PubMed数据库检索系统.ppt

PubMed数据库检索系统,PubMed重点,PubMed数据库的建立维护机构：NCBINLM 和NCBI的全称和中文含义PubMed的文献收录范围其对应的光盘数据库（MEDLINE）和印刷型检索工具的名称（医学索引、牙科文献索引、国际护理索引）PubMed检索方式：主题词检索、自由词检索、索引浏览检索、字段限定检索、逻辑组配检索、截词检索、强制检索（短语）,PubMed检索功能界面：基本检索、主题词检索、期刊浏览、引文匹配（单篇引文和多篇引文）、临床咨询。PubMed不同检索界面的使用，强调不同检索内容在哪个界面使用。检索式的组配检索，检索式表达的内容。PubMed主题词标引所用词表：MeSHPubMed主题词加权检索的含义（主要主题词）和扩展检索的含义（主题词及下位词同时检索）检索结果中题录的著录格式,一.历史与背景,INDEX MEDCUSMEDLINE(MADLARS on line)美国国立医学图书馆（National Library of Medicine,NLM）建立并维护的一个大型的医学文献数据库。属于MADLARS 检索系统中使用频率最高的数据库。Medline 数据库收录了自1966年以来70多个国家40多个语种的约4，300多种生物医学期刊的题录及文摘，其中80%以上为英文文献，75%-85%含有文摘。,MEDLINE包括三种索引：医学索引（Index Medicus）、牙科文献索引(Index to Dental Literature)、国际护理索引(International Nursing Index)。MEDLIN数据库涉及内容包括：基础医学、临床医学、护理学、口腔科学、兽医学、卫生保健、营养卫生、职业卫生、卫生管理等。,MEDLARS MEDLARS（Medical Literature Analysis and Retrieval System），是美国国立医学图书馆建立的大型生物医学信息检索系统。于20世纪60年代开始提供脱机检索服务，70年代形成了第一个联机检索数据库MEDLARS ON-LINE，首先将MEDLINE数据库进行了联机检索，并很快建立了国际联机检索系统。MEDLINE CD,MEDLINE WEB PubMed,http:/pubmed http:/,一、PubMed简介（一）数据库建立和维护 美国国立医学图书馆下属的生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information,NCBI)建立并维护。文献类型：期刊论文、综述、以及与其他数据资源链接。特点：提供原文获取服务,（二）PubMed数据库来源 1MEDLINE 主要收录1966年至今的文献。,文献标记中除了有PMID号和MEDLINE UI号 外，还注有PubMed-indexed for MEDLINE 的说明。,2 PreMEDLINE 主要保存处于加工阶段的文献（PubMedIn process）,3直接提供的其它文献记录,这部分文献记录中只有PubMed识别码PMID,另外还有PubMed in process的说明。,PubMed检索方式PubMed主要提供以下几种检索方式：1主题词检索。2自由词检索。3索引词表检索。4字段限定检索。,二、PubMed检索功能,Author address AD Author AU Language LA Journal Title TA EC/RN Number RN MeSH Major Topic MAJR MeSH Subheadings SH MeSH Terms MH Publication Type PT Text Words TW Title TI Title/Abstract TIAB,5组配检索。注意：布尔组配符号AND、OR、NOT 需大写，顺序自左到右。6.截词检索 transplant*7.强制检索 短语检索“liver cancer”,PubMed引文和期刊全文查询功能 由于PubMed与生物医学文献出版商联合，使其作为检索引用文献以及链接这些出版商站点，获取全文数据的一种工具。1.引文链接 2.全文链接 有收费全文、免费全文两种形式。免费全文：出版商直接提供；PMC（PubMed Center）中心提供,三、PubMed主要功能,1、基本检索功能包括简单检索界面和高级检索界面2、PubMed ToolsSingle Citation Matcher 单篇引文匹配Batch Citation Matcher 批引文匹配Clinical Queries 临床咨询Topic-Specific Queries 特殊主题咨询,3、More Resources MeSH Database 主题词数据库Journals Database 期刊数据库 Clinical Trials 临床实验数据库,（一）PubMed主要检索功能 简单检索、高级检索、限定检索,四、PubMed检索,PubMed的自动转换 PubMed提供词语的自动转换（Automatic Term Mapping）功能。在基本检索状态下，如果输入的检索词是不加限制的，PubMed利用该功能，实现MeSH、刊名、短语的转换和著者的自动转换。通过“Search Details”可查看转换结果。转换词表：MeSH转换表 刊名转换表 短语列表 著者索引表,1.简单检索（Go）简单检索界面允许实现检索词的逻辑组配、截词(*)和短语等检索,但逻辑组配需用大写（AND；OR；NOT）。,词汇联想功能,举例,1、bad breath2、bad breath causes3、“bad breath”4、lung cancer AND smok*,查找作者,输入作者的姓（last name)和名(first initial)，中间不用标点符号。例：alving c 结果包括Alving CR Alving CJ 等,高级检索Advanced search,在该界面，可以进行字段检索、索引检索；并提供察看检索历史等功能。Preview：显示所输入检索式的检索记录数（检索历史）；,限定字段,检索历史,索引检索,直接显示检索结果数量,字段限定检索,举例：检索近5年婴幼儿“巨细胞病毒感染与听力损伤”方面文献。（cytomegalovirus、Hearing loss）字段限定为“题目摘要”,索引词表检索（Index）。