Pubmed与Highwire简介.ppt
生物学文献检索 PubMed与Highwire简介,常民,PubMed,National Center for Biotechnology Information，NCBINational Library of Medicine，NLMNational Institution of Health，NIH,PubMed简介,PubMed由创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心(NCBI)，目前美国国立医学图书馆（NLM）、国际MEDLARS成员（中国为第16个成员国）及合作的专业组织共同研制开发，是目前国际上公认的检索生物医学文献最具权威、利用率最高、影响最广的数据库，也是我国教育部、卫生部认定的科技查新必须检索的国外医学数据库。,PubMed,PubMed 是查找众多与生物医学健康主题密切相关信息的优秀数据库系统。PubMed comprises more than 21 million citations for biomedical literature from MEDLINE,life science journals,and online books.Citations may include links to full-text content from PubMed Central and publisher web sites.PubMed 收录了全世界70多个国家和地区1966年以来的4600余种生物医学期刊，从1950年至今已超过一千五百万记录。1997年6月起提供全免费服务，数据周二至周六每天更新.,PubMed-Entrez 检索系统,Entrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列，定位，分类，和结构数据的搜索和检索系统。Entrez同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具。这些数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。Entrez的一个强大和独特的特点是检索相关的序列，结构，和参考文献的能力。杂志文献通过PubMed获得，PubMed是一个网络搜索界面，可以提供对在MEDLINE上的九百万杂志引用的访问，包含了链接到参与的出版商网络站点的全文文章。,PubMed,数据来源 1 MEDLINE(1966至今)2 PreMEDLINE 3 Publisher supplied citations 4 Oldmedline(19511965)5 In Process Citations：每天收录，尚未经规范处理的数据。pubmed-in process,MEDLINE,收录了全世界70多个国家和地区1966年以来的4600余种生物医学期刊，目前文摘条目1300万篇，年报道量近40万条，英文刊物占90%、3/4有英文摘要，每周更新。内容涉及：医学、药学、牙医学、护理学、卫生保健、兽医学等专业。记录标注PubMed-indexed for MEDLINE,PreMEDLINE,临时性医学文献数据库，每天接收新数据，经MeSH词表标引后，每周向Medline移加一次。记录标注PubMed-in process,Publisher Supplied Citation,出版商直接向PubMed递送的电子文献。其中有一部分在Medline中未收录。记录标注PubMed-as supplied by publisher,常用工具,Welcome to PubMed,使用帮助,更多服务,检索词输入框,在靠近页面上部的地方，即是供我们输入所需查询内容的检索框。在检索框中输入查询词，然后单击“Search”按钮或按回车键，PubMed将会自动开始检索，并将检索到的相关条目显示在屏幕上。在检索框前面，你还可以选定所要检索内容的数据库范围，除NCBI的数据库以外，可供选择的还有：PROTEIN,Nucleotide,STRUCTURE,POPSET等等。,如何使用PubMed,在主界面的下方框（如上图），有：Single Citation Matcher输入期刊的信息可以找到某篇的文献或整个期刊的内容。Batch Citution Matcher用一种特定的形式输入期刊的信息一次搜索多篇文献。Clinical Queries这一部分为临床医生设置，通过过滤的方式将搜索的文献固定在4个范围：治疗、诊断、病原学与预后。Topic-Special Queries这一部分为特殊要求设置的，主要仍是健康和医疗。MeSH Database 可以用它来分层流览MeSH表。Journals Database 期刊浏览。Clinical Trials 临床试验。E-Utilities 电子应用。LinkOut 这是文献的数据库链接。