计算ECD操作方法ppt课件.ppt

量子计算ECD操作方法,计算步骤：初始构象（NOESY, 单晶结构, Chemdraw优化）Sybyl2.0 Random research结构优化（量子计算）能量计算（ECD光谱）图谱拟合（波兹曼能量分布公式）,初始构象,化合物PBAB-8NOESY（ROESY）：重要的相关信号参考类似化合物单晶结构Chemdraw优化,类似化合物单晶结构,化合物结构,Chemdraw优化构型导入Chem 3D,1、先在chemdraw里画好结构，并确定好构型。另存为mol 格式。2、将mol 格式导入到Chem 3D里。如果导入之后构型没有发生变化，则直接进行能量最小化操作；若导入之后构型发生了变化，选中那个需要改变的手性碳，然后使用structure里的invert功能，变成想要的构型。3、能量最小化操作。,Chemdraw优化构型导入Chem 3D后 invert structure,Chemdraw优化能量最小化,Chemdraw优化能量最小化,1、如上张幻灯片进行参数设置，然后点击 run 。2、待能量最小化结束之后，另存为sybyl2(* mol 2)格式。,8,Sybyl2.0 Random research,文件导入。Fileimport filemol 2格式OK。注意使用英文的文件夹，要不然显示乱码。Random research 参数设置。注意jobname是自动生成的文件夹，需要更改。结果分析,Sybyl2.0 Random research,Search 之后，会自动在电脑的C盘用户中生成mdb文件（文件名为之前设置的jobname名字），mdb文件夹里生成很多构象的mol2 格式的文件。Search 之后，会自动在电脑的C盘用户中生成tbl文件（文件名为之前设置的jobname名字），tbl文件在后面的结果分析analyze search中会用到。,结果分析,结果分析，打开tbl文件。,结果分析,tbl文件打开之后按能量排序。,结果分析使用chem 3D软件1、根据能量由小到大排序，从能量小的开始逐个检查（用chem 3D软件将mdb文件夹里的mol2结构打开），扣除不符合最初导入构型的构象。然后再看下能量差值，选择那些能量最小能量+6的构象，但是如果构象不是很多 ，可以把能量大于6的也加进去。2、利用NOESY相关关系，特别是一些远程相关信号，排除一些不符合NOESY相关关系的构型。3、将符合最初导入构型的构象另存为Gaussian Input（*gjf）格式。gjf文件放在mdb文件夹里。,结构优化能量计算,量子计算,1、结构优化打开gaussian view软件，打开gjf文件。CalculateGaussian calculation setup。参数设置按下面ppt设置。,参数设置,Job Title里要有opt。,“%nproc=”的设置要根据后面在北医计算机的结构投入量决定的。北医计算机的一个节点能够承受的“%nproc=”的总数为7。,Additional Keywords不填任何信息，保留空白。参数设置完成之后，点击editsave overwrite it。保存完之后，再打开此gjf文件参数可能会更改，所以保存完之后不要再打开。 如果需要打开修改，一定要注意有些参数有没有改变。,将存储路径：C:UsersAdministratorCD-4.mdb 删除最终提交格式：%chk=CD-400016-opt.chk,北医计算机结构优化,按照1-7的步骤进行,北医计算机结构优化,北医计算机结构优化,北医计算机结构优化,最后生成的log文件一定要有normal提示，否则的话重新计算。,2、能量计算,1、将北医拷贝回来的log文件用gaussianview软件打开，然后点击filesave保存为gjf文件。2、再CalculateGaussian calculation setup。参数设置按下面ppt设置。,2、能量计算,Additional Keywords不填任何信息，保留空白。Title、Link 0、Solvation的设置跟前面结构优化时参数规则一致。,3、图谱拟合,使用gaussVieW软件打开能量计算后的log文件，将E值写在excel中,图谱拟合（波兹曼能量分布公式）,G = -RT In K; K=exp (-G/R/T)G627.5095(kcal/mol); R=0.0019858955; T=298.15K所有K值相加，取比例在0.01以上的,30,用此软件打开最后能量计算得到的log文件,Origin软件,