PUBMED数据库检索方法 吴华彰.ppt

PubMed文献检索,遗传学教研室 吴华彰,PubMed是个什么样的数据库?PubMed如何使用?检索技巧与操作,PubMed数据库简介,我们检索的PubMed是学校购买的吗？PubMed是美国国立医学图书馆开发的生物医学信息书 目数据库MEDLINE的免费网络版PubMed包含多少种期刊，能覆盖全部的医学领域吗？可检索1950年以来世界70多个国家和地区出版的5,500余种生物医学期刊上发表的文献内容涉及基础医学、临床医学、环境医学、营养卫生、职业病学、卫生管理、医疗保健、微生物、药学、社会医学等领域。,NLMNational Library of Medicine(美国国立医学图书馆）,NCBINational Center for Biotechnology Information(美国国家生物技术信息中心）,ENTREZ,PUBMED,Nucleotide,Structure,Genome,Popset,OMIM,Protein,PubMed生物医学文献Nucleotide核苷酸序列数据库Protein蛋白质序列数据库Structure大分子三维蛋白质结构Genome完整的基因组汇编Popset以DNA和Pro.分析生物间的进化关系Taxonomy分类学数据库OMIM孟德尔人类遗传学数据库Books生物医学网络版图书Probeset基因表达选集3D Domain特定功能域三维结构,Entrez系统包含的数据库,PubMed数据库简介,PubMed和Medline的区别？,PubMed文献包括三部分:Medline文献 占据绝大部分OldMedline 1966年以前的Medline文献非Medline文献 Medline收录期刊的非生物医学文献及最新文献。,PubMed与Medline,检索词输入框,使用指南,Nucleotide(DNA序列)数据库Protein氨基酸（蛋白质）序列数据库Genome(基因组序列)数据库，提供所有基因与染色体纪录与图片的查询服务，这个库中数以百万的基因序列是由庞大的基因排序工作得来的。Structure（分子结构模型）数据库，这个数据库保存的是由X线晶体成像、NMR分光光度法建立的三维分子结构。OMIM(人类孟德尔遗传学)在线数据库。PMC可链接到NCBI 提供的免费全文期刊。,检索途径与方法,基本检索-Basic Search高级检索-Advanced Search限定检索-Limits Search主题词检索-MeSH Browser特定文献查找-Citation Matcher临床查询 Clinical Queries,检索特点,检索运算符AND、NOT、OR必须大写。(vitamin c OR zinc)AND common cold支持截词检索（*），但对词组无效。如bacter*,可以检出以bacter为词干的单词bacteria、bacterium等最多600个单词。截词检索时，系统的自动词语匹配功能和MeSH自动扩展功能将不再被执行，如：heart attack 将不映射到 MeSH 词 Myocardial Infarction。,截词检索可以扩大检索范围提高查全率。,bacter*TI,检索特点,强制检索：双引号“”或限定字段“endocrine disruption”endocrine disruption注意：所有的“”、*、()、-都必须是英文状态下输入。,单词检索,可免费获得全文数,cancer,词组检索/短语检索,特定字段检索,常用检索字段,检索格式：检索词字段标识,电子出版日期文献出版日期数据加入PubMed日期文献勘误参考文献勘误全部著者姓名全部调研者姓名作为文章主题的著者全称文献相关注释基金编号基因符号期编号资助调研者资助调研单位国际标准期刊号美国立医学图书馆识别号期刊全称,最后修订日期规范词表词规范词确立日期系统组织的文摘版权拥有者题录提供机构的识别号病史相关与原始记录其他关键词提供其他关键词的机构数据提供者机构文章总页数出版商提供数据时间期刊出版国数据库文献编号,作为主题词的个人姓名出版状态文献类型出版模式（纸张或电子）参考文献数已撤回的文献酶或化学物质代码正在撤消中的文章初版文献修订和再版的文章子专题文档太空署提供的数据二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号原文来源引用了病例的文献内部处理代码,字段检索之题名检索,字段检索之刊名检索,字段检索之著者检索,自由词检索：检索某一作者发表的文献,作者姓名书写格式西方人姓名书写格式：First name、Middle Name、Last name。美国肯尼迪总统名为：John Frank Kenedy，Kenedy为Last name（姓）。Frank为Middle name，比较少看到，多看到 John F.Kenedy，中间名缩写了。如果看到姓名中间有逗号，则逗号前一定是姓。如：Kenedy,John F.,基本检索：检索某一作者发表的文献,2、作者姓名书写格式中国人姓名格式：Last name、First name。如：钟世镇，就有如下拼写形式可供检索：Zhong shi-zhen；Zhong，shi zhenZhong，shi-zhen zhong sz,基本检索：检索某一作者发表的文献,Barry J.MarshallJ.Robin Warren,检索某作者发表的文献：,Marshall BJWarren JR,输入采用姓前名后，姓全拼，名缩写 02年以后实现了作者姓名智能转换，可用全拼姓名检索（仅限于02年以后的文献）。,作者全名检索,在作者全名后加上字段标识符fau即可，有两种形式：zou quanmingfau或quanming zoufau,第一作者检索,在作者姓名后加上字段标识符1au即可。