医学信息检索与利用.ppt

医学信息检索与利用,前 言,哲学家以及论述科学方法学的作者们一个常见的错误是，他们误认为：系统地积累资料，最后根据简单的逻辑做出结论和概括，这样就作出了新发现。而事实上，可能只有很少数的发现是这样做出的。剑桥大学科学学家 贝弗里奇科学研究的艺术,课程理念：强调的不是如何简单地搜集资料，而是如何科学地搜集、积累资料，并在此基础上进行分析、评价、思考，从而启迪科研自主创新思维。,导 论,一、信息及信息素养,（一）信息及文献基本概念（二）信息及文献的主要类型（三）信息素养能力培养与课程学习目标,（一）信息及文献基本概念,信 息知 识文 献情 报,信息（Information）,广义：信息是指事物存在方式及其运动规律、特点的外在表现形式，以及信息活动中各种要素的总称，包括信息本体、与信息有关的人员、设备、技术和资金等各种资源。狭义：信息是指文献资源或数据资源，包括任何媒体中的片段、文章、图书、情报、观念等。,知识（Knowledge）,知识是人们在改造世界的实践中不断接受客观事物发出的信息所获得的认识，是经过人脑而形成的系统化的信息集合。信息是知识的原料,知识是信息的产品。,文献（Document）,国家标准GB-3469-83文献类型与文献载体代码中定义：文献是记录有知识的一切载体。如：甲骨、纸张、光盘等。医学文献就是记录着医学知识、信息的物质载体，如医学图书、期刊、会议录等。,情报（Information）,情报是解决特定问题所需要的知识，具有以下属性：知识性：经过加工并为用户所需要的特定知识或信息。（可用于解决问题的）传递性：动态接受与利用效用性：启迪思维、增进见识、改变知识结构、提高认识能力，发挥实用的、社会的、经济的价值,信息与知识、文献、情报的关系,信息 知识 情报 文献,（二）信息及文献的主要类型,1.按存储技术分：印刷、缩微、电子等2.按出版类型分：图书、连续出版物、特种文献3.按加工深度分：一次、二次、三次、零次,1.按存储技术分,印刷型,缩微型,电子型,电子文献,电子文献（Electronic Documents）以数字方式将图、文、声、像等信息存储在磁、光、电介质上，通过计算机、网络或相关设备使用的记录有知识内容或艺术内容的文献信息资源，包括电子书刊、数据库、电子公告等 GB7714-2005,电子文献数据库,定义：计算机内有组织、可共享的数据集合存储标准：国际标准ISO 国家标准GB 内容编码、内容对象格式、内容对象标识,电子文献数字图书馆,对非数字化知识（传统文献）数字化处理数字化知识（原生数字形态）数字化处理“全球信息高速公路上信息资源的基本组织形式”“存储电子格式的资料，并对这些资料进行有效的操作”,数字图书馆特点,信息存取多媒体化信息组织有序化操作电脑化传输远程网络化资源共享化一站式服务（跨库连接无缝化）,数字图书馆资料收藏的级别,永久保存级：具有保存价值的资料存储在本图书馆硬盘或高等存储装置上。(教参)服务级：利用其他站点服务器上的资源，不具有永久保存性。（Elsevier）镜像级：将主站点的资料拷贝到本馆或某地服务器上，向读者提供服务。(维普)链接级：通过网站的链接，不受控制地获取和保存。（重点络资源导航）,数字图书馆环境下必需的信息技能,识别信息需求的能力；表达信息需求的能力；建构合适的信息策略能力；定位和存取合适信息能力；比较和评估不同来源获取信息的能力；在解决问题、完成任务或决策制定中组织、交流和应用信息的能力；在现有条件下产生新信息的能力。,2.按出版类型划分,图 书,连续出版物,特种文献,教科书,工具书,报纸,期 刊,科技报告,专利文献,学位论文,标准规范,政府出版物,产品资料,会议文献,专著,(1)图书(book),定义：指内容比较成熟、资料比较系统、有完整定型的装祯形式的出版物。种类：参考工具书、专著、教材文献特征：国际标准书号ISBN,(2)连续出版物（serials）,一种载有卷期号或年月顺序号、计划无限期地连续出版发行的出版物。它包括以各种载体形式出版的期刊、报纸等。期刊(journal，periodical),学术期刊,一般被学术图书馆收藏新颖性、学术性、专业性强其中的论文包含研究目的、材料与方法、结果、讨论的描述文献特征：国际标准期刊号ISSN、卷、期,(3)特种文献,会议文献学位论文科技报告专利文献标准文献政府报告产品报告,会议文献(conference、paper、proceeding)定义：会议文献是在各种学术、专题会议上发表的论文和报告。