第15章聚合酶链式反应ppt课件.ppt
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1、第十五章聚合酶链式反应,聚合酶链反应 (Polymerase Chain Reaction ,PCR) 80年代中期发展起来的体外核酸扩增技术。 具有特异、敏感、产率高、 快速、 简便、重复性好、易自动化等突出优点;能在一个ephendof管内将所要研究的目的基因或某一DNA片段于数小时内扩增至十万乃至百万倍。,PCR的特点,PCR技术简史,2、PCR的实现 1985年美国PE-Cetus公司人类遗传研究室的Mullis 等发明了具有划时代意义的聚合酶链反应。其原理类似于DNA的体内复制,在试管中给DNA的体外合成提供一种合适的条件。3、 PCR的改进与完善, Mullis 最初使用大肠杆菌
2、DNA 聚合酶 I 的Klenow片段。缺点是:Klenow酶不耐高温, 90会变性失活,每次循环都要重新加;引物链延伸反应在37下进行,容易发生模板和引物之间的碱基错配,其PCR产物特异性较差,合成的DNA片段不均一。 1988年初,Keohanog改用T4 DNA聚合酶进行PCR其扩增的DNA片段很均一,真实性也较高,但该酶不耐高温。 1988年Saiki 等从温泉中分离的一株水生嗜热杆菌(thermus aquaticus) 中提取到一种耐热DNA聚合酶。PCR技术得以广泛应用。,1983,Mullis建立了PCR反应体系,1987获专利1987,PE-Cetus公司推出PCR自动化热循
3、环仪1988,PE-Cetus公司获得基因工程方法生产的耐 热DNA聚合酶1989,PE-Cetus公司获得PCR方法、天然Taq酶 及重组Taq酶三项专利,1989年美国Science杂志列PCR 为十余项重大科学发明之首,比喻1989年为PCR爆炸年,Mullis荣获1993年度诺贝尔化学奖。,1988年,在PCR系统引入热稳定的Taq DNA聚合酶,多次循环后Taq DNA聚合酶仍然具有活性,因此反应体系自动往复多次地进行对所需DNA片段的酶促合成,使反应产物按指数增长,所以命名为聚合酶链式反应。,第一节 聚合酶链式反应扩增原理,PCR是Kary Mullis于1985年发明的一种模拟天
4、然DNA复制过程,即利用DNA 聚合酶(如Taq DNA聚合酶)等在体外条件下,催化一对引物间的特异DNA片段合成的基因体外扩增技术。 该系统能在体外将特异DNA片段一短时间内迅速扩增106以上。PCR是由引物、聚合酶、底物等组成。该反应全过程分三步:变性、退火和延伸。 类似于DNA的体内复制过程,其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。,模板DNA变性: 模板DNA经93左右加热一定时间后,双链DNA模板解离成为单链。 模板DNA与引物的退火(复性): 模板DNA经加热变性成单链后,温度降至55左右,引物与模板DNA单链的互补序列配对结合。由于加入的引物比模板DNA的分子数远远过量,故
5、引物与模板DNA形成复合物的机率远高于DNA分子自身的复性。 引物的延伸: DNA模板-引物结合物在TaqDNA聚合酶的作用下,以dNTP为反应原料,靶序列为模板,按碱基配对与半保留复制原理,合成一条新的与模板DNA 链互补的单链。,PCR 循环 第一步 加热变性,PCR 循环- 第二步 引物与靶序列退火,PCR 循环 - 第三步 - 引物延伸,第1个 PCR 循环完成后 得到两个拷贝的靶序列,30次循环后靶序列扩增的数量,No. ofNo. Amplicon CyclesCopies of Target122438416532664201,048,576301,073,741,824,PCR
