荧光定量PCR原理-Ct值.ppt
荧光定量PCR技术专题,内容概要,荧光定量PCR的原理 荧光定量PCR的标记方法 荧光定量PCR解析方法 SYBR法实验流程及注意事项TIANGEN公司荧光定量产品选择指南,实时定量PCR技术：利用荧光信号的变化实时检测PCR扩增反应中每一个循环扩增产物量的变化，通过Ct值和标准曲线的关系对起始模板进行定量分析,与常规 PCR技术比较：对PCR扩增反应的终点产物进行定量和定性分析，无法对起始模板准确定量，无法对扩增反应实时检测,荧光定量PCR原理定义,扩增曲线 荧光阈值 Ct值,荧光定量PCR原理常用名词概念,Cycle（循环数）,Rn（荧光强度）,Baseline,Logliner phase,Logliner phase,荧光定量PCR原理扩增曲线,Cycle（循环数）,Rn（荧光强度）,Baseline,Logliner phase,Logliner phase,前15个循环信号作为荧光本底信号（baseline）荧光域值的缺省设置是315个循环的荧光信号的标准偏差的10倍 手动设置：大于荧光背景值和阴性对照的荧光最高值；进入指数期的最初阶段 真正的信号:荧光信号超过域值,Threshold,荧光定量PCR原理荧光域值,Ct值的定义：PCR扩增过程中，扩增产物的荧光信号达到设定的阈值时所经过的扩增循环次数,Cycle（循环数）,Rn（荧光强度）,Ct value,荧光定量PCR原理Ct值,Cycle number,Ck 104,Ck 102,Sample,Log of DNA concentration,模板DNA量越多，荧光达到域值的循环数越少，即Ct值越小。Log模板起始浓度与Ct值呈线性关系。,荧光定量PCR原理Ct值与模板起始量的关系,线性关系、扩增效率确认,检测灵敏度确认,No template control确认,PCR扩增效率（E）,35Cycles内可得到好的定量结果如果采用SYBR检测方法，30Cycles内无非特异性产物扩增,35 Cycles内无引物二聚体产生,相关系数（r2）：大于0.98,荧光定量PCR反应性的确认,定性分析研究：杂合或纯合子鉴定，（SNPs）分析等 绝对定量研究：病毒和病原菌定量分析，基因拷贝数定量，GMO定量检测等 相对定量研究：mRNA表达量分析，siRNA效果确认，基因芯片结果验证，差异显示结果验证等,荧光定量PCR技术的应用,内容概要,荧光定量PCR的原理 荧光定量PCR的标记方法 荧光定量PCR的解析方法 SYBR法实验流程及注意事项 TIANGEN公司荧光定量产品选择指南,非特异性荧光标记 SYBR Green I特异性荧光标记 TaqMan Probe,常用荧光标记方法,SYBR Green I染料法原理,SYBR Green I是一种结合于所有dsDNA双螺旋小沟区域的具有绿色激发波长的染料。,SYBR Green I,热 变 性,引物退火,延伸反应,SYBR Green I染料法作用机理,问题点：SYBR Green I与双链DNA进行结合后散发荧光，因此如 果反应体系中有非特异性扩增或引物二聚体的产生，也将 同时被检测，从而可能导致检测结果不准确。,SYBR Green I染料法问题点与关键点,关键点：设计合适引物，防止非特异性扩增！