开始检索,在检索框中输入一个或多个检索词，单击“Search”执行检索。在多个检索词间可使用布尔逻辑运算符 “AND

8、”、“OR”、“NOT” ，需注意的是，逻辑运算符须用大写字母，逻辑运算符的优先顺序为从左向右的顺序，可通过加括号提高运算的优先级。 检索词可以是主题、作者名或期刊名等。,自动匹配检索,对于输入检索框中未加标识的检索词，PubMed依次在下列词表中查找匹配的内容：MeSH translation tableJournals translation tableFull Author translation tableAuthor indexFull Investigator (Collaborator) translation tableInvestigator (Collaborator) i

9、ndex,自动匹配检索,如果在6个词表的任何一个中找到匹配的内容，则匹配结束。例如：如果输入的检索词在主题词转换表中找到与其相匹配的主题词，则使用该主题词进行检索并结束匹配，不会在其他词表中进行匹配。 如果输入的单个词在6个词表中都未找到匹配的内容，其将被在all fields中进行检索；如果输入的词组未找到匹配的内容，该词组将被拆成单词并分别对其进行匹配后将匹配结果以AND连接。输入的检索词被自动匹配后的具体检索式可通过Advanced search页面中的details选项查看或在检索结果页面右侧的Search details栏中查看。,自动匹配检索,自动匹配检索,自动匹配检索,作者检索,

10、两种方式：1.以作者姓全称加名首字缩写的格式输入姓名，PubMed通过自动匹配自动在作者字段进行检索。2.通过Advanced Search页面中的“Search Builder ”下拉列表选择“Author”字段，在字段后的检索框中输入作者姓名，姓名的输入具有自动完成属性。作者检索有自动截词功能，可通过在姓名前后加双引号并加作者字段标识au关闭该功能，如：“Smith J”au,作者检索,作者检索,如果只输入作者的姓，则PubMed会在所有字段中对其进行检索，如只想将其作为作者检索，需加作者字段标识au。 2002年以后的论文，如果提供作者全名，可使用作者全名进行检索。作者姓名可正序或倒序，

11、如：juila s wong或wong julia s。为了区分姓名全称与首字缩写，需加标全名字段标识fau，如：peterson dofau,期刊检索,三种方式：使用PubMed资源的“Journals Database”查询特定期刊上的文章。通过Advanced Search页面中的“Builder ”下拉列表选择“Journal”字段，在字段后的检索框中输入刊名全称、Medline缩写及ISSN直接在检索框中输入刊名全称、Medline缩写及ISSN，PubMed通过自动匹配自动在刊名字段进行检索。,期刊检索,如果刊名是Mesh词（如：Gene Therapy、Science、Cell)

12、，或刊名是单个单词（Scanning)，如只想将其作为刊名检索，需加刊名字段标识ta。 推荐使用刊名全称或缩写查找，因为有些过早的文献没有ISSN。,词组检索,对于输入PubMed的多词词组，PubMed会查询词组索引，如果查到相应词组则将其作为一个检索词来检索。如果未查到相应词组，则将其拆分成单个词，分别进行检索并以逻辑和（AND）进行组配，如：single cell相当于检索single AND cell。可通过如下方式强制将其作为一个词组进行检索： 1. 加双引号，如：“single cell” 2.加标段标识tw: single celltw 3.使用短横线“-”将两词连接起来：sin

13、gle-cell 4.使用截词符*：single cell*,词组检索,截词检索和禁用词,截词检索： 可通过在词干后加“*”检索以该词干开头的所有词的文献。需要注意的是：截词检索将关闭PubMed的自动单词匹配功能以及Mesh主题词的扩展检索功能 。如：输入heart attack*，不会启动自动匹配功能检索与之匹配的Mesh主题词“Myocardial Infarction”及其下位更专指的主题词的相关文献。截词功能最多可使用600个词形变化。超过600个会显示如下图的提示信息。,截词检索和禁用词,截词检索和禁用词,PubMed在检索时忽略一些常用的英语词汇，下表为禁用词列表,Advance

