PubMed数据库的使用.ppt

1,科技信息检索与利用,西文综合检索工具之 PubMed数据库的使用主讲：孙振领老师湘南学院图书馆2009.09,2,1.数据库资源介绍 PubMed是位于美国国家医学图书馆(National Library of Medicine,NLM)的美国生物技术信息中心（National Central of Biology Information,NCBI）于1997年研制开发的互联网上医学文献服务系统，可检索自1950年以来包括美国国家医学图书馆创建的MEDLINE数据库的期刊文献以及其它生命科学期刊中的生物医学论文。PubMed还提供了部分全文链接以及相关外部资源的链接。,3,1.数据库资源介绍资源地址：http:/资源介绍MEDLINE 在PubMed中所有MEDLINE数据库的数据标识为：PubMed-indexed for MEDLINE,4,MEDLINE数据库是NLM创建的有关世界医学领域中最重要的书目文献数据库，其中收录了1950年以来世界上70多个国家和地区的4500多种生物医学以及生命科学期刊，内容涉及生物医学各学科领域。数据库中每条记录都经由专业标引人员进行深层次的加工处理，特别是对医学文献进行了医学主题词与副主题词的标引，因此，数据库规范化程度很高，可以保证文献查快、查准、查全。数据库每周更新。,5,PreMEDLINE 每条记录都用PubMED-in process标识。出版商提供的文献（Publisher Supplied Citations）。出版商直接向PubMed提供电子记录包括MEDLINE未收录的部分记录记录中用PubMed-as supplied by publisher标记表示。,6,OldMedline1950-1965年间发表的200多万篇文献没有MeSH字段和摘要记录中用PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966标记表示。PubMed not MedlinePubMed 收录Medline不收录的文献。记录中用PubMed标记表示。,7,基本检索输入框,特征栏提供辅助检索功能,侧栏提供其他检索如期刊数据库检索、规范词数据库检索、特定文献检索,执行检索,PubMed主页,NCBI其它数据库资源,选择数据库,8,2.PubMed 基本检索规则,在检索栏中输入:一个或多个检索词(系统默认空格为AND检索）如：placenta growth oxygen genbacev o著者姓名,姓在前,名首字母在后。如:smith ab刊名输全称或MEDLINE认可的标准缩写形式 如：clin exp immunol布尔逻辑运算式：(运算符须大写）如：Stem ti AND neuroscience,9,多个检索词输入Moore AM撰写的有关接触性皮炎的文章,10,刊名的输入（字段限定来源于SO）,11,著者检索moore amau,12,检索提问输入,仅检索有文摘的文献,13,2.PubMed 基本检索规则,截词检索：treat*强迫短语检索：“brca 1”（不再自动转换匹配和扩展检索）,14,2.PubMed 基本检索规则,自动转换检索词（automatic term mapping）自动对照以下四个辅助词表：MeSH词转换表、杂志名称转换表、作者索引表以及短语列表。依次寻找转换，如果输入词在四个表中都没有匹配，将会分割成较小的词组按照上述同样的顺序匹配。都没有匹配上，最后按照单个单词在所有字段中检索并把结果“AND”起来。,15,如：输入stemti AND neuroscienceDetails显示：stemti AND(neurosciencesTIAB NOT MedlineSB)OR neurosciencesMeSH Terms OR neuroscienceText Word),16,自动扩展检索系统自动对主题词、副主题词进行扩展检索，如：输入“hypertension therapy,系统自动将高血压的药物治疗、饮食疗法，,17,3.编制检索式,主题词型哮喘的药物治疗（asthma,drug therapy）asthma/drug therapy手损伤的治疗（hand injuries,surgery,therapy）hand injuries/surgery OR hand injuries/therapy阿司匹林治疗心肌梗死（aspirin,therapeutic use,myocardial infarction,drug therapy）aspirin/therapeutic use ANDmyocardial infarction/drug therapy,18,混合型检索舌根肿瘤的病理学(tongue neoplasms,pathology,tongue base,base of the tongue)tongue neoplasms/pathology AND(“tongue base”OR“base of the tongue”),3.