《电子克隆》PPT课件.ppt

生物信息学Bioinformatics,电子克隆in silico cloning,第八章,电子克隆（in silico cloning）是近年来伴随着基因组和EST计划发展起来的基因克隆新方法，它的主要原理是利用日益发展的生物信息学技术，借助电子计算机的巨大运算能力，通过EST或基因组的序列组装和拼接，利用RT-PCR的方法快速获得功能基因。基于原理：物种同源蛋白氨基酸序列相似性（保守性）,1.什么是电子克隆？,2.电子克隆的条件和特点：,前提条件；研究物种:丰富的核酸序列信息；比较物种:较多的基因研究；强大的计算机分析软硬件的支持。,种子氨基酸序列,tBLASTn,水稻基因组contig或BAC/PAC,外显子预测,RT-PCR，克隆，测序,人工,计算机,3.电子克隆的基本思路：,EST拼接,利用基因组资料,种子核苷酸序列,BLASTn,水稻EST数据库,序列拼接,RT-PCR，克隆，测序,人工,计算机,直到无法继续延伸或已经具备完整的ORF,利用EST资料,OsG6PDH 的克隆,以小麦G6PDH蛋白（BAA97662）搜索水稻nr数据库结果,OsG6PDH 的克隆,以小麦G6PDH蛋白（BAA97662）搜索水稻nr数据库结果,OsG6PDH 的克隆,以小麦G6PDH蛋白（BAA97662）搜索水稻nr数据库结果,OsG6PDH 的克隆,上机操作1：利用基因组资料和NR数据库,步骤 1：利用小麦G6PDH序列(BAA97662)检索NR数据库,OsG6PDH 的克隆,步骤 2：找到并打开包含OsG6PDH基因的水稻基因组序列 注意OsG6PDH基因在水稻该基因组序列中的大概位置,步骤 3：选择拷贝合适大小的包含G6PDH基因的水稻基因组序列,步骤4：去除序列中的数字（可以粘贴进入bioxm中，再复制出来),步骤5：将复制的序列输入Softberry（）网站的FGENESH程序进行基因结构（外显子大小和位置）的预测,种子核苷酸序列,BLASTn,水稻EST数据库,序列拼接,RT-PCR，克隆，测序,人工,计算机,上机操作2：利用EST数据:Os6PGDH 的克隆,直到无法继续延伸或已经具备完整的ORF,Os6PGDH 的克隆：,步骤1：用玉米6PGDH序列AF061837搜索水稻EST数据库,Os6PGDH 的克隆：,步骤2：选择能够尽可能覆盖玉米序列的水稻EST序列进行拼接,Os6PGDH 的克隆：,步骤3：利用BioXM或者DNAssist程序进行EST序列拼接,Os6PGDH 的克隆：,步骤3：利用BioXM或者DNAssist程序进行EST序列拼接,选择部分第2条序列的头部序列搜索第1条序列,重要通知:,最后一次理论课：1月4日下午内容：生物信息学程序设计方法和答疑。,