PDB数据库中查找蛋白质结构数据.docx

PDB数据库中查找蛋白质结构数据一、PDB数据库中查找蛋白质结构数据 1. http:/www.rcsb.org/pdb/home/home.do 2. 查找蛋白质结构，在检索框输入关键字或名称。 输入内容：比如2DC3 二. 在线观看三维数据结构 4. 选择 3D view，可视化蛋白三维结构视图呈现。由于是远程计算机服务器进行图型构建，且数据量较大，需要较长的时间才能在窗口显示。 5.蛋白结构显示的参数设定： 自定义设定 脚本选项： 二、下载三维数据文件 1. 在查询结果窗口的右边找到以下图型。 如图：选择Download Files。 2确定下载的文件类型，一般根据你要使用蛋白质结构数据而定。 选择PDB File(Text). 3. 用写字板打开PDB文件，可以看到蛋白质数据库文件实质也是文本文件。 4. 下载Pymol，并安装。点DOWNLOAD进入下载，选择windows版本，并安装。 或到此网站下载：http:/www.lfd.uci.edu/gohlke/pythonlibs/#pymol 选择win32，1.7.1.1版本。并安装，需要python编程软件的支持，可从360软件管件直接安装。安装如图： 使用详情参见教程，注意打开程序需要找到 python的安装目录：C:Python27PyMOL，找到PyMOL.exe文件，双击启动程序。 打开2DC3.pdb 或使用RasMol软件进行三维视图分析，步骤同上。