《微生物鉴定》PPT课件.ppt

微生物的分类鉴定,微生物的分类鉴定,目前所知道的微生物种类已超过10万种，而且这个数字正在急剧扩大。微生物工作者只有在掌握了分类学知识的基础上，才能对纷繁的微生物类群有一个清晰的轮廓，并对它们进行分类。微生物分类学是一门按微生物的亲缘关系把它们成条理清楚的各种分类单元或分类群的科学。它的具体任务有三，即分类、命名和鉴定。分类：指的是根据相似性或亲缘关系，将一个有机体放在一单元中。命名：是按照国际命名规则给有机体一个科学名称。鉴定：则是确定一个新的分离物是否属于已命名的分类单元的过程。,第一节 通用分类单元,一、种以上的系统分类单元 1、7级分类单元又称分类单位、分类、分类群。种以上的系统分类单元自上而下可依次分成7级：界 Kingdom（拉：Regnum）门Phylum（拉：Phylum）或Division(拉：Divisio）纲Class（拉：Classis）目Order（拉：Ordo）科Family（拉：Familia）属Genus（拉：Genus）种Species（拉：Species）必要时可在两级之间添加补充若干辅助单元，包括加上“亚”、“超”或添上“族”等。,第一节 通用分类单元,2、种的概念 微生物与高等生物不同，在高等生物中可用于定义种的几个主要性状，在微生物中是无法使用的。微生物的种：是一个基本分类单元，它是一个大群表性特征高度相似、亲缘关系及其接近、与同属 内的其他物种有着明显差异的一大群菌株的总称。,第一节 通用分类单元,二、亚种以下的几个分类单元 亚种以下的几个分类单元很多，它们的提出和使用不受“国际命名规则”的限制。1、亚种（subspecies）：是进一步细分种时所用的单元，一般指除某一明 显而稳定的特征外，其余鉴定特征都与模式种相同的种。2、变种（variety）：是亚种的同义词，故在国际细菌命名法规中已不主张再用这一名词。,第一节 通用分类单元,3、型（form）：曾用作的同义词，现已废除，紧作若干变异型的后缀，如:生物变异型、形态变异型、致病变异型、噬菌变异型和血清变异型等。4、菌株（strain）：又称品系，它表示任何由一个独立的单细胞（或单个病毒粒）繁殖而成的纯遗传型群体及其一切后代。因此，一种微生物的每一不同来源的纯培养物或纯分离物均可称为菌种的一个菌株。如：大肠埃及氏菌的两个菌株 Escherichia coli K12(最常用的E.coli菌株；基因组已于1997年发表)E.coli O-157:H7(致病性E.coli，O与H代表其抗原特征；基因组已于1997年发表),第一节 通用分类单元,三、种名 每一种微生物都有一个自己的专门名称，名称分为两类：1、俗名：具有大众化和简明等优点，但往往涵义不够确切易于重复，尤其不便于国际间的学术交流。如：“结核杆菌”是结核分歧杆菌的俗名。2、学名：它是某一菌种的科学名称，是按“国际命名法则”进行命名并受国际学术界公认的正式名称。,第一节 通用分单元,学名的表示方法分双名法与三名法两种。1、双名法 指一个物种的学名由前面一个属名（generic name）和后面一个种名加词（specific epithet）两部分组成。学名=属名（词首须大写，排斜体字）+种名加词（字首须小写，排斜 体字）+首次定名人（排正体字，一般省略）+现名定名人（排正体字，一般省略）+现名定名年份（排正体字，一般省略）如：大肠杆菌大肠埃及氏菌 Escherichia coli Escherichia(属名);coli(种名加词);省略了首次定名人、现名定名人和现名定名年份。,第一节 通用分单元,2、三名法 学名=属名（排斜体字）+种名加词（排斜体字）+符号subsp或var（排正体字，一般省略）+亚种或变种的加词（排斜体字,不可省略）如:苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种 Bacillus thuringiensis(subsp)galleria Bacillus(属名);thuringiensis(种名加词);subsp(符号);galleria(亚种的加词),第一节 通用分单元,3、有关学名的其他知识（1）属名：是一个表示该微生物主要特征的名词和用作名词的形容词，单数，第一个字母应大写，当前后又两个或更多的学名连排在一起时，若它们的属名相同，则后面的一个或几个属名可缩写成一个、两个或三个字母，在其后加一个点。例如：Bacillus可缩写成“B”或“Bac”。（2）种的加名词：又称种加词，它代表一个物种的次要特征。（3）字母的发音：按规定，学名均按拉丁字母发音规则发音。,第二节 微生物分类系统,一、Bergey 氏原核生物分类系统 该分类系统把原核生物分为古生菌和细菌界，它们相当于三域学说中的两个域，古生菌界包括2门、5组、8纲、11目、17科和63属，共有208个种；而细菌界则包括16门、26组、27纲、62目、163科和814属，共有4727个种。因此至今所记载过的整个原核生物共有4935种。二、Ainsworth等人的菌种分类系统 Ainsworth系统的每一个版本是有变化的；第七版（1983年）,第二节 微生物分类系统,第二节 微生物分类系统,第八版（1995年）,第三节 微生物分类鉴定的方法,一、微生物分类鉴定中的经典方法 微生物经典分类鉴定方法的指标依据,第三节 微生物分类鉴定的方法,二、微生物分类鉴定中的现代方法数值分类法 数值分类法又称阿德逊氏分类法，是通过广泛比较分类单位的性状特征，然后计算它们之间的相似性，再根据相似性的数值划分类群的一种分类方法。,第三节 微生物分类鉴定的方法,数值分类可大致分为五个步骤：确定分类单位和选择分类特征。数值分类最低级的分类单位称操作分类单位（简称OUT），OUT可以是菌株，也可以是种或属等。OUT确定后即选择分类特征，数值分类要求特征涵盖面广、项目数不少于十项乃至一百多项；进行特征测定或从文献中收集有关OUT的各项特征资料；根据所编制的计算机程序要求，将特征资料进行编码、标准化并输入计算机；由计算机计算各OUT之间的相似性并根据相似性的数值进行聚类分析、分群归类；输出分类结果。,第三节 微生物分类鉴定的方法,化学分类法 微生物分类中，根据微生物细胞的特征性化学组分对微生物进行分类的方法称为化学分类法。,第三节 微生物分类鉴定的方法,细菌的化学组分分析及其在分类水平上的应用,第三节 微生物分类鉴定的方法,遗传学分类法 分子遗传学分类法是以微生物的遗传性（基因型）特征为依据，判断微生物间的亲缘关系，排列出一个个的分类群。目前较常用 的方法有：DNA中 G+C mol%分析DNA-DNA杂交DNA-rRNA杂交16S rRNA(16S rDNA)寡核苷酸的序列分析,