耐药细菌基因组测序结果分析流程ppt课件.pptx

,耐药细菌基因组测序结果分析流程,Illumina测序的短读序Reads,1.拼接Assembly,Spades,1.拼接Assembly,组装后的Scaffold,2.注释Annotation,Prokka产生gbk和sqn等文件,位于加拿大的www.basys.ca,2.注释Annotation,BASys,2.注释Annotation,BASys,注释基因的利器,Artimis主界面,Artemis的主要用途,1，基因注释2，基因预测3，基因比对ACT4，contig ordering,3.菌株信息1,菌种鉴定Sequence type序列类型（但不是所有菌种都有MLST方案）耐药基因毒力基因,3.菌株信息,4.菌株信息2,Phylogenetic analysis（进化分析），基于SNPHarvest 软件,5.菌株信息3,独特基因分析（所测序的菌株是否有与其他菌株没有的独特基因）Gegenees软件,6.质粒信息,Replicon type（复制子类型，Inc）pMLST（质粒的多位点序列分型，只针对F、I1、H和N等少数几种）Illumina测序常无法给出质粒的全序列，而是数个片段，而细菌中可能会有多个质粒。拼接完整的质粒全序列需要做PCR和普通测序来补洞测序不能告诉质粒是否为接合性，需要接合实验验证,15.0,33.5,48.5,63.5,82.0,97.0,112.0,130.5,145.5,160.5,179.0,194.0,209.0,227.5,242.5,M 100 186 286 118 157 224 M 134 085 250 101 098 M,S1酶切后PFGE用以估计质粒大小,7.耐药基因的基因环境,找到耐药基因所在的Contig或ScaffoldBLAST找到相近结构，以此为模版，用PCR拼接不同的Contigs,细菌基因组学在感染和感控中的应用,调查暴发（如海地霍乱、埃博拉、NIH临床中心KPC）明确病原学诊断（如肝移植后柯萨奇病毒感染、神经梅毒等）找出耐药基因，协助临床抗菌药物合理选择追踪病原体在体内的长期进化（如囊性纤维化患者的铜绿假单胞菌）解析优势克隆的起源和成因（如ST259肺克、ST131大肠）,近期的进展1,长读序测序平台,Bio PAC MinIon,近期的进展2,深度测序临床标本直接测序找病原体,总结,1，基本投入，工作站。Linux系统2，几种软件的用途。3，实验设计的着眼点。4，资源站点：wellcome trust sanger institute Cambridge University,