基于基因组品种构成的地方猪品种纯度鉴定技术规程.docx

基于基因组品种构成的地方猪品种纯度鉴定技术规程1 范围本标准规定了基于全基因组信息鉴定XX地方猪品种纯度的检测流程和基本要求。本标准适用于XX地方猪基因组品种构成鉴定，也可为其他动物基因组品种构成鉴定参考使用。2 规范性引用文件下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。1) GB/T31016移动实验室样品采集与处理通用技术规范2) GB/T2773XX猪3) NY/T2826沙子岭猪4) GBZT24697X西黑猪5) DB43/T526X邵花猪6) GB/T22285杜洛克猪种猪7) GB/T22284大约克夏猪种猪8) GB/T22283长白猪种猪9) NY/T1673畜禽微卫星DNA遗传多样性检测技术规程3 术语和定义下列术语和定义适用于本文件。3.1基因组品种构成genomicbreedingcomposition(GBC)利用基因组信息，估计不同猪种对待鉴定地方猪个体的遗传贡献比例，即各猪种在待鉴定地方猪个体基因组结构中的占比。3.2参考群referencepopulation来自不同品种的具有基因组信息的猪只所组成的群体。3.3SNP面板singlenucleotidepolymorphism(SNP)panel以测序或者基因芯片方法获得的参考群全部个体的基因组分型数据为基础，筛选并建立的用于估计个体GBC组分的SNP信息集合(面板)。3.4等位基因频率AlIelefrequency某特定位点上的某一等位基因数量占全部等位基因数量的比例。3.5XX地方猪Hunanlocalpigbreeds产自XX省的地方猪种资源，主要包括XX猪、沙子岭猪、大围子猪、X邵花猪、XX黑猪等及其培育品种。3.6基因分型Genotyping利用生物学检测方法测定个体基因型的技术，使用技术包括聚合酶链式反应(PCR)>DNA片段分析、寡核甘酸探针(ASOprobes)、基因测序(sequence)>核酸杂交、基因芯片(chip)等。3.7品种纯度在待鉴定地方猪个体的基因组结构中本品种所占比例，即本品种GBC值。4 基因型检测4.1 采样对需进行基因分型检测的个体采集生物样本。生物样本包括血液、尾巴、耳朵、毛发等可提取DNA的组织。样品采集需要避免个体间DNA交叉污染，每个个体的采样要求参见GBT31016,4.2 DNA提取所提取的DNA应符合基因芯片或测序对样品质量和数量的要求。DNA提取方法参见NY/T1673o4.3 基因型检测方法可采用基因芯片或测序技术对所采集的生物样品进行基因分型。5 参考群建立5.1 参考品种选择选择本地区(县、市、区)现有的和历史上曾引进的猪品种组建参考群。5.2 参考群数据收集收集各品种纯种个体的组织样以及系谱信息、体型外貌特征等信息。要求每品种个体数不少于100头，并尽量覆盖所有家系。利用组织样获取个体基因组信息。5.3 参考群个体的清理基于基因组信息，采用品种似然值法对每个参考群个体进行清理。剔除每个品种中不具备该品种遗传特征的极端个体，剔除比例一般在5%。再结合系谱、体型外貌等信息筛选出符合品种特征的个体用于构建参考群。6 SNP面板构建6.1 参考品种等位基因频率计算利用基因型检测结果，计算参考群各品种的SNP等位基因频率。6.2 参考SNP的选择基于6.1中不同品种在各SNP上的等位基因频率信息，对SNP进行筛选，以获得高信息含量的SNP集。SNP筛选方法包括随机选择法、均匀分布法、最大化遗传距离法、WrighfsFSt法等。基于SNP的筛选结果，构建用于估计GBC的SNP面板。7 个体基因组品种构成估计7.1 选择统计模型与SNP面板组合统计模型包括线性回归模型、混合模型、通径分析模型等。将所构建的SNP面板与统计模型进行两两组合，评估不同组合的估计准确性，选择最优组合。在不进行测试评估的情况下，应用均匀分布法筛选IOoo个高信息含量SNP位点构建SNP面板，结合混合模型的方法估计个体GBCo7.2 个体GBC值计算利用所选择的最优组合估计各参考品种对待鉴定个体基因组的相对遗传贡献比例，得到个体GBC值。7.3 纯种个体判定标准品种纯度大于0.94,则认定为纯种。