6、的基本原理,重复13步2530轮,目的DNA片段扩增100万倍以上,DNA双螺旋,DNA单链与引物复性,DNA变性形成2条单链,子链延伸DNA加倍,通常进行聚合酶链式反应,主要考虑反映体系 、反映参数和 DNA变性时间与终变时间三个方面内容 。,(一)反应体系 聚合酶链式反映体系的总体积依试验要求而定 。例如,在50ul聚合酶链式反应(PCR)体系中,加入下列试剂:20pmol上游引物和 20pmol下游引物 ,20mmol/L Tris-Hcl(pH8.3, 20 )、1.5mmol/L MgCl2 、25mmol/L KCl、 0.05% Tween20 、100ug/ml 明胶或无核酸酶
7、的牛血清蛋白、50umol/L dNTP、 2U Taq DNA 聚合酶、 100-200ngDNA模板,将试剂混匀。,(二)反应参数 聚合酶链式反应(PCR)参数包括循环中三阶段的温度及持续时间控制,以及循环的次数,这在一定程度上影响着聚合酶链式反应的成功与否 。通常PCR 反应所采取的反应参数为: 变性温度 95 60s 退火温度 3865 60s 延伸温度 72 12s 循环次数 3035次 复性温度决定 与所用引物的长短与碱基组成,一般需要通过实验来确定。,(三)DNA变性时间与终延伸时间 为了使模板DNA双链充分打开 ,开始时模板DNA变性要适当延长,一般设预变性(predenatu
8、re)94 35min。一般在扩 增完成后,PCR产物中可能含有长短不一的分子,都需要一步长时间的延伸反应,称为终延伸(post extention),时间要保持在10 min左右,以获得尽可能完整的产物,这对以后进行克隆或测序反应尤为重要。反应终止后,可以放到4 中保存,以备电泳检测。,一、反应系统,1Taq DNA聚合酶,Taq DNA聚合酶活性半衰期为92.5 130min,95 40min,97 5min。现在人们又发现许多DNA聚合酶, 这些酶的活性在高温下活性可维持更长时间。 Taq DNA聚合酶的酶活性单位定义为74下,30 min, 掺入10 nmol/L dNTP到核酸中所需
9、的酶量。 在100l PCR反应中,1.5-2 U的Taq DNA聚合酶就足 以进行30轮循环。用的酶量可根据DNA、引物及其它因 素的变化进行适当的增减。酶量过多会使产物非特异性 增加,过少则使产量降低。,在细胞内参与DNA复制的因子有:DNA聚合酶、DNA连接酶、DNA模板、RNA引物、核苷酸底物、无机离子,解旋酶等,并且反应系统要调节到适宜PH值。 双链DNA变性的温度为94,在PCR问世初期,在每一循环结束时补充新酶,1976年Chien分离出热稳定聚合酶,1986年Erich分离纯化出适于PCR的热稳定性Taq聚合酶,为PCR成为实用方法奠定了基础,现已可用这因重组法生产Taq聚合酶
10、。 Taq DNA聚合酶的最适温度为7580,合成速率约为150个核苷酸/s每个酶分子,即使在70,延伸速率亦可达60个核苷酸以上。普通PCR一般选择72作为延伸温度。,Taq聚合酶在扩增过程中可引起错配,错误掺入核苷酸的比率为1/7500。当采用低浓度的dNTP(各20umol/L)、1.5mmol/L Mg2+及复性温度高于55时,可提高酶的专一性,降低合成的错配率。也可以使用具有35外切核酸的活性的DNA聚合酶参与反应,降低错配率。但是,35外切核酸酶会破坏引物和单链模板,在使用时,应将有35外切核酸酶活性的和无35外切核酸酶活性的酶联用,这样可使错配率降低3倍(2.510-5降低到8.
