Chem3D常用功能使用教程ppt课件.ppt
1,Chem3D介绍,提供功能制作结构：立体旋转；读取chemDraw结构；进行结构优化计算进行量化结构；并和数种量子化学软件结合在一起。,chem3D是一个三维分子结构演示软件,2,Chem3D起始界面,3,主界面,Chem3D起始界面,4,工具栏,模型窗口,模型类型,三维视图,ChemDraw切换,图标工具栏,模型数据窗口,扩大（缩小）窗口,消息窗口,状态栏,5,选择,轨迹球,单键,双键,三键,虚键,文本,橡皮,大小调整,6,显示设置,7,视频设置,模型显示设置,立体显示,弹出信息,配体显示,结构显示,原子标记,原子显示,色彩选项,8,显示设置属性,Model Type,线状模型,棒状模型,球棍模型,圆柱键模型,比例模型,9,带状模型,10,结构不同显示方式,View/Setting/Model Dispaly 菜单或F6键：五种,Wire Frame,Sticks,Ball-Sticks,Cylindrical Bonds,Space Filling,11,带状模型常用于生物分子,12,代表用红蓝两种色彩的立体显示,代表用深色显示模型，就是对于模型的部分按观察者的角度不同着色,代表显示两个立体结构完全相同的模型,代表模拟现实的角度观察模型，使模型更接近真实,代表显示模型的时候将后面的部分以阴影形式表示，这样模型的立体感更强。,13,14,选择【单键】工具，在模型窗口向右按动,圆柱键模型,1. 利用键工具建立模型,建立3D模型,15,线状模型,16,棒状模型,17,球棍模型,18,比例模型,19,选择【轨迹球】工具，使分子模型在模型窗口沿X、Y轴旋转,X、Y轴旋转指示,20,选择【轨迹球】工具并按“Alt”键，使分子模型在模型窗口沿Z轴旋转,Z轴旋转指示,21,模型结构信息,光标位于原子上，自动显示原子信息,22,工具栏显示原子的符号和标号,23,光标位于键上，自动显示键信息,模型结构信息,24,模型的进一步信息,显示键长变化,显示键角变化,显示二面角,显示所有没有相邻的原子的距离,25,模型的键长数据,26,模型的键长和键角数据,27,乙烯模型中的双键信息,28,键级改动,29,显示氢及孤对电子,30,不显示氢及孤对电子的环己烷,原子名称及序数,31,选择工具，双击原子，按顺序改变原子序号,32,隐藏或显示其它原子,居中移动到色彩调节显示元素符号显示元素编号显示实心球显示点阵表面,调整键长破坏键调整键级就近结合添加质心颠倒调整矩阵,隐藏所选部分隐藏非选部分显示所有原子显示邻近原子显示背面定义基团,33,利用【键】工具建立的结构，键角及键长可能不正常，应【整理结构】,34,环己烷的椅式构象,35,使用【文本】工具输入结构式,2. 利用文本工具建立模型,36,按【Enter】自动转化为模型,37,括号表示支链,38,39,整理结构,40,简单优化观察分子变化,41,4-甲基-2-戊醇模型,42,建立1，2-双甲基环戊烷模型,43,44,整理结构,45,建立Ibuprofen(布洛芬)模型,46,47,建立十肽菌素模型,48,49,建立十二丙氨酸醇分子模型,50,51,改变显示方式,模型类型窗口：,52,设为线状模型,53,54,设为带状模型,55,a-螺旋模型,56,使用子结构建立模型,3. 利用子结构建立模型,57,子结构模型库,58,选择所需的子结构，然后复制,59,粘贴复制结果,60,在子结构上进行编辑,61,4. 使用模板建立模型,62,63,ChemDraw中画出的分子结构,复制粘贴到Chem3D中,5. ChemDraw和Chem3D信息转换,64,Chem3D中画出的分子模型,复制粘贴到ChemDraw中,65,（1）查找原子的范德瓦尔斯半径 【View】【Atom Types.TBL】窗口，找到各种元素在不同环境的半径,计算功能演示,66,67,68,（2）观察分子的大小建立苯模型。执行【View】【Connolly Molecular】弹出Suface对话框；【solid】选项可以选择分子表面的类型；【Resolution】滑动到右边，其值为100,69,70,71,72,73,View/Solvent Accessible 菜单甲苯结构,74,（3）计算分子体积建立苯模型。执行【Analyze】【Compute Properties】在【Available Properties】选框中双击【Connolly Solvent-Excluded Volume SVE-ChemPropStd】选项，使之加入到【Selected Properties】框中。单击ok，,75,76,77,78,79,80,(4) 检查结构能量,81,模型旋转,对位交叉,82,总能量计算,83,空间位阻能：0.977kcal/mol,计算结果,84,模型的二面角数据,85,数据与模型对应,86,显示原子符号及序号,87,按动旋转,数据相应改变,88,(5) 分子轨道(HOMO及LUMO),首先用双键画出乙烯分子,89,显示轨道时必须选择,90,选择分子轨道,91,选择HOMO轨道,HOMO轨道显示,轨道选项HOMO和LUMO各6个,能量随所选轨道不同而不同,实心显示（丝网显示圆点显示半透明显示）,92,乙烯分子的HOMO轨道,93,选择LUMO轨道,LUMO轨道显示,94,乙烯分子的LUMO轨道,95,96,97,98,99,100,101,102,其他计算,从头算程序：Gamess Gaussian 需另外安装这两个程序。半经验或分子力学计算 Mechanics Mopac (Am1, Mindo/3, Mndo, PM3)计算方式：计算性质，最小能，过渡态优化，光谱分析,103,模型的输入和输出：以NaCl晶体为例：【File】【Template】选择【NaCl Crystal.C3T】选择以【Space filling】显示模型。可保存多种格式，默认格式.c3t。可存为jpg等。还有动画显示功能，可让其绕x轴、y轴、z轴转动，这样可以从不同角度显示结构，更具立体感。【Analyze】【Spin About Y Axis】，可通过左下角调整框放大、缩小、播放、暂停、录制等，还可存成 Windows AVI Movie（*.avi）格式。,104,105,放大、缩小,播放、暂停、录制,滑动块,106,
