VASP中求过渡态的方法CNEB的学习简明教程ppt课件.pptx

NEB(CENB)方法的学习,简单吧，这就是安装NEB的扩展包的过程！,1，确定扩散的始末态构型，进行单点能计算并将结果保存在00和05文件夹中。Like this: 00和05中只放置单点能计算的OUTCAR和POSCAR,为了更直观的学会使用NEB方法，下面有个例子，做两遍就会了。至于NEB方法的原理的文章看一遍，知道个大概就行了。毕竟我们是搞计算使用计算软件的而不是研究计算方法的改善和计算程序的编写。,进行以下的 NEB的学习需要具备的基础知识：1,linux文字处理界面的操作命令2,VASP程序的使用,具体的操作过程如下,2，使用命令nebmake.pl构建images 在这里我插入了4个图像（这里及以后使用的所有命令我已经变成可执行文件，并且添加了可执行文件路径PATH在上海的集群上，不知道别的cluster上面有没。这些命令具体使用说明均在我提供的网页和pdf文件中可以查到，可以随时查阅，最常使用的就是我以下将使用的一些命令，很多命令是用不到的）,01-04即为插入的图像，现在以03为例看看插入的构型，在这里我说明一下，car2cif.sh这个脚本是我从网上下载（别人分享的），使用这个命令可以将POSCAR或CONCAR转化成*.cif文件，这样MS或者VEASTE看图软件就可以直接查看了。,3，在NEB计算目录下，放置除了POSCAR中的三个输入文件，以及一个提交脚本。,03,初态00,末态 05,在这里我将00，05也一同放在一起便于查看,Henkelman小组开发的这个NEB用于VASP计算过渡态的扩展包，开发了新的7中搜索过渡态的优化方法，加上VASP程序内在的共有8种方法。至于用哪种方法运算更快，上面我给出了那篇比较不同方法计算效率的文章。我自己也测试过，发现有几种算法不能计算，限于时间也没有深究，大家有兴趣可以继续测试。,言归正传，这些方法的选择很简单，就在于INCAR中的设置，在这里我提供出我自己的设置。,这些参数的详细说明资料中均有，需要注意的是IMAGES的数值就是你插入的图像数，LCLIMB默认为FAULSE，当然要用TURE了，用TRUE就是使用CNEB，CNEB能够精确找到过度态构型呀，比NEB有了改善。IBRION一定要设置成3才可以。优化的方法，我在这里使用的是VASP内建的。IOPT=0来定，当然IOPT可以从取1-7，这是7种新的优化方法，至于优化的参数我也不会设置。我使用IOPT=0方法，只有一个优化参数POTIM，POTIM值如果太大了通常会导致优化的结构变形，找不到正确的过渡态。这也就是韩老师说的过一段时间就要看看结构变形了没有。说了这么多，可能大家还是不懂，没关系，到实践中体会几次失败就明白了。,4，然后就是提交任务了，一定要用扩展后的VASP来运行运行过程中，可以使用nebbarrier.pl命令进行查看,第三列就是能量的差值，可以看到大约图像3的能量最高，它将会最终优化到过渡态。第二列是反应坐标（详见查考资料）,5，计算完后参看01-04中任何一个OUTCAR，,在最后部分有一行reached acquired accuracy表明优化成功,该体系是非常小的，只有5个原子，故用时只有600+秒，我以前计算较大的体系25+个原子，使用16个cpu计算CNEB大概用时半个月左右。所以CNEB计算的计算量并没有那么可怕（像韩老师所说需要1000多个CPU来计算）。以上为个人观点。,使用命令对计算结果处理nebbarrier.pl, nebspline.pl或者直接使用nebresults.pl。会出现neb.dat，spline.dat等文档。,查看最小能量路径能垒，查看exts.dat。发现图像3是过渡态，能垒为0.356eV，前人的理论计算值为0.31eV，这表明尽管没有进行体系的收敛测试，计算结果还是定量一致的。,将neb.dat和spline.dat数据导出来（用origin画图）即是最小能量路径图。,用VMP等看图软件可以显示movie.xyz扩散过程的动画。,5.为了确定image3确实是个过渡态，需要进行频率计算，所计算的结果如下，发现H的震动频率有且只有一个虚频，因此证实了过渡态结构。,制作于2011-07-15 王金龙 有问题可与我联系,