医学遗传学信息网站.docx

第十七章医学遗传学信息资源第一节 主要信息资源目录一、Karolinska Institute! http:/www.mic.ki.se/Genetics.html)。二、Kansas 大学遗传学教育中心(Genetics Education Center-University of Kansas Medical Center)，网址是 http:/www.kumc.edu/geco医学遗传学信息资源和生物信息学(Bioinformatics)联系十分密切。有关 资源请参阅生物信息学著作。第二节杂志一、中华医学遗传学杂志(Chinese Journal of Medical Genetics) 中华医学会主办，四川大学编辑出版。1984年创刊。双月刊。主要报道我国 医学遗传学、优生学及相关领域的基础理论、临床实践、技术方法的科研成果。 主要栏目有:论著、综述、技术与方法、临床遗传学研究、群体遗传学、病例报 告、经验交流、讲座、会议纪要及国内外学术动态。被美国医学索引(IM)、 化学文摘(CA)、生物学文摘(BA)、工程索引(EI)、俄罗斯文摘杂志 (AJ)及荷兰医学文摘(EM)收录。杂志尚不能开放获取。二、自然遗传学(Nature Genetics) Nature Genetics是 Nature Publishing Group( Nature 系列杂志之一。1992 年创 刊，月刊。该杂志发表遗传学高质量研究成果，包括人类性征和其它动物模型如鼠、蝇、 线虫和酵母菌的基因和功能性基因组的研究。当前侧重常见疾病和复杂疾病的遗 传学机理，也侧重通过实验干预研究基因网络的功能机制、结构和演变。具体包 括：人类疾病病理中的基因、简单与复杂基因性征的分子分析、癌症遗传学、实 验胚胎学、基因疗法、发育遗传学、基因表达调节、从基因组数据中提取功能的 策略与技术、药物基因组学、基因组进化。杂志设有编者述评、通信 (Correspondence)、书评、新闻与观点、综述、短篇通讯(Brief Communications)、 原始论文、读者来信(Letters)等栏目。通信(Correspondence)原为Letters to the Editor，登载读者感兴趣的问题，可以是政策争论，也可以是由研究论文引 发的问题公告，该类文章的原始研究数据要求以摘要形式描述。短篇通讯（Brief Communications）报告高质量且具有广泛兴趣的简洁研究成果。读者来信（Letters）发表重要的新的研究成果，但其重要性又较原始论文（Articles） 次之。依JCR，该杂志IF （影响因子）值2003年为26.494，2004年是24.695, 均居120种遗传学（Genetics & Hereditary）期刊的首位。2005年IF值25.797。 目前网上提供1992年（第1卷）-1998年参考文献（免费）和PDF全文（付费）、 1999-2002年文献文摘（免费）和HTML/PDF全文（免费）、2003-2006年文献文摘 （免费）和HTML/PDF全文（付费）。三、#美国人类遗传学杂志（American Journal of Human Genetics） http:/www.journals.uchicago.edu/AJHG/home.html由美国人类遗传学会（The American Society of Human Genetics, ASHG, http:/genetics.faseb.org/genetics/ashg/ashgmenu.htm）主办，1948 年创 刊，月刊，每年2卷。登载人类遗传性征和遗传学原理在医学、心理学、人类学、 社会服务以及相关分子与细胞生物学领域中应用的研究论文和综述。杂志主题 有：行为遗传学、生物医学遗传学、临床遗传学、细胞遗传学、畸变形态学、遗 传学咨询、免疫遗传学、群体遗传学和流行病学。2004年JCR显示IF值为12.340， 位列120种遗传学杂志第6。2005年IF值为12.649。该刊出版6个月后全文在 线免费。四、自然遗传学评论（Nature Reviews Genetics） Nature综述杂志之一。2000年创刊，月刊。内容覆盖现代遗传学全部领域， 捕捉其进展过程中任何“搔动”、异象和暗示，具体包括：基因组学-基因组项目、 基因组测序、生物信息学；功能基因组学-转录压型（transcript profiling）、 突变筛检、生物信息学；进化遗传学进化发育生物学（evo-devo）、比较基因组 学、群体遗传学、系统发生学；技术学-新技术、实验策略、治疗、应用遗传学 和基因组学、计算生物学；多因子遗传学复合疾病、疾病易感性/抵抗力、关联 研究、技术；疾病-疾病基因鉴别、基因型与表型之间的关系、遗传病分子病理 学、染色体生物学-DNA基础、端粒、着丝粒、人工染色体、染色体稳定性；实 验胚胎学-DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质结构、胚教、染色质再造；发育生 物学-生殖技术、制模、分化等；基因表达-DNA基本组分、增强子、基因调节等。 据2004年JCR显示该刊IF值为21.329，居120种遗传学杂志第2位。2005年 IF值19.211。目前网上提供2000-2004年文献摘要（免费）和全文（付费）、 2005-2006年摘要（免费）和全文（HTML/PDF，付费）。五、遗传学年评（Annual Review of Genetics） http:/arjournals.annualreviews.org/loi/genet1967年创刊。