《R语言绘图基础》PPT课件.ppt
R 基础绘图一、基础绘图工具1.绘图函数2.绘图参数介绍3.画图面板分割4.图形保存二、图形案例三、其它图形包,2,R绘制的图形,3,绘制地图,左图 maps包 map()右图 PBSmapping包 addBubbles(),fields 包实例 spdep 包实例,前言学习 R 绘图没有什么技巧，只有记住常用参数的含义及用法，知道怎么去查找未知参数的含义及用法，再就是多多绘图，什么东西用得多了，自然就熟了。如果需要更深入的了解，使用R 帮助。R 使用帮助：？加上函数或参数名。例:?plot，?legend demo(graphics)demo(persp),R 绘图界面简介R 的绘图界面中总共分为三部分outer margins,figure region,and plot region。figure region 包括 plot region。,一、基础绘图工具1.绘图函数:在R中有两种绘图函数1.1 高级绘图函数 创建一个新的图形,1.绘图函数1.2 低级绘图函数 在现有的图形上添加元素,2.绘图参数介绍,plot(cars,font.lab=2,main=主标题,sub=副标题,type=p,xlim=c(7,20),ylim=c(20,100)plot(cars,font.lab=2,main=主标题,sub=副标题,type=p,xlim=c(7,20),ylim=c(20,100),axes=F),plot(cars,font.lab=2,type=p)plot(cars,font.lab=2,type=l)plot(cars,font.lab=2,type=b)plot(cars,font.lab=2,type=o)plot(cars,font.lab=2,type=h)plot(cars,font.lab=2,type=s)plot(cars,font.lab=2,type=S),其它常用绘图参数,3.画图面板分割,par是设置全局绘图参数的函数。ask：par(ask=TRUE)，产生新的绘图之前提示操作。new：FALSE：默认，新图在下一个 figure region 生成；TRUE：新图在当前 figure regionmfcol：mfcol=c(3,2)：3 行 2 列分割图形界面。mfrow：以行的方式分割图形界面。mfg：mfg=c(2,2,3,2)：图片在 3 行 2 列图形界面中第二 行，第二列的位置,mar=c(a,b,c,d)：设置 plot region 与 figure region 底部、左边、上部、右边的距离，单位英寸。mai=c(a,b,c,d)：设置 plot region 与 figure region 底部、左边、上部、右边的距离，单位是文本行数。mgp=c(a,b,c)：三个坐标轴成分的位置，轴文本标记、单位记号标记和轴位置与轴线距离；单位是文本行。,par(mgp=c(1.6,0.6,0),mar=c(3,3,2,1)X=1:10;Y=1:10cex_type=c(0.7,0.8,0.9,1,2,3,4,5,6,7)plot(X,Y,col=blue,pch=16,cex=cex_type,#绘图符号大小，1是正常大小cex.axis=1.1,#坐标轴刻度数字大小cex.lab=1.2,#坐标轴标签大小cex.main=1.4,#标题文字大小#cex.sub=1.3,#副标题文字大小font.axis=3,#坐标轴刻度数字字体，斜体font.lab=2,#坐标轴标签字体，粗体font.main=4,#标题字体，粗斜体#font.sub=1,#副标题字体，正常main=字体,xlim=c(1,12),ylim=c(1,12)text(X,Y,adj=0,labels=paste(cex=,cex_type),col=red,cex=1.2,font=3),R的绘图符号：pch=1:25,R的绘图符号：par(mgp=c(1.6,0.6,0),mar=c(3,3,2,1)pch_type=c(1:5,15:19)X=1:10;Y=rep(6,10)plot(X,Y,col=1,pch=pch_type,cex=2,main=pch,font.lab=2)text(X,Y,adj=-0.5,labels=paste(pch=,pch_type),srt=90),颜色名称：white,black,red,yellow,colors()数字代号：1,2,3,4,5,6,7,8颜色函数：rainbow,heat.colors,terrain.colors,topo.colors,cm.colors,colors(),par(mgp=c(1.6,0.6,0),mar=c(3,3,2,1)pch_type=c(1:5,15:19)X=1:10;Y=rep(6,10)plot(X,Y,col=1:10,pch=pch_type,cex=2,main=pch,font.lab=2)text(X,Y,col=1:10,adj=-0.5,labels=paste(pch=,pch_type),srt=90),控制连线的类型 lty:1:实线，2:虚线，3:点线，4:点虚线，5:长虚线，6:双虚线控制线的宽度 lwd:1为正常大小，1为增加宽度,par(mgp=c(1.6,0.6,0),mar=c(3,3,2,1)X=1:10;Y=1:10line_type=c(1:6)line_width=seq(from=0.6,by=0.6,length=6)plot(X,Y,col=blue,pch=16,type=n,main=line type and line width,font.lab=2,cex.lab=1.2)abline(h=3:8,lty=line_type,col=colors()120:126,lwd=line_width)text(3:8,3:8,adj=0,labels=paste(lty=,line_type,lwd=,line_width),col=red,cex=1.2,font=3),4.