11、510-6)。,Taq聚合酶具有类似于末端脱氧核苷酸转移酶(Tdt)的活性,可在新生成的双链DNA产物的3端加上一个碱基,尤其易加dATP。因此,克隆PCR产物到载体上时,可采取两种方法:一是直接将构建的dT载体与PCR产物连接;二是先用Klenow片段将PCR产物的3端的A去掉变为平端,与平端载体连接。 Taq聚合酶Taq具有反转录活性,在2-3mmol/L Mg2+浓度下,68时出现类似反转录酶的活性,利用这一活性,可直接用于反转录PCR,尤其适合短片段的扩增。,以往Taq聚合酶进行PCR扩增时,一般只能扩增小于400bP的DNA片段。经过对PCR操作、此酶的结构和功能的改进,已能扩增20
12、kb以上的DNA分子。 通常100ulPCR反应液中含1-2.5ul Taq聚合酶宜,最佳酶浓度在0.55u范围内确定,另外值得注意的是,尽管Taq聚合酶热稳定性较好,但保存时,温度须20。,2模板,PCR反应的模板可以是单链分子、 双链分子、线状分子或环状分子,可以是DNA,也可以是RNA。(线状分子比环状扩增的效果稍好)。当用RNA作模板时首先要先进行反转录生成cDNA,然后再进行正常的PCR循环。模板来源较广泛,可以从培养的细胞、细菌、病毒和组织中等提取,也可从收集的病理样品和考古标本等获得。 模板的数量和纯度均会影响PCR结果:一般反应中的模板数量为102 -105个拷贝。过多可能会增
13、加非特异性产物。DNA中的杂质也会影响PCR的效率。,3引物,引物可以决定PCR扩增产物的特异性与长度。PCR有两种引物,即5端引物与3端引物,是一种寡核苷酸片段,分别与模板5端序列和3端序列互补。 引物设计的一般原则: (1)引物长度:引物不宜太短或太长,一般以16-36bP为宜,引物太短会影响PCR的特异性,引物过长会增加成本和引物的Tm值,Tm值如果超过Taq DNA聚合酶的最适延伸温度,也会明显影响产物的特异性。 (2)G+C含量:引物中G+C含量一般4060为宜。,(3)碱基分布:4种碱基应随机分布,嘌呤或嘧啶不要有3个以上连续排列。尤其是在引物3端,否则会形成引物与核酸G(或C)富
14、集区之间的错误互补,影响PCR的特异性。 (4)引物自身不含互补序列。 (5)两个引物之间的互补或同源碱基应4个。 (6)引物与非特异性靶区之间的同源性要70或者连续互补同源碱基8。 (7)引物3端不能错配。3端最好是G或C,切忌A。 (8)引物5可以修饰,包括增加酶切位点、用生物素、荧光物质、地高辛等标记,以及引入突变位点、启动于序列和蛋自质结合DNA序列等。 一般PCR反应中的引物终浓度为0.2-1.0mol/L。引物过多会产生错误引导或产生引物二聚体, 过低则降低产量。,4底物 dNTP为PCR合成DNA的底物,各种dNTP浓度相同,一般浓度为20200umolL。,5缓冲液,根据经验,
15、一个50100ul的标准反应系统,应包括20umol/LTris-Hcl缓冲液(PH7.5)、100mmol/LKCI、1mmol/L DTT、0.1mmol/LEDTA、0.5Tween 20和1.5mmol/LMgCl2。TrisHCl缓冲液可稳定pH值,Kcl有利于引物退火,而DTT与Tween 20,则可以保护Taq聚合酶的催化活性。 在PCR反应系统中应加入Mg2+,因为Taq聚合酶活性需要Mg2+,但该离子浓度变化亦不能过低或过高,过低时酶活性降低,而过高会催化非特异性扩增,且酶活性还会受到抑制。此外, Mg2+的浓度还会影响引物的退火、模板与PCR产物的解链温度、引物二聚体的生成
16、等过程。,二、反应过程及条件,1变性 PCR扩增循环变性的温度和时间分别为95、30s,或97、15s。提高变性温度可以使变性时间缩短,但温度过高或时间过长会破坏Taq聚合酶及dNTP。一般选择温度为94或95,时间为3060s。,2复性,变性结束后,DNA快速冷却,以便模板与引物转到复性(即退火)步骤。复性温度过高,融合率低,甚至为零。温度太低,则会增加非特异性结合。复件温度可根据引物长度及其GC含量来确定,引物长度在1525bp之间,Tm(解链温度)值可以按公式:4(GC)2(AT)来计算,引物过长,Tm值会偏高。实际操作中,复性温度可以比Tm值低68为宜。,3延伸,Taq聚合酶的最适温度
17、在7075之间。延伸步骤的温度般选择72左右,这时Taq聚合酶的延伸速度为35100个核苷酸/s。延伸时间的选择可参考下表。在扩增的产物中若存在大量的二级结构时,应加长延伸时间。,4循环次数,循环次数主要取决于初始模板或靶分子的浓度,但循环次数不可以无限地增加,因循环次数过多会导致非特异性产物及增加碱基错配率。,经过若干次循环,酶的活性、dNTP与引物的浓度会逐渐降低,这些因素都会使PCR产物逐渐停止指数增长状态,进而转变到线性或静止增长状态,后一种状态称为平台期。,5扩增产物的分析与克隆,将PCR产物直接(或酶切后)进行琼脂糖凝胶电泳检测,判断扩增片段的有无及分子量大小,还可采用特异性探针或
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