《动物遗传分析》PPT课件.ppt

动物遗传资源进口风险分析,2,动物遗传资源进口风险分析,释放和暴露评估活动物精液胚胎,3,释放和暴露评估,活动物对进口活动物作为遗传材料情形，分组或年度采用三个表达式，以便估计所有进口动物试验阴性，但至少有一个受感染的动物的条件概率。通常由于疾病流行率很低，诊断试验不完善，以及要排除引进外来疾病后果可能昂贵的代价，要反复进行诊断试验（M=2，3，4次试验或更多）以便提高检测到感染动物的概率。这些可以是相同诊断试验的重复，也可以是不同试验的组合。,4,活动物对于大多数传染病，一旦进口动物完成检疫，暴露的可能就被理解为100，除非是病媒传染疾病、或进口的动物永久隔离、立即宰杀或送到动物园，则情况有所不同。成批进口时，要考虑分组进口符合进口国的需求，否则要考虑每年有多少动物要进口。,释放和暴露评估,5,活动物三个表达式中的第一个用于:共进口n个单个动物,每个都进行m次相同的诊断试验,敏感性为s,特异性为t。我们假定每个单独的动物i可能来自不同的群体，它的具体流行率为pi.因此所有试验阴性中，至少有一个感染动物的概率是：(1)其中 qi=(1-pi).这个表达式需要估计出口国或区动物流行率pi，及其诊断试验的敏感性s,特异性t。,释放和暴露评估,6,活动物流行率输入：pi=(1-qi)=感染流行率(Gamma(2,0.0000063)驼科动物的流行率等于出口国牛存栏中所估计的流行感染数。,释放和暴露评估,7,活动物流行率输入：,释放和暴露评估,8,活动物敏感性输入s=试验的敏感性(Beta(27,10)试验敏感性Beta 分布参数基于对自然感染和人工感染的驼类应用结核菌素试验进行检测时,使用在腋窝下进行皮试的方法。这三项研究的资料表明，35 只羊驼中的26只腋窝下进行皮试检测阳性。统计学上该计算敏感性估计值0.74,95%置信度的区间0.56 到0.87。,释放和暴露评估,9,活动物敏感性投入进口荷兰的羊驼诊断感染牛分枝杆菌后突然死亡。同一地点的其他12只羊驼所到之处做的比较结核菌素皮肤试验为阴性(Dinkla et al.1991)。前腿后面重复的皮肤试验结果是10只动物中有2只呈阳性反应。ELISA试验10只动物有7只为阳性。后来发现所有10只动物组织培养都感染了牛分枝杆菌(Stevens 1990)。,释放和暴露评估,10,活动物敏感性输入在阿根廷所作的项目中评价在美洲驼（llamas）中使用结核菌素试验（tuberculin test），24 只驼吸入牛型结核菌感染，剂量通常感染牛所用的十分之一。其中4只死亡，有几只用一种抗结核药异烟肼（Isoniazid）进行治疗。评价试验是腋后、颈中部和耳皮层结核菌素试验，用 USDA 和 PAHO结核菌素PPD。颈中部和耳皮层试验比腋后试验容易测量。所有美洲驼对不同皮层试验的反应 5 mm。(VanTiem et al.1995).,释放和暴露评估,11,活动物敏感性输入Stevens 等(1996)做了一次研究，用牛分支杆菌试验感染6只美洲驼，注射0.2 ml 牛结核菌素PPD后，腋下来测量皮层试验反应。感染后(PI)80天，5只存活的中4只美洲驼对结核菌素试验有反应(6只中有1只在感染后68天死亡)，在感染后（PI）142 天，3只存活的中全部对结核菌素试验产生反应(另2只在此次试验前死亡)。,释放和暴露评估,12,活动物t=试验的特异性(最大值为 1.0)m=试验次数=2n=动物数量(50,100,200)如果3年大约有14次许可进口驼科动物297只，三年之内进口的驼科动物分别为50，100和200。,释放和暴露评估,13,活动物在许多情况下，动物以群来进口，每群在出口国来源于一个特定的畜群。这样的话，上述的表达式需要被扩展和改进。假设动物来源国或地区的畜群流行率为ph,动物总数为n，来自 k 畜群:那么进口的动物是 n=n1+n2+.+nk。