文献特征：会议信息（会议名称、召开地点时间等）Qi JP,Shao SH,Zhu YMathematical modeling of P53 gene regulatory network.International Conference on Intelligent Systems and Knowledge Engineering,APR 06-07,2006.DYNAMICS OF CONTINUOUS DISCRETE AND IMPULSIVE SYSTEMS-SERIES B-APPLICATIONS&ALGORITHMS 13:11-15,Suppl.S DEC 2006,学位论文(dissertation)定义：高等学校或研究院所的学生在导师指导下从事某一学术课题的研究，为获得某种学位而撰写的学术性较强的研究论文。文献篇幅长、论述循序渐进，实验方法表达详尽。文献特征：教学机构（大学或研究所）为来源出处。党建武.神经网络方法求解组合优化问题的研究D.成都:西南交通大学,1996.,3.按加工深度划分,一次文献（原始文献)二次文献(书目文献、索引）三次文献（教科书、参考工具书、综述）零次文献（私人笔记、试验记录、设计草图、口头交流的信息等）,一次文献（原始信息）,一次文献（原始信息）是指记录原始的创造，即首次记录科研成果，新技术，新知识，新发明，新见解的文献。如期刊论文、学位论文、科研报告、专利文献、会议文献等。,二次文献（书目文献类）,著录一批相关文献，按照一定次序编排组织而成的，一种揭示和报导文献信息的工具书。常见的二次文献有两种：1.图书馆目录 是按一定规律和方法编制成的查找图书馆文献收藏的工具，记录内容包括书名、期刊名、著者、以及主题、索书号等），可以从题名、著者名、期刊号、图书号等途径查找。,图书馆馆藏目录,图书馆馆藏目录,图书馆馆藏目录,二次文献（书目文献类）,2.书目文献数据库 记录的内容包括文献中的题名、著者、刊登原文的期刊名称、年、卷期页、摘要等，可以从任何实义词查找。例如：中国生物医学文献数据库 PubMed 数据库,书目文献的题录格式,书目文献的文摘格式,书目文献的Summary格式,书目文献的Abstract格式,三次文献,三次文献是在阅读一次文献的基础上，分析综合归纳信息后，组织形成具有资料性、查考性、阅读性的文献。如教科书、综述、工具书、进展、调查报告等。综述(Survey,Review)是指综合分析和描述一定时间范围内，某一学科或专业科研发展、现状、并预测未来的一类文献。综述示例：,内容丰富、结构灵活的综述文献,现代三次文献事实数据库,有关chronic lymphocitic leukemia的治疗方案,思考题,请以加工深度判断下列文献的类型：1.党建武.神经网络方法求解组合优化问题的研究.成都:西南交通大学,19962.Rahman AT et al.Acute and long-term neurological plications in children with acute lymphoblastic leukemia.Bangladesh Med Res Counc Bull.2008 Dec;34(3):90-3.3.Bagley J et al.Gene therapy in type 1 diabetes.Crit Rev Immunol.2008;28(4):301-24.Review.,信息获取与医学研究本课程主要学习目标学习资源与安排,（三）信息素养能力培养 与课程学习目标,信息获取与医学研究,医学研究的逻辑过程,1.临床、试验课题制定,2.临床、试验研究,3.成果发表、论文写作,基本知识、信息背景,特定信息、知识点跟踪,全面信息信息分析与研究,信息的需求,本课程主要学习目标,培养学生具备信息素养的基本能力，包括：1确定信息的需求包括性质和范围2有效地检索所需信息3鉴别信息及其来源、将检出的信息融入自 己的知识基础4有效地利用信息去完成科研课题 5了解利用信息所涉及的经济、法律和社会 问题，合理、合法地获取和利用信息,在具备信息素养一般能力的基础上，具备自主选择、调整信息调研的课题、善于主动发现专业领域的研究需求、把握专业领域的研究动向和主攻点、善于寻找科研空白点、突破口的一系列能力。,教学资源和安排,书本教材：医学信息检索与利用（第四版）电子教材：复旦大学图书馆 文检教学 网上课堂 医科教案(PBL教程)教学方式：机房同步学习考核：平时作业（网上递交，30%）+综合报告（纸本递交，70%）综合报告递交时间：本课程最后一次综合实习课交（2010年7月5日）。,教学网站复旦图书馆主页文检教学,馆藏目录电子资源Metalib/SFX资源门户读者服务,二、数字图书馆导航,馆藏目录的类型,按报道对象分：图书目录、期刊目录、非书资料目录等按报道范围分：本馆馆藏目录 联合目录,本馆馆藏目录,读者查找馆藏资源的工具 图书馆将本馆收藏的期刊、图书的外部特征：书名、索书号、著者、期刊名等加以记录，以目录的形式提供读者查找图书、期刊的工具。有什么？有我要的吗？有多少？在什么位置？什么时候会还？新刊到了吗？