图形保存输出到文件pdf,postscript,xfig,bitmap,pictex,cairo_pdf,svg,png,jpeg,bmp,tiff pdf(plot.pdf,width=4,height=4)png(plot.png,width=400,height=600)dev.off()#绘制完图形后关闭图形设备通过菜单命令保存图形,22,一般绘图步骤,1.打开绘图窗口，不绘制任何对象plot(x,y,type=n,xlab=,ylab=,axes=F)2.添加坐标点 points(x,y)3.添加坐标轴axis(1);axis(at=seq(0.2,1.8,0.2),side=2)4.补齐散点图的边框 box()5.添加标题、副标题、横轴说明、纵轴说明title(main=Main title,sub=subtitle,xlab=x-label,ylab=y-label),23,一般绘图步骤,二、图形案例,散点图点线混合图 require(stats)head(cars)plot(cars,1,cars,2,pch=16,col=red,xlab=speed,ylab=dist,type=p,font.axis=2,font.lab=2,cex.lab=1.5)x=seq(5,25,by=0.1);y=10*sin(x)+50 lines(x,y,col=green,lwd=2)a=5:25;b=2*a+10*cos(a)points(a,b,pch=15,col=blue)legend(topleft,pch=c(16,-1,15),lty=c(-1,1,-1),col=c(red,green,blue),legend=c(plot with point,lines,points),散点图并列散点图a=read.table(file=clipboard,header=T)matplot(a,type=o,pch=15:18,lty=1,bg=yellow,lwd=2,xlab=Position(nt),ylab=Frequency,font=2,font.lab=2,cex.lab=1.5)legend(topright,pch=15:18,lty=1,merge=T,legend=names(a),col=1:4),散点图坐标对数化,a=array(NA,dim=c(1000,3)a,2=sample(1:100000)1:1000a,3=sample(1:100000)1:1000plot(a,2,a,3,log=xy,cex.lab=1.4,cex.axis=1.2,font.lab=2,font.axis=2,xlab=R1,ylab=RS,pch=.,col=red,cex=1.1,axes=F)axis(1,at=axTicks(1),labels=as.integer(axTicks(1)axis(2,at=axTicks(2),labels=as.integer(axTicks(2)title(main=R1 VS RS)box(),条形图标准条形图 abar=barplot(a,2,ylim=c(0,1.2*max(a,2),cex.lab=1.5,names.arg=a,1,xlab=Length(nt),font.lab=1.5,ylab=Number of small RNAs,space=0.9,col=blue,main=Length distribution)ratio=paste(sprintf(%.2f,a,2/sum(a,2)*100),%,sep=)text(bar,a,2,labels=ratio,adj=c(0.5,0),cex=0.8,font=2,pos=3)abline(h=axTicks(2),lty=2,col=rgb(0,0,0,0.5);box(),条形图堆积条形图,h=read.table(“acgt.txt”,head=T)barplot(t(as.matrix(h),ylim=c(0,1),xlab=Position,ylab=Frequency,main=Homo sapiens,col=rainbow(4),font=2,cex.lab=1.4)box()legend(topright,legend=c(A,G,C,T),pch=15,col=rainbow(4),条形图邻接条形图 barplot()lines(spline(),条形图Error Bar条形图barplot(),韦恩图draw.circle(),饼图二维饼图pie(),饼图三维饼图pie3D(),盒形图(箱线图)boxplot(),频率直方图 hist(),热图heatmap(),library(pheatmap)pheatmap(),library(gplots)heatmap.2(),三、其它图形包gplotsggplot2httpsource(http:/bioconductor.org/biocLite.R)biocLite(),library(gplots)data(mtcars)x-as.matrix(mtcars)rc-rainbow(nrow(x),start=0,end=.3)cc-rainbow(ncol(x),start=0,end=.3)heatmap.2(x),
