Bioedit序列比对和Mega制作系统发育树 更新.docx
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Bioedit序列比对和Mega制作系统发育树 更新.docx
Bioedit序列比对和Mega制作系统发育树 更新Bioedit程序操作 1、将序列粘贴到记事本中。 每行以“>”为行头,后面可写上属种名称、模式菌株编号、序列登录号等等,回车,另起一行粘贴序列。 2、打开Bioedit程序,点击“File”,选择“Open”,在打开的对话框中选择文件类型为“All Files”,打开序列TXT文件,然后点击菜单栏的“Accessory Application”,在弹出菜单中选择“ClustalW Multiple alignment”,点击“Run ClustalW”,开始进行序列比对。比对结束后,中间数据区的序列发生变化,头尾出现长短不一,这时在“mode”框里选择“edit”,然后点击序列上方的标尺,选择前端最短序列处,然后点击菜单栏“Edit”,弹出菜单中选择“Select to Begining”,这时序列前端不整齐的部分被选中,然后按“delete”删除;然后选择后端最短序列处,点击菜单栏“Edit”,弹出菜单中选择“Select to End”,删除,然后保存为Fasta格式文件。 Mega程序操作 1、打开Mega程序,点击“File”,选择“Convert To MEGA Format”,选择上步保存的Fasta格式文件,点击“OK”,完成格式转换,然后点击保存,生成.meg格式文件。 2、然后点击“File”,选择“Open Data”,打开刚才保存的.meg格式文件,在弹出的对话框中选择“Nucleotide Sequences”,点击“OK”,然后选择“No”,这时比对的序列被打开。然后点击菜单栏的“Phylogeny”,在弹出菜单中选择“Bootstrap Test of Phylogeny”,再选择“Neighbor-Joining”,在弹出的对话框里,点击“Test Phylogeny”标签栏,在“Replication”框里设置测试次数,默认是500,不要设置太高,然后点击左下角的红对勾,保存设置。然后点击“Compute”,开始做树,完成后回自动弹出图。出现两个图,左边标签下是原始图,右边标签下是测试后的图。点击“View”,再点击“Options”可以进行树的形状、宽窄、字体、比例尺等设置的调节。点击“Image”,再点击“Copy To Clipboard”,然后粘贴入幻灯片中,右击图片,选择组合,点击取消组合,这时可对树中属种名进行编辑,比如拉丁名斜体。 3、回到主程序页面,在菜单栏点击“Distances”,选择“Compute Pairwise”,然后点击“Compute”,弹出计算结果,点击“File”,再点击“Export/Print Distances”,然后在对话框中“Output Format”选择Excel格式,点击“Print/Save Matrix”,输出矩阵图。