2004年JCR显示IF值为11.304，居120种杂志第8位。2005 年IF值13.959。目前网上提供1967-1995年文献引文和PDF全文（付费）、 1996-2005年文献摘要及HTML/PDF全文（付费）。六、基因组学与人类遗传学年评（Annual Review of Genomics and Human Genetics） http:/arjournals.annualreviews.org/loi/genom， http:/www.annualreviews.org/catalog/2005/gg06.asp2000年创刊。2004年JCR显示IF值为8.581，居120种期刊第10位。2005 年IF值10.094.该刊2005年（第6卷）有18篇综述，以其中一篇为例，该篇 题为 “A Personal Sixty-Year Tour of Genetics and Medicine 遗传学与医学 六十年巡历）”，由宾西法尼亚洲费城Fox Chase癌症中心Alfred G. Knudson 撰写。Knudson已年逾八旬，他早期从事遗传性代谢差错方面研究，继而在分子 生物学、病毒学和细胞遗传学领域取得了辉煌的成绩，最后将这三者终结于癌症 研究，终达事业巅峰。他说，从Avery和他的同事们发现遗传物质DNA到人类基 因组的揭示，过去的六十年是生物医学尤其是医学遗传学的“黄金时代”。文中 介绍了从Knudson着手遗传学研究到医学乃至癌症与遗传学发生经久不渝的联 系的过程。全文共分四个部分，标题分别是“Unexpected Beginnings: Genetics and Medicine” ; “The Revolution in Biology” ; “Retinoblastoma: a lesson from pediatrics” ； “Beyond Two Hits: Genetic Chaos”。53 篇参考文献中， 1882 年、1908 年、1911 年、1935 年、1945 年、1949 年、以及 2000 年和 2003 年分别各1篇，其余45篇均为二十世纪后半叶发表。此类综述为我们清晰深刻 地阐释了医学科学专题领域研究发展的历程，具有重要的参考价值。目前网上提 供2000-2005年文献摘要（免费）和HTML/PDF全文（付费）。除上述杂志外，重要相关资源还有人类基因组流行病学网络(详见本书 第六章第五节一)，是CDC主办的网络周刊，是研究人类各种疾病基因组学基础 极好的资源。另外，New England Journal of Medicine的“Genomic Medicine” 专栏有许多很好的综述，论述各种重大疾病的遗传学研究成果，参见本书第三章 第二节八。第三节图书、讲义一、临床遗传学彩色图谱刘权章主编。1995年7月第一版，2006年3月第二版。人民卫生出版社出 版。全书共分上下两篇。上篇着重介绍临床遗传学的理论基础，主要介绍有关遗 传和遗传病的基本知识，包括遗传的物质基础、遗传病的产生原因、各种遗传病 的分类、主要特征、遗传病的识别、诊断要点、再发风险的推断和预后，以及可 行的预防措施和婚、育优生指导原则等。下篇结合典型病例照片介绍一些主要遗 传病的临床特征、遗传方式、诊断和防治要点等。书中含较常见遗传病图片472 种，病例照片1100多幅。二、医学遗传学原理(Principles of Medical Genetics)Thomas D. Gelehrter 等主编。第二版。Lippincott Williams & Wilkins 公司1998年出版。三家网站 nce&n=283155, gen.org/literature/11-1999/msg01.html有售。该书有由科学出版社出版的孙 开来等翻译的中文译本。三、*遗传病的代谢与分子基础(The Metabolic and Molecular Bases of Inherited Disease)Charles R. Scriver等主编，第八版。McGraw-Hill公司2001 年出版。 nce&n=283155有售，网站四、*医学遗传学(Medical Genetics)http:/medgen.genetics.utah.edu/ 该书由Mosby公司出版。现为2000年第2版。可在线阅读。内容突出体现当前遗传学研究的新进展。全书分基础分子遗传学概论、染色体与单基因病、临 床实践的应用。书中包含大量临床照片和注释解说。五、*基因评论(GeneReviews)http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgifrid二geneRoberta A. Pagon主编。University of Washington(c1993-2005)出版。 一种在线出版物，与其它NCBI提供的专著一样，可免费阅读，由专家撰写、经 同行评议的遗传病综述。综述提供关于基因检测及其在对遗传病患者和家族行诊 治和咨询方面应用的最新且权威的信息。可由GeneTests网站(www.genetests.org)登录该书。目前包含300种疾病的综述且每月增加4种， 每篇综述自初次上线公布时起两年内将更新一次并根据需要随时修订。六、*基因组(Genomes)http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View.ShowTOC&rid=g enomes.TOC&depth=2T. A. Brown编。