细菌的分类和命名.ppt

第6章 细菌的分类和命名,微生物的分类分类是认识客观事物的一种基本方法。因此，我们要认识、研究和利用各种微生物资源也必须对它们进行分类。分类学涉及三个相互依存又有区别的组成部分：分类、鉴定、命名,分类:根据一定的原则(表型特征相似性或系统发育相关性)对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定。(根据现有数据建立系统的过程)鉴定：借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。(根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程)命名：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称。(分类系统建立过程中的步骤之一),第一节 细菌的分类地位,细菌过去归属植物界，自1974年以来，划为原核生物。,细菌属于原核生物界，为种系分类的真细菌；广义的细菌包括各类原核细胞型微生物，如细菌、放线菌、衣原体、支原体、立克次体和螺旋体；狭义的细菌专指其中的细菌，它的种类最多、数量最大、最具代表性。细菌的分类层次 与其他生物相同，也是界、门、纲、目、科、属、种。在细菌中常用属和种。,细菌在原核生物界的位置 手册第八版把细菌、放线菌、粘细菌、螺旋体、支原体和立克次氏体等归于原核生物界。原核生物界共设2门、6纲、19部分。,原核生物界（Kingdom:Procaryolae）1.光合营养原核生物门（Photobacteria）纲.蓝绿色光合细菌纲(Bluc-green Photobacteria)纲.红色光合细菌纲（Red Photobacteria）纲.绿色光合细菌纲（Green Photobacteria）第1部分2.化能营养原核生物门（Scolobacteria）纲.细菌纲(Bacteria)第2至第17部分 纲.立克次体纲（Rickettsia）第18部分 纲.柔膜体纲（Molliculcs）第19部分,古细菌是一个独特的系统进化类别，其成员产甲烷、极端耐盐、高度嗜热，其细胞壁组成与细菌不同。这些极端微生物被认为是生物进化过程中的早期产物，因此称之为古细菌。在兽医微生物学中，不占重要地位。,细菌的分类等级,属 具有共性的若干种的组合，应与其它属有明显的差异。不同的属之间的16S rRNA序列有较大差异，差异应大于57。,种 是微生物学分类的最基本单元，可以认为是一群性质相似的菌株，与其它菌株群体有明显差异。凡是16S rRNA序列同源性大于97的两株细菌，即可确定为同一种。,亚种 是指同一菌种的各个细菌，虽然基本性状基本相同，但是在某些方面仍有一定差异，差异较明显的称为亚种，差异不明显的称为型。,新种 是指权威性的分类、鉴定手册种从未记载过的一种新分离并鉴定过的微生物。,菌株 是不同来源的某一种细菌的纯培养物。同一种细菌可有许多菌株，其主要性状应完全相同，次要性状可稍有差异。,标准菌株 又叫模式菌株，具有某种细菌典型特征的菌株。,种和亚种指定模式菌株（type strain）；,亚属和属指定模式种（type species）；,属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）；,模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。,第二节 细菌的命名,依据“国际细菌命名法规”的规定，采用拉丁双名法，每个菌名由两个部分组成，前一字为属名，用名词，第一个字母大写；后一字为种名，用形容词，小写。均为斜体。中文的命名次序 与拉丁相反，种名在前，属名在后。,属名 种名,种名 属名,金黄色葡萄球菌,Staphylococcus aureus,亚种 在学名后加上ssp.或subsp.（正体）。新种 在学名后加上sp.nov.（正体）。,属名 通常是一个描述生物形态的名词或发现该生物的人名，词首必须大写。种名 表示该生物的某种特征、寄居部位或所致疾病等，字母须小写。,Staphylococcus aureus 金黄色葡萄球菌Escherichia coli 大肠埃希氏菌,拉丁文学名应该按拉丁文字母的发音规则读念，用英语读念是错误的。,第三节 细菌分类鉴定的标准,形态特征 培养特征 生理特征 生态特征 化学组成 血清学反应 遗传学特性,细菌分类依据,1.经典鉴定方法的指标A.基本形态:球状球菌；杆状杆菌；螺旋状螺旋菌,B.细胞的形状、大小、结构和染色反应,C.细胞的群体形态,D.生化性质和生态特征,2.分子生物学方法分类的依据：遗传特征,第四节 细菌分类的方法,一、双歧检索条目分类法,细菌分类采用传统的双歧检索条目分类法。此法首选要在细菌的各种性状中，选择一项或数项被认为是最主要的基本性质，作为分类指征，在最高一级的分类等阶上将细菌分成若干类别；然后在这些类别中选择数项次要性状为指征，将细菌作次一等阶分类，依此类推，一直划分到种。,人为影响因素多，但实际临床检验很实用。,二、数值分类法,原理 根据数值分析，借助电子计算机，将拟分类的细菌按其性状相似程度归类定位。,各种性状同等重要，应用多菌株比较。所选性状越多，正确性越高，至少要达到100个，否则易误判。,优点：科学、规范 缺点：需要电子计算机,1、伯吉氏细菌鉴定手册（Bergeys Manual of Determinative Bacteriology)，D.Bergey（美国细菌学家），1923年第1版，1994年第9版。,2、伯吉氏系统细菌学手册（Bergeys Manual of Systematic Bacteriology)，Holt（美国细菌学家），1984-1989年编写完第1版共4卷，2001年开始发行第2版共5卷。,第五节 细菌的分类体系,3、Balows等编著的“原核生物”(The Prokaryyotes):第二版，1992，可弥补伯吉氏手册的不足。4、国际系统与进化微生物学杂志（International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology,IJSEM）：是细菌分类命名的世界公认的权威期刊，由国际微生物学会联合会（International Union of Microbiological Societies）于1901年创刊出版。,第六节 细菌的鉴定,一、分类培养,一般只有纯培养的细菌才能进行鉴定。,二、鉴定方法,除按表型特征、DNA同源性或rRNA序列比较等方法鉴定细菌外.其他方法，如测定细菌的脂肪酸组成，用气相液相质谱分析细菌的脂肪酸谱，每一种细菌的脂肪酸谱是恒定的，可重复性好，因此此法可用于细菌的鉴定或分类，往往结合常规方法参照应用。在有条件的单位可用PCR技术检测鉴定细菌。,用商品化的细菌鉴定试剂盒，取代自行选择若干检测项目。,细菌学诊断,细菌感染的检查方法与防治原则,标本的采集和运送,避免杂菌污染,运送注意保存,不同期不同标本,用抗菌素以前,采集病变明显部位,标本必须新鲜,细菌的革兰染色,病原菌的检查程序,药物敏感试验,标本,直接涂片镜检,分离培养,生化试验,血清学试验,动物试验,明确诊断,初步诊断,分子生物学技术,其他检测技术,