STR简易操作说明.docx

STR简易操作说明STR简易操作说明 1. 提取细胞DNA； 2. 以细胞DNA提取物为模板PCR，每个细胞样品都需检测10个STR位点，分别为Amelogenin,CSF1PO,D13S317,D16S539,D5S818,TPOX,D7S820,D21S11,TH01,vWA，与之对应的有10对引物，其中一条有荧光标记； PCR反应体系： 1×体系 10×体系 ddH2O 33.3 333 5×Buffer 引物1 引物2 模板 Taq酶 10 4 1 1 0.2 0.5 100 40 10 10 X 5 *2.5mM dNTP 50l 498l 说明：大体系混好后96孔板每孔分49.8l， X指9个细胞样品分别加0.2l，96孔板的具体分布参考下图。 PCR反应条件： 1 Cycle 95 5 min 95 30 sec 35 Cycles 58 30 sec 72 30 sec 1 Cycle 72 8 min 1 Cycle 16 3. 每个PCR样品取5ul加Loading电泳检测，勿直接往96孔板中加Loading； 4. 电泳确认每个样品都有条带后送测基康生物； 5. 信息查询与结果比对。 i. 打开ATCC网站http:/www.atcc.org，查询各细胞STR分型数据，以细胞Saos-2为例，搜索结果见下图； Fig.1 ii. 打开该株细胞链接，选择SPECIFICATIONS即可看到该株细胞的STR分型数据，见下图； Fig.2 注意：如果ATCC上查不到某细胞的STR分型数据，还可以去国家实验细胞共享平台查询，网址 Fig.3 Fig.4 Fig.5 iii. 打开网站http:/www.cstl.nist.gov/biotech/strbase/，点击STR Fact Sheets 查询各分型相对应的PCR产物大小，依次见下图所示； Fig.6 Fig.7 Fig.8 说明：在Fig.8中，我们需要依据合成引物的序列找到与其对应的Set，再依据此Set，查询其PCR产物大小，见下图。 iv. Fig.9 将各细胞STR检测数据汇总，下图为Saos-2细胞株CSF1PO位点的检测结果，PCR大小为306.53bp，实际大小与理论大小误差控制在2个bp以内； Fig.10 v. 下图为Saos-2细胞株10个STR位点的综合数据，黄色标记为不匹配部分，数据吻合90%，则可认定该细胞株就是Saos-2。 分型判断标准： 若10个位点中出现2个或以上位点出现三个分型，则说明此细胞株纯在交叉污染； 若与标准分型相比，某些位点包含标准分型及另外一种分型，则判断此株细胞和标准细胞为杂合子与纯合子关系； 若出现50%或以上分型不符合，则说明此细胞株并非为鉴定的细胞株。 Fig.11