第二版。Oxford (UK): BIOS Scientific Publishers Ltd (c2002)出版。在线出版物。该书编排以辅助教学为主要目的。共分四部分：Genomes, Transcriptomes and Proteomes (现代分子生物学的核心概念)； Studying Genomes (基因组学研究的方法)；How Genomes Function(基因组功能 机理)；How Genomes Replicate and Evolve (基因组进化过程中的复制、突变 和重组)。每一章都设有学习目标(Learning outcomes)，适当适量的图表(Figures)，精要点拨、技术手段注解和研究方法简介(Boxes, Technical Notes and Research Briefings)，参考文献和推荐阅读(Reading lists-References and Further Reading)，助学条目-关键术语、自学问题、问题为中心的学习活动(Study aids-Key terms, Self study questions, Problem-based learning)， 附表-跟踪最新研究发现的最佳途径-基因组研究成果报道的相关书刊与网络资 源(Appendix-Keeping up to Date)，词汇表(Glossary)。全书可在线阅读。七、*孟德尔遗传学(Mendel s Genetics)http:/anthro.palomar.edu/mendel/mendel_1.htm孟德尔遗传学免费在线图书。附遗传学词汇表，词汇提供在线发音。如下图：19 Basic Principles of Genetics: lendel's Genetics - licrosoft Internet Explorer八zjslcter eom'imieli'ieuidj illof Classical Papers in Genetics)EW编叫H©煽如IMS：1黝9t 折编星直郭根项IM® ?ftXi。懿，0，匕*,野如谯Mendel's GeneticsComnxnedib peasThrough the selective cross-breed ng of connwn pea plaits (Pisum saM巾)overman/ generations, Mendel discovered that certain tratsshowupin dfspnng without any bleidng of parent charactenstics. Fcr instance, the pea flowers are enher purple orwhte-intenne(jate colore do not appear mthe offspring of crosMdlinafed pea plants. Mendel observed sewn trats that are easily recognzed and apparently oriy occir in one oftwofoims:*遗传学经曲论文库（CollectiorReyooidre stiudins of fcwrs.4z male sesiuctires 林)如。福M."：f 图17-1 Mendel2. tepositioflisaialorterrninai 6. pcdsSi祖b&nonslkted”3. stem length is long or shot7. pod color is yellow or greensFcrtasands of years famers and herders hM been sektivel/ breeding tfietr plants and animals to produce more usehi hybrids 0. It was somewhat ofahtoc miss process since the actual mechanisms gowmng inheritance were urtom. Knowledge of tiese genetic mechanisms finally came as a resi of car削 laboratory breed ng experiments earned out over the lastcentuiyandahafh crossxilhat ptarctherther produceyellow or green peas excbsively, MenjelfomdMtfie firs offspring gefierationlfl) always 林惭伽吊a$. Hover, the Wlcwr faticn |f2) cons sterC/ has a 3:1 ratie ct yellow to grei.fl岬加能 Hdiralian 一rVvi打血 12 gensrlcnPiis 3:1 ratio occurs in瞧 邮浏那砌 期即胞贸顿 M iis网腕keyto understaning能tic腋剧训矿 inheritance* pareft gererstiofi Genetics 主页 HH M 'rTTLcross-bialior.Whle Menders research was wtfi plants, the basic undeng