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Ensembl介绍,林建南,Ensembl,基因注释系统 类似的有：Entrez Gene基因组浏览系统 类似的有：UCSC;Gbrowse,内容,1、Ensembl基因注释过程2、Ensembl基因3、Ensembl工具和Ensembl FTP,内容,1、Ensembl基因注释过程2、Ensembl基因3、Ensembl工具和Ensembl FTP,Ensembl是EMBL-EBI和WTSI 共同开发和维护的一个软件系统准确，全自动使用最新的基因组序列数据,基因注释的数据来源,最新的基因组数据（大部分是动物,也包含植物，真菌和细菌）UniProt/Swiss-Prot和UniProt/TrEMBL蛋白序列 NCBI RefSeq蛋白和核酸序列EMBL cDNA序列,Ensembl基因注释过程,Ensembl基因分类,已知基因（known genes）用本物种的蛋白和cDNA序列对本物种的基因组比对定位确定的基因新基因（novel genes）用相近物种的蛋白和cDNA序列对本物种的基因组比对定位确定的基因,内容,1、Ensembl基因注释过程2、Ensembl基因3、Ensembl工具和Ensembl FTP,Ensembl基因,Genome（基因组）Gene(基因)Transcript（转录本）ProtView（蛋白质）,Fatty-acid amide hydrolase(FAAH,脂肪酸酰胺水解酶)为例子来介绍Ensembl,Ensembl主页,网址：www.ensembl.org,Home Page,Help,Species,Search,Tools,Whats new,输入“FAAH”；.点击“Go”,点击“Homo sapiens”,Vega 网站注释,Ensembl FAAH 基因 ENSG00000117480,Human gene：ENSG00000130427 Human protein：ENSP00000252723Human transcript：ENST00000252723 Mus musculus gene：ENSMUSG00000029711 Pan troglodytes gene：ENSPTRG00000019505,点击进入,Gene summary,点击”Splice variants”,选择显示的内容,帮助,Splice variants,点击,Transcript summary,Gene summary,点击进入该基因所在的基因组位点的信息,选择显示的内容,搜索方式,Text Search 1、ENSG00000130427；ENST00000252723 2、EOP；FAAH2；NP_000790；1BUY 3、Chromosome 2Contig Search 4、X:10000.20000,输入“NP_000790”；.点击“Go”,内容,1、Ensembl基因注释过程2、Ensembl基因3、Ensembl工具和Ensembl FTP,Ensemble 工具,BLAST and SSAHABioMart,BLAST and SSAHA,Home page,Click on Start a DNA or protein sequence search,Summary ofBLAST search,WUBLAST and SSAHA2,Paste the copiedsequence,Select Homo_sapiensand BLASTN and click on RUN,Expand it,Click on Retrieveto check for results,Click on view,Best hit,Location of hitson the genome,Alignment of best hits to query sequence,BioMart,RESULTS,FTP,Home page,Click on Download our databases via FTP,FTP Directory structure,谢谢大家！,