DNA甲基化的特征.ppt

DNA甲基化的特征,Chen Yan 20160829,一.DNA甲基化与羟甲基化,1.胞嘧啶2.第五个C原子上3.甲基或羟甲基的修饰,二.DNA甲基化分布,DNA甲基化发生在CpG dinucleotides 低频率!在人基因组中的频率为1%，而含有42%GC，理论值上为（0.21*0.21=4.41%）2.CpG island I.不被甲基化 II.长度为500-2000bp III.常分布在看家基因和特异性基因启动子区域,二.DNA甲基化的分布,1 基因内甲基化抑制转录延伸，但与基因表达为正相关。2 CpG island 不被甲基化可能与使得基因维持可以转录状态有关,二.DNA甲基化分布的特殊情况,1.在非CpG环境下的低水平甲基化（功能未知）ES cells,oocytes,and brain（不发生DNA复制）2.启动子中CpG island 发生甲基化 imprinted and pluripotency-related genes（长期转录沉默）,三.DNA羟甲基化的分布,cell：ES cells(0.03%),Purkinje neurons(0.59%)Gene:CpG transcription start sites(TSS),cis-regulatory elements,四.DNMTs-功能,四.DNMTs-结构,五.TET家族蛋白-功能(5mC 5hmC),五.TET蛋白-结构,六.Reprogramming of DNA methylation duringpreimplantation development,第一次卵裂前,几次卵裂后,不发生Reprogramming of DNA methylation：,1.imprinted loci2.repeats intracisternal A particles(IAPs),L1Md_A elements,LTR ERV1 elements3.CpG islands,七.Reprogramming of DNA methylation in gametes,Demethylation:imprinting loci,gene bodies,intergenic regions,mobile elements,CpG island promoters,八.Global demethylation in erythropoiesis,Purkinje neurons,