《现代分子生物学》第八章 真核生物基因表达调控ppt课件.ppt
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1、基本概念与原理一、基因表达的时间性及空间性,(一)时间特异性,目 录,第八章 真核生物基因表达调控,(二)空间特异性,基因表达伴随时间顺序所表现出的这种分布差异,实际上是由细胞在器官的分布决定的,所以空间特异性又称细胞或组织特异性(cell or tissue specificity)。,在个体生长全过程,某种基因产物在个体按不同组织空间顺序出现,称之为基因表达的空间特异性(spatial specificity)。,目 录,二、基因表达的方式,按对刺激的反应性,基因表达的方式分为:,(一)组成性表达,某些基因在一个个体的几乎所有细胞中持续表达,通常被称为管家基因(housekeeping g
2、ene)。,无论表达水平高低,管家基因较少受环境因素影响,而是在个体各个生长阶段的大多数或几乎全部组织中持续表达,或变化很小。区别于其他基因,这类基因表达被视为组成性基因表达(constitutive gene expression)。,(二)诱导和阻遏表达,在特定环境信号刺激下,相应的基因被激活,基因表达产物增加,这种基因称为可诱导基因。,可诱导基因在特定环境中表达增强的过程,称为诱导(induction)。,如果基因对环境信号应答是被抑制,这种基因是可阻遏基因。可阻遏基因表达产物水平降低的过程称为阻遏(repression)。,在一定机制控制下,功能上相关的一组基因,无论其为何种表达方式,
3、均需协调一致、共同表达,即为协调表达(coordinate expression),这种调节称为协调调节(coordinate regulation)。,三、基因表达调控的基本原理,(一)基因表达的多级调控,基因激活,转录起始 转录后加工mRNA降解,转录起始,(二)基因转录激活调节基本要素,基因表达的调节与基因的结构、性质,生物个体或细胞所处的内、外环境,以及细胞内所存在的转录调节蛋白有关。,1. 特异DNA序列和调节蛋白质,指的是反式作用因子与顺式作用元件之间的特异识别及结合。通常是非共价结合,被识别的DNA结合位点通常呈对称、或不完全对称结构。,绝大多数调节蛋白质结合DNA前,需通过蛋白
4、质-蛋白质相互作用,形成二聚体(dimer)或多聚体(polymer)。,3. RNA聚合酶, 原核启动序列/真核启动子与RNA聚合酶活性,RNA聚合酶与其的亲和力,影响转录。, 调节蛋白与RNA聚合酶活性,一些特异调节蛋白在适当环境信号刺激下表达,然后通过DNA-蛋白质、蛋白质-蛋白质相互作用影响RNA聚合酶活性。,第一节 概述 真核生物和原核生物在基因表达调控上有以下几点不同:1. 真核生物的转录激活总是伴随着转录区染色质结构的变化。2. 基因表达调控一般以正调控为主。3.真核生物的转录和翻译在时间和空间上是分离的,调控的环节更多,复杂性更高。4 真核生物基本上是采取逐个基因调控表达的形式
5、。,真核生物转录的起始是基因表达调控最主要的步骤。真核生物基因的表达能在几个连续步骤中的任一步中以基因特有(gene specific)的方式受到调控。真核生物体内各种细胞表型的差异主要是编码蛋白质的基因的表达不同引起的。这些编码蛋白质的基因都经过RNA聚合酶转录。,DNA水平的调控,染色质丢失 低等生物及动物红细胞,不可逆基因扩增基因重排 基因片段改变原衔接顺序,重排为完整的转录单位,DNA甲基化 与基因的表达成反比关系直接改变基因的构型影响转录因子与顺式作用元件结合5端调控序列甲基化后与核内甲基化CG序列结合蛋白结合DNase高敏感区为去甲基化的标志,真核细胞会发生基因扩增(gene am
6、plification),即基因组中的特定段落在某些情况下会复制产生许多拷贝。基因的扩增无疑能够大幅度提高基因表达产物的量,但这种调控机理至今还不清楚。,真核生物基因表达调控的主要控制点包括:1. 基因结构的激活(基因的活化) 2. 处于活化状态基因的转录由转录起始阶段控制。3. 转录过程中的调控4. 转录产物的后加工除了加帽、加尾、去除内含子和连接外显子以外,在核RNA水平上,真核生物还可以通过改变剪接类型实现调控蛋白质产物的类型。5. 胞浆中一个特定的mRNA是否被翻译仍被调控。,基因结构的激活(基因的活化) 染色质的结构、染色质中DNA和组蛋白的结构状态都影响基因的活化,有以下现象:(1
