计算ECD操作方法ppt课件.ppt
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1、量子计算ECD操作方法,计算步骤:初始构象(NOESY, 单晶结构, Chemdraw优化)Sybyl2.0 Random research结构优化(量子计算)能量计算(ECD光谱)图谱拟合(波兹曼能量分布公式),初始构象,化合物PBAB-8NOESY(ROESY):重要的相关信号参考类似化合物单晶结构Chemdraw优化,类似化合物单晶结构,化合物结构,Chemdraw优化构型导入Chem 3D,1、先在chemdraw里画好结构,并确定好构型。另存为mol 格式。2、将mol 格式导入到Chem 3D里。如果导入之后构型没有发生变化,则直接进行能量最小化操作;若导入之后构型发生了变化,选中
2、那个需要改变的手性碳,然后使用structure里的invert功能,变成想要的构型。3、能量最小化操作。,Chemdraw优化构型导入Chem 3D后 invert structure,Chemdraw优化能量最小化,Chemdraw优化能量最小化,1、如上张幻灯片进行参数设置,然后点击 run 。2、待能量最小化结束之后,另存为sybyl2(* mol 2)格式。,8,Sybyl2.0 Random research,文件导入。Fileimport filemol 2格式OK。注意使用英文的文件夹,要不然显示乱码。Random research 参数设置。注意jobname是自动生成的文件
3、夹,需要更改。结果分析,Sybyl2.0 Random research,Search 之后,会自动在电脑的C盘用户中生成mdb文件(文件名为之前设置的jobname名字),mdb文件夹里生成很多构象的mol2 格式的文件。Search 之后,会自动在电脑的C盘用户中生成tbl文件(文件名为之前设置的jobname名字),tbl文件在后面的结果分析analyze search中会用到。,结果分析,结果分析,打开tbl文件。,结果分析,tbl文件打开之后按能量排序。,结果分析使用chem 3D软件1、根据能量由小到大排序,从能量小的开始逐个检查(用chem 3D软件将mdb文件夹里的mol2结构
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