Index：即利用数据库中索引词表进行检索。该界面可以对不同的字段进行索引和检索，并提供逻辑组配检索功能。,举例,1、Add to History 功能演示：endometriosis2、Index：downs syndrom(e)downs syndrom(e)down syndrom(e)3、p16 和p53在肝癌中的表达,对检索结果的限定条件 可以进行出版时间、语种、文献类型、年龄、性别等方面的限定，以进一步缩小检索范围。进行限制后只能检索medline中的内容，“in process”and“supplied by publisher”因还没有进行字段制作，不能检索到。一旦勾选了某种限定条件，对后面的检索词语一直限定，除非取消。,举例,查找近两年有关子宫内膜异位症的综述文献。（endometriosis endometriosis限定在题目摘要字段）,查找近10年发表在“Obstetrics and gynecology”杂志上的有关子宫内膜异位症的临床试验文献。,History检索史 回顾检索历史 察看检索过的所有检索式 重新编辑组合检索式进行新的检索,练习,1、在基本检索界面分别输入下列词语并点击“Details”察看结果：bad breath，bad breath causes，“bad breath”，lung cancer AND smok*2、检索“p16 在肝癌中的表达”方面的文献 限定 人类，五年，免费全文，英文中文,练习,限定和索引综合应用：婴幼儿巨细胞病毒感染与听力损伤。（cytomegalovirus、Hearing loss）检索PubMed收录青岛大学医学院2000年以来所发表的文献。,（二）主题词检索,进入方式：1、在高级检索的最下方“More Resources”有链接：,2、在主页面中“More Resources”有链接：,利用MEDLINE主题词/副主题词检索,并可提供多个主题词之间的逻辑组配检索。注意：PubMed中的MeSH检索将查不到references in process 或 the publisher supplied references 中的记录，因为这些记录还未标引MeSH词。主题词检索有时会漏检最新出版、发表的文献。为查找到有关某一主题的相关文献，需要同时需采用自由词和主题词结合检索.,使用该功能可选择规范化主题词、副主题词、查看词义注释、浏览树状结构表等，可执行主题词检索，可以提高检索效率。在MeSH Database的检索框中，输入检索词，如果不是MeSH词，系统将提供同义或近义MeSH给于选择，同时显示MeSH树。,例：主题词检索界面的输入框内输入liver cancer，点击GO按扭，系统提示liver cancer不是MeSH词，规范主题词应该是liver neoplasms。,点击主题词liver neoplasms，显示副主题词，可供选择。,系统同时还显示检索的限定。如主要主题词限定；限制下位词扩检。,系统同时还显示其树状结构表。,用liver neoplasms选择副主题词radiotherapy、therapy，点击Add to search builder添加到检索框中，点击Search PubMed进行检索。（见后页）,举例 P16和P53在肝癌中的表达,练习检索近两年重点研究“前列腺癌诊断”的文献。Prostate cancer要求：主要主题词检索;将检索时间限定在近两年。,（三）临床咨询。是一个关于临床治疗、诊断、病因和预后四个方面的临床文献查询界面。,举例：检索癫痫(epilepsy)的治疗方面的文献。,（四）期刊浏览检索。查询特定期刊及特定期刊论文的检索界面。点击主页面的Journals database按扭。系统转到期刊数据库首页界面。期刊数据库，可通过刊名全称、刊名简称Medline缩写格式、ISSN号、刊名中的单个或若干个词来查找特定的期刊。点击界面中部的links to full-text web sites将列出与PubMed有全文链接的期刊刊名，按字顺排列。可查找期刊中的文献。,举例：在检索框中输入“science”,查找某期刊中的文献,1、基本检索界面下，刊名可输入全称；或MEDLINE认可的标准缩写形式；以及ISSN。如 Molecular biology of the cell2、利用“Journals database”3、利用“single citation matcher”,如何查找在“science”杂志上发表的文献,1.在高级检索界面 science 限定字段Journal2.在期刊检索界面 science选中send to search boxsearch3.在期刊名字的右边的 Links 按钮 点击PubMed检索该刊中的文献,（五）引文匹配 提供通过已知的文献线索，查询特定文献的摘要、作者、文献题目等信息。包括单篇引文匹配和成匹引文匹配两个界面。,检索Tang BK在Biochemical Pharmacology杂志第29卷第14期上发表的文章。要求：用单篇引文匹配检索。,练习,1、期刊检索查找在“Adv Cancer Res”杂志上发表的文章。2、引文匹配检索：要求写出其他合著者和找到全文。Brown BK,et al.Monoclonal antibodies to hosphatidylinositol phosphate neutralize human immunodeficiency virus type 1:role of phosphate-binding subsites.J Virol.2007 Feb;81(4):2087-91.Epub 2006 Dec 6.,Special Queries,检索结果显示和下载,文献显示格式：summary；xml；abstracts；citation；medline 文献排序方式：sort by（时间、作者、期刊）每屏显示文献数量：show 20500,文献输出 send to：,练习,检索有关用losartan,reserpine两种药物联合治疗“高血压”(hypertension)的文献。要求1：用词表下位词扩展检索。要求2：对检索结果先用一个Web页显示,然后用一个文件保存下来。,PubMed 个性化服务:My NCBI PubMed提供个性化服务功能，需要进行免费注册，注册后即可利用该服务。内容包括：文献过滤显示功能 保存检索式 定题服务,