14、d Search,PUBMED的Advanced Search页面整合了多种对检索有用的辅助功能，可实现如下操作： Searching by a specific field Browsing the index of terms Combining searches using history Previewing the number of search results Displaying the search details,Searching by a specific field,通过高级检索页面的“ PubMed Advanced Search Builder ”可以进行特定字段

15、的限定检索。首先在下拉列表中选择要检索的字段，然后在检索框中输入检索词，再选择“AND”、“OR”、“NOT”三种逻辑关系之一，即可将输入的检索词在所选字段中检索的策略以相应的逻辑关系加入到检索框中。,Searching by a specific field,Searching by a specific field,Index-Browsing the index of terms,通过“Builder”检索框后面的“Show index list”选项可查询在所有字段或某一特定字段中的索引，可以从索引中选择一个或几个词来完善检索策略。,Index-Browsing the index o

16、f terms,History-Combining searches using history,检索史按检索式运行的顺序列出各检索式，包括检索式序号、检索策略、检索时间、检索到的文献条数。 检索史最多保存100条检索式，检索史将在离开PubMed或其他Entrez数据库8小时后消失。单击检索式后的文献数链接可显示该检索式的检索结果。 可通过检索策式的序号对检索策略进行组配，如：#2 AND #6， #3 AND (drug therapy OR diet therapy)单击检索史窗口下方的Clear History按钮可将所有检索式删除。,History-Combining searche

17、s using history,点击检索式序号将弹出一选项菜单，提供的选项包括布尔逻辑操作符AND,OR,NOT,点击相应的操作符菜单，将把该条检索策略加入到检索框中，并与检索框中现有的检索式进行选中的逻辑组配。除逻辑操作符外，弹出的选项菜单还提供如下选项：Delete from history:从检索史中删除该条检索式Show search results:查看该条检索策略的检索结果Show search details:显示该条检索策略的具体执行情况Save in My NCBI：在My NCBI中保存该条检索策略。,History-Combining searches using his

18、tory,Details- Displaying the search details,“Details”(细节）可实现如下功能：1.查看检索策略被PubMed的自动单词匹配功能、检索规则和句法转换后的形式。2.存储和编辑检索策略并重新发送出该项策略。,Details- Displaying the search details,Details- Displaying the search details,http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=%22myocardial%20infarction%22%5BMeSH%20Terms%5D%20OR%20%

19、28%22myocardial%22%5BAll%20Fields%5D%20AND%20%22infarction%22%5BAll%20Fields%5D%29%20OR%20%22myocardial%20infarction%22%5BAll%20Fields%5D%20OR%20%28%22heart%22%5BAll%20Fields%5D%20AND%20%22attack%22%5BAll%20Fields%5D%29%20OR%20%22heart%20attack%22%5BAll%20Fields%5D&cmd=DetailsSearch,Preview- Preview

20、ing the number of search results,制定好检索策略后，单击“Add to history”，可在显示文献条目之前，预览检索到的文献条数，节省查找文献的时间；通过该功能可以逐渐增加检索词来完善检索策略。,More Resources,Using Clinical Queries,Using Clinical Queries,PubMed在其临床查询页面为临床医生提供如下特殊的PubMed检索服务: Search by Clinical Study Category Finding Systematic Reviews Medical Genetics Searche

21、s,Search by Clinical Study Category,1. 按临床研究类别检索文献 使用内建过滤器专门查询有关临床研究类别的文献，提供5种研究类别（etiology、diagnosis、therapy、prognosis、clinical prediction guides）和2种强调类型（narrow specific search、broad sensitive search）,Research Methodology Filters,Search by Clinical Study Category,2.查询系统综述 系统综述包括如下文献类型： systematic r

