LINU下BLAST+的本地化.docx

LINU下BLAST+的本地化64位LINUX下BLAST+的本地化1 下载程序在ftp:/ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下载ncbi-blast-2.2.25+-x64-linux.tar.gz2 解压如解压到用户的主目录(/home/yonpen)下，把解压后的文件夹重新命名为blast，则BLAST+的所有程序在目录/home/yonpen/blast/bin下。3 添加环境变量打开终端，切换为root用户，执行vim /etc/profile在最末尾添加export PATH=”/home/yonpen/blast/bin:$PATH”，保存退出。或直接找到/etc/profile这个文件，在最末尾添加export PATH=”/home/yonpen/blast/bin:$PATH”此处若成功，则执行blastn -version会出现版本信息。4 新建在目录/home/yonpen/blast下新建一个文件夹，命名为db在/home/yonpen下新建一个文件，命名为.ncbirc在文件中添加内容BLASTBLASTDB=/home/yonpen/blast/db5 下载FASTA格式的数据库ftp:/ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/如下载nr.gz6 建立BLAST+可用的数据库打开终端，切换到/home/yonpen/blast/db目录下，执行：makeblastdb in nr -parse_seqids -hash_index -dbtype prot7 使用程序如使用psiblast在目录/home/yonpen/blast下新建3个文件夹，分别命名为pssm,input,output设待查询序列所在文件的名字为3.fasta执行命令：psiblast -comp_based_stats 1 -evalue 0.001 -num_iterations 3 -db nr -query input/3.fasta -out output/3.txt -out_ascii_pssm pssm/3.pssm