ni 是来自i 畜群，其流行率为pa(i).,释放和暴露评估,14,活动物如果对所以动物进行同样的试验m 次，所有的试验都是阴性的话，那么至少有一只动物为感染的可能性:(2)这里 qh=1-ph,qa(i)=1-pa(i),s 和 t 分别是诊断试验的敏感性和特异性。,释放和暴露评估,15,活动物因此，表达式(2)要求评估出口国或区的畜群和畜群内部流行率，诊断试验的敏感性和特异性,每群动物的数量,选择并被进口的每年或动物群的数量。,释放和暴露评估,16,活动物更普遍的情况是，不是相同的试验进行m 次,而是对每个动物用不同的m 次诊断试验。在这种情况下，假设第j次诊断试验，其敏感性和特异性分别为 sj 和 tj,，如果其他量和表达式(2)中完全一致,如果所以的检测结果是阴性，那么至少有一只感染动物的可能性是：(3)在此三个模式中,分析的单位是个体动物。,释放和暴露评估,17,精液此模型表达采集自人工受精中心的公猪的猪精液的进口，所关注的可能性是每年精液批中至少有一批感染。分析的单位是精液批为单位。,释放和暴露评估,18,精液(4)在此 ph=(1-qh)是人工受精中心的感染流行率,pa=(1-qa)是动物感染流行率,k 代表每年精液的批数,n代表每个受精中心供精动物的数量,m代表每批精液供精的受精中心的数量，P(I 1)是每年进口至少一批感染精液的概率。,释放和暴露评估,19,释放评估情景树开始于进口潜伏感染古典猪瘟(CSF)病毒的公猪精液事件,公式里：ph=(1-qh)=受精中心感染流行率 pa=(1-qa)=动物感染流行率 k=每年精液进口批次 n=每个受精中心供精的动物数量 m=提供每批精液的受精中心的数量 I=感染的精液批次数 P(I 1)=每年至少进口一批感染精液的概率,0=每年进口的精液批数(k)来源于 m 受精中心并由 n 供体动物提供,0,模型,释放和暴露评估,精液 发病率（Incidence）-由Beta分布表示 在CSF零爆发的27个批准的精液中心的发病率。在没有被检测感染期间-从感染到被检测到的天数的Beta Pert 分布。此分布参数最小值是7天，一般参数值是10天，最大值是21天。此参数值是通过该区域CSF监测和保护区之外的地区暴发CSF的次数获得。,20,释放和暴露评估,精液ph 所得到的畜群或精液中心CSF 感染的流行率是精液中心CSF感染率和没有被检测期间的天数的乘积。结果的分布用0.0024上限去顶。这个值代表99.9%的似然函数的畜群流行率上限，是以27个无CSF的精液中心3年的观测为基础。ph 通过滤除计算模似并用0.0024值作为最大流行率去顶。pa 畜群之内的流行率用Beta Pert分布表示，参数值最小 5%,一般是 15%，最大值是 40%.,21,释放和暴露评估,22,释放和暴露评估,精液,23,释放和暴露评估,精液,精液n 每个精液中心采集的公猪数量，以10为单位。m 每批精液中每个精液中心提供的数量，以1为单位。k 每年精液批数，以10为单位。,24,释放和暴露评估,25,胚胎进口猪胚胎所用模型如下表示(表达式 5)。情景树代表从感染特定病原的畜群的猪精液的采集和进口(f1),畜群没有被检测到感染(1-f2),胚胎供体猪感染(f3),胚胎供体猪没有被检测到感染(1-f4),the 供体胚胎透明带（zona pellucida）完整(f5)或不完整(1-f5),在供体胚胎加工过程中没有灭活病原(1-f6)和(1-f7).,释放和暴露评估,26,释放和暴露评估,胚胎,27,胚胎(5)这里k来源畜群的数量，n代表供胚胎的供体动物的数量，m每个供体动物供的胚胎数量，P(I 1)是至少进口一个感染胚胎概率。在这个风险评估模型中，分析的单位是单个胚胎。,释放和暴露评估,28,2008 Her Majesty the Queen in right of Canada(Canadian Food Inspection Agency),all rights reserved.Use without permission is prohibited.,