22、eviews meta-analysis reviews of clinical trials evidence-based medicine consensus development conferences guidelines,Finding Systematic Reviews,也可以通过在选择过滤器页面选择Article types为“Systematic Reviews”或直接在检索框中输入检索词加上 “AND systematicsb”来检索系统综述。,Finding Systematic Reviews,Medical Genetic Researchs,3. 医学遗传学研究用

23、来查找医学遗传学相关的各主题的文献，包括： Diagnosis Differential Diagnosis Clinical Description Management Genetic Counseling Molecular Genetics Genetic Testing,Using Clinical Queries,Topic -Specific Queries,列出了为临床医生和卫生服务研究者进行特殊目的检索的目录，可以按检索目的、检索主题以及特定期刊子集等分类来检索相关信息。,Topic -Specific Queries,Topic -Specific Queries,Topi

24、c -Specific Queries,Mesh Database,通过主题词数据库可以查询Mesh词、副主题词、出版类型、物质名和药物作用等，并生成检索策略。可以使用Mesh词、Mesh款目词、副主题词、出版类型、物质名或Mesh范畴注释中的词检索Mesh数据库中的数据。,Mesh Database,Mesh Database,Single Citation Matcher,以填空的方式填入已知的期刊信息，查询一篇已知论文或指定期刊某一卷或期上的一批论文。,期刊名和作者名有自动完成属性，输入部分信息会提示以该信息开头的全部期刊名或作者名。,Single Citation Matcher,检索

25、结果处理,PubMed的检索结果默认显示为Summary格式，此外还提供Abstact、Medline、XML、Pmid list等显示格式。选中想要的检索结果，可将其保存为文本文件，或通过email发送，也可在线订阅全文（需付费）。在检索结果页面右侧有对当前检索结果进行分组显示的标签、检索其他NCBI数据库的链接及当前检索的Details查看等内容。在页面的左侧有选择过滤器选项，可以选择限定条件对检索结果进行进一步限定。,检索结果处理,过滤器可限定只检索那些提供全文或免费全文的文献，也可将检索策略限定于特定的年龄组、性别、人类与动物研究、语种、文献类型、PubMed的特定文献子集等。由于in

26、 process citations和publisher supplied citaions没有进行标引，因此选择某些限定功能，PubMed将仅在Medline中进行检索。 选择了某种限定条件并进行检索后当前的限定条件显示于检索结果页面上方，进行新的检索时需单击限定条件右侧的“Clear” 清除当前的限定条件，或单击检索结果页面上方限定条件后的“Clear All”清除所有限定条件，否则将使用相同的限定条件进行检索。,Display Results,Display Results,Display Results,Abstract 格式,Send to,Clipboard,Clipboard给我

27、们提供一个临时存放所选文献的空间。Clipboard中的文献将在离开PubMed或其他Entrez数据库8小时后消失。Clipboard的最大容量为500篇文献。 去重作用：对于已经存在于Clipboard中的文献将不能再存入Clipboard之中。 Clipboard中的文献默认的检索式序号为#0，可以此对其进行布尔逻辑检索操作，如：检索剪贴板中的英文文献可使用检索式：#0 AND englishla,Clipboard,Clipboard,Send to File,File:按规定格式保存为本地文件Collections:在My NCBI的 collections中永久保存所选文献， 一次

28、最多1000条E-mail:将检索结果以所选格式发送 给指定的e-mail，一次最多发送 200条文献Order:定购所选文献全文，需注册， 付费My Bibliography:将检索结果直接保存到My NCBI帐户中的My Bibliography中。Citation Manager:将检索结果输出到EndNote, Reference Manager和ProCite等参考文献管理软件,My NCBI,注册My NCBI并登录后，可以对NCBI网站的服务进行个性化设置，可实现如下操作： 保存检索策略 保存检索结果 设置在检索结果中高亮显示检索词 建立内容更新的e-mail提醒（需确认） 在检索结果中显示网站资源的链接 选择过滤器对检索结果进行分组,Save Search,Input your search name(less than 100 characters),My NCBI,The End!,