,将温度与荧光强度的变化求导(-dI/dT),原始图谱,对数图谱,SYBR Green I染料法融解曲线,SYBR Green I染料法融解曲线,对DNA模板没有选择性 适用于任何DNA 使用方便，不必设计复杂 探针 具有价格优势,优 点,容易与非特异性双链DNA结合，产生假阳性 但可以通过融解曲线的分析，优化反应条件 对引物特异性要求较高 不能进行多重定量,缺 点,SYBR Green I染料法优缺点,Taqman探针法原理,5端标记有报告基团(Reporter,R)，如FAM、VIC等 3端标记有荧光淬灭基团(Quencher,Q)探针完整，R发射的荧光能量被Q基团吸收，无荧光，R与Q分开，发荧光 Taq酶有 53外切核酸酶活性，可水解探针,Taqman探针法工作机理,1、引物、探针的设计：探针Tm为68-70，30 bp,5不能有G，G可能会淬灭荧光素，引物尽量靠近探针，扩增片段400 bp，引物Tm为59-60 2、反应参数的确定：一般为：94，10-20S 60，30-60S（Taq酶53外切核酸酶活性在60 最高），也可通过温度梯度优化退火温度 3、优化引物和探针浓度：获得最小Ct值，最大信号/背景比值 引物浓度：50-900nM 探针浓度：50-250nM4、其他与常规PCR相同,Taqman探针法PCR体系的建立,Taqman探针法荧光标记物的选择,高度特异性 重复性好 可进行多重定量,优 点,只适合一个特定的目标 委托公司标记，价格较高 不易找到本底低的探针,缺 点,Taqman探针法优缺点,不同定量方法的比较,内容概要,荧光定量PCR原理 荧光定量PCR的标记方法 荧光定量PCR的解析方法 SYBR法实验流程及注意事项 TIANGEN公司荧光定量产品选择指南,绝对定量解析方法,绝对定量的定义,Log（起始浓度）与循环数呈线性关系，通过已知起始拷贝数的标准品 可作出标准曲线,即得到该扩增反应存在的线性关系 根据样品Ct值，就可以计算出样品中所含的模板量,质粒标准品的制备,PCR,目的基因克隆,质粒提取，OD值定量，将质粒梯度稀释作为标准品使用,目的基因,目的基因,目的基因,质粒,目的基因,基因组DNA,拷贝数的计算：待测样本浓度（ng/ul）OD26040稀释倍数样本分子量=碱基数324待测样本拷贝数（copies/ul）=待测样本浓度/样本分子量61014,倍比梯度稀释方法：1v原液(标准品i)+9v稀释缓冲液，得标准品ii1v标准品ii+9v稀释缓冲液，得标准品iii1v标准品iii+9v稀释缓冲液，得标准品iv1v标准品iv+9v稀释缓冲液，得标准品v,质粒标准品稀释方法与拷贝数计算,方 法：从血液中提取病毒DNA，以TaqMan探针法进行荧光定量检测 试 剂：TIANGEN公司探针法试剂RealMasterMix（Probe）（目录号：FP203）标准品：质粒标准品浓度为106、105、104、103；2个重复；设阴性空白对照 实验步骤：提取HBV DNA；设计特异引物；设计TaqMan探针并标记探针；荧光定量扩增；结果分析：获取血液样品中HBV DNA的精确copy数。,绝对定量实验例乙肝病人血液中HBV的绝对定量,实验数据,绝对定量实验例乙肝病人血液中HBV的绝对定量,扩增效率（E）计算 E=10-1/斜率 1=10-1/-3.17 1=2.031 1.03,标准曲线制作：利用Mean Ct 作图可得到标准曲线,y=-3.17x+37.52 R2=0.9988,绝对定量实验例乙肝病人血液中HBV的绝对定量,相关系数（R2）：大于0.98，越接近1，结果可信度越高。扩增效率（E）：0.8-1.2,越接近1，越理想。,未知样品拷贝数的计算,将Ct值带入线性方程：,20.5=-3.1726 X+37.52,QuantityUnknown=105.36=229087 copies,绝对定量实验例乙肝病人血液中HBV的绝对定量,相对定量解析方法,相对定量的必要性,以上条件不可能同时得到满足，必须用内对照基因（管家基因）进行校正，进行相对表达量分析。,管家基因 维持细胞基本代谢活动所必须的基因,如：GAPDH、Actin、18S rRNA等,筛选方法,根据文献提供 通过具体实验筛选,相对定量分析管家基因筛选,双标准曲线法 2-Ct法,相对定量分析两种常用的分析方法,通过标准曲线对对照样品、待测样品的目的基因及管家基因进行定量，然后根据计算公式求得相对值即为相对表达量。