检索彭曦以第一作者发表的文章。,如要检索肿瘤的诊断和治疗方面的文献，可以在基本检索输入框中输入：cancer AND(diagnosis OR therapy)，点击“Go”进行检索。,复合检索式检索(AND、OR、NOT),PUBMED检索机制及规则,词汇的自动转换功能PUBMED具有自动词语匹配功能，系统将按顺序自动使用如下3种索引，对检索词进行转换后再进行检索。Mesh转换表、刊名转换表、著者索引。如果在Mesh表找到相匹配的主题词，系统用Mesh词和Text Word进行OR组配检索。,采用检索词自动转换系统，文本词和主题词各检索一次，查全率高，但是检索结果的相关性会下降！,aspirin,强制检索,十年间发表的人类乙肝疫苗临床试验研究的英文文献？,限定检索,限定检索,限定检索,条件限定检索,生物体和性别的限定,语种和子集的限定,文献类型和年龄组的限定例：检索2002-2008年有关2-12岁儿童肺炎(pneumonia)的综述文献,高级检索,通过作者、杂志、关键词（标题、摘要或全文）、发表年份、语种等方面，结合“AND”、“OR”进行限定性的检索。,高级检索（advanced search),请在PubMed数据库中检索南方医院(Nanfang Hospital,nan fang hospital)发表的篇名中含有糖尿病(diabetes)的文献,高级检索（advanced search),选择正确的检索式：Nan fang hospital AND diabetesNan fang hospital AND diabetestiNan fang hospital OR nanfang hospitalad AND diabetestiNan fang hospitalad OR nanfang hospitalad AND diabetesti(Nan fang hospitalad OR nanfang hospitalad)AND diabetesti,PubMed主题检索,医学主题词表数据库(MeSH Database)医学主题词表是对生物医学文献进行主题分析、标引和检索的权威性词表，它的作用是使医学文献的主题标引和检索达到统一和一致，并指导用户高质量地检索医学文献。它可以指导用户从同义词发现主题词，告诉用户主题词如何使用，显示主题词之间的相互关系。,医学主题词表数据库(MeSH Database)利用主题词进行检索方法:1、点击主页右下角的MeSH Database进入主题词检索界面；2、输入检索词后，点击go按钮，系统将显示与该词有关主题词；3、点击该主题词进一步显示该主题词的定义、树状结构、组配的副主题词；4、选择合适的主题词与副主题词后，点击send to按钮，进入检索表达式浏览 窗口；5、点击Search PubMed将显示检索结果。,PubMed主题检索,主题词数据库在PubMed首页导航栏的右下角,主题词数据库,PubMed主题检索,输入普通词查找对应主题词,MeSH,主题词检索可以指导用户高质量地检索医学文献,PubMed主题检索,一般一个主题词还要配合一个副主题词进行组合检索,选择副主题词,PubMed主题检索,Search Box with AND,点Sent to 将检索词添加到检索表达式浏览窗口,PubMed主题检索,Search PubMed,主题词检索可以达到比较满意的查全率和查准率,PubMed主题检索,主题词检索是在有主题标引的Medline数据库中检索,主题词检索结果,PubMed主题检索,普通词不是规范化的主题词检索结果相关度低,普通词检索结果,PubMed主题检索,临床查询检索,“Clinical queries”是专门为临床医生研究设计的内置的临床方法学“过滤器”（Clinical Methodology Filters），这组检索策略模型是由加拿大临床流行病学和生物统计学研究人员Haynes RB等人在1994年提出来的，并进行了查全率和查准率分析。用户通过这一临床方法学检索过滤器，不需掌握复杂的检索策略，即可检索所需的临床研究文献。,使用方法:1、点击主页左侧导航栏的Clinical Queries进入临床查 询页面；2、在检索框中输入检索词，并选择副主题词组配，指定 检索结果是查全(sensitive)，还是查准(specific)；3、点击GO按钮执行检索。例如：检索“鼻咽癌nasopharyngeal cancer治疗方面的研究文献”,临床查询检索,临床查询在PubMed首页导航栏的中间部分,临床查询,临床查询检索,临床查询主要用于检索临床方面的研究文献,临床查询检索,临床查询检索,临床查询主要包括某种疾病的治疗，诊断病因和预后四个方面,检索结果,临床查询检索,在PubMed中检索一下信息，给出你的检索步骤 1、十年间发表的人类艾滋病疫苗临床试验研究的英文文献（总计多少篇，能查到全文的多少，综述多少），写出题录（最新5篇）。2、检索有关紫杉醇（paclitaxel）用于肺癌（lung cancer)治疗的文献（总计多少篇，能查到全文的多少，综述多少），写出最近5篇文献的题录。3、检索施一公以清华大学为第一作者单位发表的论文（总计多少篇，能查到全文的多少，综述多少），写出最近5篇文献的题录。4、最近5年有关儿童白血病治疗方面的英文文献并写出最新5篇文献的题录。5、2005年度诺贝尔医学奖授予了幽门螺杆菌的发现者Barry J.Marshall(1951-)和J.Robin Warren(1937-)，请检索两人合作发表的论文，记录最早的一篇和最近2篇的文献题录。6、了解有关疯牛病（bovine spongiform encephalopathy,BSE）起源（origin）的情况，最早（最老的文献）的报道在哪年，记录出处。检索有关疯牛病最新的文献5篇并注明题录。,