7、)染色质结构影响基因转录。异染色质(heterochromatin) 中从未见有基因转录表达;(2)组蛋白的作用,可能扮演了非特异性阻遏蛋白的作用;核小体结构中的组蛋白乙酰化(acetylation)和泛素化(ubiquitination),以及H3组蛋白巯基化等现象,都是核小体不稳定或解体的因素或特征。转录活跃的区域也常缺乏核小体的结构。这些都表明核小体结构影响基因转录。,(3)转录活跃区域对核酸酶作用敏感度增加。对DNase 高敏感点多在调控蛋白结合位点的附近,该区域核小体的结构发生变化,可能有利于调控蛋白 结合而促进转录。 (4)DNA拓扑结构变化。 RNA聚合酶转录方向前方DNA的构象
8、是正性超螺旋,正性超螺旋会拆散核小体,有利于RNA聚合酶向前移动转录;,(5)DNA碱基修饰变化甲基化最常发生在某些基因5侧区的CpG序列中,实验表明这段序列甲基化可使其后的基因不能转录,甲基化可能阻碍转录因子与DNA特定部位的结合从而影响转录。 由此可见,染色质中的基因转录前先要有一个被激活的过程,但目前对激活机制还缺乏认识。,细胞中处于“活化”状态的基因才得到表达,变成“活化”结构是基因表达的第一步。核心组蛋白N末端乙酰化修饰与基因调控有关。“活化基因”与核心组蛋白乙酰化的增强有密切关系。,最近关于组蛋白乙酰化与转录过程的直接联系已有报道。普遍认为,其N端尾链的正电荷性很可能与转录因子发生
9、竞争,夺取DNA磷酸骨架的负电荷性,因此特定赖氨酸残基的乙酰化大大降低了组蛋白-DNA的相互作用,把染色体从抑制状态下释放出来,激活转录。因此,对核心组蛋白乙酰化的调节,是基因调控的一个控制点 。,基因的活化,染色质重组装是指染色质或核小体的结构、成分变化,这些变化具有转录调控作用。在染色质重组装过程中,连接组蛋白H1成分的时序变化以及核心组蛋白的乙酰化,都对早期发育过程的转录调控起了关键性的作用。染色质重组装控制着早期转录抑制状态向激活状态的转变,是母型基因控制向合子型基因控制过渡(即所谓“中期囊胚转换(midblastula transition, MBT)的重要途径。,第二节 真核生物基
10、因转录调控,真核生物绝大多数基因调控发生在转录起始阶段,但由于基因表达的控制可发生在多个阶段,因此RNA产物的产生并不一定会形成蛋白质产物。组织特异性基因表达调控是真核细胞分化的核心。控制胚胎发育的转录因子大多具有这方面的特点。,一、基因转录的顺式调控元件,真核基因的顺式作用元件按照功能可以分为启动子、增强子以及沉寂子。(一) 启动子的选择RNA聚合酶的启动子有含有TATA框的典型启动子和不含TATA框的非典型启动子两种。,哺乳类RNA聚合酶启动子中常见的元件,TATA框是核心启动子中有效的定位成分,也是上游启动子和增强子产生诱导效应所必需的。,1含有TATA框的启动子,有时一个基因上有串联着
11、的两个TATA框,它们可分别地或有侧重地对不同的诱导物作出应答。淀粉酶基因在唾液腺和肝脏中分别选择了转录效率不同的两个转录起始点。,2非典型的启动子 少数基因没有典型的TATA框启动子序列。非典型启动子有的富含GC框,有的则没有GC框。富含GC的非典型启动子的转录 含有这类启动子结构的基因的转录起始是不规则的,并且只有基础水平表达。持家基因(housekeeping gene)多以这种转录方式。,无TATA框、GC框的基因转录 这类基因启动子上没有TATA框,却在转录起始点附近处形成起始子(initiator,Inr) 。这种元件的保守序列为PyPyANT/APyPy。RNA聚合酶在这些基因上
12、的转录起始于一个或数个紧密成簇的起始元件转录起始子的A位上。,(二)、增强子增强子(enhancer)最早是在SV40病毒中发现的一段长约200bp的DNA片段,可使旁侧基因的转录效率提高100倍。以后在多种真核生物甚至是原核生物都发现了增强子。增强子是真核细胞中通过启动子来提高转录效率的一种远端的顺式调控元件。,增强子相对于启动子的位置不固定。有效的增强子可以位于基因的5端,也可位于3端,还可 位于内含子区,一般跨度为100200 bp。增强子和启动子一样由多种组件构成,其基本的核心元件常由812bp组成,可以有完整的或部分的回文结构,以单拷贝或多拷贝串联的形式存在。,1. 增强子的特性:增