,Pubmed检索规则,Automatic Term Mapping词汇自动转换 1、MeSH Translation table Vitamin c 转换为“ascorbic acid”Mesh Terms OR vitamin cText Word 想要查验检索词的转换情况，并进行调整和保存检索策略，可查看“Search details”,词汇自动转换,2、Journals Translation tableNew England journal of medicine 转换为“N Engl J Med”Journal三种不同表达方式 刊名全称、MEDLINE刊名缩写格式、ISSNJrId:1JournalTitle:AADE editors journalMedAbbr:AADE Ed JISSN:0160-6999ESSN:IsoAbbr:NlmId:7708172,JrId:2JournalTitle:AANA journalMedAbbr:AANA JISSN:0094-6354ESSN:IsoAbbr:NlmId:0431420,3、Phrase ListCold compresses 在前两个表中均未找到，而在短语列表中找到这个词4、Author Index姓前（全称）、名后（首字母缩写）Smith JC 当一个短语在前三个表中都找不到匹配词，并且有1或2个字母在词后时，PubMed就会到作者索引中查找。,词汇自动转换,词汇自动转换,如果在上述4个表或索引中仍找不到相匹配的词时，PubMed就将短语劈开，用AND 将短语中的单个词连接起来在全部字段中查找，直到找到相应的词为止。例：pressure point转换为(“pressure”MeSH Terms OR pressureText Word)AND pointAll Fields),Pubmed检索规则-短语检索,如果在短语上加双引号，系统将只在 Phrase List中查找，不再进行转换。例如：“single cell”“oxygen free radicals”,AND、OR、NOT必须大写。lung AND apoptosis;vitamin c OR ascorbic acid；Lead poising NOT children运算优先级为（）NOT AND OR。例如：drug therapy AND（asthma OR hay fever）布尔逻辑检索允许在检索词后面附加字段标识 例如：dnamh AND crickau AND 1993dp查带文摘的文献（1975年以后出版的文章）检索词 AND hasabstract 例如，Neoplasms AND hasabstract,Pubmed检索规则-布尔逻辑运算：,Pubmed检索规则-截词检索：*,例：输入infect*，可检出infection、infectious,infective,infectivity,infector等输入depend*，可检出depend,dependent,dependable,dependence,dependency等截词检索只限于单词，对词组无效，,Pubmed检索规则-检索途径与方法,基本检索-Basic Search高级检索-Advanced Search(preview/index)限定检索-Limits Search期刊检索-Journal Databases主题词检索-MeSH Databases引文匹配-Citation Matcher临床查询-Clinical Queries,Pubmed基 本 检 索,直接输入检索词或检索式,Pubmed基 本 检 索,检索步骤：输入检索词，点Search按钮或按回车检索词的输入形式：输入单词或短语或表达式，也可用*及“”如，aspirin；stomach ulcer Iddm AND apoptosis asthma Kamada A 或asthma,Kamada A著者姓名：weng xz、“weng xz”au刊名标题：刊名全称、缩写、ISSN Journal of leukocyte biology、J leukoc biol、0741-5400,基 本 检 索,备注：刊名后附加字段标识符刊名与主题词相同的期刊 gene therapyta、scienceta、cellta单个词刊名的期刊,Scanningta带括号刊名的期刊，录入时应将括号省略 J Hand SurgAm输入格式为J Hand Surg Am,分析该检索课题，包含两个方面：肝癌：liver cancer；治疗：therapy两个主题之间的逻辑关系是AND，即liver cancer AND therapy（liver cancer）AND therapy,基本检索举例1：肝癌的治疗,分析该检索课题，包含两个方面：作者为：施一公（Shi Yau）；作者单位为：清华大学（Tsinghua universityad）。用AND将二者组合起来。结果为：Results:1 to 20 of 45；但分析具体结果，第三个结果不是命中结果，主要原因是重名的问题。,基本检索举例2：清华大学施一公教授发表的文献,高级检索,分析该检索课题，包含两个方面：作者为：施一公（Shi Y）；作者单位为：清华大学（Tsinghua universityad）。作者为：施一公（Shi Y）的检索结果；作者单位为：清华大学（Tsinghua universityad）的检索结果。现在我们要利用检索历史把这两个检索结果用AND组合起来。,高级检索举例：清华大学施一公教授发表的文献,高级检索,例：检索“阿尔茨海默病的基因治疗”,检索步骤：在“All Fields”框中输入alzheimer disease，点击特征栏的Previed/Index按钮在“All Fields”选择一个检索字段，其右侧输入框中输入检索词gene therapy，点击AND，点击屏幕上部Preview开始检索并显示记录条数，这样可以反复操作；若点击Search则显示结果。,