,复旦大学馆藏目录,OPAC是供读者查询馆藏的程序，它提供书目查询（馆藏查询）和读者信息查询。,检索首页,选择文献种类,检索字段,高级检索和浏览,登录后使用续借、预约等个性化功能,检索首页,检索首页可让您通过某个字段检索图书馆目录同时提供检索限制，包括语言、年份、资料类型和馆藏位置等。例如：查找2008年出版的 医学免疫学与微生物学一书。,点击书名，获得详细信息。,点击所有单册，获得馆藏地信息。,点击所有单册，获得馆藏地信息,登录状态下，显示“预约”,多字段检索,多字段查询可让您同时满足大于两个字段的查询要求，检索词之间的逻辑关系是“与”。例：查找医科馆外文书库中是否有Werner Luttmann写的 immunolygy 这本书？,多库检索,多库检索允许在中英文图书和期刊等多个数据库中检索所需资源。,高级检索,高级检索可同时最多使用3个检索字段进行精炼检索，各检索字段间的逻辑关系是“与”,检索历史,可以浏览先前的检索结果，或对先前的检索式进行修改。,检索结果,检索结果记录显示显示记录数目，可以排序或限制馆藏地点每一条记录简单显示书名、作者、出版者、出版年馆藏情况显示点击书名进入详细出版情况、页码等，索书号、馆藏地点、借出情况等编目数据浏览其它链接点：作者、丛书名等浏览,个人借阅信息,某读者所有图书馆行为的统计信息：消息、流通活动（包括外借、借阅历史列表、预约等各种请求、现金事物）、荐购记录、过失、更新地址及管理信息,联合目录,中国高等教育文献保障系统（CALIS）管理中心设在北京大学，成员馆已超过500家。联合目录数据库已经积累了160余万条书目记录，馆藏信息达600余万条。系统提供公共目录检索系统、联机编目、集团采购、文献传递等服务,联合目录,全国期刊联合目录 由中科院文献情报中心主办，全国400多家情报机构提供8万多种期刊的查询。,电子资源,外文数据库中文数据库外文电子期刊中文电子期刊电子图书中外文核心期刊查询,Metalib/SFX资源门户,读者服务,文献传递学位论文提交文检教学,75,三、数据库知识,（一）数据库的类型（二）数据库的结构（三）数据库的访问（四）数据的合理合法使用（五）数据库检索原理,（一）数据库的类型,1.书目数据库(Bibliographic database)2.事实数据库（Fact database）3.数值数据库(Numeric database)4.全文数据库(Full text database)5.图像数据库(Image database，Atlas Online),（二）数据库的结构,1.文档(File)2.记录(Record)3.字段（Field）题名、著者、文献来源三个字段构成题录。题录是检索结果显示和文献后所列参考文献的常用格式，也是获取原文所需要的基本信息。,（三）数据库的访问,1.数据库的存放地点2.数据库使用的免费与收费 3代理服务器的设置 4并发用户数与超时退出,（四）数据库的合理合法使用,复旦大学电子资源使用管理办法 违规行为：超过正常阅读速度，连续、系统、批量地进行下载。比如在一小时内下载超过百篇以上的全文文献、对某本期刊整本或整期下载。使用软件、工具批量下载电子资源，如“网络蚂蚁”或“Flashget”之类网络机器人软件。私设代理服务器使用电子资源。将校园网帐号提供给非授权用户使用。,违规处理：向图书馆提交书面陈述和检查。在图书馆、所在院系的有关人员的监督下删除恶意下载的文献。在图书馆网站公示、批评通报。禁止入馆及借阅权限两月以上半年以下。因违规行为造成经济损失或法律纠纷，由违规者承担，并视违规情节轻重，给予违规者相应的行政处分、经济处罚。,（四）数据库的合理合法使用,北京大学学生孙XX同学2002年10月1日-4日通过图书馆代理服务器批量下载了著名的西文过刊全文库JSTOR中的数千篇文献，导致JSTOR立刻封锁该馆的访问权限长达数月，并对此明显的恶意侵权行为委托律师向北大图书馆提出法律质询，严重损害了北京大学的声誉。最直接的经济影响：2万余元庞大国际通讯费用的损失，使得图书馆的代理服务器几乎无以为继。,电子资源违规使用案例,82,（五）数据库检索原理,1.信息检索定义 广义:是指将信息按一定的方式组织和存储起来,并根据信息用户的需要找出有关信息的过程和技术,全称为“信息存储与检索”。,狭义的信息检索:根据特定课题需要，运用计算机科学的方法，采用专门的工具，从大量信息、文献中迅速、准确、相对无遗漏地获取所需信息（文献）的过程即信息检索。,1.信息检索定义,2.数据库检索原理,数据库信息检索是信息用户的需求和信息集合的比较与选择，即匹配(match)的过程。用户根据检索需求，对一定的信息集合采用一定的技术手段，根据一定的线索与准则找出相关的信息。,用户,输入检索需求,分析转换处理需求,数据库,概念词典控制词表,信息源,筛选录入,分类索引文档预处理,匹配运算,检索结果,