细菌的分类及命名ppt课件.ppt
第六章 细菌的分类及命名,一、 细菌的分类地位二、 细菌的命名三、 细菌分类鉴定的标准四、 细菌的分类体系五、 细菌的鉴定,一、细菌分类学对细菌进行分类，命名与鉴定的 一门学科。,任务：,在全面了解细菌生物学特征的基础上，研究它们的种类，探索其起源，演化以及与其他类群之间的亲缘关系，进而提出能反映自然发展的分类系统，并将细菌加以分门别类。,细菌分类学包括分类，命名和鉴定,1、细菌分类：根据细菌各自的特征，并按照亲缘关系分类，以不同等级编排系统。分类有两种： 细菌的生理生化分类法，包括有传统分类法和数值分类法。 细菌核酸、蛋白质结构的同源程度进行分类法，称种系分类或自然分类。,2、细菌命名：在分类基础上，给每种细菌一个科学名称，便于交流并保证所有的科研工作者给予同样名称。3、细菌鉴定：将未知细菌按分类原则，确定细菌的分类地位。,二、细菌的分类地位,1、过去属于植物界，现在划为：原核生物在兽医微生物中，古细菌不占重要地位,古菌,细菌,2、细菌还包括衣原体、立克次氏体、霉形体、螺旋体、放线菌等对动物和人具有致病作用蓝细菌、紫色光合细菌等,界 Kingdom (拉：Regnum) 门 Phylum (拉：Phylum) 纲 Class (拉：Classis) 目 Order (拉：Ordo) 科 Family (拉：Familia) 属 Genus（拉：Genus） 种 Species（拉：Species）,3、细菌的分类单元 细菌的分类单元与动植物一样，依次为,科及科以上的划分在细菌不太完善，且随着研究的深入科属的划分会发生变动,1、属（genus）性状相近、关系密切的若干菌种组成一个菌属，与其他属有明显差异。2、种（species）是细菌学分类的最基本单元，生物学性状基本相同的细菌群体归成一个菌种。3、菌株（strain）是不同来源的某一种细菌的纯培养物。,三、细菌的命名,1、细菌的命名依据“国际细菌命名法规”(The International Code of Nomenclature of Bacteria)学名用拉丁文，遵循“双名法”。每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分组成如：产气荚膜梭菌（Clostridium perfringens）属名在前，字首字母要大写，其余小写整个属名及种名在出版物中应排成斜体中文译名，种名在前，属名在后,2、分类学文献中的细菌拉丁文学名，属名和种名之后，往往还要加上首次定名人（加括号）、现名定名人和现名定名年份，这些均用正体排字。一般兽医学及医学微生物学文献中，属名和种名之后的部分均予省略。如：Escherichia coli,例如大肠埃希菌的学名全名是：Escherichia coli(Migula) Castellani et Chalmers l919 指的是Migula于1895年命名此菌为Bacillu coli，Castellani及Chalmers于1919年改为现名。,金黄色葡萄球菌的学名为：,3、拉丁文学名应按拉丁文字母的发音规则读念 4、属名重复出现时，拉丁文可缩写，用第一个字母，为避免混肴，也可用2个字母。大肠杆菌(E.coli),5、只确定属名、未确定种名的某一株细菌，其拉丁文学名可在属名之后加sp(正体字)；如果同属未定种名的若干菌株，则用spp (species 的缩写， sp. 表示单数，spp. 表示复数 ) ，如 Micrococcus sp.表示微球菌属的一个种， Micrococcus spp. 表示微球菌属的一些种。,6、如果是新种，在新种的拉丁文学名之后还要加上“sp.nov。”，nov是novel的缩写。例如Lawsonia intracellularis genNov. sp . Nov.，译为：胞内劳森菌，新属新种。,7、亚种用subsp.(正体字)表示，这是subspecies的缩写，例如Pasteurella multocida subspseptica，中译名为多杀性巴氏杆菌败血亚种。,四、细菌分类鉴定的标准,1、长期以来，细菌分类鉴定的主要依据是其表型(phenotype)特征,这些表型特征对细菌的鉴定和分类具有很重要的作用，尤其是在临床微生物学的实中，至今仍有应用价值。,形态染色培养细胞壁结构生理生化抗原特性,2、目前微生物学界普遍考虑的分类依据是细菌的种系发生关系(phylogenetic relationship)，即分析其基因特征从而确定分类地位。 研究细菌的种系发生关系主要采用三种方法：1）测定DNA碱基(G+C)mol2）核酸分子杂交3）16SrRNA寡核苷酸编目,1）DNA碱基G+C%比例的测定,亲缘关系相近的种比也相近，比差别大亲缘关系必然远,简称GC比,种内差距2.54.0, 种间5%, 属间差距10%,2）核酸分子杂交法,DNA-DNA DNA-rRNA rRNA-rRNA 方法: 待测菌株dsDNA-ssDNA 参照菌株，同位素标记的ssDNA检测杂合DNA的放射性强度，参照菌株自身为DNA复性的放射性强度100% DNA-DNA杂交同源性性 60%为同种 70%同一亚种 2060%为同一属,3）rRNA寡核苷酸编目分析,rRNA是细胞中的“活化石”原核生物：23s、16s、5s 真核生物：28s、18s、5.8s 16s或18s用作系统分类：（提出三域学说）生理功能重要又恒定、含量高易提取、核苷酸序列保守、分子质量适中、信息量大易于分析,五、细菌的分类体系 细菌分类体系主要是“伯吉氏系统细菌学手册”，Holt（美国）编共4卷。及“伯吉氏细菌鉴定手册” 国际系统与进化微生物学杂志是细菌分类命名世界公认权威为期刊。国际公认的菌种保藏权威机构是“美国典型培养物保藏中心(ATCC) ”以及“德国微生物及细胞保藏中心(DSM) ”等。我国兽医微生物菌（毒）种由中国兽药检察所鉴定保存。,五、细菌的鉴定 纯培养细菌才能进行鉴定。DNA分子水平的鉴定主要限于专业实验室；常规细菌鉴定沿用表型特征检测方法；有成套检测指标的快速诊断试剂盒商品化的细菌鉴定试剂盒有Enteotube系统、API系统、Vitek系统等。有条件的单位可用PCR技术检测鉴定,1、分类方法数值分类法：根据细菌的各种性状的数值分析，借助计算机，将拟分类的细菌按其性状的相似程度归类定位。,在进行数值分类时需要选择分类单位（菌株、种或属）将性状编码按公式计算出相似度（S矩阵） 进行系统聚类画出相似矩阵图最后转绘树状普（dendrogam）计算相似度的公式为：S%=NS/（NS+ND） 其中S为相似度，NS为相似性状， ND为相异性状。此法应用时所选性状必须要多，越多准确性越高，至少高达100个，否则易误判。,2、常见动物致病菌的鉴定已形成固定的程序。,革兰氏阳性细菌,革兰氏阴性细菌,革兰氏阳性细菌,革兰氏阴性细菌,