编制检索式,19,3.编制检索式,字段限制查找闻玉梅教授的文献Wen ymau查找 Jhon Adorn Williams 撰写的文章Williams JAAU查找英语综述文献englishla AND reviewpt,20,4.PubMed记录字段说明,文摘第一著者单位地址出版商提供文献识别号著者群版权说明参考评论文献合著者文献参考评论定稿版校样版输入日期输入完成日期电子出版日期,21,电子出版日期文献出版日期数据加入PubMed日期文献勘误参考文献勘误全部著者姓名全部调研者姓名作为文章主题的著者全称文献相关注释基金编号基因符号期编号资助调研者资助调研单位国际标准期刊号美国立医学图书馆识别号期刊全称,22,最后修订日期规范词表词规范词确立日期系统组织的文摘版权拥有者题录提供机构的识别号病史相关与原始记录其他关键词提供其他关键词的机构数据提供者机构文章总页数出版商提供数据时间期刊出版国数据库文献编号,23,作为主题词的个人姓名出版状态文献类型出版模式（纸张或电子）参考文献数已撤回的文献酶或化学物质代码正在撤消中的文章初版文献修订和再版的文章子专题文档太空署提供的数据二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号原文来源引用了病例的文献内部处理代码,24,5.PubMed的辅助检索,Limits（检索限制选择）字段限制：著者、刊名、篇名、滤过（filter原文收藏处）等数据输入时间：默认检索可回溯到1950年，限制选择30天-10年7种文献类型限制7种语种限制12种子文档：(01年新增2种Space Life Sciences and Bioethics）,25,作者限定,添加作者姓名输入框,清除限定,期刊限定,作者姓名索引选词,多作者逻辑匹配选项,全文、免费全文、摘要限定,日期限定,26,出版日期限定,入库日期限定,研究对象人/动物限定,研究对象性别限定,语种限定,子文档限定,文献类型限定,研究对象年龄限定,27,检索字段限定,执行检索,清除所有限定,28,Previw/index（检索策略预览）,浏览检索式改变检索式（可用检索式编号#1 OR#2）浏览索引（index）,29,检索预览,检索历史,索引加词检索,30,Index（索引字顺表）,选择限制字段输入检索词（词根）在字顺表中选择检索词选用逻辑算符建立检索式点击GO,31,步骤3 索引选词,步骤4 确定与检索栏中检索提问的逻辑关系,步骤2 输入待选词,步骤1 点击预览和索引,32,History（检索史）,检索式回顾编辑检索式如#3 AND child,33,检索历史回顾,检索式,检索时间,检出篇数,检索式编号可替代检索式进行输入检索如：#5 AND#6,34,Details（匹配过程）,显示检索词转换匹配运算详细过程用途：转换、确定规范词如：liver cancer-liver neoplasms修改检索策略,35,检索明细,数据库匹配过程,检索词转换,显示用户输入的检索式,36,数据库匹配过程,词转换,你输入的检索式,37,修改检索策略,检索框中随时修改“Limit”、“Preview/index”、“History”、“Details”功能实现。,38,6.其他检索,Mesh Database功能：确定规范检索词查看词义注释、树状结构表副主题词、扩展、主要主题词 例：欲查肾衰竭的饮食疗法相关文献？,39,基本检索肾衰竭的饮食疗法,40,结果中有些主要内容并非肾衰竭,41,MeSH Database 规范主题词数据库检索肾衰竭饮食疗法课题,1.输入检索词,3.点按规范词可获详细注解,2.执行浏览,42,主题词注释,可选副主题词,限定作为主要主题词匹配,不进行下位词扩检,43,该主题词所替代的非规范词形式,主题词树形结构表：显示该词的学科隶属关系,44,通过MeSH Database检索的结果，其中41篇综述文献,检出结果更为专指,45,7.实 例,查找Fk506与环孢素A对肾移植患者血脂的影响有关的文献要求：查找近5年的文献，语种为英文。2.期刊检索：从检索结果中选中的期刊，进一步了解其全称、出版情况及被出版商收录情况。