农药分子设计软件介绍.ppt

主讲：张 莉 2009.1.9,SYBYL7.3软件简介,2,模块分类,1.基本运行环境和 分子构象分析,SYBYL/base：基本运行平台，包括分子构建、结构显示、分子力学计算。文件输入/输出等基本功能。Dynamics：分子动力学计算。Concord Sketch：将化合物的二维结构转化为三维结构的通用工具Adv Computation：分子三维构象的搜索、分析工具,帮助寻找分子最低能量构象。,2.定量构效关系,QSAR With CoMFA：定量构效关系研究工具集，可用于先导化合物的结构修饰及改造。Adv CoMFA：CoMFA模块的扩展功能，包括了几种特殊分子场及QSAR 扩展工具。HQSAR：全息定量构效关系研究方法Hint!：分析疏水性、疏水相互作用，可用于CoMFA分析。Molconn-Z：用于计算基于分子拓扑结构的QSAR描述符。cLogP/CMR：计算分子的脂水分配系数及分子摩尔折射,用于QSAR。,3,3.药效团+化学信息学,DISCOtech：进行活性官能团预测，即通过分析一系列化合物的可能构象进而推测它们共有的可能的药效基团。GALAHAD：采用新遗传算法快速生成高质量的药效团模型GASP：采用遗传算法进行活性官能团预测。UnityBase：化学数据库的搜索、分析、管理系统。Unity3D：三维数据库搜索工具。,4.分子对接,Surflex-dock：快速精确地将配体与蛋白质活性位点进行柔性对接计算，用于虚拟筛选。Cscore：提供了评价配体-受体之间相互作用的多种方法，用于对接结果的一致性评价。Molcad：分子表面性质的计算和显示。,5.从头设计模块 Leapfrog：利用已知的受体蛋白质结构或QSAR模型进行 de novo 配体设计，并可用于优化先导化合物。,4,cd：改变所在目录,用法：cd 绝对路径或相对路径例：cd/home/test#进入/home/test目录cd.#回到上一级目录cd#回到你的登录目录cd test#进入当前目录下的test目录,一、Linux命令简单介绍,5,pwd：显示你的当前路径,用法：pwd 例：cd/usr/localpwd/usr/local,6,ls：查看目录内容,用法：ls 选项例：ls#查看当前目录内容ls a#查看所有的文件 ls l#查看文件详细信息，如显示 文件创建的日期、它的大小、所 有者、权限等等 ls*.exe#显示扩展名为exe的文件,7,cat：显示文件内容,用法：cat 文件名例：cat hello.log#显示hello.log文件的内容cat hello|less#分页显示hello文件内容,8,mkdir 创建目录,用法：mkdir 路径+目录名例：mkdir mydir#在当前路径下创建mydirmkdir/tmp/dir#在/tmp目录下创建dir,9,cp 复制文件,用法：cp 源文件 目标文件例：cp file1 file2#当前目录下复制file1到file2cp file1/tmp#复制当前目录下的file1到/tmp目录下,10,mv 移动文件,用法：mv 源文件 目标文件例：mv file1 file2#当前目录下将file1移动到file2cp file1/tmp#移动当前目录下的file1到/tmp目录下,11,rm 删除文件,用法：rm 文件名例：rm file1#删除当前路径下file1rm*.tmp#删除当前路径下所有扩展名为tmp的文件 rm f file1#强制删除文件rm rf test#强制删除test目录下所有内容,12,top 显示CPU进程,用法：top,13,vi 文本编辑器,用法：vi 文件名 进入vi后命令：i 光标前插入o 新建一行文件操作按Esc，打“：”出现命令提示：q 退出 wq存盘退出 q！不保存退出,14,二、分子对接Surflex-dock,15,16,17,18,19,20,END,