,相对值=,校正值=,目的基因定量结果,管家基因定量结果,待测样品的校正值,对照样品的校正值,相对定量分析双标准曲线法,公式：,优点：分析简单，实验优化相对简单缺点：对每一个基因，每一轮实验都必需做标准曲线应用：基因表达调控研究中最常用与公认的两种相对定量方法之一,相对定量分析双标准曲线法,实验数据,公式：,F=,2,相对定量分析2 法,优点：无需作标准曲线缺点：假定扩增效率为 100%；假定标准曲线及每次扩增之际间的效率都保持一致；实验条件优化较为复杂应用：基因表达调控研究中最常用与公认的两种相对定量方法之一,Ct,实验数据：,Sample,处理前,处理后,Jun(MeanCt),GAPDH(MeanCt),E,1816,1717.4,1.951.95,2-Ct法：假设目的基因和参照基因扩增效率都接近100%,Ct（处理前）18171 Ct（处理后）1617.4=1.4Ct=Ct（处理后）Ct（处理前）1.412.4比率（处理后/处理前）=2Ct2（2.4）=5.3 所以Jun基因在处理后表达水平比处理前高5.3倍,修正方法：如果我们知道目标基因和参照基因有相同的扩增效率，但扩增效率不等于2，那么2Ct可以修正为：ECt，例如扩增效率为1.95，那么计算公式可修正为1.95Ct,相对定量分析2-Ct法,内容概要,荧光定量PCR的原理 荧光定量PCR的标记方法 荧光定量PCR的解析方法 SYBR法实验流程及注意事项 TIANGEN公司荧光定量相关产品,SYBR法实验流程及注意事项,样品制备,模板准备,引物设计,反应条件优化,浓度确定,技能要求,环境要求,误差控制,数据分析,仪器介绍,RT,上机,反应体系优化,试剂选择,分析方法,样品制备,环境要求,模板准备,数据分析,RT,上机,浓度确定,SYBR法实验流程及注意事项,RT,反应体系优化,试剂选择,样品制备,模板准备,数据分析,上机,SYBR法实验流程及注意事项,模板准备,引物设计,浓度确定,环境要求,误差控制,RT,样品制备,数据分析,上机,反应体系优化,上机,反应条件优化,RT,样品制备,模板准备,数据分析,SYBR法实验流程及注意事项,标准品,待测样本,阳性对照,阴性对照,技能要求,误差控制,仪器介绍,上机,试剂选择,RT,样品制备,模板准备,数据分析,SYBR法实验流程及注意事项,Rotor-gene6000,MiniOpticon,Mx3005PTM,LINE-GENE FQD-66A,ABI PRISM 7500,iQ5 Real-Time PCR Detection System,数据分析,仪器介绍,分析方法,上机,RT,样品制备,模板准备,相对定量：2Ct法绝对定量：标准曲线法,可靠，准确的数据,SYBR法实验流程及注意事项,内容概要,荧光定量PCR的原理 荧光定量PCR的标记方法 荧光定量PCR的解析方法 SYBR法实验流程及注意事项 TIANGEN公司荧光定量相关产品,TIANGEN公司荧光定量产品,SYBR Green法,探针法,FP203RealMasterMix(Probe),以DNA为模板,FP202 RealMasterMix（SYBR Green）,以RNA为模板,FP302 Quant qRT-PCR(SYBR Green)Kit,FP303 Quant 一步法qRTPCR(SYBR Green）,TIANGEN公司荧光定量产品优势,试剂盒中使用改良后的Hotmaster Taq Polymerase，具有高效率、高灵敏度、高特异性特点多种不同的实验缓冲液，满足不同实验需求高效的Quant系列逆转录酶，满足RT需求独特的Mg2自动调节，随时保证为PCR提供最佳Mg2浓度,谢谢！,