13、强子能提高同一条DNA链上相邻启动子转录的效率和速率。增强子对同源或异源基因同样有效。增强子的位置可在基因5上游、基因内或基因的3下游序列中。增强子在DNA双链中没有5与3固定的方向性,将增强子倒置依然有效。,增强子可以远离转录起始点,通常在14 kb。增强子一般有组织或细胞特异性。增强子的活性与其在DNA双螺旋结构中的空间方向性有关。增强子必需有启动子才可以发挥作用。,(三)沉寂子最早在酵母中发现,以后在T淋巴细胞的T抗原受体基因的转录和重排中证实这种负调控顺式元件的存在。目前对这种在基因转录降低或关闭中起作用的序列研究还不多,但从已有的例子看到:沉寂子的作用可不受序列方向的影响,也能远距离
14、发挥作用,并可对异源基因的表达起作用。,二、通用调控中的调控效应元件,受共同控制的一组基因经常共用一个被转录调控因子识别的启动子元件。能够使基因应答此类因子的元件被称为效应元件(response element)。如热激效应元件和糖皮质激素效应元件等。为顺式作用元件。,效应元件具有与启动子上游元件或增强子相同的特点。它们含有短的保守序列,调控因子的结合区在保守序列上,只要单个效应元件就可以受调控因子的调控。效应元件可能位于启动子内,也可能位于增强子内。,金属硫蛋白的调控说明了调控的通用原理,几个不同的元件中的任一个,无论位于启动子中还是增强子中都能独立激活基因表达。热激应答在原核和真核生物中许
15、多基因的表达控制中很普遍,温度增加关闭一些基因的转录,同时开放热激基因(heat shock gene)的转录,从而引起mRNA翻译的变化。,三、反式作用因子,以反式作用影响转录的因子可统称为转录因子(transcription factors, TF)。RNA聚合酶是一种反式作用于转录的蛋白因子。在真核细胞中RNA聚合酶通常不能单独发挥转录作用,而需要与其他转录因子共同协作。对TF研究最多。RNA聚合酶的转录活性依赖于基本转录因子,在转录前先形成转录复合体,其转录效率受许多蛋白因子的影响,协调表达更为复杂。,人类型启动子的转录因子因子 分子量 功能RNA Pol 10K 依赖模板合成RNAT
16、FA12,19,35K 稳定TFD和DNA的结合,激活TBP亚基TFB33K 结合模板链(-10+10),起始Pol结合,和TFE/F 相互作用TFD(TBP,30K) TBP亚基识别TATA,将聚合酶组入复合体中,TAFs识别 特殊启动子TFE34K() 结合在Pol的前部,使复合体的保护区延伸到下游 57K()TFF38, 74K 大亚基具解旋酶活性(RAP74),小亚基和Pol结合, 介导其加入复合体TFH 具激酶活性,可以磷酸化PolC端的CTD,使Pol逸出, 延伸TFI120K 识别Inr,起始TFF/D结合TFJ 在TFF后加入复合体,不改变DNA的结合方式TFS RNA合成延伸
17、,不同基因由不同的上游启动子元件组成,能与不同的转录因子结合,这些转录因子通过与基础的转录复合体作用而影响转录的效率。现在已经发现有许多不同的转录因子,看到的现象是:同一DNA序列可被不同的蛋白因子所识别;能直接结合DNA序列的蛋白因子是少数,但不同的蛋白因子间可以相互作用,因而多数转录因子是通过蛋白质蛋白质间作用与DNA序列联系并影响转录效率的(见图)。转录因子之间或转录因子与DNA的结合都会引起构象的变化,从而影响转录的效率。,作为蛋白质的转录因子从功能上分析其结构可包含有不同区域,DNA结合域(DNA binding domain),多由60100个氨基酸残基组织的几个亚区组成;转录激活
18、域(activating domain),常由30100氨基酸残基组成,这结构域有富含酸性氨基酸、富含谷氨酰胺、富含脯氨酸等不同种类,以酸性结构域最多见;连接区,即连接上两个结构域的部分。不与DNA直接结合的转录因子没有DNA结合域,但能通过转录激活域直接或间接作用于转录复合体而影响转录效率。,DNA结合基序,与DNA结合的转录因子大多以二聚体形式起作用,与DNA结合的功能域(又称基序motif)典型的有以下几种:锌指结构(zinc finger)基序螺旋-环-螺旋(helix-loop-helix, HLH)亮氨酸拉链(leucine zipper)螺旋-转角-螺旋(helixturnhel
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