principles ofGregor Mendel 1822-1084By the 1890's, the insertion of better microscopes slowed biologists to d scover the tesic facts of cell diMaon and sexual reprodjetion Hie focus ofresearch ttien shifted to uiderstending whatrealy happens in the 'y n IK 岫湖 transirission of hereditatraits fro(n parents to children. A number of hypotheses were suggested to explain heredt/, but Grega Mendel a IMe known Certral European monk, was theory one who got it more or lessnght. Hs ideas had been published in 1866 but larged went unrecognized unhl 1900, wtich was kxig after his death His ear adutlife was spent in relative obscuitydang basic genetics research andteacting hi/ $ctioo； mme<nat)c$, physics, aid Greek in Bmo (now in the Czech Rouble). In tis lateryears.he became the abbot (/ his imastesy andputaadehissaertificwodcheredt/that he d scovered also 衲 to people and other animals because the mecfiaiisms of here网 are essential tie same for all complex ife formsv.pilnir.eh'iolil/iaklj iti E 风 Basic Principles of Cesetics: lendel's Genetics - licroMft Internet Explorer§ 爵藩 * Kero hsn Jrineits.Bmc FniaU.es.http:/www.esp.org/graphics/main3.html通过该网页的遗传学经典论文即里程碑性文献有助于了解遗传学发展的历史。论文为PDF格式，可免费下载。如：Mendel, Gregor. 1865. Experimentsin plant hybridization. Verhandlungen des naturforschenden Vereines in Brunn, Bd. IV fur das Jahr 1865, Abhandlungen, 3-47:Bateson, William. 1899. Hybridisation and cross-breeding as a method of scientific investigation. Journal of the Royal Horticultural Society, 24:59-66； Wright, Sewall. 1932. Complementary Factors for Eye Color in Drosophila The American Naturalist, LXVI:282-283 .等。九、*人类分子遗传学 2 (Human Molecular Genetics2) http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View.ShowTOC&rid=h mg.TOC&depth=2主编 Tom Strachan 和 Andrew P. Read。出版者 Garland Science, c1999。全书共分 22 章：DNA structure and gene expression (DNA 结构与基因表 达)、Chromosomes in cells (细胞中的染色体)、Genes in pedigrees (家谱基 因)、Cell-based DNA cloning (基于细胞的 DNA 克隆)、Nucleic acid hybridization assays (核酸杂交测定)、PCR, DNA sequencing and in vitro mutagenesis （PCR、DNA 测序与体外致突变）、Organization of the human genome（人类基因组组织）、Human gene expression （人类基因表达）、Instability of the human genome: mutation and DNA repair（人类基因组的不稳定性）：Physical and transcript mapping （突变和 DNA 修复）、Genetic mapping of mendelian characters （物理与转录图谱）、Genetic mapping of mendelian characters（孟德尔特性基因图）、Genetic