细菌全基因组测序.ppt

基因组测序和组装流程,生物信息学分析流程图,基因功能注释,基因注释主要基于蛋白序列比对，将基因的序列与各数据库进行比对，得到对应的功能注释信息。注释的蛋白库为：KEGG、COG、SwissProt、TrEMBL、NR。,B-6 KEGG代谢通路二级分类图,B-9 KEGG代谢通路二级分类图,B-6 COG功能分类图,B-9 COG功能分类图,B-6 GC含量、GC skew、COG 注释基因组分布图,B-9 GC含量、GC skew、COG 注释基因组分布图,基因家族（gene family）和基因簇（gene cluster）分析,基因组中来源相同，结构和功能相关的基因聚集在一起形成基因家族。基因家族的各个成员紧密成簇排列成大段的串联重复单位，分布在某一条染色体的特殊区域,测序数据的解读与分析,解读策略 木质素基质是非常巨大的非均性高分子，会受到细胞外酶或试剂的作用；木质素不含有可水解的化学键，这就意味着木质素降解所参与的酶必须具有氧化性；木质素具有立体结构不规整性，与许多其他天然高分子相比，木质素降解要求更具非特异性的作用。木质素降解过程中涉及到的细胞外酶主要有：木质素过氧化物酶（LiP）和锰过氧化物酶（MnP），以及漆酶（Lac）。此外，一些附属酶参与过氧化氢的产生，乙二醛氧化酶（glyoxal oxidase，缩写作GLOX）和芳基醇氧化酶（aryl alcohol oxidase，缩写作AAO）属于这类酶。,解读策略 木质素降解过程涉及到的其他酶。对木质素模型化合物作用的相关酶；木质素单体化合物降解相关酶。,运用测序数据构思文章,对羟苯基结构（10%）,愈创木基结构（70%）,紫丁香基结构（20%）,木质素主体结构的连接方式,-O-4型连接,木质素降解有关主要的酶和它们催化的主要反应,增加个性化信息分析对B-6，B-7，B-8，B-9这4株菌的数据进行分析，寻找与木质素降解相关基因；用CAZY数据库对这4株菌的代谢途径进行注释，寻找纤维素、半纤维素降解家族基因。对4株菌的亲缘关系进行分析，确定菌株之间的相互关系；通过对4株菌进行进化分析，判定是否为古菌或新的菌种。,论 文 构 思,创新性 系统性 热点，高关注度,下一步的实验安排,对已注释出的基因进行验证,未注释出功能的基因鉴定，挖掘新基因,其他方面的应用研究,应用NMR、FTIR、UV，14C标记的木质素降解机理方面的研究；农药残留物以及其他一些难降解有机物的降解；重金属有机物化合物的降解。,“一个物种基因组计划的完成，就意味着这一物种学科和产业发展的新开端”向仲怀院士,谢谢！,