3.检索式保存和调用：利用Cubby功能将本例的检索式保存下来，供今后检索时调用。,46,检索提示,1.选词（本例的中英文关键词）Fk506（他罗利姆）环孢素A（Cyclosporine A）肾移植（Kidney Transplantation）血脂（blood Lipids）,47,2.分析课题 本例讨论的是肾移植患者服用Fk506和环孢素A两种抗排斥反应药物时对血脂的不良影响，故副主题词选择/副作用，两药的逻辑关系选择逻辑或。,48,3.选择检索途径 根据PubMed数据库的功能和特点选择主题词和自由词两条途径 主题词#1 Fk506/adverse effects#2 Cyclosporine A/adverse effects 自由词#3 Kidney Transplantation#4 Blood Lipids,49,4.综合检索式(#1 OR#2)AND#3 AND#45.实际检索时分步进行，最后通过History进行逻辑组配。6.通过Limits从时间和语种方面进行限定。,50,步骤1：选择数据库输入网址（http:/）,Pubmed主页,51,步骤2：简单检索,52,步骤3：浏览检索策略,53,步骤4：限定检索范围,54,步骤5：显示检索结果,55,步骤6：主题词检索,56,步骤7：主题词轮排索引,57,步骤8：主题词细节屏（1）,58,步骤8：主题词细节屏（2）,59,步骤8：主题词细节屏（3）,60,步骤9：主题词检索框,61,步骤10：检索结果显示（1）,62,步骤11：检索结果显示（2）,63,步骤12：检索结果显示（3）,64,步骤13：检索结果显示（4）,全文内容浏览页面,65,步骤14：重复操作 如步骤2 输入自由词 Kidney Transplantation 如步骤6 输入主题词Cyclosporine A/adverse effects,66,步骤15：浏览检索史（1）,67,步骤16：浏览检索史（2）,68,步骤17：显示最终检索结果,69,步骤18：结果Citation格式(1),Citation格式,70,步骤18：结果Citation格式（2）,71,步骤19：期刊检索,欲获取该期刊的全称和出版情况，选中复制,72,步骤20:期刊检索界面,73,步骤21:浏览刊名全称（1）,74,步骤22:浏览刊名全称（2）,75,步骤23:选择期刊列表,76,步骤24:浏览期刊列表（1）,77,步骤25:浏览期刊列表（2）,78,步骤26：输入欲保存的检索式,79,步骤27：登录到Cubby,80,步骤28：保存检索式,81,步骤29：浏览检索式,82,步骤30：调用检索式,83,8.检索结果输出,显示检索结果保存检索结果保存检索策略打印检索结果,84,显示字段选择（Display),Abstract report:来源期刊、标题、著者、著者地址、记录性质、文献类型、勘误、评论、PMID或UI、摘要。Citation Report:显示除上述内容外，加MeSH叙词、化学物质名称、资助项目号等字段。MEDLINE Report:(最完整，有标识符）,85,显示格式选择,86,显示记录选择,单一记录：著者姓名所有记录：选display旁的格式，及每页显示记录数选定记录:方框内打钩,87,可获电子全文的链接,88,输出格式选择（send to）,选中题录（或文摘）后Text当前网页文本格式，用浏览器文件保存File所有记录纯文本格式保存，用对话框保存Clipboad 剪贴板，暂存需下载记录，多项检索后一起保存。最多允许存储500条，保留8小时。Email:通过邮件发送RSS Feed：检索结果的RSS订阅，通过安装网络聚合器可接收最新检索结果，不必再次检索。Other：全文传递服务等申请，需帐号、收费,89,90,Send to text,91,Send to file,92,Send to E-mail,93,Send to order,94,LINKOUT,95,保存检索策略,Details 中的URL，可以让检索匹配的详细策略放入检索框，该检索页面可以存储入浏览器收藏夹。My NCBI（Cubby）灰色栏中的功能按钮，存储在数据库的个人文档中。,96,打印检索结果,1 浏览器打印（当前显示的网页）2 show功能键，增加网页显示的记录数3 保存后一起打印（word),97,9.获取原文及相关资源,联机获取原文（linkout,文摘中超链图标,PMC）向NLM索取原文（order)（由图书馆出面向成员馆订购）相关文献查找（related article)其他数据库资源（生物信息学等）,98,谢谢大家,