mapping of complex characters（复杂特性 基因图）、Genome projects （基因组项目）、Our place in the tree of life（我们在生命树中的位置）、Identifying human disease genes （鉴别人类疾病 基因）、Molecular pathology （分子病理学）、Genetic testing in individuals and populations （个体和人群中的基因检测）、Cancer genetics （癌症遗传学）、 Complex diseases: theory and results （复杂病症理论与结果）、Studying human gene structureC研究人类基因结构），expression and function using cultured cells and cell extracts （用培养细胞和细胞抽吸物施行基因表达与功能）、 Genetic manipulation of animals （动物基因操控）、Gene therapy and other molecular genetic-based therapeutic approaches （基因疗法与其它分子遗传 学为基础的治疗方法）。全书可以线免费阅读并可检索阅读。上述四-九都可以在线免费利用。第四节指南一、American College of Medical Genetics （ACMG） -Standards and Guidelines for Clinical Genetics 美国医学遗传学会2002年起发布临床遗传学检验的标准与指南，现网上 为2005年版（ 。指南的总述部分内容包括：人力政策、一般政策、共享方法学、临床细胞遗传 学、临床生物化学遗传学、临床分子遗传学、产前甲胎蛋白和相关分析物的遗传 学筛检。分论部分为各种疾病/表型的标准与指南。二、American Society of Gene Therapy-Policy/Position Statements http:/www.asgt.org/positionstatements.shtml美国基因治疗学会通过政策和财务状况表（Policy/Position Statements）向 媒体和公众公布基因治疗和基因疗法研究的新进展。如：2004年7月的“ASGT Response to FDA Critical Path Statement”、2003 年 4 月的“Report from the ASGT Ad Hoc Committee on Retroviral-mediated Gene Transfer to Hematopoietic Stem Cells”、2000 年 4 月的叩olicy of The American Society of Gene Therapy on Financial Conflict of Interest in Clinical Research”、 1999 年 12 月的“Reporting of Patient Adverse Events in Gene Therapy Trials”。三、American Society of Human Genetics（ASHG）-Policy Papers and Reports http:/genetics.faseb.org/genetics/ashg/policy/pol-00.htm美国人类遗传学会的政策文件与报告。如2001年12月发布的报告“Medical School Core Curriculum in Genetics”、2002 年发布的政策文件"ASHG Commentary: Response to Allegations against James V. Neel in Darkness in El Dorado, by Patrick Tierney”。四、British Society for Human Genetics（BSHG） - Official Documents http:/www.bshg.org.uk/documents/official_documents.htm英国人类遗传学会（BSHG，http:/www.bshg.org.uk/）的官方文件。如 “Consent and Confidentiality in Medical Genetic Practice，（一份咨询文 件）、“Undergraduate Genetics Curriculum”（2003 年 2 月）、“Joint statement on Genetic Research and Insurance”、“The Role of the Clinical Geneticist” （2000 年 3 月）。此外，关于CDC、WHO、FDA等机构颁布的指南请参见本篇第四至七章。第五节数据库一、OMIMtm - Online Mendelian Inheritance in ManTM在线人类孟德尔遗传学http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM（一）OMIM 简介在线人类孟德尔遗传既是在线出版物，同时又是不断更新的人类基因与 遗传疾病的目录。它以Mendelian Inheritance in Man（McKusick, V.A.:Mendelian Inheritance in Man. 12th ed., Baltimore: Johns Hopkins University Press, 1998.)为蓝本。OMIM是该书的数字化数据库版本，两者的 主要差别是网络版每日更新，而印刷版内容的更新程度只能体现在最新版本中。 另外网络版数据库中除包含文本信息资料外，也包括丰富的MEDLINE链接和 Entrez系统中的序列记录链接以及其它相关的NCBI等网站资源的链接，印刷版 则包含网络版中所不具备的序言和附录等。全库目前收载记录19048条(2006年 8月统计)，主要为(可)遗传的疾病即遗传病。人们也把它看作是与人类基因 组计划相伴的表型数据库。由约翰霍金森大学(Johns Hopkins University)的 Victor A. McKusick 主编，NCBI 开发。(二) OMIM中的编号系统在OMIM中，每一条记录都给予一个独一无二的六位数编号，其中第一位表 示该基因的遗传方式。以1开头的号(100000-)指常染色体(显性)基因座位或表 型(创建于1994年5月15日前)；以2开头的号(200000-)指常染色体(隐性)基 因座位或表型(创建于1994年5月15日前)；以3开头的号(300000-)指X连锁 基因座位或表型；以4开头的号(400000-)指Y连锁基因座位或表型；以5开头 的号(500000-)指线粒体基因座位或表型；以6开头的号(600000-)指常染色体基 因座位或表型(创建于1994年5月15日之后)。等位变异体的命名规则是在其 “母”条目的MIM编码后加小数点再加一个独一无二的四位数变异体编码。如凝 血因子IX编号为306900.0001-306900.0101，B珠蛋白基因座编号为141900， 镰状血红蛋白编号为141900.0243。MIM号前的(*)号、(#) ( + )(%)号的意义：(*)号表示某基因座的基因所 决定的表型不同于其它任何带(*)号记录所代表的基因座，且该表型的遗传方式 已经证实。一般来说，每个基因座只创建唯一一个带(*)号的记录。编码前无(*) 号意味着该遗传方式虽疑为遗传性但还未经证实，或者还不清楚该基因座是否不 同于其它记录中的基因座。(#)号表示该记录为描述性记录，通常是一种表型的 描述性记录，不代表一个独一无二的基因座，使用(#)号的原因在该记录的第一 段阐述，与该表型相关的基因的讨论存在于其它记录中。在线粒体目录中，线粒 体染色体组37个基因的记录标以(*)号，由这些基因中一个或多个突变引起的表 型的记录标以(#)号。记录编号前的厂)号意味着该记录不再存在，原因是它已被 删除或被赋以另一个MIM号。（+ ）表示该条目描述了一个基因的已知序列和表 现型。（）表示该条目描述了已经确认的孟德尔表现型或表现型座位，而该表 现型座位的分子基础尚不清楚。条目前无记号表示该条目描述了一种其孟德尔基 础虽然疑是但尚未明确或者其与其它条目的分别尚不清楚的一种表现型。（”） 号表示该条目不再存在，原因是被数据库清除或转为所提示的其它条目。（三）OMIM 基因图（Gene Map）与病理图（Morbid Map）1.OMIM基因图OMIM的基因图是OMIM中收载的细胞遗传学基因定位。它是一个独立的文档， 以表格形式列出自1号染色体的p端粒至22号染色体的q端粒的基因，然后列 出X和Y染色体上的基因（也是按从p端粒到q端粒的顺序）。并不是所有的OMIM 记录都列入基因图中，只有那些发表了细胞遗传学基因定位的文献才进入OMIM 基因图。OMIM基因图可通过网络和FTP文档获得。其网络版可通过基因符号（如 “SOD1”）、染色体定位（如“5”、“ 1pter”、“Xq”）、或疾病关键词（如“Alzheimer”） 来检索。检索X和Y染色体均需大写X，Y。检索时可以指定几个字符，运用截 词功能，OMIM将先指定到以这些字符开头的位置，然后使用“Find Next”钮来 查找与检索词匹配的下一个记录。OMIM基因图一次显示20条记录。如果一个基 因只定位于一个染色体号而不是特定的细胞遗传学基因片断，那么该记录通常显 示在该染色体基因的末端。每条记录包含如下信息：LocationSymbolTitleMIM #DisorderCommentsMethodMouse依次是基因在染色体上的位置、基因符号（也属于记录的标题）、OMIM记录的标 题、MIM记录编号、特定基因突变所引起的疾病、说明、基因定位的方法、鼠。 点击位置则链接到MapViewer显示该基因在所在基因片断中的位置及其它临近 基因。点击MIM记录编号则链接到相关的文本资料。2.OMIM病理图OMIM病理图是按字顺排列的疾病及其相应的细胞遗传学定位的列表。该图 也可以通过网络和FTP文档获得。OMIM病理图网络版可通过基因符号（如“SOD1” ）、染色体定位（如“1pter”、“Xq” ）、或疾病关键词（如“Alzheimer” ） 来检索。X和Y染色体需大写。也可以用数据字（如“5”）检索，但该数字可能 不只出现在位置一栏。检索出的记录信息包括：DisorderSymbol(s)OMIMLocation基因图与病理图的疾病一栏中符号、？及数据（1）（2）（3）的意义：某 些“非疾病”，即导致实验室检测值明显异常的遗传变异（如dysalbuminemic euthyroidal hyperthyroxinemia）用括起来；指一些突变实例，它们导致对 某种特定感染（如白喉、脊髓灰质炎）普遍易感、或导致对某种感染（间日疟）经常 抵抗、防止尼古丁成瘾以及其它易感性；？号置于疾病名称前相当于绘图状况的 L（绘图即定位